ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55208

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 6, 6, 2, 0, 0, 1, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.009, 0.015, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.010, 0.015, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.020, 0.032, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.014, 0.043, 0.072, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.043 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.041, 0.081, 0.122, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.081 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.025, 0.072, 0.119, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.072 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.058, 0.117, 0.176, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.117 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.058, 0.134, 0.209, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.134 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.064, 0.140, 0.215, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.140 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.092, 0.190, 0.287, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.190 std_dev=0.097
O3' B 0, 0.094, 0.204, 0.313, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.204 std_dev=0.109
C3' B 0, 0.129, 0.246, 0.363, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.246 std_dev=0.117
O5' A 0, 0.100, 0.218, 0.336, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.218 std_dev=0.118
P A 0, 0.086, 0.208, 0.331, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.208 std_dev=0.123
C5' A 0, 0.084, 0.209, 0.335, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.209 std_dev=0.126
C4' B 0, 0.147, 0.281, 0.416, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.281 std_dev=0.134
O4' B 0, 0.188, 0.327, 0.466, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.327 std_dev=0.139
OP2 A 0, 0.111, 0.252, 0.394, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.252 std_dev=0.141
C1' B 0, 0.209, 0.361, 0.514, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.361 std_dev=0.152
OP1 A 0, 0.095, 0.260, 0.424, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.260 std_dev=0.165
C2' B 0, 0.178, 0.399, 0.620, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.399 std_dev=0.221
C5' B 0, 0.083, 0.362, 0.641, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.362 std_dev=0.279
N9 B 0, 0.184, 0.493, 0.803, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.493 std_dev=0.309
C8 B 0, 0.198, 0.528, 0.859, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.528 std_dev=0.331
O5' B 0, 0.079, 0.415, 0.751, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.415 std_dev=0.336
O2' B 0, 0.136, 0.500, 0.863, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.500 std_dev=0.364
P B 0, -0.003, 0.546, 1.096, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.546 std_dev=0.549
N7 B 0, 0.119, 0.698, 1.276, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.698 std_dev=0.579
C4 B 0, 0.064, 0.682, 1.301, 2.052 max_d=2.052 avg_d=0.682 std_dev=0.618
OP2 B 0, 0.026, 0.668, 1.311, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.668 std_dev=0.642
OP1 B 0, -0.091, 0.570, 1.230, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.570 std_dev=0.660
C5 B 0, 0.028, 0.797, 1.565, 2.484 max_d=2.484 avg_d=0.797 std_dev=0.769
N3 B 0, -0.010, 0.760, 1.530, 2.468 max_d=2.468 avg_d=0.760 std_dev=0.770
C2 B 0, -0.123, 0.963, 2.049, 3.337 max_d=3.337 avg_d=0.963 std_dev=1.086
C6 B 0, -0.095, 1.009, 2.113, 3.417 max_d=3.417 avg_d=1.009 std_dev=1.104
N1 B 0, -0.166, 1.078, 2.322, 3.782 max_d=3.782 avg_d=1.078 std_dev=1.244
N2 B 0, -0.191, 1.086, 2.363, 3.860 max_d=3.860 avg_d=1.086 std_dev=1.277
O6 B 0, -0.138, 1.147, 2.433, 3.948 max_d=3.948 avg_d=1.147 std_dev=1.285

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.09 0.07 0.12 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.08 0.03 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.11 0.08 0.15 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.10 0.08 0.13 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.07 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.07 0.11 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.07 0.10 0.06
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.02 0.10 0.07 0.14 0.08
O2 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.02 0.09 0.08 0.12 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.07 0.09 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
O4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.02 0.11 0.09 0.16 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.06 0.05
O5' 0.04 0.09 0.03 0.03 0.11 0.02 0.10 0.01 0.09 0.07 0.10 0.09 0.03 0.04 0.11 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.06 0.08 0.05 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.05 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.06 0.05 0.15 0.03 0.13 0.02 0.11 0.10 0.14 0.12 0.05 0.06 0.16 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.04 0.04 0.09 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.08 0.08 0.04 0.04 0.10 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.16 0.18 0.15 0.21 0.09 0.12 0.09 0.23 0.12 0.26 0.09 0.09 0.36 0.20 0.61 0.56 0.52
