ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55207

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 5, 2, 7, 1, 1, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.017, 0.032, 0.046, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.009, 0.054, 0.100, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.054 std_dev=0.046
O3' B 0, 0.118, 0.305, 0.493, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.305 std_dev=0.188
O4' A 0, -0.039, 0.153, 0.345, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.153 std_dev=0.192
C2' A 0, -0.055, 0.165, 0.386, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.165 std_dev=0.220
O2' B 0, 0.115, 0.336, 0.557, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.336 std_dev=0.221
C3' B 0, 0.108, 0.334, 0.559, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.334 std_dev=0.225
C5' A 0, 0.049, 0.334, 0.619, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.334 std_dev=0.285
O4' B 0, 0.092, 0.377, 0.662, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.377 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.063, 0.368, 0.673, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.368 std_dev=0.305
OP1 A 0, 0.074, 0.405, 0.737, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.405 std_dev=0.331
C4' A 0, -0.066, 0.280, 0.625, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.280 std_dev=0.345
P A 0, 0.023, 0.373, 0.723, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.373 std_dev=0.350
C4' B 0, 0.010, 0.397, 0.783, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.397 std_dev=0.386
C3' A 0, -0.151, 0.343, 0.837, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.343 std_dev=0.494
OP2 A 0, -0.038, 0.463, 0.964, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.463 std_dev=0.501
O2' A 0, -0.260, 0.311, 0.881, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.311 std_dev=0.571
C1' B 0, -0.122, 0.542, 1.206, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.542 std_dev=0.664
O5' A 0, -0.176, 0.509, 1.194, 2.490 max_d=2.490 avg_d=0.509 std_dev=0.685
O3' A 0, -0.360, 0.565, 1.491, 3.042 max_d=3.042 avg_d=0.565 std_dev=0.926
C5' B 0, -0.351, 0.647, 1.645, 3.312 max_d=3.312 avg_d=0.647 std_dev=0.998
O5' B 0, -0.375, 0.726, 1.828, 3.929 max_d=3.929 avg_d=0.726 std_dev=1.102
N9 B 0, -0.441, 0.854, 2.149, 4.352 max_d=4.352 avg_d=0.854 std_dev=1.295
C8 B 0, -0.678, 1.123, 2.925, 5.874 max_d=5.874 avg_d=1.123 std_dev=1.802
C4 B 0, -0.736, 1.115, 2.965, 6.145 max_d=6.145 avg_d=1.115 std_dev=1.851
P B 0, -0.825, 1.134, 3.092, 6.473 max_d=6.473 avg_d=1.134 std_dev=1.959
N3 B 0, -0.917, 1.230, 3.376, 7.055 max_d=7.055 avg_d=1.230 std_dev=2.146
OP2 B 0, -0.940, 1.288, 3.515, 7.541 max_d=7.541 avg_d=1.288 std_dev=2.227
OP1 B 0, -1.070, 1.312, 3.695, 7.571 max_d=7.571 avg_d=1.312 std_dev=2.383
C5 B 0, -0.988, 1.402, 3.793, 7.830 max_d=7.830 avg_d=1.402 std_dev=2.391
N7 B 0, -0.981, 1.430, 3.841, 7.817 max_d=7.817 avg_d=1.430 std_dev=2.411
C2 B 0, -1.263, 1.568, 4.399, 9.200 max_d=9.200 avg_d=1.568 std_dev=2.831
C6 B 0, -1.319, 1.729, 4.777, 9.971 max_d=9.971 avg_d=1.729 std_dev=3.048
N1 B 0, -1.406, 1.763, 4.933, 10.343 max_d=10.343 avg_d=1.763 std_dev=3.169
N2 B 0, -1.572, 1.819, 5.210, 10.900 max_d=10.900 avg_d=1.819 std_dev=3.391
O6 B 0, -1.583, 2.038, 5.660, 11.814 max_d=11.814 avg_d=2.038 std_dev=3.622

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.01 0.00 0.05 0.13 0.32 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.16 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.17 0.01 0.03 0.14 0.14 0.16 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.21 0.08 0.01 0.06 0.16 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.09 0.54 0.19
