ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55191

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2' B 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C2' B 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
O2 A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O3' B 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C3' B 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C1' B 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
O4' B 0, 0.000, 0.095, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
OP2 A 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
P A 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C4' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C4' B 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C3' A 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
OP1 A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O5' A 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O3' A 0, 0.000, 0.202, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.202 std_dev=0.202
N9 B 0, 0.000, 0.203, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C5' A 0, 0.000, 0.234, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C5' B 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C4 B 0, 0.000, 0.272, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C8 B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C5 B 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348
N7 B 0, 0.000, 0.361, 0.722, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.361 std_dev=0.361
O5' B 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C2 B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C6 B 0, 0.000, 0.421, 0.841, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.421 std_dev=0.421
N1 B 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
N6 B 0, 0.000, 0.472, 0.944, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.472 std_dev=0.472
P B 0, 0.000, 0.504, 1.008, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.504 std_dev=0.504
OP1 B 0, 0.000, 0.571, 1.141, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.571 std_dev=0.571
OP2 B 0, 0.000, 0.605, 1.211, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.605 std_dev=0.605

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.10 0.09 0.05 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.07 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.10 0.08 0.07 0.08
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.09 0.06 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.05 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.10 0.08 0.06 0.07
O2 0.04 0.00 0.09 0.08 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.02 0.03 0.11 0.11 0.06 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.10 0.07
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.11 0.08 0.09 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.04 0.06
O5' 0.05 0.10 0.01 0.03 0.11 0.00 0.10 0.00 0.09 0.08 0.10 0.11 0.02 0.07 0.11 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.09 0.03 0.00 0.08 0.05 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.11 0.02 0.03 0.08 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.02 0.06 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.10 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.07 0.09 0.01 0.07 0.08 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.14 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.04 0.18 0.25 0.22 0.22
C2 0.02 0.08 0.00 0.04 0.03 0.07 0.01 0.11 0.03 0.05 0.06 0.07 0.02 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02 0.14 0.20 0.17 0.17
C2' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.09 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.00 0.15 0.22 0.21 0.19
C3' 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.05 0.02 0.09 0.03 0.04 0.12 0.18 0.19 0.16
C4 0.03 0.08 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02 0.07 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.09 0.11 0.09 0.10
C4' 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.03 0.16 0.24 0.24 0.21
C5 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.01 0.10 0.11 0.10 0.10
C5' 0.07 0.03 0.05 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.03 0.08 0.01 0.10 0.04 0.08 0.11 0.18 0.22 0.16
C6 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.10 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.06 0.03 0.14 0.17 0.16 0.16
N1 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.02 0.12 0.00 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02 0.06 0.03 0.16 0.21 0.18 0.18
N3 0.03 0.10 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.11 0.15 0.12 0.12
O2 0.00 0.08 0.01 0.06 0.03 0.09 0.00 0.15 0.03 0.06 0.06 0.07 0.02 0.06 0.00 0.02 0.07 0.04 0.17 0.25 0.21 0.21
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.10 0.00 0.06 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.16 0.25 0.23 0.21
O3' 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.03 0.09 0.06 0.06 0.10 0.16 0.18 0.14
O4 0.03 0.10 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.01 0.08 0.09 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.09 0.06 0.07
O4' 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.14 0.02 0.09 0.00 0.03 0.02 0.09 0.03 0.05 0.05 0.02 0.19 0.27 0.25 0.23
O5' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.00 0.07 0.09 0.06 0.03 0.07 0.11 0.04 0.01 0.00 0.02 0.10 0.08 0.16 0.11
OP1 0.00 0.07 0.01 0.01 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.05 0.08 0.12 0.05 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.16 0.09
OP2 0.04 0.10 0.04 0.00 0.10 0.02 0.13 0.04 0.13 0.12 0.12 0.09 0.13 0.15 0.08 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.03
P 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.03 0.09 0.03 0.08 0.10 0.08 0.05 0.08 0.12 0.05 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.07
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.08 0.11 0.08
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.06 0.07 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.06 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02
N6 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.11 0.13 0.15 0.12
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.06 0.07 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.05 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01
O5' 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.05 0.05 0.02 0.11 0.06 0.03 0.02 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.06 0.02 0.13 0.07 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.07 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.00 0.11 0.07 0.09 0.05 0.15 0.09 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.06 0.02 0.12 0.07 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00