Doublet Group distance statistics: 55209

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 3, 7, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3	A	0, -0.003, 0.011, 0.026, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.011 std_dev=0.014
O2	A	0, 0.019, 0.045, 0.070, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.045 std_dev=0.026
O4	A	0, 0.019, 0.096, 0.174, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.096 std_dev=0.078
O2'	B	0, 0.161, 0.310, 0.460, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.310 std_dev=0.149
C2'	B	0, 0.128, 0.292, 0.456, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.292 std_dev=0.164
N3	B	0, 0.133, 0.320, 0.507, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.320 std_dev=0.187
N2	B	0, 0.113, 0.326, 0.539, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.326 std_dev=0.213
C2	B	0, 0.123, 0.346, 0.570, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.346 std_dev=0.223
C1'	B	0, 0.135, 0.363, 0.591, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.363 std_dev=0.228
N9	B	0, 0.168, 0.405, 0.643, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.405 std_dev=0.237
C4	B	0, 0.148, 0.393, 0.637, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.393 std_dev=0.245
C3'	B	0, 0.085, 0.344, 0.603, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.344 std_dev=0.259
O3'	B	0, 0.042, 0.364, 0.685, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.364 std_dev=0.321
N1	B	0, 0.102, 0.437, 0.773, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.437 std_dev=0.335
C8	B	0, 0.148, 0.506, 0.865, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.506 std_dev=0.358
O4'	A	0, -0.096, 0.266, 0.628, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.266 std_dev=0.362
C2'	A	0, -0.092, 0.294, 0.679, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.294 std_dev=0.386
C5	B	0, 0.103, 0.490, 0.877, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.490 std_dev=0.387
O4'	B	0, 0.109, 0.509, 0.910, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.509 std_dev=0.401
C4'	B	0, 0.013, 0.430, 0.847, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.430 std_dev=0.417
C6	B	0, 0.076, 0.521, 0.966, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.521 std_dev=0.445
N7	B	0, 0.102, 0.566, 1.030, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.566 std_dev=0.464
P	A	0, -0.037, 0.482, 1.001, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.482 std_dev=0.519
C5'	B	0, -0.075, 0.455, 0.986, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.455 std_dev=0.531
O6	B	0, 0.058, 0.630, 1.202, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.630 std_dev=0.572
OP2	A	0, -0.056, 0.546, 1.149, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.546 std_dev=0.603
C4'	A	0, -0.168, 0.440, 1.049, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.440 std_dev=0.608
