ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55194

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2 A 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C2' B 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
O3' B 0, 0.000, 0.733, 1.465, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.733 std_dev=0.733
C3' B 0, 0.000, 0.902, 1.804, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.902 std_dev=0.902
C1' B 0, 0.000, 0.908, 1.816, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.908 std_dev=0.908
O4' B 0, 0.000, 1.191, 2.382, 2.382 max_d=2.382 avg_d=1.191 std_dev=1.191
O4' A 0, 0.000, 1.211, 2.422, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.211 std_dev=1.211
C2' A 0, 0.000, 1.321, 2.643, 2.643 max_d=2.643 avg_d=1.321 std_dev=1.321
N9 B 0, 0.000, 1.324, 2.648, 2.648 max_d=2.648 avg_d=1.324 std_dev=1.324
O2' A 0, 0.000, 1.465, 2.929, 2.929 max_d=2.929 avg_d=1.465 std_dev=1.465
C4' B 0, 0.000, 1.511, 3.023, 3.023 max_d=3.023 avg_d=1.511 std_dev=1.511
C4 B 0, 0.000, 1.628, 3.255, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.628 std_dev=1.628
N3 B 0, 0.000, 1.695, 3.389, 3.389 max_d=3.389 avg_d=1.695 std_dev=1.695
C4' A 0, 0.000, 1.882, 3.764, 3.764 max_d=3.764 avg_d=1.882 std_dev=1.882
C8 B 0, 0.000, 1.930, 3.860, 3.860 max_d=3.860 avg_d=1.930 std_dev=1.930
C3' A 0, 0.000, 2.097, 4.193, 4.193 max_d=4.193 avg_d=2.097 std_dev=2.097
C2 B 0, 0.000, 2.146, 4.291, 4.291 max_d=4.291 avg_d=2.146 std_dev=2.146
C5 B 0, 0.000, 2.245, 4.491, 4.491 max_d=4.491 avg_d=2.245 std_dev=2.245
C5' B 0, 0.000, 2.271, 4.541, 4.541 max_d=4.541 avg_d=2.271 std_dev=2.271
N7 B 0, 0.000, 2.501, 5.001, 5.001 max_d=5.001 avg_d=2.501 std_dev=2.501
N1 B 0, 0.000, 2.537, 5.074, 5.074 max_d=5.074 avg_d=2.537 std_dev=2.537
O5' B 0, 0.000, 2.557, 5.114, 5.114 max_d=5.114 avg_d=2.557 std_dev=2.557
C6 B 0, 0.000, 2.679, 5.357, 5.357 max_d=5.357 avg_d=2.679 std_dev=2.679
OP2 B 0, 0.000, 3.051, 6.101, 6.101 max_d=6.101 avg_d=3.051 std_dev=3.051
O3' A 0, 0.000, 3.113, 6.226, 6.226 max_d=6.226 avg_d=3.113 std_dev=3.113
C5' A 0, 0.000, 3.189, 6.379, 6.379 max_d=6.379 avg_d=3.189 std_dev=3.189
N6 B 0, 0.000, 3.372, 6.745, 6.745 max_d=6.745 avg_d=3.372 std_dev=3.372
P B 0, 0.000, 3.456, 6.913, 6.913 max_d=6.913 avg_d=3.456 std_dev=3.456
O5' A 0, 0.000, 4.052, 8.105, 8.105 max_d=8.105 avg_d=4.052 std_dev=4.052
OP1 B 0, 0.000, 4.665, 9.329, 9.329 max_d=9.329 avg_d=4.665 std_dev=4.665
OP2 A 0, 0.000, 4.834, 9.669, 9.669 max_d=9.669 avg_d=4.834 std_dev=4.834
P A 0, 0.000, 4.989, 9.979, 9.979 max_d=9.979 avg_d=4.989 std_dev=4.989
OP1 A 0, 0.000, 6.070, 12.139, 12.139 max_d=12.139 avg_d=6.070 std_dev=6.070

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.00 0.02 0.04 0.00 0.10 0.30 0.60 0.23
C2 0.05 0.00 0.25 0.07 0.01 0.24 0.02 0.47 0.00 0.01 0.01 0.00 0.32 0.02 0.01 0.25 0.60 0.84 0.50 0.49
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.04 0.03 0.12 0.03 0.19 0.03 0.19 0.43 0.00 0.03 0.04 0.03 0.15 0.03 0.34 0.04
C3' 0.03 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.09 0.08 0.09 0.03 0.01 0.01 0.11 0.01 0.35 0.28 0.03 0.22
C4 0.05 0.01 0.04 0.10 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.17 0.01 0.08 0.01 0.04 0.52 0.41
C4' 0.00 0.24 0.03 0.00 0.01 0.00 0.18 0.00 0.23 0.02 0.19 0.40 0.11 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.54 0.19
