ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55210

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 2, 3, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.017, 0.024, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.016, 0.026, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.025, 0.040, 0.056, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.040 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.022, 0.046, 0.069, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.046 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.011, 0.049, 0.088, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.049 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.112, 0.232, 0.352, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.232 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.050, 0.231, 0.412, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.231 std_dev=0.181
C4' A 0, 0.132, 0.336, 0.540, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.336 std_dev=0.204
C3' A 0, 0.282, 0.545, 0.807, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.545 std_dev=0.263
O2' A 0, 0.111, 0.456, 0.801, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.456 std_dev=0.345
C5' A 0, 0.164, 0.536, 0.909, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.536 std_dev=0.372
C2' B 0, 0.222, 0.602, 0.982, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.602 std_dev=0.380
O2' B 0, 0.471, 0.869, 1.267, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.869 std_dev=0.398
O3' A 0, 0.672, 1.198, 1.723, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.198 std_dev=0.525
C3' B 0, 0.680, 1.311, 1.942, 2.266 max_d=2.266 avg_d=1.311 std_dev=0.631
O3' B 0, 0.937, 1.666, 2.395, 2.662 max_d=2.662 avg_d=1.666 std_dev=0.729
C4' B 0, 0.744, 1.532, 2.320, 2.925 max_d=2.925 avg_d=1.532 std_dev=0.788
O5' A 0, 1.453, 2.265, 3.077, 3.627 max_d=3.627 avg_d=2.265 std_dev=0.812
N3 B 0, 0.676, 1.496, 2.317, 2.856 max_d=2.856 avg_d=1.496 std_dev=0.820
C1' B 0, 0.173, 1.072, 1.972, 3.043 max_d=3.043 avg_d=1.072 std_dev=0.899
C5' B 0, 1.265, 2.191, 3.116, 3.507 max_d=3.507 avg_d=2.191 std_dev=0.926
C4 B 0, 0.779, 1.720, 2.661, 3.019 max_d=3.019 avg_d=1.720 std_dev=0.941
O5' B 0, 1.309, 2.293, 3.277, 3.578 max_d=3.578 avg_d=2.293 std_dev=0.984
O4' B 0, 0.424, 1.422, 2.421, 3.473 max_d=3.473 avg_d=1.422 std_dev=0.999
C2 B 0, 0.869, 1.959, 3.049, 3.863 max_d=3.863 avg_d=1.959 std_dev=1.090
N2 B 0, 1.379, 2.527, 3.675, 4.426 max_d=4.426 avg_d=2.527 std_dev=1.148
P A 0, 2.672, 3.850, 5.028, 5.628 max_d=5.628 avg_d=3.850 std_dev=1.178
N9 B 0, 0.454, 1.646, 2.837, 4.246 max_d=4.246 avg_d=1.646 std_dev=1.191
P B 0, 1.466, 2.698, 3.930, 4.731 max_d=4.731 avg_d=2.698 std_dev=1.232
N1 B 0, 1.121, 2.365, 3.609, 4.652 max_d=4.652 avg_d=2.365 std_dev=1.244