C3'	A	0, -0.152, 0.459, 1.069, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.459 std_dev=0.611
O5'	A	0, -0.096, 0.523, 1.143, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.523 std_dev=0.619
OP1	A	0, 0.007, 0.643, 1.278, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.643 std_dev=0.635
O2'	A	0, -0.245, 0.449, 1.144, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.449 std_dev=0.695
C5'	A	0, -0.156, 0.602, 1.361, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.602 std_dev=0.758
O3'	A	0, -0.235, 0.676, 1.588, 2.730 max_d=2.730 avg_d=0.676 std_dev=0.912
O5'	B	0, -0.003, 1.236, 2.475, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.236 std_dev=1.239
P	B	0, -0.192, 2.004, 4.200, 6.247 max_d=6.247 avg_d=2.004 std_dev=2.196
OP1	B	0, -0.166, 2.076, 4.317, 6.712 max_d=6.712 avg_d=2.076 std_dev=2.241
OP2	B	0, -0.227, 2.584, 5.396, 7.762 max_d=7.762 avg_d=2.584 std_dev=2.812

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.26	0.01	0.00	0.16	0.10	0.21	0.12
C2	0.01	0.00	0.15	0.21	0.01	0.05	0.02	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.12	0.12	0.01	0.07	0.11	0.17	0.20	0.18
C2'	0.01	0.15	0.00	0.01	0.04	0.02	0.10	0.16	0.14	0.02	0.11	0.26	0.00	0.02	0.05	0.02	0.38	0.35	0.55	0.38
C3'	0.02	0.21	0.01	0.00	0.28	0.01	0.25	0.02	0.20	0.16	0.26	0.17	0.02	0.01	0.30	0.01	0.05	0.07	0.10	0.05
C4	0.01	0.01	0.04	0.28	0.00	0.10	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.02	0.27	0.10	0.01	0.02	0.19	0.28	0.36	0.29
C4'	0.01	0.05	0.02	0.01	0.10	0.00	0.12	0.01	0.11	0.07	0.08	0.04	0.26	0.02	0.10	0.00	0.02	0.06	0.04	0.05
C5	0.01	0.02	0.10	0.25	0.01	0.12	0.00	0.10	0.01	0.01	0.02	0.02	0.30	0.13	0.01	0.04	0.17	0.26	0.31	0.27
C5'	0.06	0.04	0.16	0.02	0.09	0.01	0.10	0.00	0.08	0.04	0.07	0.05	0.08	0.18	0.10	0.02	0.01	0.05	0.02	0.02
C6	0.01	0.01	0.14	0.20	0.01	0.11	0.01	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01	0.26	0.09	0.01	0.06	0.10	0.19	0.18	0.18
N1	0.01	0.01	0.02	0.16	0.00	0.07	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.09	0.01	0.01	0.09	0.15	0.16	0.15
N3	0.01	0.00	0.11	0.26	0.01	0.08	0.02	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.20	0.08	0.01	0.05	0.16	0.23	0.29	0.25
O2	0.02	0.01	0.26	0.17	0.02	0.04	0.02	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.23	0.02	0.11	0.11	0.14	0.17	0.15
O2'	0.02	0.12	0.00	0.02	0.27	0.26	0.30	0.08	0.26	0.16	0.20	0.07	0.00	0.04	0.30	0.17	0.30	0.25	0.66	0.35
O3'	0.26	0.12	0.02	0.01	0.10	0.02	0.13	0.18	0.09	0.09	0.08	0.23	0.04	0.00	0.13	0.17	0.22	0.21	0.22	0.22
O4	0.01	0.01	0.05	0.30	0.01	0.10	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.02	0.30	0.13	0.00	0.03	0.23	0.31	0.44	0.33
O4'	0.00	0.07	0.02	0.01	0.02	0.00	0.04	0.02	0.06	0.01	0.05	0.11	0.17	0.17	0.03	0.00	0.09	0.18	0.14	0.16