C5 0.04 0.02 0.12 0.10 0.00 0.18 0.00 0.30 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.23 0.00 0.31 0.47 0.64 0.90 0.90
C5' 0.02 0.47 0.03 0.01 0.07 0.00 0.30 0.00 0.37 0.06 0.39 0.78 0.11 0.01 0.10 0.01 0.00 0.20 0.19 0.02
C6 0.02 0.00 0.19 0.09 0.00 0.23 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.20 0.00 0.36 0.49 0.56 0.61 0.76
N1 0.03 0.01 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.08 0.20 0.15 0.02
N3 0.05 0.01 0.19 0.09 0.00 0.19 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.09 0.00 0.14 0.45 0.62 0.09 0.20
O2 0.06 0.00 0.43 0.03 0.00 0.40 0.02 0.78 0.01 0.01 0.00 0.00 0.56 0.09 0.01 0.49 1.07 1.52 1.11 1.11
O2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.09 0.11 0.11 0.11 0.17 0.06 0.26 0.56 0.00 0.09 0.09 0.12 0.03 0.30 0.85 0.40
O3' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.17 0.03 0.23 0.01 0.20 0.08 0.09 0.09 0.09 0.00 0.20 0.03 0.48 0.47 0.14 0.29
O4 0.04 0.01 0.04 0.11 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.20 0.00 0.07 0.01 0.06 0.67 0.47
O4' 0.00 0.25 0.03 0.01 0.08 0.00 0.31 0.01 0.36 0.04 0.14 0.49 0.12 0.03 0.07 0.00 0.26 0.40 0.85 0.42
O5' 0.10 0.60 0.15 0.35 0.01 0.01 0.47 0.00 0.49 0.08 0.45 1.07 0.03 0.48 0.01 0.26 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.30 0.84 0.03 0.28 0.04 0.04 0.64 0.20 0.56 0.20 0.62 1.52 0.30 0.47 0.06 0.40 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.60 0.50 0.34 0.03 0.52 0.54 0.90 0.19 0.61 0.15 0.09 1.11 0.85 0.14 0.67 0.85 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.23 0.49 0.04 0.22 0.41 0.19 0.90 0.02 0.76 0.02 0.20 1.11 0.40 0.29 0.47 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.56 0.05 0.47 0.28 0.88 0.02 0.93 0.08 0.24 0.34 0.58 0.10 0.29 0.14 0.15 0.34 0.72 0.94 1.08 0.63 1.05
C2 0.48 0.50 0.01 0.27 0.32 0.83 0.11 0.75 0.14 0.05 0.33 0.53 0.01 0.12 0.25 0.17 0.13 0.80 0.54 0.45 0.25 0.51
C2' 0.98 1.20 0.72 1.12 0.94 1.42 0.71 1.53 0.79 0.44 1.03 1.21 0.64 0.43 0.79 0.41 0.78 1.27 1.72 1.83 1.22 1.80
C3' 0.39 0.55 0.14 0.54 0.38 0.94 0.24 1.31 0.29 0.07 0.44 0.55 0.20 0.07 0.28 0.33 0.03 0.78 1.64 2.01 1.53 2.02
C4 0.55 0.46 0.01 0.04 0.40 0.67 0.28 0.41 0.28 0.23 0.37 0.49 0.20 0.18 0.39 0.15 0.09 0.82 0.03 0.45 0.52 0.32
C4' 0.49 0.33 0.74 0.23 0.55 0.18 0.73 0.58 0.68 0.92 0.49 0.32 0.80 0.94 0.66 1.15 0.56 0.06 0.89 1.52 1.04 1.41
C5 0.55 0.47 0.01 0.04 0.41 0.69 0.29 0.42 0.30 0.22 0.39 0.50 0.22 0.18 0.39 0.15 0.11 0.82 0.02 0.39 0.56 0.30
C5' 1.36 1.25 1.62 1.07 1.40 0.61 1.51 0.05 1.48 1.60 1.36 1.25 1.54 1.61 1.47 2.13 1.40 0.86 0.30 1.16 0.86 1.03
C6 0.50 0.50 0.01 0.20 0.36 0.81 0.19 0.64 0.22 0.04 0.37 0.53 0.10 0.00 0.29 0.16 0.05 0.80 0.36 0.16 0.08 0.22
N1 0.46 0.51 0.01 0.32 0.31 0.85 0.09 0.79 0.14 0.09 0.34 0.54 0.01 0.14 0.22 0.17 0.17 0.78 0.63 0.57 0.29 0.61
N3 0.53 0.48 0.00 0.16 0.36 0.76 0.20 0.59 0.21 0.10 0.35 0.52 0.09 0.04 0.33 0.16 0.02 0.82 0.26 0.01 0.10 0.10
O2 0.44 0.50 0.00 0.31 0.28 0.84 0.04 0.81 0.07 0.14 0.30 0.53 0.10 0.21 0.19 0.19 0.17 0.78 0.67 0.69 0.45 0.72
O2' 1.10 1.47 0.93 1.33 1.10 1.50 0.82 1.63 0.93 0.46 1.24 1.46 0.73 0.45 0.89 0.69 1.05 1.34 1.90 2.15 1.32 2.00
O3' 0.66 0.86 0.49 0.86 0.71 1.21 0.62 1.74 0.67 0.45 0.79 0.84 0.60 0.46 0.61 0.08 0.22 1.05 2.28 2.90 2.13 2.81
