Doublet Group distance statistics: 55186

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5	A	0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.013
O2	A	0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O4	A	0, 0.013, 0.053, 0.093, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.053 std_dev=0.040
C3'	A	0, -0.004, 0.075, 0.155, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.075 std_dev=0.080
C4'	A	0, 0.029, 0.143, 0.257, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.143 std_dev=0.114
O4'	A	0, -0.011, 0.111, 0.234, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.111 std_dev=0.122
C2'	A	0, 0.056, 0.193, 0.329, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.193 std_dev=0.136
O3'	A	0, 0.028, 0.265, 0.502, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.265 std_dev=0.237
OP2	A	0, 0.097, 0.338, 0.578, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.338 std_dev=0.241
C5'	A	0, 0.100, 0.343, 0.586, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.343 std_dev=0.243
C1'	B	0, 0.090, 0.338, 0.585, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.338 std_dev=0.248
C2'	B	0, 0.057, 0.330, 0.603, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.330 std_dev=0.273
P	A	0, 0.035, 0.316, 0.596, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.316 std_dev=0.281
O2'	A	0, 0.120, 0.413, 0.706, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.413 std_dev=0.293
O3'	B	0, 0.119, 0.428, 0.737, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.428 std_dev=0.309
OP1	A	0, 0.106, 0.446, 0.786, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.446 std_dev=0.340
C3'	B	0, 0.125, 0.482, 0.840, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.482 std_dev=0.358
O2'	B	0, -0.003, 0.358, 0.720, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.358 std_dev=0.362
P	B	0, 0.123, 0.513, 0.902, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.513 std_dev=0.390
OP2	B	0, 0.167, 0.578, 0.989, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.578 std_dev=0.411
O4'	B	0, 0.173, 0.627, 1.080, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.627 std_dev=0.454
O5'	B	0, 0.197, 0.676, 1.155, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.676 std_dev=0.479
C4'	B	0, 0.171, 0.688, 1.206, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.688 std_dev=0.517
OP1	B	0, 0.189, 0.712, 1.236, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.712 std_dev=0.523
N9	B	0, 0.138, 0.688, 1.238, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.688 std_dev=0.550
O5'	A	0, 0.049, 0.615, 1.181, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.615 std_dev=0.566
C4	B	0, 0.096, 0.889, 1.681, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.889 std_dev=0.793
C8	B	0, 0.135, 0.971, 1.807, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.971 std_dev=0.836
N3	B	0, 0.042, 0.920, 1.799, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.920 std_dev=0.878
C5'	B	0, 0.184, 1.137, 2.089, 2.331 max_d=2.331 avg_d=1.137 std_dev=0.953
C5	B	0, 0.081, 1.187, 2.294, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.187 std_dev=1.106
N7	B	0, 0.106, 1.235, 2.363, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.235 std_dev=1.129
C2	B	0, -0.011, 1.228, 2.466, 2.923 max_d=2.923 avg_d=1.228 std_dev=1.238
C6	B	0, 0.027, 1.455, 2.884, 3.396 max_d=3.396 avg_d=1.455 std_dev=1.429
N1	B	0, -0.013, 1.464, 2.941, 3.486 max_d=3.486 avg_d=1.464 std_dev=1.477
N6	B	0, -0.001, 1.762, 3.525, 4.171 max_d=4.171 avg_d=1.762 std_dev=1.763