O5'	0.16	0.11	0.38	0.05	0.19	0.02	0.17	0.01	0.10	0.09	0.16	0.11	0.30	0.22	0.23	0.09	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.10	0.17	0.35	0.07	0.28	0.06	0.26	0.05	0.19	0.15	0.23	0.14	0.25	0.21	0.31	0.18	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.21	0.20	0.55	0.10	0.36	0.04	0.31	0.02	0.18	0.16	0.29	0.17	0.66	0.22	0.44	0.14	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.12	0.18	0.38	0.05	0.29	0.05	0.27	0.02	0.18	0.15	0.25	0.15	0.35	0.22	0.33	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.09	0.17	0.26	0.10	0.39	0.10	0.52	0.08	0.16	0.08	0.12	0.08	0.13	0.14	0.18	0.21	0.32	1.05	0.08	1.75	1.39	1.66
C2	0.19	0.07	0.18	0.29	0.10	0.45	0.10	0.57	0.06	0.16	0.06	0.09	0.08	0.13	0.15	0.21	0.26	0.39	0.88	0.06	1.59	1.34	1.59
C2'	0.22	0.18	0.25	0.13	0.20	0.09	0.20	0.18	0.19	0.21	0.18	0.16	0.19	0.21	0.21	0.42	0.21	0.17	0.76	0.19	1.44	0.95	1.29
C3'	0.11	0.16	0.12	0.15	0.14	0.15	0.16	0.22	0.17	0.13	0.17	0.18	0.14	0.15	0.13	0.13	0.13	0.14	0.70	0.18	1.20	0.87	1.03
C4	0.21	0.06	0.18	0.29	0.12	0.47	0.10	0.54	0.06	0.16	0.06	0.08	0.09	0.12	0.16	0.23	0.30	0.42	0.53	0.06	1.08	0.85	1.13
C4'	0.06	0.08	0.12	0.17	0.06	0.11	0.06	0.22	0.07	0.06	0.08	0.10	0.08	0.06	0.06	0.12	0.14	0.11	0.78	0.07	1.28	0.98	1.10
C5	0.19	0.07	0.17	0.28	0.08	0.45	0.07	0.50	0.05	0.14	0.07	0.11	0.06	0.10	0.14	0.23	0.29	0.40	0.50	0.05	0.95	0.70	1.00
C5'	0.12	0.14	0.07	0.08	0.13	0.18	0.13	0.24	0.13	0.12	0.13	0.14	0.14	0.12	0.13	0.12	0.05	0.21	0.43	0.13	0.67	0.80	0.54
C6	0.17	0.09	0.17	0.28	0.08	0.44	0.08	0.51	0.07	0.14	0.08	0.12	0.07	0.11	0.13	0.21	0.27	0.37	0.70	0.07	1.18	0.90	1.21
N1	0.17	0.08	0.17	0.28	0.09	0.44	0.09	0.54	0.07	0.15	0.07	0.11	0.07	0.12	0.14	0.20	0.25	0.37	0.89	0.07	1.53	1.22	1.51
N3	0.20	0.07	0.18	0.30	0.12	0.47	0.10	0.57	0.07	0.16	0.06	0.08	0.09	0.13	0.16	0.22	0.29	0.41	0.72	0.06	1.38	1.16	1.41
O2	0.18	0.07	0.18	0.28	0.11	0.44	0.11	0.57	0.08	0.17	0.07	0.09	0.09	0.14	0.16	0.21	0.25	0.38	0.98	0.07	1.79	1.55	1.76
O2'	0.21	0.34	0.22	0.09	0.28	0.25	0.28	0.43	0.31	0.23	0.34	0.37	0.31	0.25	0.24	0.47	0.16	0.22	1.06	0.32	1.84	1.36	1.65
O3'	0.13	0.10	0.22	0.24	0.13	0.15	0.16	0.23	0.16	0.17	0.13	0.09	0.10	0.18	0.14	0.27	0.22	0.10	0.74	0.17	1.26	1.01	1.05
O4	0.23	0.10	0.18	0.29	0.16	0.47	0.14	0.54	0.11	0.18	0.10	0.08	0.15	0.15	0.19	0.24	0.30	0.43	0.41	0.10	0.91	0.71	0.97
O4'	0.15	0.13	0.23	0.34	0.10	0.34	0.11	0.46	0.11	0.16	0.12	0.17	0.11	0.14	0.13	0.18	0.28	0.24	1.04	0.11	1.64	1.29	1.52
O5'	0.03	0.08	0.05	0.04	0.06	0.10	0.08	0.15	0.09	0.08	0.08	0.12	0.07	0.10	0.05	0.12	0.02	0.10	0.27	0.10	0.45	0.73	0.31
OP1	0.14	0.21	0.20	0.05	0.19	0.16	0.21	0.26	0.22	0.20	0.22	0.22	0.19	0.22	0.18	0.38	0.03	0.05	0.18	0.24	0.59	1.35	0.51
OP2	0.27	0.41	0.15	0.04	0.36	0.04	0.38	0.06	0.40	0.33	0.41	0.43	0.37	0.37	0.32	0.22	0.02	0.20	0.12	0.42	0.53	0.97	0.23
P	0.14	0.21	0.12	0.02	0.18	0.06	0.20	0.12	0.21	0.18	0.21	0.23	0.19	0.20	0.16	0.22	0.01	0.07	0.08	0.22	0.37	0.93	0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.07	0.02	0.01	0.03	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.06	0.01	0.42	0.02	0.35	0.50	0.22