OP1 A 0, 2.917, 4.171, 5.425, 6.267 max_d=6.267 avg_d=4.171 std_dev=1.254
OP2 B 0, 1.606, 2.946, 4.286, 5.211 max_d=5.211 avg_d=2.946 std_dev=1.340
OP1 B 0, 1.442, 2.852, 4.262, 5.238 max_d=5.238 avg_d=2.852 std_dev=1.410
OP2 A 0, 3.453, 4.901, 6.349, 6.896 max_d=6.896 avg_d=4.901 std_dev=1.448
C6 B 0, 1.230, 2.685, 4.141, 4.820 max_d=4.820 avg_d=2.685 std_dev=1.456
C5 B 0, 0.915, 2.385, 3.855, 5.023 max_d=5.023 avg_d=2.385 std_dev=1.470
O6 B 0, 1.390, 3.274, 5.158, 5.936 max_d=5.936 avg_d=3.274 std_dev=1.884
C8 B 0, 0.517, 2.433, 4.348, 6.919 max_d=6.919 avg_d=2.433 std_dev=1.916
N7 B 0, 0.739, 2.830, 4.921, 7.480 max_d=7.480 avg_d=2.830 std_dev=2.091

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.03 0.00 0.12 0.19 0.38 0.16
C2 0.03 0.00 0.06 0.15 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.13 0.02 0.03 0.33 0.38 0.52 0.33
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.10 0.02 0.13 0.05 0.13 0.06 0.07 0.12 0.00 0.05 0.10 0.01 0.28 0.34 0.33 0.25
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.21 0.01 0.21 0.02 0.18 0.13 0.19 0.15 0.02 0.01 0.22 0.02 0.34 0.39 0.23 0.27
C4 0.02 0.01 0.10 0.21 0.00 0.15 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.24 0.01 0.04 0.50 0.57 0.66 0.51
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.15 0.00 0.17 0.00 0.16 0.08 0.10 0.06 0.14 0.02 0.15 0.00 0.01 0.15 0.27 0.06
C5 0.01 0.01 0.13 0.21 0.01 0.17 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.01 0.05 0.52 0.54 0.63 0.50
C5' 0.03 0.13 0.05 0.02 0.27 0.00 0.30 0.00 0.25 0.14 0.20 0.08 0.09 0.09 0.29 0.01 0.01 0.11 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.18 0.01 0.16 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.20 0.01 0.05 0.43 0.40 0.51 0.37
N1 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.10 0.02 0.03 0.30 0.32 0.47 0.28
N3 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.19 0.02 0.03 0.42 0.49 0.60 0.43
O2 0.05 0.01 0.12 0.15 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.18 0.16 0.04 0.06 0.27 0.34 0.48 0.28
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.22 0.14 0.20 0.09 0.16 0.13 0.22 0.18 0.00 0.11 0.24 0.10 0.10 0.26 0.30 0.13
O3' 0.07 0.13 0.05 0.01 0.24 0.02 0.25 0.09 0.20 0.10 0.19 0.16 0.11 0.00 0.27 0.04 0.33 0.51 0.27 0.34
O4 0.03 0.02 0.10 0.22 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.02 0.02 0.04 0.24 0.27 0.00 0.04 0.54 0.64 0.72 0.56
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.10 0.04 0.04 0.00 0.15 0.15 0.45 0.23