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.17	0.01	0.00	0.06	0.39	0.05	0.10
C2	0.01	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.00	0.07	0.20	0.02	0.04	0.07	0.34	0.06	0.07
C2'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.05	0.02	0.11	0.02	0.12	0.03	0.01	0.12	0.00	0.06	0.05	0.03	0.46	0.62	0.19	0.40
C3'	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.05	0.04	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.36	0.48	0.02	0.24
C4	0.01	0.01	0.05	0.02	0.00	0.01	0.00	0.08	0.00	0.01	0.01	0.02	0.11	0.19	0.00	0.01	0.15	0.22	0.07	0.05
C4'	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.35	0.16	0.02
C5	0.01	0.01	0.11	0.03	0.00	0.03	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.18	0.16	0.00	0.03	0.17	0.22	0.08	0.05
C5'	0.05	0.06	0.02	0.05	0.08	0.01	0.09	0.00	0.08	0.06	0.06	0.05	0.02	0.07	0.08	0.01	0.01	0.37	0.21	0.01
C6	0.00	0.00	0.12	0.04	0.00	0.03	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.17	0.15	0.00	0.04	0.13	0.31	0.07	0.05
N1	0.00	0.00	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.17	0.01	0.00	0.07	0.36	0.06	0.07
N3	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.20	0.02	0.03	0.11	0.28	0.06	0.05
O2	0.01	0.00	0.12	0.02	0.02	0.03	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00	0.22	0.21	0.03	0.07	0.05	0.36	0.05	0.08
O2'	0.02	0.07	0.00	0.01	0.11	0.02	0.18	0.02	0.17	0.05	0.02	0.22	0.00	0.03	0.11	0.03	0.51	0.66	0.31	0.49
O3'	0.17	0.20	0.06	0.00	0.19	0.01	0.16	0.07	0.15	0.17	0.20	0.21	0.03	0.00	0.19	0.09	0.23	0.43	0.07	0.17
O4	0.01	0.02	0.05	0.02	0.00	0.01	0.00	0.08	0.00	0.01	0.02	0.03	0.11	0.19	0.00	0.01	0.17	0.16	0.08	0.06
O4'	0.00	0.04	0.03	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.04	0.00	0.03	0.07	0.03	0.09	0.01	0.00	0.21	0.31	0.17	0.05
O5'	0.06	0.07	0.46	0.36	0.15	0.02	0.17	0.01	0.13	0.07	0.11	0.05	0.51	0.23	0.17	0.21	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.39	0.34	0.62	0.48	0.22	0.35	0.22	0.37	0.31	0.36	0.28	0.36	0.66	0.43	0.16	0.31	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.05	0.06	0.19	0.02	0.07	0.16	0.08	0.21	0.07	0.06	0.06	0.05	0.31	0.07	0.08	0.17	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.10	0.07	0.40	0.24	0.05	0.02	0.05	0.01	0.05	0.07	0.05	0.08	0.49	0.17	0.06	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.05	0.71	0.08	0.16	0.44	0.14	0.50	0.13	0.66	0.22	0.75	0.55	0.69	0.37	0.24	0.27	0.17	0.09	0.28	0.28	0.27	0.10
C2	0.06	0.90	0.13	0.12	0.50	0.28	0.55	0.29	0.75	0.18	0.91	0.69	0.77	0.36	0.24	0.13	0.16	0.21	0.35	0.34	0.23	0.11
C2'	0.23	0.68	0.25	0.41	0.58	0.24	0.66	0.39	0.75	0.49	0.75	0.57	0.79	0.61	0.45	0.19	0.28	0.24	0.06	0.54	0.06	0.25
C3'	0.08	0.44	0.04	0.27	0.38	0.20	0.50	0.40	0.58	0.37	0.55	0.33	0.65	0.48	0.29	0.36	0.17	0.17	0.10	0.30	0.25	0.09
C4	0.13	0.74	0.11	0.14	0.34	0.47	0.31	0.57	0.50	0.11	0.69	0.57	0.48	0.12	0.11	0.07	0.16	0.40	0.48	0.34	0.22	0.14
C4'	0.17	0.24	0.21	0.15	0.11	0.16	0.17	0.21	0.26	0.04	0.30	0.14	0.30	0.11	0.06	0.47	0.22	0.13	0.36	0.10	0.45	0.23
C5	0.16	0.56	0.08	0.17	0.23	0.47	0.19	0.55	0.33	0.19	0.51	0.44	0.31	0.10	0.10	0.05	0.17	0.40	0.50	0.31	0.24	0.15
C5'	0.44	0.29	0.50	0.31	0.36	0.28	0.32	0.23	0.28	0.38	0.26	0.34	0.25	0.34	0.39	0.64	0.33	0.33	0.52	0.14	0.57	0.36
C6	0.13	0.55	0.08	0.14	0.25	0.35	0.23	0.36	0.37	0.10	0.52	0.43	0.36	0.09	0.08	0.12	0.18	0.29	0.43	0.30	0.25	0.13
N1	0.06	0.73	0.10	0.13	0.41	0.25	0.43	0.24	0.59	0.12	0.73	0.57	0.61	0.27	0.18	0.18	0.17	0.19	0.35	0.32	0.25	0.11
N3	0.08	0.88	0.13	0.11	0.46	0.38	0.47	0.44	0.68	0.10	0.87	0.68	0.69	0.26	0.18	0.06	0.16	0.31	0.41	0.35	0.22	0.12
