ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55185

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.019, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.006, 0.027, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.011, 0.043, 0.075, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.032
C6 A 0, 0.010, 0.046, 0.083, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.046 std_dev=0.037
C4 A 0, 0.011, 0.049, 0.086, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.049 std_dev=0.038
C2 A 0, 0.013, 0.051, 0.090, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.051 std_dev=0.038
N1 A 0, 0.010, 0.057, 0.104, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.057 std_dev=0.047
O2 A 0, 0.020, 0.111, 0.202, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.111 std_dev=0.091
O4 A 0, 0.055, 0.172, 0.289, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.172 std_dev=0.117
O2' B 0, 0.353, 0.881, 1.409, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.881 std_dev=0.528
O3' A 0, 0.401, 0.962, 1.524, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.962 std_dev=0.562
C2' B 0, 0.199, 0.791, 1.383, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.791 std_dev=0.592
O4' A 0, 0.499, 1.193, 1.888, 1.721 max_d=1.721 avg_d=1.193 std_dev=0.694
C3' A 0, 0.552, 1.315, 2.077, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.315 std_dev=0.762
C2' A 0, 0.591, 1.408, 2.226, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.408 std_dev=0.818
C4' A 0, 0.607, 1.454, 2.300, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.454 std_dev=0.847
OP2 A 0, 0.632, 1.604, 2.575, 2.606 max_d=2.606 avg_d=1.604 std_dev=0.971
O5' A 0, 0.722, 1.771, 2.820, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.771 std_dev=1.049
P A 0, 0.338, 1.437, 2.535, 2.722 max_d=2.722 avg_d=1.437 std_dev=1.098
O3' B 0, 0.360, 1.471, 2.583, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.471 std_dev=1.112
C3' B 0, 0.307, 1.535, 2.763, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.535 std_dev=1.228
O2' A 0, 1.014, 2.431, 3.847, 3.465 max_d=3.465 avg_d=2.431 std_dev=1.417
C5' A 0, 1.052, 2.516, 3.980, 3.597 max_d=3.597 avg_d=2.516 std_dev=1.464
C1' B 0, 0.351, 2.056, 3.760, 4.024 max_d=4.024 avg_d=2.056 std_dev=1.704
C4' B 0, 0.847, 2.795, 4.744, 4.877 max_d=4.877 avg_d=2.795 std_dev=1.948
C8 B 0, 1.284, 3.370, 5.457, 5.509 max_d=5.509 avg_d=3.370 std_dev=2.086
N9 B 0, 0.787, 2.883, 4.980, 5.173 max_d=5.173 avg_d=2.883 std_dev=2.097
OP1 A 0, 0.825, 3.027, 5.228, 5.327 max_d=5.327 avg_d=3.027 std_dev=2.202
O4' B 0, 0.458, 2.720, 4.982, 5.265 max_d=5.265 avg_d=2.720 std_dev=2.262
O5' B 0, 1.575, 3.979, 6.383, 6.120 max_d=6.120 avg_d=3.979 std_dev=2.404
OP1 B 0, 1.692, 4.257, 6.821, 6.661 max_d=6.661 avg_d=4.257 std_dev=2.564
C5' B 0, 1.498, 4.121, 6.743, 6.659 max_d=6.659 avg_d=4.121 std_dev=2.623
N7 B 0, 1.661, 4.334, 7.008, 6.951 max_d=6.951 avg_d=4.334 std_dev=2.673
C4 B 0, 1.025, 3.804, 6.584, 6.667 max_d=6.667 avg_d=3.804 std_dev=2.780
N3 B 0, 1.288, 4.239, 7.190, 7.066 max_d=7.066 avg_d=4.239 std_dev=2.951
P B 0, 2.028, 4.988, 7.947, 7.493 max_d=7.493 avg_d=4.988 std_dev=2.959
C5 B 0, 1.476, 4.615, 7.755, 7.803 max_d=7.803 avg_d=4.615 std_dev=3.139
OP2 B 0, 2.465, 6.072, 9.680, 9.104 max_d=9.104 avg_d=6.072 std_dev=3.607
C2 B 0, 1.663, 5.374, 9.085, 8.857 max_d=8.857 avg_d=5.374 std_dev=3.711
C6 B 0, 1.792, 5.741, 9.690, 9.658 max_d=9.658 avg_d=5.741 std_dev=3.949
N1 B 0, 1.799, 6.054, 10.309, 10.163 max_d=10.163 avg_d=6.054 std_dev=4.255
N6 B 0, 2.268, 6.662, 11.055, 10.969 max_d=10.969 avg_d=6.662 std_dev=4.393