O5' 0.12 0.33 0.28 0.34 0.50 0.01 0.52 0.01 0.43 0.30 0.42 0.27 0.10 0.33 0.54 0.15 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.19 0.38 0.34 0.39 0.57 0.15 0.54 0.11 0.40 0.32 0.49 0.34 0.26 0.51 0.64 0.15 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.52 0.33 0.23 0.66 0.27 0.63 0.28 0.51 0.47 0.60 0.48 0.30 0.27 0.72 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.33 0.25 0.27 0.51 0.06 0.50 0.01 0.37 0.28 0.43 0.28 0.13 0.34 0.56 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.75 1.09 0.31 0.23 1.17 0.30 1.51 0.35 1.52 1.53 1.28 1.09 0.96 1.73 1.14 0.36 0.22 0.63 0.37 1.69 0.39 0.87 0.50
C2 0.53 0.96 0.28 0.26 1.02 0.28 1.41 0.46 1.55 1.24 1.29 0.88 0.78 1.52 0.90 0.38 0.22 0.51 0.42 1.77 0.49 1.00 0.61
C2' 0.69 1.02 0.32 0.32 1.04 0.25 1.37 0.33 1.40 1.41 1.19 1.08 0.88 1.60 1.02 0.40 0.30 0.55 0.29 1.60 0.33 0.73 0.37
C3' 0.53 0.79 0.20 0.26 0.77 0.16 0.99 0.22 1.01 1.05 0.88 0.88 0.69 1.17 0.76 0.37 0.33 0.34 0.27 1.15 0.34 0.46 0.21
C4 0.38 0.51 0.30 0.37 0.59 0.38 0.88 0.59 0.91 0.86 0.64 0.74 0.44 1.03 0.59 0.40 0.34 0.42 0.51 1.07 0.66 1.08 0.73
C4' 0.65 0.86 0.22 0.14 0.87 0.12 1.07 0.11 1.06 1.17 0.93 0.94 0.78 1.25 0.88 0.34 0.22 0.44 0.23 1.17 0.34 0.54 0.25
C5 0.37 0.45 0.31 0.38 0.50 0.38 0.69 0.54 0.65 0.75 0.47 0.63 0.42 0.83 0.53 0.43 0.34 0.40 0.45 0.74 0.57 0.98 0.64
C5' 0.49 0.68 0.27 0.25 0.61 0.25 0.69 0.30 0.70 0.72 0.67 0.76 0.63 0.76 0.58 0.40 0.32 0.29 0.28 0.75 0.42 0.38 0.25
C6 0.42 0.57 0.29 0.29 0.70 0.28 0.89 0.41 0.90 0.82 0.73 0.51 0.53 0.95 0.64 0.44 0.26 0.38 0.36 0.98 0.43 0.90 0.53
N1 0.56 0.90 0.29 0.24 1.00 0.26 1.31 0.39 1.36 1.20 1.13 0.81 0.78 1.41 0.91 0.40 0.21 0.49 0.37 1.50 0.42 0.92 0.54
N3 0.42 0.71 0.28 0.31 0.81 0.32 1.18 0.54 1.32 1.02 1.05 0.68 0.58 1.27 0.72 0.39 0.27 0.44 0.48 1.54 0.60 1.07 0.70
O2 0.61 1.15 0.28 0.24 1.15 0.29 1.62 0.46 1.79 1.45 1.51 1.14 0.91 1.78 1.04 0.34 0.20 0.58 0.43 2.09 0.47 1.01 0.61
O2' 0.85 1.23 0.32 0.23 1.24 0.29 1.64 0.31 1.67 1.74 1.43 1.34 1.05 1.95 1.24 0.34 0.19 0.71 0.30 1.92 0.33 0.79 0.40
O3' 0.54 0.82 0.20 0.26 0.75 0.20 0.96 0.29 0.98 1.04 0.88 0.97 0.71 1.15 0.74 0.36 0.36 0.33 0.34 1.12 0.45 0.31 0.25
O4 0.42 0.60 0.30 0.42 0.54 0.45 0.85 0.68 0.82 0.93 0.54 1.01 0.47 1.10 0.61 0.39 0.39 0.47 0.59 1.02 0.79 1.16 0.83
O4' 0.76 0.96 0.29 0.23 1.06 0.29 1.30 0.29 1.27 1.41 1.08 0.98 0.88 1.50 1.08 0.31 0.27 0.60 0.38 1.38 0.42 0.81 0.47
O5' 0.56 0.52 0.29 0.18 0.48 0.18 0.49 0.17 0.47 0.61 0.48 0.61 0.51 0.57 0.53 0.49 0.14 0.38 0.26 0.48 0.33 0.44 0.27
OP1 0.35 0.42 0.20 0.24 0.26 0.26 0.27 0.47 0.30 0.35 0.36 0.54 0.38 0.35 0.25 0.35 0.26 0.24 0.48 0.33 0.70 0.57 0.55
OP2 0.32 0.66 0.37 0.23 0.45 0.22 0.49 0.38 0.55 0.49 0.61 0.78 0.60 0.56 0.34 0.80 0.17 0.20 0.51 0.59 0.58 0.58 0.51
P 0.37 0.42 0.24 0.24 0.29 0.21 0.28 0.32 0.30 0.32 0.36 0.51 0.40 0.32 0.26 0.47 0.25 0.23 0.40 0.31 0.49 0.49 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02 0.06 0.10 0.09 0.01 0.01 0.03 0.25 0.00 0.26 0.03 0.23 0.31 0.23
C2 0.08 0.00 0.28 0.27 0.02 0.28 0.01 0.60 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.34 0.23 0.21 0.41 0.01 0.65 0.98 0.65
