ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55183

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.026, 0.063, 0.100, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.063 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.119, 0.283, 0.448, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.283 std_dev=0.164
C2' A 0, 0.153, 0.371, 0.590, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.371 std_dev=0.218
C4' A 0, 0.175, 0.427, 0.679, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.427 std_dev=0.252
O2' A 0, 0.194, 0.478, 0.763, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.478 std_dev=0.285
C3' A 0, 0.223, 0.531, 0.840, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.531 std_dev=0.309
C2' B 0, 0.217, 0.529, 0.841, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.529 std_dev=0.312
C3' B 0, 0.168, 0.550, 0.932, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.550 std_dev=0.382
C5' A 0, 0.304, 0.750, 1.196, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.750 std_dev=0.446
O3' A 0, 0.329, 0.780, 1.231, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.780 std_dev=0.451
O2' B 0, 0.163, 0.624, 1.086, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.624 std_dev=0.462
O5' A 0, 0.008, 0.506, 1.003, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.506 std_dev=0.497
O3' B 0, 0.273, 0.804, 1.335, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.804 std_dev=0.531
O4' B 0, 0.298, 0.857, 1.415, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.857 std_dev=0.558
C4' B 0, 0.245, 0.823, 1.401, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.823 std_dev=0.578
P A 0, 0.347, 0.968, 1.588, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.968 std_dev=0.620
C1' B 0, 0.352, 1.165, 1.978, 2.241 max_d=2.241 avg_d=1.165 std_dev=0.813
C5' B 0, 0.361, 1.237, 2.112, 2.326 max_d=2.326 avg_d=1.237 std_dev=0.876
O5' B 0, 0.457, 1.364, 2.271, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.364 std_dev=0.907
OP1 A 0, 0.754, 1.899, 3.043, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.899 std_dev=1.145
OP2 A 0, 0.735, 2.122, 3.508, 3.375 max_d=3.375 avg_d=2.122 std_dev=1.387
P B 0, 0.868, 2.368, 3.868, 3.905 max_d=3.905 avg_d=2.368 std_dev=1.500
N9 B 0, 0.572, 2.192, 3.813, 4.168 max_d=4.168 avg_d=2.192 std_dev=1.621
OP2 B 0, 1.420, 3.400, 5.379, 4.878 max_d=4.878 avg_d=3.400 std_dev=1.979
OP1 B 0, 1.135, 3.193, 5.250, 5.180 max_d=5.180 avg_d=3.193 std_dev=2.057
C8 B 0, 0.567, 2.706, 4.845, 5.283 max_d=5.283 avg_d=2.706 std_dev=2.139
C4 B 0, 1.357, 3.609, 5.861, 5.855 max_d=5.855 avg_d=3.609 std_dev=2.252
N3 B 0, 1.896, 4.513, 7.129, 6.386 max_d=6.386 avg_d=4.513 std_dev=2.616
C5 B 0, 1.325, 4.277, 7.229, 7.463 max_d=7.463 avg_d=4.277 std_dev=2.952
N7 B 0, 0.484, 3.602, 6.721, 7.218 max_d=7.218 avg_d=3.602 std_dev=3.119
C2 B 0, 2.507, 5.950, 9.393, 8.279 max_d=8.279 avg_d=5.950 std_dev=3.443
C6 B 0, 2.111, 5.776, 9.440, 9.342 max_d=9.342 avg_d=5.776 std_dev=3.664
N1 B 0, 2.698, 6.553, 10.408, 9.613 max_d=9.613 avg_d=6.553 std_dev=3.855
N6 B 0, 2.182, 6.603, 11.024, 11.100 max_d=11.100 avg_d=6.603 std_dev=4.421

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.23 0.33 0.15