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.15 0.02 0.01 0.17 0.30 0.30 0.13
C2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.03 0.04 0.04 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.03 0.09 0.24 0.79 0.17 0.37
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.18 0.11 0.20 0.03 0.07 0.25 0.00 0.02 0.10 0.02 0.30 0.20 0.67 0.28
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.04 0.09 0.15 0.02 0.01 0.07 0.01 0.16 0.33 0.55 0.23
C4 0.02 0.03 0.09 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.20 0.09 0.01 0.05 0.23 1.05 0.13 0.50
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.03 0.08 0.11 0.01 0.03 0.01 0.05 0.15 0.15 0.07
C5 0.01 0.04 0.18 0.07 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.02 0.03 0.04 0.31 0.09 0.00 0.09 0.22 0.95 0.16 0.47
C5' 0.06 0.09 0.11 0.06 0.07 0.02 0.09 0.00 0.10 0.08 0.07 0.13 0.05 0.10 0.06 0.03 0.02 0.16 0.22 0.02
C6 0.01 0.02 0.20 0.07 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.29 0.10 0.02 0.12 0.23 0.75 0.18 0.38
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.11 0.02 0.01 0.23 0.66 0.20 0.31
N3 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.12 0.02 0.07 0.23 0.96 0.13 0.45
O2 0.04 0.01 0.25 0.15 0.04 0.08 0.04 0.13 0.02 0.01 0.03 0.00 0.27 0.20 0.05 0.16 0.25 0.73 0.21 0.34
O2' 0.03 0.08 0.00 0.02 0.20 0.11 0.31 0.05 0.29 0.10 0.07 0.27 0.00 0.06 0.22 0.07 0.22 0.11 0.74 0.19
O3' 0.15 0.14 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.20 0.06 0.00 0.09 0.09 0.08 0.41 0.49 0.18
O4 0.02 0.03 0.10 0.07 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.02 0.02 0.05 0.22 0.09 0.00 0.05 0.23 1.14 0.14 0.54
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.03 0.12 0.01 0.07 0.16 0.07 0.09 0.05 0.00 0.14 0.33 0.16 0.23
O5' 0.17 0.24 0.30 0.16 0.23 0.05 0.22 0.02 0.23 0.23 0.23 0.25 0.22 0.08 0.23 0.14 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.30 0.79 0.20 0.33 1.05 0.15 0.95 0.16 0.75 0.66 0.96 0.73 0.11 0.41 1.14 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.17 0.67 0.55 0.13 0.15 0.16 0.22 0.18 0.20 0.13 0.21 0.74 0.49 0.14 0.16 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.13 0.37 0.28 0.23 0.50 0.07 0.47 0.02 0.38 0.31 0.45 0.34 0.19 0.18 0.54 0.23 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 1.43 0.20 0.65 1.58 0.35 2.28 0.41 2.43 2.05 1.97 1.15 2.90 2.59 1.40 0.25 1.04 0.36 0.37 0.28 0.28 0.19
C2 0.79 1.62 0.22 0.40 1.71 0.25 2.36 0.19 2.61 1.96 2.20 1.31 3.02 2.47 1.47 0.13 0.77 0.69 0.08 0.09 0.62 0.20
C2' 0.55 1.33 0.33 0.89 1.46 0.54 2.17 0.71 2.26 2.08 1.81 1.03 2.70 2.60 1.34 0.20 1.19 0.33 0.80 0.63 0.43 0.62
C3' 0.37 1.41 0.06 0.94 1.34 0.76 2.00 0.93 2.17 1.84 1.82 1.09 2.63 2.36 1.14 0.22 1.28 0.07 0.78 0.55 0.27 0.55
C4 0.78 1.25 0.18 0.15 1.37 0.52 1.70 0.53 1.81 1.44 1.59 1.08 1.96 1.71 1.20 0.15 0.35 0.86 0.30 0.25 0.88 0.46
C4' 0.40 1.23 0.21 0.87 1.24 0.82 1.85 0.94 2.01 1.71 1.64 0.98 2.45 2.18 1.08 0.50 1.26 0.21 0.62 0.46 0.10 0.39
C5 0.74 0.94 0.18 0.18 1.24 0.41 1.54 0.38 1.52 1.41 1.23 0.87 1.64 1.62 1.17 0.13 0.41 0.74 0.19 0.18 0.74 0.32
C5' 0.30 0.96 0.25 0.98 0.92 1.11 1.39 1.22 1.51 1.30 1.23 0.79 1.85 1.67 0.76 0.57 1.37 0.53 0.75 0.60 0.18 0.51
C6 0.70 1.05 0.20 0.39 1.37 0.21 1.83 0.14 1.83 1.72 1.44 0.92 2.04 2.02 1.30 0.14 0.72 0.55 0.08 0.16 0.52 0.10
N1 0.73 1.41 0.23 0.47 1.61 0.21 2.24 0.17 2.36 1.97 1.92 1.16 2.72 2.44 1.44 0.18 0.86 0.55 0.15 0.14 0.48 0.09
N3 0.82 1.56 0.22 0.24 1.61 0.40 2.12 0.39 2.36 1.74 2.06 1.27 2.65 2.16 1.38 0.11 0.54 0.83 0.21 0.18 0.80 0.38
O2 0.80 1.79 0.23 0.45 1.81 0.23 2.54 0.17 2.88 2.08 2.45 1.41 3.43 2.68 1.53 0.14 0.85 0.68 0.11 0.07 0.59 0.19