O4 0.56 0.43 0.02 0.04 0.42 0.57 0.35 0.24 0.33 0.34 0.38 0.46 0.27 0.29 0.44 0.13 0.16 0.79 0.27 0.86 0.81 0.67
O4' 0.48 0.33 0.79 0.30 0.61 0.14 0.87 0.35 0.80 1.10 0.55 0.31 0.97 1.14 0.74 1.02 0.45 0.09 0.47 0.90 0.48 0.82
O5' 1.66 1.56 1.89 1.46 1.66 1.10 1.72 0.63 1.70 1.77 1.62 1.57 1.73 1.76 1.71 2.39 1.84 1.26 0.23 0.52 0.31 0.46
OP1 2.94 2.97 2.93 2.44 2.98 2.41 2.96 1.88 2.99 2.86 2.98 2.97 2.98 2.89 2.94 3.40 2.49 2.64 1.35 0.56 0.54 0.55
OP2 1.75 1.55 1.76 1.59 1.69 1.65 1.73 1.46 1.69 1.81 1.60 1.59 1.71 1.79 1.76 1.99 1.91 1.69 0.88 0.39 0.66 0.35
P 2.35 2.19 2.43 2.13 2.31 2.00 2.34 1.57 2.31 2.37 2.24 2.22 2.33 2.36 2.35 2.78 2.44 2.11 1.05 0.29 0.50 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.27 0.01 0.13 0.13 0.15 0.13
C2 0.03 0.00 0.43 0.21 0.01 0.24 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.85 0.56 0.42 0.35 0.41 0.35 0.39
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.22 0.01 0.10 0.14 0.19 0.23 0.33 0.43 0.12 0.12 0.00 0.01 0.03 0.02 0.16 0.24 0.17 0.10
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.01 0.25 0.12 0.21 0.05 0.20 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.30 0.02
C4 0.02 0.01 0.22 0.05 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.48 0.35 0.22 0.34 0.35 0.32 0.39
C4' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.06 0.19 0.23 0.09 0.02 0.03 0.17 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.10 0.05 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.23 0.10 0.40 0.39 0.37 0.48
C5' 0.03 0.29 0.14 0.04 0.13 0.01 0.05 0.00 0.12 0.15 0.23 0.27 0.07 0.09 0.01 0.02 0.22 0.02 0.00 0.21 0.09 0.00
C6 0.02 0.00 0.19 0.01 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.48 0.31 0.19 0.42 0.43 0.39 0.52
C8 0.00 0.01 0.23 0.25 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.03 0.21 0.34 0.28 0.31 0.43
N1 0.03 0.00 0.33 0.12 0.01 0.19 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.71 0.46 0.32 0.39 0.44 0.38 0.47
N3 0.03 0.00 0.43 0.21 0.00 0.23 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.82 0.55 0.42 0.31 0.36 0.31 0.34
N6 0.02 0.00 0.12 0.05 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.40 0.24 0.12 0.44 0.45 0.42 0.57
N7 0.00 0.01 0.12 0.20 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.10 0.40 0.35 0.36 0.51
N9 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.19 0.02 0.29 0.26 0.28 0.33
O2' 0.02 0.85 0.01 0.01 0.48 0.17 0.33 0.02 0.48 0.13 0.71 0.82 0.40 0.02 0.12 0.00 0.01 0.09 0.16 0.28 0.24 0.13
O3' 0.27 0.56 0.03 0.00 0.35 0.01 0.23 0.22 0.31 0.03 0.46 0.55 0.24 0.03 0.19 0.01 0.00 0.16 0.13 0.24 0.61 0.22
O4' 0.01 0.42 0.02 0.02 0.22 0.01 0.10 0.02 0.19 0.21 0.32 0.42 0.12 0.10 0.02 0.09 0.16 0.00 0.24 0.31 0.06 0.19
O5' 0.13 0.35 0.16 0.02 0.34 0.01 0.40 0.00 0.42 0.34 0.39 0.31 0.44 0.40 0.29 0.16 0.13 0.24 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.13 0.41 0.24 0.01 0.35 0.14 0.39 0.21 0.43 0.28 0.44 0.36 0.45 0.35 0.26 0.28 0.24 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.35 0.17 0.30 0.32 0.01 0.37 0.09 0.39 0.31 0.38 0.31 0.42 0.36 0.28 0.24 0.61 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.39 0.10 0.02 0.39 0.02 0.48 0.00 0.52 0.43 0.47 0.34 0.57 0.51 0.33 0.13 0.22 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00