ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55188

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.014, 0.057, 0.100, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.057 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.017, 0.095, 0.174, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.095 std_dev=0.078
O4 A 0, 0.025, 0.111, 0.197, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.111 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.040, 0.144, 0.248, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.144 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.006, 0.124, 0.242, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.124 std_dev=0.118
C3' A 0, 0.059, 0.201, 0.344, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.201 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.059, 0.222, 0.385, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.222 std_dev=0.163
C5' A 0, 0.059, 0.234, 0.409, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.234 std_dev=0.175
OP2 A 0, 0.090, 0.319, 0.547, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.319 std_dev=0.228
P A 0, 0.086, 0.330, 0.575, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.330 std_dev=0.244
O5' A 0, 0.068, 0.314, 0.559, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.314 std_dev=0.245
OP1 A 0, 0.096, 0.354, 0.612, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.354 std_dev=0.258
C2' B 0, 0.078, 0.345, 0.613, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.345 std_dev=0.267
O2' B 0, 0.056, 0.337, 0.618, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.337 std_dev=0.281
C3' B 0, 0.114, 0.402, 0.690, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.402 std_dev=0.288
O3' A 0, 0.118, 0.418, 0.718, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.418 std_dev=0.300
O3' B 0, 0.090, 0.396, 0.702, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.396 std_dev=0.306
C1' B 0, 0.113, 0.559, 1.005, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.559 std_dev=0.446
C4' B 0, 0.168, 0.645, 1.122, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.645 std_dev=0.477
N9 B 0, 0.186, 0.686, 1.186, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.686 std_dev=0.500
N3 B 0, 0.210, 0.716, 1.223, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.716 std_dev=0.507
C4 B 0, 0.212, 0.732, 1.252, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.732 std_dev=0.520
O4' B 0, 0.153, 0.702, 1.252, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.702 std_dev=0.549
C8 B 0, 0.254, 0.866, 1.479, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.866 std_dev=0.613
C5' B 0, 0.252, 0.865, 1.479, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.865 std_dev=0.614
C5 B 0, 0.261, 0.897, 1.533, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.897 std_dev=0.636
C2 B 0, 0.235, 0.882, 1.529, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.882 std_dev=0.647
N7 B 0, 0.281, 0.968, 1.655, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.968 std_dev=0.687
C6 B 0, 0.277, 1.016, 1.756, 1.739 max_d=1.739 avg_d=1.016 std_dev=0.739
N1 B 0, 0.258, 1.012, 1.766, 1.809 max_d=1.809 avg_d=1.012 std_dev=0.754
N6 B 0, 0.299, 1.175, 2.051, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.175 std_dev=0.876
O5' B 0, 0.121, 1.027, 1.934, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.027 std_dev=0.907
OP2 B 0, 0.401, 1.371, 2.342, 2.098 max_d=2.098 avg_d=1.371 std_dev=0.970
P B 0, 0.204, 1.466, 2.728, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.466 std_dev=1.262
OP1 B 0, 0.590, 2.405, 4.221, 4.386 max_d=4.386 avg_d=2.405 std_dev=1.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.07 0.07 0.08 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.09 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.08 0.08 0.09 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.10 0.07 0.07 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.12 0.07 0.06 0.07
N1 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.07 0.08 0.06
N3 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.08 0.09 0.10 0.08
O2 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.03 0.09 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.10 0.08
O4 0.01 0.02 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.09 0.00 0.01 0.07 0.07 0.08 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.09 0.08
O5' 0.05 0.07 0.02 0.04 0.08 0.02 0.10 0.01 0.12 0.08 0.08 0.06 0.01 0.08 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.07 0.04 0.02 0.08 0.04 0.07 0.03 0.07 0.07 0.09 0.06 0.02 0.05 0.07 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.02 0.06 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.02 0.07 0.06 0.08 0.06 0.04 0.08 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.06 0.11 0.16 0.13 0.15 0.25 0.29 0.24 0.29 0.13 0.07 0.32 0.33 0.18 0.12 0.10 0.14 0.22 0.60 0.55 0.33