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.00 0.05 0.21 0.62 0.26
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.15 0.36 0.18
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.04 0.09 0.01 0.02 0.04 0.02 0.25 0.08 0.34 0.16
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.31 0.87 0.35
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.20 0.20 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.30 0.86 0.35
C5' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.12 0.06 0.07 0.03 0.06 0.05 0.12 0.03 0.01 0.16 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.09 0.22 0.67 0.29
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.20 0.54 0.23
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.03 0.25 0.76 0.31
O2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.01 0.01 0.06 0.20 0.54 0.22
O2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.03 0.09 0.22 0.28 0.10
O3' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.05 0.08 0.06 0.07 0.11 0.05 0.00 0.09 0.01 0.33 0.02 0.46 0.15
O4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.02 0.35 0.92 0.37
O4' 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.23 0.31 0.16 0.11
O5' 0.09 0.05 0.14 0.25 0.03 0.02 0.05 0.01 0.09 0.08 0.03 0.06 0.09 0.33 0.02 0.23 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.23 0.21 0.15 0.08 0.31 0.20 0.30 0.16 0.22 0.20 0.25 0.20 0.22 0.02 0.35 0.31 0.03 0.00 0.06 0.00
OP2 0.33 0.62 0.36 0.34 0.87 0.20 0.86 0.26 0.67 0.54 0.76 0.54 0.28 0.46 0.92 0.16 0.03 0.06 0.00 0.00
P 0.15 0.26 0.18 0.16 0.35 0.05 0.35 0.01 0.29 0.23 0.31 0.22 0.10 0.15 0.37 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 1.74 0.17 0.22 0.93 0.31 1.15 0.26 1.59 0.59 1.88 1.23 1.71 0.90 0.44 0.31 0.36 0.21 0.47 1.14 1.18 0.82
C2 0.14 2.59 0.19 0.22 1.44 0.41 1.76 0.38 2.42 0.87 2.84 1.83 2.62 1.37 0.73 0.28 0.26 0.20 0.49 1.31 1.32 0.92
C2' 0.25 1.38 0.10 0.18 0.64 0.28 0.81 0.17 1.20 0.37 1.47 0.95 1.31 0.61 0.20 0.28 0.32 0.25 0.32 1.00 0.93 0.61
C3' 0.38 1.02 0.07 0.14 0.42 0.23 0.42 0.19 0.73 0.14 1.00 0.75 0.75 0.20 0.13 0.25 0.29 0.31 0.18 0.75 0.60 0.35
C4 0.15 3.11 0.18 0.18 1.73 0.46 2.05 0.43 2.81 0.97 3.35 2.22 3.00 1.55 0.88 0.19 0.16 0.19 0.43 1.20 1.18 0.79
C4' 0.36 0.80 0.02 0.18 0.31 0.20 0.31 0.08 0.56 0.16 0.78 0.59 0.57 0.13 0.13 0.30 0.38 0.28 0.31 0.82 0.78 0.52
C5 0.13 2.87 0.16 0.17 1.57 0.45 1.79 0.39 2.44 0.83 2.95 2.10 2.53 1.32 0.77 0.18 0.17 0.20 0.42 1.07 1.04 0.71
C5' 0.56 0.73 0.14 0.22 0.51 0.21 0.41 0.11 0.48 0.40 0.64 0.67 0.43 0.33 0.47 0.30 0.41 0.40 0.26 0.65 0.58 0.38
C6 0.13 2.41 0.17 0.19 1.31 0.39 1.50 0.32 2.05 0.71 2.47 1.77 2.13 1.11 0.62 0.22 0.25 0.21 0.42 1.06 1.05 0.73
N1 0.14 2.29 0.18 0.22 1.26 0.37 1.50 0.32 2.06 0.74 2.44 1.64 2.19 1.15 0.62 0.27 0.29 0.20 0.47 1.19 1.20 0.84
N3 0.15 2.95 0.19 0.20 1.66 0.44 2.00 0.42 2.76 0.97 3.24 2.09 2.99 1.55 0.85 0.24 0.21 0.19 0.47 1.30 1.30 0.89
O2 0.15 2.46 0.20 0.23 1.39 0.40 1.73 0.38 2.38 0.87 2.75 1.73 2.62 1.37 0.71 0.31 0.28 0.20 0.52 1.37 1.41 0.97
O2' 0.21 1.19 0.14 0.18 0.57 0.24 0.76 0.16 1.11 0.43 1.32 0.79 1.24 0.64 0.23 0.28 0.33 0.21 0.37 1.07 1.04 0.69
O3' 0.47 0.87 0.08 0.13 0.43 0.21 0.31 0.31 0.52 0.23 0.78 0.72 0.47 0.09 0.31 0.26 0.24 0.33 0.12 0.60 0.41 0.17