C2	0.03	0.00	0.06	0.05	0.01	0.17	0.01	0.19	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.18	0.12	0.17	0.29	0.01	0.21	0.25	0.26
C2'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.05	0.01	0.05	0.07	0.06	0.03	0.06	0.07	0.07	0.04	0.03	0.00	0.03	0.03	0.51	0.06	0.64	1.00	0.57
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.05	0.03	0.08	0.05	0.04	0.02	0.01	0.01	0.01	0.17	0.02	0.38	0.73	0.25
C4	0.02	0.01	0.05	0.02	0.00	0.08	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.10	0.09	0.09	0.47	0.01	0.33	0.46	0.25
C4'	0.01	0.17	0.01	0.01	0.08	0.00	0.06	0.01	0.08	0.11	0.13	0.21	0.15	0.09	0.04	0.01	0.02	0.01	0.03	0.08	0.14	0.17	0.20
C5	0.01	0.01	0.05	0.02	0.00	0.06	0.00	0.20	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.09	0.06	0.61	0.01	0.50	0.69	0.43
C5'	0.07	0.19	0.07	0.02	0.14	0.01	0.20	0.00	0.19	0.30	0.17	0.24	0.17	0.29	0.16	0.06	0.02	0.04	0.01	0.22	0.38	0.20	0.03
C6	0.02	0.01	0.06	0.02	0.01	0.08	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.10	0.09	0.56	0.01	0.42	0.63	0.37
C8	0.01	0.02	0.03	0.05	0.01	0.11	0.01	0.30	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.12	0.07	0.07	0.78	0.01	0.77	0.99	0.73
N1	0.03	0.01	0.06	0.03	0.01	0.13	0.01	0.17	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.15	0.11	0.14	0.41	0.01	0.25	0.42	0.24
N2	0.04	0.01	0.07	0.08	0.01	0.21	0.01	0.24	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.22	0.14	0.20	0.19	0.02	0.33	0.26	0.41
N3	0.03	0.01	0.07	0.05	0.00	0.15	0.01	0.17	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.18	0.11	0.16	0.29	0.02	0.18	0.21	0.20
N7	0.01	0.01	0.04	0.04	0.00	0.09	0.00	0.29	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.10	0.08	0.05	0.77	0.01	0.75	0.98	0.70
N9	0.00	0.02	0.03	0.02	0.01	0.04	0.01	0.16	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.04	0.07	0.03	0.57	0.01	0.49	0.63	0.39
O2'	0.01	0.18	0.00	0.01	0.10	0.01	0.08	0.06	0.10	0.12	0.15	0.22	0.18	0.10	0.04	0.00	0.05	0.01	0.50	0.10	0.69	1.24	0.65
O3'	0.06	0.12	0.03	0.01	0.09	0.02	0.09	0.02	0.10	0.07	0.11	0.14	0.11	0.08	0.07	0.05	0.00	0.07	0.09	0.10	0.31	0.56	0.13
O4'	0.01	0.17	0.03	0.01	0.09	0.01	0.06	0.04	0.09	0.07	0.14	0.20	0.16	0.05	0.03	0.01	0.07	0.00	0.29	0.08	0.16	0.12	0.11
O5'	0.42	0.29	0.51	0.17	0.47	0.03	0.61	0.01	0.56	0.78	0.41	0.19	0.29	0.77	0.57	0.50	0.09	0.29	0.00	0.62	0.04	0.02	0.01
O6	0.02	0.01	0.06	0.02	0.01	0.08	0.01	0.22	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.10	0.10	0.08	0.62	0.00	0.51	0.75	0.47
OP1	0.35	0.21	0.64	0.38	0.33	0.14	0.50	0.38	0.42	0.77	0.25	0.33	0.18	0.75	0.49	0.69	0.31	0.16	0.04	0.51	0.00	0.01	0.01
OP2	0.50	0.25	1.00	0.73	0.46	0.17	0.69	0.20	0.63	0.99	0.42	0.26	0.21	0.98	0.63	1.24	0.56	0.12	0.02	0.75	0.01	0.00	0.01
P	0.22	0.26	0.57	0.25	0.25	0.20	0.43	0.03	0.37	0.73	0.24	0.41	0.20	0.70	0.39	0.65	0.13	0.11	0.01	0.47	0.01	0.01	0.00