O2	0.06	1.02	0.14	0.14	0.60	0.23	0.68	0.21	0.91	0.29	1.07	0.77	0.96	0.50	0.32	0.16	0.16	0.15	0.31	0.35	0.24	0.10
O2'	0.64	1.27	0.63	0.67	1.12	0.51	1.22	0.63	1.32	0.98	1.34	1.13	1.36	1.14	0.93	0.18	0.45	0.58	0.37	0.80	0.23	0.54
O3'	0.19	0.68	0.13	0.30	0.57	0.23	0.71	0.42	0.84	0.52	0.83	0.53	0.93	0.67	0.43	0.25	0.17	0.25	0.11	0.27	0.29	0.10
O4	0.15	0.74	0.11	0.17	0.32	0.54	0.28	0.69	0.47	0.17	0.69	0.57	0.45	0.11	0.11	0.13	0.15	0.47	0.52	0.34	0.22	0.15
O4'	0.16	0.43	0.16	0.15	0.19	0.24	0.23	0.19	0.37	0.04	0.47	0.29	0.40	0.11	0.05	0.40	0.25	0.20	0.44	0.10	0.43	0.24
O5'	0.28	0.48	0.27	0.23	0.40	0.19	0.40	0.31	0.44	0.30	0.48	0.44	0.43	0.34	0.34	0.30	0.01	0.25	0.14	0.11	0.22	0.04
OP1	0.07	0.23	0.06	0.09	0.01	0.23	0.13	0.38	0.05	0.35	0.13	0.20	0.12	0.33	0.14	0.15	0.01	0.18	0.62	0.29	0.47	0.44
OP2	0.19	0.39	0.27	0.11	0.42	0.20	0.53	0.42	0.55	0.48	0.48	0.34	0.61	0.56	0.37	0.19	0.00	0.06	0.25	0.09	0.28	0.13
P	0.07	0.09	0.11	0.01	0.07	0.07	0.14	0.16	0.10	0.25	0.05	0.08	0.14	0.24	0.13	0.12	0.00	0.02	0.35	0.07	0.31	0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.17	0.26	0.41	0.05
C2	0.03	0.00	0.11	0.11	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.10	0.15	0.03	0.42	0.16	1.09	0.48
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.04	0.07	0.08	0.12	0.02	0.05	0.01	0.00	0.02	0.00	0.28	0.25	0.42	0.07
C3'	0.02	0.11	0.00	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.03	0.17	0.07	0.11	0.06	0.14	0.06	0.01	0.00	0.01	0.35	0.14	0.40	0.15
C4	0.02	0.00	0.05	0.03	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.04	0.02	0.44	0.23	1.07	0.52
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.02	0.10	0.02	0.04	0.04	0.08	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.45	0.04	0.20
C5	0.02	0.00	0.01	0.06	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.06	0.02	0.56	0.54	1.39	0.78
C5'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.05	0.14	0.03	0.04	0.07	0.12	0.06	0.02	0.01	0.01	0.00	0.13	0.07	0.01
C6	0.02	0.00	0.04	0.03	0.01	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.03	0.02	0.57	0.59	1.49	0.83
C8	0.01	0.00	0.07	0.17	0.00	0.10	0.00	0.14	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.18	0.01	0.56	0.56	1.25	0.76
N1	0.02	0.00	0.08	0.07	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.08	0.09	0.03	0.51	0.39	1.33	0.67
N3	0.03	0.00	0.12	0.11	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.14	0.03	0.37	0.05	0.92	0.36
N6	0.03	0.00	0.02	0.06	0.01	0.04	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.03	0.06	0.03	0.63	0.80	1.69	0.99
N7	0.01	0.01	0.05	0.14	0.00	0.08	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.15	0.01	0.62	0.75	1.54	0.94
N9	0.01	0.00	0.01	0.06	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.06	0.01	0.40	0.18	0.90	0.44
O2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.05	0.02	0.02	0.02	0.04	0.04	0.08	0.10	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.61	0.10	0.24
O3'	0.02	0.15	0.02	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.03	0.18	0.09	0.14	0.06	0.15	0.06	0.01	0.00	0.01	0.28	0.31	0.20	0.07
O4'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.36	0.14	0.14
O5'	0.17	0.42	0.28	0.35	0.44	0.01	0.56	0.00	0.57	0.56	0.51	0.37	0.63	0.62	0.40	0.10	0.28	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00
OP1	0.26	0.16	0.25	0.14	0.23	0.45	0.54	0.13	0.59	0.56	0.39	0.05	0.80	0.75	0.18	0.61	0.31	0.36	0.00	0.00	0.02	0.01
OP2	0.41	1.09	0.42	0.40	1.07	0.04	1.39	0.07	1.49	1.25	1.33	0.92	1.69	1.54	0.90	0.10	0.20	0.14	0.00	0.02	0.00	0.01
P	0.05	0.48	0.07	0.15	0.52	0.20	0.78	0.01	0.83	0.76	0.67	0.36	0.99	0.94	0.44	0.24	0.07	0.14	0.00	0.01	0.01	0.00