O2' 0.69 1.47 0.47 0.91 1.65 0.54 2.46 0.76 2.60 2.27 2.06 1.15 3.13 2.92 1.49 0.34 1.12 0.59 0.98 0.85 0.66 0.87
O3' 0.44 1.62 0.05 0.93 1.52 0.73 2.26 0.93 2.53 1.96 2.14 1.23 3.10 2.60 1.26 0.18 1.25 0.06 0.82 0.57 0.32 0.60
O4 0.74 1.14 0.16 0.14 1.15 0.68 1.37 0.73 1.47 1.16 1.36 0.99 1.57 1.36 1.02 0.22 0.14 0.95 0.45 0.35 1.02 0.61
O4' 0.57 1.25 0.34 0.69 1.37 0.59 2.00 0.63 2.13 1.83 1.72 1.02 2.57 2.30 1.23 0.57 1.11 0.28 0.33 0.30 0.24 0.14
O5' 0.21 0.58 0.20 0.91 0.62 1.00 1.04 1.02 1.06 1.12 0.77 0.52 1.35 1.38 0.58 0.56 1.36 0.50 0.59 0.47 0.13 0.36
OP1 0.84 1.02 0.34 1.10 0.54 1.51 0.11 1.27 0.19 0.36 0.61 1.11 0.33 0.54 0.34 0.16 1.77 1.28 0.60 0.46 0.62 0.42
OP2 0.13 0.23 0.30 0.76 0.39 1.20 0.84 1.17 0.82 1.05 0.47 0.21 1.11 1.25 0.44 0.75 1.23 0.70 0.49 0.39 0.56 0.43
P 0.50 0.51 0.14 1.04 0.13 1.35 0.38 1.22 0.34 0.64 0.21 0.60 0.63 0.81 0.03 0.37 1.62 0.97 0.66 0.54 0.49 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.08 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.07 0.61 0.56 0.24
C2 0.08 0.00 0.31 0.19 0.03 0.12 0.01 0.21 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.60 0.34 0.23 0.08 0.70 0.77 0.26
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.14 0.01 0.05 0.10 0.12 0.18 0.24 0.30 0.09 0.13 0.02 0.01 0.03 0.03 0.19 0.40 0.35 0.12
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.07 0.11 0.15 0.17 0.06 0.09 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.27 0.08
C4 0.03 0.03 0.14 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.28 0.18 0.12 0.05 0.84 0.74 0.30
C4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.08 0.12 0.04 0.05 0.01 0.09 0.04 0.01 0.02 0.16 0.33 0.10
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.17 0.12 0.02 0.04 1.08 0.76 0.38
C5' 0.03 0.21 0.10 0.03 0.11 0.02 0.05 0.00 0.09 0.13 0.15 0.20 0.07 0.08 0.04 0.05 0.08 0.02 0.01 0.20 0.33 0.03
C6 0.04 0.01 0.12 0.07 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.26 0.17 0.06 0.04 1.06 0.79 0.37
C8 0.01 0.04 0.18 0.11 0.01 0.08 0.02 0.13 0.04 0.00 0.05 0.03 0.08 0.01 0.00 0.31 0.10 0.18 0.10 1.23 0.67 0.45
N1 0.08 0.01 0.24 0.15 0.04 0.08 0.03 0.15 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.47 0.28 0.14 0.06 0.89 0.80 0.32
N3 0.07 0.01 0.30 0.17 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.57 0.32 0.25 0.08 0.64 0.73 0.24
N6 0.05 0.01 0.09 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.08 0.05 0.21 0.14 0.04 0.06 1.20 0.77 0.42
N7 0.01 0.02 0.13 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.24 0.09 0.11 0.08 1.29 0.71 0.46
N9 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.06 0.89 0.68 0.33
O2' 0.01 0.60 0.01 0.03 0.28 0.09 0.17 0.05 0.26 0.31 0.47 0.57 0.21 0.24 0.09 0.00 0.10 0.05 0.19 0.41 0.44 0.14
O3' 0.14 0.34 0.03 0.01 0.18 0.04 0.12 0.08 0.17 0.10 0.28 0.32 0.14 0.09 0.10 0.10 0.00 0.10 0.07 0.04 0.24 0.10
O4' 0.00 0.23 0.03 0.02 0.12 0.01 0.02 0.02 0.06 0.18 0.14 0.25 0.04 0.11 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.57 0.63 0.31
O5' 0.07 0.08 0.19 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.10 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.19 0.07 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.61 0.70 0.40 0.02 0.84 0.16 1.08 0.20 1.06 1.23 0.89 0.64 1.20 1.29 0.89 0.41 0.04 0.57 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.56 0.77 0.35 0.27 0.74 0.33 0.76 0.33 0.79 0.67 0.80 0.73 0.77 0.71 0.68 0.44 0.24 0.63 0.02 0.04 0.00 0.02
P 0.24 0.26 0.12 0.08 0.30 0.10 0.38 0.03 0.37 0.45 0.32 0.24 0.42 0.46 0.33 0.14 0.10 0.31 0.01 0.01 0.02 0.00