C2 0.19 0.35 0.15 0.14 0.13 0.17 0.19 0.37 0.13 0.31 0.15 0.31 0.28 0.35 0.19 0.18 0.06 0.17 0.19 0.74 0.63 0.35
C2' 0.14 0.04 0.10 0.14 0.13 0.13 0.25 0.28 0.25 0.28 0.12 0.08 0.34 0.33 0.17 0.11 0.10 0.12 0.24 0.61 0.57 0.36
C3' 0.09 0.08 0.07 0.11 0.05 0.10 0.17 0.25 0.17 0.21 0.08 0.09 0.25 0.25 0.10 0.10 0.10 0.05 0.27 0.57 0.52 0.38
C4 0.16 0.48 0.15 0.15 0.16 0.24 0.02 0.47 0.20 0.28 0.42 0.37 0.19 0.27 0.14 0.15 0.09 0.19 0.18 0.87 0.72 0.44
C4' 0.08 0.05 0.07 0.10 0.08 0.07 0.18 0.17 0.18 0.20 0.12 0.03 0.25 0.24 0.10 0.09 0.10 0.05 0.29 0.52 0.45 0.35
C5 0.11 0.37 0.11 0.16 0.11 0.26 0.13 0.48 0.22 0.28 0.33 0.29 0.25 0.28 0.08 0.11 0.10 0.18 0.22 0.82 0.70 0.46
C5' 0.05 0.09 0.06 0.04 0.03 0.05 0.11 0.12 0.12 0.13 0.09 0.08 0.17 0.16 0.04 0.07 0.07 0.00 0.34 0.51 0.38 0.40
C6 0.11 0.27 0.10 0.18 0.06 0.23 0.19 0.41 0.20 0.30 0.22 0.21 0.25 0.32 0.13 0.10 0.09 0.17 0.23 0.71 0.63 0.41
N1 0.15 0.23 0.12 0.16 0.05 0.18 0.20 0.35 0.18 0.30 0.13 0.20 0.28 0.33 0.16 0.14 0.08 0.15 0.21 0.68 0.60 0.36
N3 0.19 0.48 0.16 0.15 0.16 0.21 0.11 0.43 0.05 0.31 0.35 0.38 0.17 0.33 0.19 0.18 0.08 0.19 0.18 0.82 0.69 0.40
O2 0.21 0.31 0.16 0.11 0.17 0.14 0.24 0.33 0.20 0.31 0.06 0.30 0.35 0.36 0.21 0.21 0.05 0.17 0.19 0.72 0.62 0.32
O2' 0.17 0.13 0.11 0.13 0.22 0.10 0.32 0.23 0.35 0.31 0.26 0.13 0.44 0.37 0.22 0.13 0.09 0.14 0.24 0.58 0.53 0.33
O3' 0.10 0.03 0.08 0.09 0.09 0.09 0.18 0.22 0.18 0.20 0.09 0.07 0.27 0.25 0.11 0.10 0.10 0.05 0.27 0.53 0.49 0.37
O4 0.18 0.52 0.16 0.15 0.22 0.25 0.12 0.49 0.31 0.26 0.51 0.40 0.25 0.21 0.16 0.16 0.10 0.20 0.15 0.92 0.74 0.46
O4' 0.11 0.07 0.09 0.15 0.09 0.11 0.20 0.22 0.20 0.23 0.13 0.05 0.25 0.26 0.13 0.11 0.11 0.09 0.24 0.52 0.48 0.31
O5' 0.09 0.14 0.12 0.03 0.04 0.06 0.05 0.16 0.07 0.12 0.09 0.14 0.11 0.13 0.05 0.11 0.02 0.03 0.40 0.59 0.42 0.48
OP1 0.04 0.13 0.02 0.03 0.09 0.13 0.13 0.16 0.14 0.12 0.14 0.10 0.17 0.14 0.07 0.06 0.01 0.11 0.46 0.38 0.40 0.50
OP2 0.05 0.25 0.06 0.03 0.16 0.18 0.17 0.30 0.22 0.12 0.24 0.21 0.23 0.16 0.10 0.02 0.00 0.09 0.40 0.65 0.45 0.53
P 0.00 0.15 0.05 0.02 0.09 0.12 0.12 0.17 0.14 0.11 0.15 0.13 0.16 0.14 0.05 0.03 0.01 0.06 0.43 0.51 0.40 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.28 0.26 0.29 0.19
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.35 0.25 0.57 0.25
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.09 0.08 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.17 0.38 0.21 0.09
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.15 0.11 0.15 0.11 0.16 0.13 0.07 0.01 0.01 0.01 0.22 0.44 0.23 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.37 0.23 0.55 0.27
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.13 0.11 0.06 0.14 0.15 0.08 0.07 0.02 0.00 0.02 0.27 0.24 0.02
C5 0.02 0.00 0.07 0.13 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.13 0.02 0.42 0.22 0.68 0.33
C5' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.17 0.01 0.24 0.00 0.25 0.24 0.22 0.14 0.28 0.28 0.15 0.07 0.01 0.03 0.01 0.31 0.30 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.15 0.00 0.12 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.16 0.02 0.42 0.23 0.73 0.34
C8 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.44 0.18 0.62 0.34
N1 0.03 0.00 0.09 0.15 0.01 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.03 0.39 0.24 0.67 0.29
N3 0.03 0.00 0.08 0.11 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.03 0.32 0.25 0.49 0.22
N6 0.01 0.01 0.08 0.16 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.17 0.02 0.45 0.23 0.80 0.37
N7 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.15 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.14 0.02 0.45 0.20 0.74 0.38
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.37 0.22 0.48 0.26
O2' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.37 0.16 0.12
O3' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.11 0.02 0.13 0.01 0.16 0.11 0.16 0.12 0.17 0.14 0.07 0.02 0.00 0.03 0.38 0.48 0.32 0.38
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.31 0.25 0.22 0.25
O5' 0.28 0.35 0.17 0.22 0.37 0.02 0.42 0.01 0.42 0.44 0.39 0.32 0.45 0.45 0.37 0.14 0.38 0.31 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.26 0.25 0.38 0.44 0.23 0.27 0.22 0.31 0.23 0.18 0.24 0.25 0.23 0.20 0.22 0.37 0.48 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.57 0.21 0.23 0.55 0.24 0.68 0.30 0.73 0.62 0.67 0.49 0.80 0.74 0.48 0.16 0.32 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.25 0.09 0.20 0.27 0.02 0.33 0.01 0.34 0.34 0.29 0.22 0.37 0.38 0.26 0.12 0.38 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00