ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55192

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.000, 0.106, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C2' A 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C3' A 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C5' A 0, 0.000, 0.255, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
O2' A 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
O3' A 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O2' B 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
O5' A 0, 0.000, 0.505, 1.010, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.505
C2' B 0, 0.000, 0.639, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.639 std_dev=0.639
P A 0, 0.000, 0.677, 1.354, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.677 std_dev=0.677
O3' B 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
C1' B 0, 0.000, 0.699, 1.397, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.699 std_dev=0.699
N3 B 0, 0.000, 0.710, 1.420, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.710 std_dev=0.710
OP1 A 0, 0.000, 0.719, 1.438, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.719 std_dev=0.719
C3' B 0, 0.000, 0.722, 1.444, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.722 std_dev=0.722
C2 B 0, 0.000, 0.736, 1.472, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.736 std_dev=0.736
N9 B 0, 0.000, 0.757, 1.514, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.757 std_dev=0.757
C4' B 0, 0.000, 0.765, 1.530, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.765 std_dev=0.765
C4 B 0, 0.000, 0.765, 1.530, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.765 std_dev=0.765
O4' B 0, 0.000, 0.798, 1.596, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.798 std_dev=0.798
C5' B 0, 0.000, 0.807, 1.614, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.807 std_dev=0.807
N1 B 0, 0.000, 0.823, 1.645, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.823 std_dev=0.823
O5' B 0, 0.000, 0.835, 1.669, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.835 std_dev=0.835
C8 B 0, 0.000, 0.837, 1.674, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.837 std_dev=0.837
OP1 B 0, 0.000, 0.837, 1.675, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.837 std_dev=0.837
C5 B 0, 0.000, 0.860, 1.720, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.860 std_dev=0.860
C6 B 0, 0.000, 0.890, 1.781, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.890 std_dev=0.890
N7 B 0, 0.000, 0.908, 1.815, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.908 std_dev=0.908
P B 0, 0.000, 0.930, 1.860, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.930 std_dev=0.930
OP2 A 0, 0.000, 0.954, 1.908, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.954 std_dev=0.954
N6 B 0, 0.000, 0.985, 1.971, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.985 std_dev=0.985
OP2 B 0, 0.000, 0.997, 1.994, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.997 std_dev=0.997

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.09 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.11 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.15 0.09 0.11 0.12
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.19 0.16 0.20 0.19
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.17 0.16 0.16 0.17
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04
N3 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02
O2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.07 0.21 0.13
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.09 0.03
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.12 0.07
O4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.17 0.11 0.14 0.14
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.01
O5' 0.03 0.03 0.01 0.03 0.15 0.00 0.19 0.00 0.17 0.08 0.08 0.05 0.00 0.06 0.17 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.00 0.02 0.00 0.09 0.05 0.16 0.03 0.16 0.07 0.02 0.07 0.06 0.00 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.11 0.11 0.11 0.04 0.20 0.01 0.16 0.01 0.02 0.21 0.09 0.12 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.05 0.06 0.12 0.02 0.19 0.00 0.17 0.04 0.02 0.13 0.03 0.07 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.03 0.09 0.03 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.17 0.07 0.01 0.09 0.05 0.03
C2 0.18 0.11 0.19 0.19 0.14 0.21 0.14 0.19 0.12 0.16 0.11 0.13 0.10 0.15 0.16 0.17 0.28 0.19 0.09 0.18 0.18 0.14
C2' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.05 0.07 0.06 0.06 0.08 0.04 0.08 0.05 0.09 0.05 0.03 0.01 0.15 0.02 0.03 0.08 0.03 0.01
C3' 0.09 0.16 0.08 0.05 0.13 0.00 0.13 0.01 0.15 0.10 0.16 0.15 0.16 0.11 0.11 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.01 0.02
C4 0.20 0.11 0.22 0.25 0.14 0.26 0.12 0.24 0.10 0.16 0.09 0.13 0.07 0.13 0.17 0.20 0.34 0.23 0.11 0.21 0.23 0.18
C4' 0.13 0.17 0.15 0.11 0.16 0.05 0.17 0.02 0.17 0.15 0.17 0.16 0.18 0.16 0.15 0.15 0.02 0.10 0.10 0.03 0.05 0.06
C5 0.14 0.05 0.16 0.21 0.06 0.23 0.03 0.20 0.01 0.06 0.03 0.07 0.01 0.03 0.09 0.17 0.32 0.18 0.06 0.17 0.16 0.13
C5' 0.16 0.20 0.17 0.14 0.19 0.08 0.18 0.04 0.19 0.16 0.20 0.20 0.19 0.17 0.17 0.17 0.03 0.14 0.11 0.03 0.04 0.06
C6 0.10 0.01 0.10 0.14 0.02 0.18 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.14 0.28 0.13 0.02 0.13 0.10 0.08
N1 0.12 0.05 0.12 0.14 0.06 0.17 0.04 0.15 0.02 0.06 0.03 0.06 0.00 0.04 0.08 0.14 0.25 0.14 0.04 0.14 0.12 0.09
N3 0.21 0.13 0.23 0.24 0.17 0.25 0.16 0.23 0.14 0.20 0.13 0.15 0.13 0.18 0.19 0.20 0.32 0.23 0.12 0.21 0.23 0.18
O2 0.19 0.15 0.19 0.18 0.18 0.21 0.18 0.19 0.17 0.20 0.15 0.16 0.16 0.19 0.19 0.16 0.26 0.20 0.10 0.18 0.19 0.15
O2' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.09 0.04 0.11 0.03 0.13 0.09 0.11 0.08 0.15 0.11 0.07 0.01 0.12 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03
O3' 0.16 0.26 0.14 0.11 0.22 0.08 0.22 0.06 0.24 0.17 0.26 0.25 0.24 0.19 0.19 0.14 0.03 0.14 0.13 0.00 0.08 0.09
O4 0.22 0.12 0.24 0.28 0.15 0.28 0.14 0.26 0.11 0.18 0.11 0.14 0.09 0.15 0.19 0.21 0.35 0.25 0.14 0.24 0.27 0.21
O4' 0.02 0.04 0.06 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.07 0.05 0.04 0.09 0.02 0.03 0.08 0.03 0.01
O5' 0.05 0.14 0.04 0.01 0.09 0.05 0.08 0.09 0.11 0.04 0.13 0.12 0.11 0.05 0.06 0.05 0.12 0.01 0.02 0.18 0.12 0.09
OP1 0.10 0.07 0.06 0.10 0.08 0.19 0.07 0.24 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.09 0.05 0.13 0.15 0.15 0.28 0.23 0.21
OP2 0.07 0.05 0.06 0.15 0.00 0.20 0.01 0.27 0.02 0.06 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.24 0.13 0.18 0.38 0.31 0.28
P 0.06 0.03 0.04 0.11 0.01 0.17 0.01 0.22 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.19 0.11 0.13 0.30 0.24 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.07 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02
N6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.03 0.00 0.09 0.07 0.03
O3' 0.04 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.11 0.00 0.01 0.12 0.03 0.01 0.07
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.08 0.04 0.03
O5' 0.00 0.05 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.03 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.09 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.04 0.07 0.02 0.03 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00