O4 0.18 3.30 0.18 0.15 1.87 0.46 2.23 0.45 3.06 1.06 3.61 2.36 3.29 1.69 0.97 0.17 0.15 0.17 0.40 1.14 1.14 0.73
O4' 0.18 1.35 0.15 0.22 0.70 0.26 0.85 0.21 1.18 0.42 1.42 0.98 1.25 0.64 0.30 0.32 0.40 0.20 0.46 1.02 1.08 0.76
O5' 0.21 0.87 0.52 0.35 0.50 0.22 0.46 0.42 0.62 0.14 0.80 0.75 0.59 0.27 0.24 0.41 0.09 0.16 0.28 0.37 0.33 0.23
OP1 0.59 0.75 0.20 0.10 0.72 0.18 0.70 0.40 0.72 0.65 0.73 0.76 0.71 0.67 0.67 0.55 0.03 0.43 0.20 0.20 0.54 0.29
OP2 0.51 0.72 0.10 0.11 0.28 0.29 0.22 0.15 0.40 0.39 0.64 0.53 0.37 0.22 0.32 0.30 0.01 0.46 0.26 0.67 0.21 0.15
P 0.41 0.62 0.16 0.09 0.31 0.08 0.23 0.32 0.35 0.29 0.54 0.52 0.30 0.18 0.27 0.28 0.04 0.28 0.17 0.36 0.29 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.27 0.00 0.25 0.47 0.44 0.26
C2 0.02 0.00 0.54 1.18 0.01 0.80 0.01 1.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 1.13 0.32 1.78 2.23 1.49 1.81
C2' 0.01 0.54 0.00 0.01 0.30 0.02 0.18 0.15 0.29 0.17 0.44 0.53 0.22 0.05 0.04 0.00 0.07 0.03 0.33 0.28 0.47 0.31
C3' 0.01 1.18 0.01 0.00 0.72 0.01 0.60 0.02 0.80 0.16 1.04 1.12 0.73 0.28 0.28 0.03 0.03 0.03 0.12 0.31 0.35 0.18
C4 0.01 0.01 0.30 0.72 0.00 0.44 0.00 0.59 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.53 0.16 1.11 1.57 1.00 1.14
C4' 0.01 0.80 0.02 0.01 0.44 0.00 0.32 0.01 0.48 0.15 0.68 0.75 0.41 0.09 0.12 0.31 0.08 0.01 0.02 0.26 0.43 0.11
C5 0.02 0.01 0.18 0.60 0.00 0.32 0.00 0.43 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.33 0.46 0.07 1.05 1.70 0.93 1.11
C5' 0.05 1.20 0.15 0.02 0.59 0.01 0.43 0.00 0.70 0.30 1.03 1.06 0.60 0.14 0.12 0.15 0.38 0.03 0.01 0.37 0.37 0.06
C6 0.02 0.00 0.29 0.80 0.00 0.48 0.00 0.70 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.72 0.14 1.37 2.11 1.17 1.45
C8 0.02 0.01 0.17 0.16 0.00 0.15 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.34 0.13 0.17 0.49 0.86 0.44 0.42
N1 0.01 0.00 0.44 1.04 0.01 0.68 0.01 1.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 1.00 0.25 1.69 2.35 1.42 1.77
N3 0.01 0.00 0.53 1.12 0.00 0.75 0.00 1.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.95 0.32 1.54 1.85 1.32 1.53
N6 0.02 0.01 0.22 0.73 0.00 0.41 0.01 0.60 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.67 0.10 1.32 2.18 1.13 1.42
N7 0.02 0.01 0.05 0.28 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.38 0.15 0.10 0.66 1.28 0.62 0.68
N9 0.02 0.01 0.04 0.28 0.01 0.12 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.10 0.02 0.58 0.98 0.61 0.60
O2' 0.02 0.25 0.00 0.03 0.26 0.31 0.33 0.15 0.34 0.34 0.30 0.22 0.38 0.38 0.23 0.00 0.22 0.20 0.24 0.26 0.42 0.21
O3' 0.27 1.13 0.07 0.03 0.53 0.08 0.46 0.38 0.72 0.13 1.00 0.95 0.67 0.15 0.10 0.22 0.00 0.07 0.21 0.33 0.28 0.16
O4' 0.00 0.32 0.03 0.03 0.16 0.01 0.07 0.03 0.14 0.17 0.25 0.32 0.10 0.10 0.02 0.20 0.07 0.00 0.32 0.58 0.75 0.45
O5' 0.25 1.78 0.33 0.12 1.11 0.02 1.05 0.01 1.37 0.49 1.69 1.54 1.32 0.66 0.58 0.24 0.21 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.47 2.23 0.28 0.31 1.57 0.26 1.70 0.37 2.11 0.86 2.35 1.85 2.18 1.28 0.98 0.26 0.33 0.58 0.02 0.00 0.05 0.00
OP2 0.44 1.49 0.47 0.35 1.00 0.43 0.93 0.37 1.17 0.44 1.42 1.32 1.13 0.62 0.61 0.42 0.28 0.75 0.01 0.05 0.00 0.00
P 0.26 1.81 0.31 0.18 1.14 0.11 1.11 0.06 1.45 0.42 1.77 1.53 1.42 0.68 0.60 0.21 0.16 0.45 0.01 0.00 0.00 0.00