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.28 0.00 0.30 0.03 0.26 0.17 0.22 0.08 0.02 0.00 0.30 0.02 0.26 0.25 0.13 0.16
C4 0.01 0.01 0.02 0.28 0.00 0.11 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.33 0.09 0.00 0.03 0.25 0.16 0.14 0.16
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.07 0.07 0.02 0.24 0.01 0.12 0.01 0.01 0.18 0.24 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.30 0.00 0.13 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.15 0.01 0.06 0.26 0.17 0.14 0.16
C5' 0.08 0.05 0.21 0.03 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.06 0.07 0.05 0.16 0.09 0.01 0.01 0.21 0.32 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.26 0.00 0.12 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.10 0.01 0.06 0.21 0.15 0.13 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.17 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.09 0.01 0.01 0.13 0.14 0.20 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.22 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.29 0.08 0.00 0.02 0.19 0.15 0.11 0.12
O2 0.02 0.00 0.16 0.08 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.31 0.01 0.06 0.10 0.13 0.21 0.07
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.33 0.24 0.31 0.05 0.24 0.17 0.29 0.16 0.00 0.04 0.36 0.17 0.12 0.17 0.56 0.12
O3' 0.26 0.17 0.01 0.00 0.09 0.01 0.15 0.16 0.10 0.09 0.08 0.31 0.04 0.00 0.12 0.18 0.35 0.42 0.11 0.28
O4 0.01 0.01 0.03 0.30 0.00 0.12 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.12 0.00 0.03 0.27 0.17 0.19 0.18
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.17 0.18 0.03 0.00 0.08 0.18 0.24 0.07
O5' 0.05 0.14 0.06 0.26 0.25 0.01 0.26 0.01 0.21 0.13 0.19 0.10 0.12 0.35 0.27 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.14 0.09 0.25 0.16 0.18 0.17 0.21 0.15 0.14 0.15 0.13 0.17 0.42 0.17 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.16 0.54 0.13 0.14 0.24 0.14 0.32 0.13 0.20 0.11 0.21 0.56 0.11 0.19 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.19 0.16 0.16 0.03 0.16 0.01 0.11 0.07 0.12 0.07 0.12 0.28 0.18 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.62 1.43 0.18 0.20 1.06 0.38 1.05 0.91 1.25 0.62 1.42 1.57 1.26 0.79 0.77 0.16 0.15 0.29 0.78 1.25 1.47 0.49 0.97
C2 0.67 1.39 0.23 0.13 1.23 0.37 1.41 0.74 1.59 1.08 1.57 1.35 1.20 1.32 1.01 0.20 0.12 0.28 0.56 1.70 1.10 0.12 0.60
C2' 0.67 1.36 0.25 0.10 1.01 0.20 0.96 0.76 1.14 0.57 1.32 1.52 1.22 0.71 0.75 0.27 0.11 0.38 0.65 1.12 1.37 0.45 0.87
C3' 0.44 1.21 0.12 0.29 0.75 0.27 0.62 0.82 0.82 0.21 1.09 1.47 1.07 0.32 0.46 0.13 0.28 0.28 0.80 0.76 1.49 0.75 1.05
C4 0.55 0.75 0.21 0.08 0.92 0.33 1.22 0.47 1.26 1.21 1.03 0.53 0.65 1.38 0.91 0.20 0.11 0.20 0.30 1.42 0.53 0.57 0.14
C4' 0.53 1.32 0.10 0.22 0.81 0.19 0.64 0.80 0.83 0.20 1.15 1.60 1.19 0.30 0.50 0.09 0.18 0.36 0.81 0.74 1.56 0.82 1.11
C5 0.53 0.58 0.19 0.10 0.74 0.30 0.93 0.45 0.93 0.96 0.77 0.42 0.53 1.05 0.76 0.21 0.12 0.21 0.29 1.03 0.47 0.54 0.14
C5' 0.36 0.85 0.08 0.21 0.43 0.13 0.22 0.69 0.34 0.24 0.64 1.12 0.80 0.22 0.21 0.05 0.14 0.26 0.77 0.24 1.32 0.80 1.00
C6 0.58 0.85 0.19 0.13 0.82 0.33 0.91 0.61 0.97 0.78 0.94 0.80 0.78 0.88 0.74 0.20 0.13 0.25 0.44 1.01 0.77 0.22 0.38
N1 0.64 1.24 0.20 0.15 1.06 0.36 1.15 0.76 1.29 0.85 1.33 1.25 1.10 1.02 0.86 0.19 0.13 0.28 0.59 1.34 1.11 0.15 0.64
N3 0.63 1.14 0.23 0.10 1.15 0.36 1.43 0.61 1.56 1.24 1.41 0.99 0.98 1.48 1.02 0.20 0.11 0.24 0.42 1.72 0.82 0.32 0.35
O2 0.70 1.66 0.24 0.15 1.37 0.39 1.56 0.81 1.80 1.11 1.84 1.68 1.40 1.40 1.07 0.20 0.12 0.30 0.64 1.93 1.31 0.22 0.77
O2' 0.58 1.38 0.20 0.17 0.97 0.39 0.94 1.06 1.15 0.51 1.35 1.56 1.20 0.67 0.68 0.30 0.11 0.21 0.96 1.15 1.82 0.80 1.26
O3' 0.60 1.59 0.08 0.27 1.00 0.18 0.86 0.76 1.11 0.32 1.45 1.92 1.39 0.46 0.63 0.08 0.28 0.44 0.82 1.04 1.68 0.94 1.18
