ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55195

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O4 A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O2' A 0, 0.000, 0.066, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.000, 0.085, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.085 std_dev=0.085
C4' A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C2' B 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
O4' B 0, 0.000, 0.252, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O3' B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C4' B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C3' B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C5' A 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
OP2 A 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
P A 0, 0.000, 0.336, 0.673, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.336 std_dev=0.336
P B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352
OP1 B 0, 0.000, 0.368, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.368 std_dev=0.368
O2' B 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C5' B 0, 0.000, 0.403, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.403 std_dev=0.403
OP2 B 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
O5' B 0, 0.000, 0.599, 1.198, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.599 std_dev=0.599
N9 B 0, 0.000, 0.606, 1.212, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.606 std_dev=0.606
OP1 A 0, 0.000, 0.667, 1.334, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.667 std_dev=0.667
C8 B 0, 0.000, 0.726, 1.453, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.726 std_dev=0.726
O5' A 0, 0.000, 0.784, 1.567, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.784 std_dev=0.784
C4 B 0, 0.000, 1.068, 2.136, 2.136 max_d=2.136 avg_d=1.068 std_dev=1.068
N7 B 0, 0.000, 1.093, 2.185, 2.185 max_d=2.185 avg_d=1.093 std_dev=1.093
N3 B 0, 0.000, 1.306, 2.612, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.306 std_dev=1.306
C5 B 0, 0.000, 1.321, 2.642, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.321 std_dev=1.321
C2 B 0, 0.000, 1.798, 3.596, 3.596 max_d=3.596 avg_d=1.798 std_dev=1.798
C6 B 0, 0.000, 1.819, 3.637, 3.637 max_d=3.637 avg_d=1.819 std_dev=1.819
N1 B 0, 0.000, 2.051, 4.103, 4.103 max_d=4.103 avg_d=2.051 std_dev=2.051
N6 B 0, 0.000, 2.105, 4.211, 4.211 max_d=4.211 avg_d=2.105 std_dev=2.105

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.36 0.06 0.10
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.20 0.01 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.25 0.35 0.07 0.13
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.23 0.38 0.08 0.13
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.38 0.06 0.08
C5 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02
C5' 0.05 0.10 0.06 0.00 0.16 0.00 0.18 0.00 0.16 0.12 0.13 0.07 0.04 0.06 0.16 0.01 0.00 0.27 0.03 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.10 0.14 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.24 0.00 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.10 0.04 0.03
O2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.11 0.23 0.00 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.26 0.34 0.07 0.13
O3' 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.15 0.40 0.10 0.13
O4 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.43 0.10 0.12
O5' 0.07 0.06 0.25 0.23 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.02 0.07 0.11 0.26 0.15 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.36 0.20 0.35 0.38 0.02 0.38 0.02 0.27 0.14 0.24 0.10 0.23 0.34 0.40 0.03 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.10 0.07 0.10 0.01 0.02 0.00 0.02
P 0.10 0.00 0.13 0.13 0.04 0.08 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.13 0.13 0.05 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.03 0.08 0.15 0.07 0.12 0.08 0.14 0.04 0.15 0.01 0.01 0.05 0.13 0.13 0.15 0.18 0.10 0.06 0.01 0.23 0.01
C2 0.15 0.25 0.04 0.11 0.21 0.07 0.21 0.08 0.23 0.16 0.25 0.23 0.23 0.19 0.18 0.05 0.15 0.06 0.04 0.04 0.24 0.05
C2' 0.16 0.08 0.14 0.20 0.09 0.16 0.13 0.18 0.07 0.23 0.03 0.03 0.09 0.21 0.17 0.24 0.22 0.14 0.04 0.05 0.27 0.05
C3' 0.16 0.34 0.18 0.25 0.05 0.22 0.02 0.26 0.14 0.20 0.29 0.23 0.12 0.13 0.12 0.30 0.25 0.20 0.08 0.05 0.28 0.05