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.14 0.02 0.06 0.16 0.10 0.18 0.19 0.35 0.29 0.14 0.03 0.00 0.03 0.02 0.30 0.09 0.31 0.60 0.34
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.16 0.01 0.23 0.03 0.21 0.40 0.21 0.37 0.27 0.38 0.19 0.02 0.01 0.03 0.27 0.25 0.25 0.42 0.25
C4 0.04 0.02 0.14 0.16 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.29 0.13 0.11 0.36 0.02 0.24 0.38 0.26
C4' 0.01 0.28 0.02 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.09 0.31 0.18 0.39 0.28 0.26 0.09 0.27 0.04 0.01 0.02 0.10 0.15 0.32 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.23 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.09 0.04 0.67 0.02 0.59 0.59 0.60
C5' 0.05 0.60 0.16 0.03 0.22 0.01 0.15 0.00 0.20 0.51 0.41 0.82 0.57 0.43 0.12 0.11 0.18 0.02 0.01 0.19 0.29 0.34 0.02
C6 0.04 0.01 0.10 0.21 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.40 0.12 0.08 0.56 0.01 0.44 0.48 0.45
C8 0.02 0.02 0.18 0.40 0.01 0.31 0.01 0.51 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.33 0.16 0.18 1.14 0.04 1.16 1.18 1.18
N1 0.06 0.00 0.19 0.21 0.02 0.18 0.01 0.41 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.36 0.17 0.15 0.34 0.01 0.36 0.59 0.36
N2 0.10 0.00 0.35 0.37 0.02 0.39 0.02 0.82 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.36 0.30 0.26 0.69 0.01 1.10 1.48 1.08
N3 0.09 0.01 0.29 0.27 0.00 0.28 0.01 0.57 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.31 0.24 0.22 0.37 0.02 0.55 0.90 0.58
N7 0.01 0.02 0.14 0.38 0.01 0.26 0.00 0.43 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.40 0.16 0.11 1.11 0.04 1.15 1.21 1.17
N9 0.01 0.03 0.03 0.19 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.21 0.10 0.01 0.57 0.03 0.51 0.47 0.51
O2' 0.03 0.34 0.00 0.02 0.29 0.27 0.37 0.11 0.40 0.33 0.36 0.36 0.31 0.40 0.21 0.00 0.06 0.19 0.26 0.46 0.32 0.68 0.34
O3' 0.25 0.23 0.03 0.01 0.13 0.04 0.09 0.18 0.12 0.16 0.17 0.30 0.24 0.16 0.10 0.06 0.00 0.14 0.23 0.13 0.26 0.34 0.21
O4' 0.00 0.21 0.02 0.03 0.11 0.01 0.04 0.02 0.08 0.18 0.15 0.26 0.22 0.11 0.01 0.19 0.14 0.00 0.32 0.07 0.38 0.38 0.35
O5' 0.26 0.41 0.30 0.27 0.36 0.02 0.67 0.01 0.56 1.14 0.34 0.69 0.37 1.11 0.57 0.26 0.23 0.32 0.00 0.71 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.01 0.09 0.25 0.02 0.10 0.02 0.19 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.46 0.13 0.07 0.71 0.00 0.65 0.68 0.65
OP1 0.23 0.65 0.31 0.25 0.24 0.15 0.59 0.29 0.44 1.16 0.36 1.10 0.55 1.15 0.51 0.32 0.26 0.38 0.02 0.65 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.98 0.60 0.42 0.38 0.32 0.59 0.34 0.48 1.18 0.59 1.48 0.90 1.21 0.47 0.68 0.34 0.38 0.03 0.68 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.65 0.34 0.25 0.26 0.06 0.60 0.02 0.45 1.18 0.36 1.08 0.58 1.17 0.51 0.34 0.21 0.35 0.01 0.65 0.01 0.01 0.00