O4 0.48 0.53 0.20 0.07 0.83 0.31 1.21 0.38 1.22 1.31 0.88 0.25 0.45 1.49 0.89 0.19 0.11 0.15 0.23 1.44 0.34 0.79 0.16
O4' 0.59 1.41 0.15 0.25 0.97 0.33 0.87 0.90 1.07 0.41 1.31 1.60 1.27 0.56 0.66 0.13 0.21 0.32 0.83 1.01 1.52 0.64 1.05
O5' 0.60 0.89 0.13 0.08 0.59 0.33 0.38 0.14 0.46 0.13 0.70 1.08 0.88 0.15 0.42 0.10 0.02 0.63 0.19 0.35 0.56 0.18 0.30
OP1 0.08 0.13 0.14 0.03 0.25 0.30 0.55 0.13 0.53 0.71 0.28 0.28 0.15 0.81 0.32 0.07 0.03 0.21 0.22 0.69 0.14 0.20 0.17
OP2 0.09 0.29 0.27 0.08 0.31 0.10 0.48 0.09 0.53 0.41 0.43 0.22 0.21 0.53 0.25 0.18 0.02 0.15 0.14 0.62 0.11 0.33 0.14
P 0.22 0.18 0.10 0.01 0.08 0.20 0.23 0.10 0.23 0.33 0.11 0.31 0.22 0.40 0.09 0.06 0.00 0.28 0.16 0.33 0.17 0.18 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.00 0.18 0.01 0.15 0.37 0.12
C2 0.01 0.00 0.27 0.06 0.00 0.36 0.00 0.61 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.37 0.19 0.47 0.36 0.01 0.39 0.31 0.35
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.14 0.01 0.07 0.19 0.13 0.14 0.22 0.32 0.25 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.24 0.11 0.33 0.85 0.46
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.21 0.27 0.13 0.04 0.04 0.29 0.15 0.01 0.01 0.02 0.04 0.25 0.16 0.57 0.24
C4 0.01 0.00 0.14 0.12 0.00 0.15 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.24 0.27 0.01 0.23 0.18 0.18
C4' 0.00 0.36 0.01 0.00 0.15 0.00 0.05 0.00 0.11 0.25 0.25 0.48 0.35 0.18 0.04 0.22 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.34 0.08
C5 0.01 0.00 0.07 0.22 0.00 0.05 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.07 0.10 0.39 0.01 0.32 0.23 0.28
C5' 0.09 0.61 0.19 0.01 0.33 0.00 0.20 0.00 0.30 0.22 0.49 0.76 0.57 0.15 0.11 0.05 0.19 0.01 0.00 0.23 0.24 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.21 0.00 0.11 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.19 0.35 0.00 0.30 0.25 0.26
C8 0.01 0.01 0.14 0.27 0.00 0.25 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.47 0.09 0.24 0.66 0.01 0.51 0.30 0.47
N1 0.01 0.00 0.22 0.13 0.00 0.25 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.12 0.35 0.30 0.01 0.30 0.19 0.25
N2 0.02 0.00 0.32 0.04 0.01 0.48 0.00 0.76 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.53 0.24 0.56 0.48 0.01 0.55 0.43 0.49
N3 0.01 0.00 0.25 0.04 0.00 0.35 0.00 0.57 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.22 0.47 0.34 0.01 0.36 0.36 0.34
N7 0.00 0.00 0.07 0.29 0.00 0.18 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.10 0.13 0.64 0.01 0.53 0.44 0.51
N9 0.00 0.01 0.02 0.15 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.11 0.01 0.33 0.01 0.24 0.14 0.17
O2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.07 0.22 0.13 0.05 0.04 0.47 0.20 0.53 0.36 0.40 0.15 0.00 0.06 0.13 0.18 0.11 0.26 0.97 0.44
O3' 0.26 0.19 0.03 0.01 0.13 0.01 0.07 0.19 0.07 0.09 0.12 0.24 0.22 0.10 0.11 0.06 0.00 0.18 0.15 0.08 0.18 0.40 0.07
O4' 0.00 0.47 0.01 0.02 0.24 0.00 0.10 0.01 0.19 0.24 0.35 0.56 0.47 0.13 0.01 0.13 0.18 0.00 0.22 0.12 0.24 0.12 0.15
O5' 0.18 0.36 0.24 0.04 0.27 0.01 0.39 0.00 0.35 0.66 0.30 0.48 0.34 0.64 0.33 0.18 0.15 0.22 0.00 0.43 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.11 0.25 0.01 0.07 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.12 0.43 0.00 0.38 0.39 0.35
OP1 0.15 0.39 0.33 0.16 0.23 0.12 0.32 0.24 0.30 0.51 0.30 0.55 0.36 0.53 0.24 0.26 0.18 0.24 0.02 0.38 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.31 0.85 0.57 0.18 0.34 0.23 0.22 0.25 0.30 0.19 0.43 0.36 0.44 0.14 0.97 0.40 0.12 0.01 0.39 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.35 0.46 0.24 0.18 0.08 0.28 0.01 0.26 0.47 0.25 0.49 0.34 0.51 0.17 0.44 0.07 0.15 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00