ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55187

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.009, 0.039, 0.069, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.030
C3' A 0, 0.019, 0.067, 0.114, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.067 std_dev=0.047
O2 A 0, 0.022, 0.073, 0.125, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.073 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.014, 0.066, 0.119, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.066 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.015, 0.089, 0.163, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.089 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.028, 0.120, 0.211, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.120 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.023, 0.124, 0.226, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.101
O3' A 0, 0.051, 0.174, 0.297, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.174 std_dev=0.123
N3 B 0, 0.052, 0.180, 0.308, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.180 std_dev=0.128
O5' A 0, 0.032, 0.174, 0.316, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.174 std_dev=0.142
OP2 A 0, 0.062, 0.211, 0.360, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.211 std_dev=0.149
P A 0, 0.032, 0.197, 0.362, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.197 std_dev=0.165
C1' B 0, 0.031, 0.207, 0.383, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.207 std_dev=0.176
C4 B 0, 0.072, 0.252, 0.431, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.252 std_dev=0.179
C2 B 0, 0.075, 0.259, 0.444, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.259 std_dev=0.184
O3' B 0, 0.026, 0.236, 0.445, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.236 std_dev=0.209
C5' B 0, 0.036, 0.245, 0.455, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.245 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.060, 0.276, 0.492, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.276 std_dev=0.216
N9 B 0, 0.073, 0.291, 0.509, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.291 std_dev=0.218
OP1 A 0, 0.089, 0.308, 0.526, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.308 std_dev=0.218
O4' B 0, 0.046, 0.267, 0.488, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.267 std_dev=0.221
C4' B 0, 0.038, 0.276, 0.513, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.276 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.098, 0.339, 0.580, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.339 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.053, 0.312, 0.571, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.312 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.041, 0.301, 0.561, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.301 std_dev=0.260
C5 B 0, 0.103, 0.368, 0.633, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.368 std_dev=0.265
O2' B 0, 0.083, 0.355, 0.628, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.355 std_dev=0.273
C6 B 0, 0.113, 0.396, 0.680, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.396 std_dev=0.283
C8 B 0, 0.102, 0.425, 0.747, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.425 std_dev=0.323
N7 B 0, 0.122, 0.470, 0.818, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.470 std_dev=0.348
N6 B 0, 0.140, 0.499, 0.857, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.499 std_dev=0.359
P B 0, 0.116, 0.548, 0.980, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.548 std_dev=0.432
OP2 B 0, 0.377, 1.329, 2.280, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.329 std_dev=0.951
OP1 B 0, 0.484, 1.707, 2.929, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.707 std_dev=1.223

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.08 0.11 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.05 0.10 0.10 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.14 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.08 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.12 0.06 0.02
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.12 0.06 0.02
C5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.11 0.08 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.10 0.10 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.05 0.11 0.08 0.02
O2 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.06 0.10 0.10 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.16 0.03
O3' 0.04 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.08 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.07 0.07 0.02
O4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.14 0.04 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.09 0.09 0.02
O5' 0.04 0.05 0.07 0.08 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.04 0.07 0.12 0.07 0.12 0.07 0.11 0.10 0.11 0.10 0.03 0.07 0.14 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.10 0.14 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.10 0.08 0.10 0.16 0.07 0.04 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.10 0.19 0.26 0.04
C2 0.02 0.07 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.09 0.06 0.07 0.02 0.02 0.08 0.14 0.19 0.03
C2' 0.01 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02 0.09 0.27 0.24 0.06
C3' 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.28 0.29 0.07
C4 0.03 0.07 0.05 0.04 0.08 0.05 0.09 0.05 0.09 0.09 0.08 0.06 0.10 0.10 0.07 0.08 0.01 0.01 0.08 0.09 0.10 0.03
C4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.13 0.22 0.30 0.05
C5 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.03 0.02 0.09 0.10 0.11 0.04
C5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.13 0.23 0.31 0.06
C6 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.04 0.09 0.12 0.18 0.04
N1 0.02 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.06 0.03 0.03 0.08 0.14 0.22 0.03
N3 0.03 0.08 0.05 0.04 0.07 0.05 0.10 0.05 0.10 0.10 0.09 0.06 0.11 0.11 0.07 0.08 0.02 0.01 0.08 0.11 0.14 0.03
O2 0.02 0.08 0.04 0.03 0.07 0.04 0.10 0.05 0.10 0.09 0.09 0.06 0.12 0.11 0.07 0.07 0.02 0.02 0.08 0.15 0.22 0.03
O2' 0.04 0.11 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.10 0.06 0.11 0.09 0.11 0.07 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.30 0.23 0.07
O3' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.07 0.07 0.02 0.08 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.11 0.29 0.29 0.08
O4 0.04 0.08 0.05 0.04 0.09 0.05 0.11 0.04 0.11 0.11 0.09 0.06 0.11 0.12 0.09 0.08 0.01 0.02 0.07 0.06 0.05 0.03
O4' 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.12 0.16 0.29 0.04
O5' 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.08 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.04 0.13 0.22 0.27 0.06
OP1 0.03 0.12 0.05 0.06 0.07 0.04 0.05 0.11 0.07 0.01 0.10 0.10 0.06 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.20 0.19 0.30 0.11
OP2 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.08 0.06 0.11 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.10 0.00 0.05 0.12 0.35 0.32 0.14
P 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.11 0.25 0.26 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.14 0.01 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.09 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.24 0.05 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.22 0.12 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06 0.07 0.02
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.07 0.10 0.03
C5' 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.09 0.04 0.02 0.07 0.09 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.08 0.06 0.11 0.02
C8 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.14 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.11 0.01
N3 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.10 0.06 0.13 0.03
N7 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.11 0.10 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.10 0.05 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.28 0.10 0.03
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.21 0.19 0.03
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.08 0.06 0.04
O5' 0.05 0.02 0.10 0.04 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.14 0.04 0.02 0.10 0.14 0.09 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.14 0.04 0.24 0.22 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.14 0.05 0.03 0.06 0.11 0.10 0.28 0.21 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.09 0.05 0.12 0.07 0.05 0.10 0.10 0.11 0.07 0.11 0.06 0.13 0.10 0.05 0.10 0.19 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00