C4 0.15 0.48 0.01 0.04 0.33 0.01 0.32 0.00 0.39 0.16 0.47 0.42 0.39 0.23 0.21 0.07 0.10 0.01 0.13 0.08 0.25 0.08
C4' 0.16 0.37 0.16 0.26 0.11 0.25 0.11 0.29 0.24 0.12 0.36 0.25 0.24 0.02 0.07 0.26 0.26 0.22 0.08 0.04 0.27 0.05
C5 0.15 0.42 0.01 0.05 0.30 0.02 0.29 0.02 0.34 0.16 0.40 0.38 0.34 0.21 0.21 0.08 0.11 0.02 0.13 0.09 0.26 0.09
C5' 0.23 0.43 0.24 0.37 0.15 0.37 0.19 0.42 0.34 0.11 0.44 0.29 0.35 0.03 0.06 0.34 0.36 0.33 0.03 0.10 0.31 0.10
C6 0.15 0.25 0.03 0.09 0.22 0.07 0.21 0.08 0.23 0.16 0.25 0.24 0.23 0.18 0.18 0.00 0.15 0.06 0.06 0.07 0.26 0.07
N1 0.14 0.16 0.05 0.12 0.17 0.09 0.17 0.10 0.17 0.16 0.17 0.16 0.17 0.17 0.16 0.07 0.17 0.08 0.01 0.04 0.25 0.04
N3 0.15 0.39 0.02 0.07 0.28 0.04 0.28 0.04 0.33 0.17 0.39 0.35 0.33 0.21 0.20 0.01 0.12 0.04 0.09 0.06 0.25 0.06
O2 0.14 0.18 0.05 0.12 0.18 0.09 0.18 0.11 0.18 0.16 0.18 0.18 0.19 0.17 0.17 0.08 0.16 0.08 0.01 0.03 0.24 0.04
O2' 0.18 0.06 0.16 0.20 0.20 0.15 0.26 0.17 0.22 0.32 0.13 0.09 0.26 0.33 0.25 0.25 0.22 0.15 0.01 0.07 0.29 0.08
O3' 0.16 0.36 0.19 0.26 0.04 0.22 0.01 0.26 0.14 0.23 0.31 0.23 0.12 0.15 0.13 0.30 0.24 0.20 0.10 0.03 0.27 0.04
O4 0.14 0.60 0.02 0.00 0.38 0.03 0.37 0.05 0.48 0.16 0.58 0.51 0.47 0.25 0.23 0.10 0.06 0.02 0.17 0.08 0.24 0.09
O4' 0.07 0.23 0.03 0.12 0.09 0.10 0.10 0.14 0.17 0.03 0.23 0.16 0.17 0.02 0.01 0.10 0.14 0.08 0.14 0.05 0.17 0.05
O5' 0.36 0.94 0.42 0.13 0.74 0.06 0.76 0.09 0.88 0.49 0.95 0.84 0.88 0.62 0.55 0.34 0.00 0.20 0.33 0.06 0.00 0.17
OP1 0.04 0.38 0.14 0.04 0.25 0.24 0.31 0.39 0.39 0.14 0.42 0.29 0.42 0.24 0.13 0.18 0.00 0.18 0.12 0.25 0.33 0.20
OP2 0.01 0.59 0.06 0.10 0.43 0.26 0.51 0.40 0.62 0.25 0.65 0.47 0.66 0.40 0.24 0.03 0.03 0.19 0.14 0.06 0.20 0.02
P 0.07 0.52 0.17 0.00 0.40 0.14 0.44 0.25 0.53 0.26 0.56 0.43 0.55 0.36 0.26 0.15 0.00 0.06 0.14 0.04 0.16 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01
C2 0.02 0.00 0.16 0.20 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.03 0.22 0.21 0.18 0.18
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.05 0.13 0.16 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.06 0.16 0.07
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.18 0.00 0.20 0.00 0.22 0.13 0.22 0.17 0.22 0.17 0.13 0.00 0.00 0.01 0.29 0.12 0.10 0.15
C4 0.01 0.00 0.09 0.18 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.02 0.28 0.23 0.17 0.21
C4' 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.04 0.01 0.08 0.09 0.05 0.10 0.02 0.01 0.01 0.06 0.25 0.03
C5 0.00 0.01 0.05 0.20 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.14 0.02 0.38 0.36 0.31 0.32
C5' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.16 0.20 0.12 0.06 0.19 0.21 0.12 0.08 0.01 0.01 0.01 0.08 0.25 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.22 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.16 0.03 0.38 0.38 0.36 0.33
C8 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.01 0.43 0.34 0.24 0.34
N1 0.02 0.00 0.13 0.22 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.14 0.03 0.30 0.31 0.29 0.26
N3 0.02 0.00 0.16 0.17 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.19 0.16 0.11 0.14
N6 0.01 0.01 0.06 0.22 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.18 0.03 0.43 0.46 0.46 0.40
N7 0.01 0.01 0.02 0.17 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.14 0.02 0.47 0.43 0.38 0.41
N9 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.28 0.19 0.08 0.20
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.09 0.10 0.12 0.08 0.12 0.11 0.10 0.05 0.14 0.14 0.09 0.00 0.02 0.09 0.19 0.10 0.13 0.10
O3' 0.05 0.11 0.01 0.00 0.10 0.02 0.14 0.01 0.16 0.11 0.14 0.08 0.18 0.14 0.06 0.02 0.00 0.03 0.24 0.16 0.08 0.16
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.09 0.03 0.00 0.08 0.13 0.30 0.11
O5' 0.07 0.22 0.20 0.29 0.28 0.01 0.38 0.01 0.38 0.43 0.30 0.19 0.43 0.47 0.28 0.19 0.24 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.01 0.21 0.06 0.12 0.23 0.06 0.36 0.08 0.38 0.34 0.31 0.16 0.46 0.43 0.19 0.10 0.16 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.18 0.16 0.10 0.17 0.25 0.31 0.25 0.36 0.24 0.29 0.11 0.46 0.38 0.08 0.13 0.08 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.18 0.07 0.15 0.21 0.03 0.32 0.01 0.33 0.34 0.26 0.14 0.40 0.41 0.20 0.10 0.16 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00