C2 0.10 0.22 0.17 0.08 0.12 0.12 0.07 0.23 0.09 0.11 0.16 0.29 0.20 0.10 0.07 0.32 0.07 0.10 0.34 0.07 0.60 0.49 0.49
C2' 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.16 0.15 0.14 0.24 0.07 0.15 0.09 0.25 0.12 0.23 0.08 0.08 0.35 0.20 0.60 0.59 0.52
C3' 0.06 0.10 0.08 0.08 0.07 0.06 0.14 0.09 0.12 0.26 0.06 0.17 0.09 0.25 0.12 0.17 0.07 0.06 0.29 0.17 0.47 0.53 0.44
C4 0.14 0.45 0.21 0.05 0.28 0.12 0.23 0.22 0.30 0.07 0.40 0.54 0.39 0.12 0.15 0.33 0.06 0.10 0.27 0.28 0.47 0.34 0.37
C4' 0.07 0.07 0.07 0.10 0.14 0.06 0.23 0.08 0.22 0.31 0.14 0.04 0.06 0.32 0.18 0.12 0.08 0.06 0.30 0.28 0.44 0.54 0.44
C5 0.14 0.43 0.21 0.06 0.27 0.10 0.23 0.18 0.29 0.07 0.39 0.51 0.38 0.12 0.15 0.33 0.07 0.08 0.23 0.27 0.41 0.30 0.32
C5' 0.09 0.05 0.10 0.10 0.14 0.05 0.22 0.09 0.20 0.32 0.12 0.03 0.06 0.31 0.19 0.07 0.06 0.05 0.20 0.24 0.20 0.40 0.28
C6 0.12 0.29 0.18 0.07 0.18 0.09 0.13 0.16 0.17 0.09 0.24 0.36 0.27 0.09 0.10 0.30 0.07 0.08 0.26 0.14 0.44 0.36 0.36
N1 0.11 0.20 0.16 0.08 0.11 0.10 0.08 0.19 0.09 0.13 0.14 0.26 0.19 0.12 0.08 0.31 0.08 0.08 0.32 0.09 0.54 0.46 0.45
N3 0.12 0.34 0.19 0.05 0.20 0.13 0.14 0.24 0.19 0.06 0.28 0.42 0.30 0.07 0.11 0.34 0.06 0.11 0.32 0.16 0.55 0.43 0.45
O2 0.10 0.15 0.16 0.09 0.08 0.12 0.08 0.25 0.07 0.14 0.09 0.22 0.15 0.14 0.08 0.32 0.08 0.11 0.37 0.10 0.65 0.55 0.54
O2' 0.09 0.10 0.09 0.13 0.17 0.11 0.28 0.19 0.28 0.33 0.19 0.06 0.09 0.37 0.19 0.21 0.09 0.11 0.41 0.36 0.69 0.72 0.62
O3' 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.06 0.18 0.08 0.15 0.30 0.06 0.15 0.07 0.30 0.15 0.14 0.07 0.06 0.27 0.22 0.42 0.55 0.42
O4 0.14 0.55 0.22 0.05 0.34 0.14 0.31 0.23 0.40 0.10 0.51 0.65 0.47 0.18 0.19 0.32 0.07 0.12 0.25 0.38 0.46 0.31 0.35
O4' 0.08 0.08 0.09 0.11 0.13 0.08 0.20 0.14 0.20 0.25 0.14 0.06 0.08 0.27 0.15 0.20 0.10 0.08 0.34 0.25 0.53 0.53 0.48
O5' 0.03 0.16 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.11 0.05 0.21 0.12 0.23 0.13 0.16 0.08 0.05 0.01 0.05 0.13 0.06 0.16 0.26 0.19
OP1 0.11 0.08 0.19 0.03 0.07 0.12 0.10 0.25 0.07 0.24 0.07 0.11 0.05 0.18 0.15 0.22 0.02 0.09 0.19 0.09 0.28 0.15 0.20
OP2 0.06 0.40 0.08 0.03 0.22 0.03 0.23 0.07 0.32 0.09 0.40 0.47 0.31 0.12 0.07 0.19 0.02 0.04 0.07 0.33 0.08 0.09 0.07
P 0.04 0.22 0.07 0.01 0.09 0.05 0.08 0.13 0.13 0.14 0.20 0.27 0.17 0.08 0.05 0.12 0.01 0.04 0.07 0.13 0.08 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03
C2 0.03 0.00 0.21 0.10 0.00 0.12 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.19 0.23 0.23 0.01 0.25 0.23 0.28
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.02 0.08 0.02 0.12 0.08 0.17 0.24 0.20 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.08 0.08 0.12 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.06 0.08 0.10 0.09
C4 0.01 0.00 0.12 0.05 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.09 0.12 0.17 0.02 0.17 0.17 0.20
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.10 0.04 0.12 0.14 0.11 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.06 0.17 0.02 0.18 0.19 0.21
C5' 0.04 0.29 0.02 0.02 0.20 0.01 0.20 0.00 0.25 0.07 0.29 0.32 0.25 0.12 0.12 0.04 0.03 0.01 0.01 0.26 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.11 0.11 0.21 0.00 0.24 0.23 0.27
C8 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.12 0.07 0.03 0.07 0.08 0.06
N1 0.02 0.00 0.17 0.08 0.01 0.12 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.16 0.19 0.24 0.01 0.27 0.25 0.30
N2 0.04 0.00 0.24 0.12 0.01 0.14 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.23 0.28 0.25 0.02 0.28 0.25 0.31
N3 0.03 0.00 0.20 0.08 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.16 0.22 0.20 0.01 0.21 0.20 0.24
N7 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.07 0.11 0.03 0.12 0.13 0.13
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.02 0.09 0.10 0.10
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.15 0.04 0.11 0.04 0.16 0.06 0.23 0.33 0.26 0.03 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.14 0.07 0.09 0.07
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.09 0.01 0.07 0.03 0.11 0.09 0.16 0.23 0.16 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.09 0.10 0.13 0.15 0.13
O4' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.12 0.00 0.06 0.01 0.11 0.12 0.19 0.28 0.22 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.09 0.07 0.12 0.09
O5' 0.03 0.23 0.07 0.08 0.17 0.01 0.17 0.01 0.21 0.07 0.24 0.25 0.20 0.11 0.10 0.06 0.09 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.06 0.02 0.10 0.02 0.26 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.14 0.10 0.09 0.22 0.00 0.25 0.24 0.28
OP1 0.03 0.25 0.07 0.08 0.17 0.03 0.18 0.04 0.24 0.07 0.27 0.28 0.21 0.12 0.09 0.07 0.13 0.07 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.23 0.11 0.10 0.17 0.02 0.19 0.01 0.23 0.08 0.25 0.25 0.20 0.13 0.10 0.09 0.15 0.12 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.28 0.08 0.09 0.20 0.02 0.21 0.01 0.27 0.06 0.30 0.31 0.24 0.13 0.10 0.07 0.13 0.09 0.01 0.28 0.01 0.00 0.00