ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55214

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.017, 0.048, 0.079, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.048 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.018, 0.051, 0.084, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.051 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.089, 0.232, 0.375, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.232 std_dev=0.143
O4' A 0, 0.045, 0.191, 0.337, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.191 std_dev=0.146
C4' A 0, 0.134, 0.320, 0.506, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.320 std_dev=0.186
O2' A 0, 0.134, 0.328, 0.523, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.328 std_dev=0.195
C3' A 0, 0.141, 0.365, 0.589, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.365 std_dev=0.224
C2' B 0, 0.288, 0.519, 0.750, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.519 std_dev=0.231
C3' B 0, 0.217, 0.450, 0.683, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.450 std_dev=0.233
C4' B 0, 0.420, 0.688, 0.955, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.688 std_dev=0.268
O3' B 0, 0.376, 0.652, 0.928, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.652 std_dev=0.276
C1' B 0, 0.323, 0.615, 0.907, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.615 std_dev=0.292
O4' B 0, 0.447, 0.750, 1.052, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.750 std_dev=0.303
C5' A 0, 0.196, 0.524, 0.852, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.524 std_dev=0.328
P A 0, 0.227, 0.581, 0.935, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.581 std_dev=0.354
O3' A 0, 0.227, 0.581, 0.935, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.581 std_dev=0.354
N9 B 0, 0.193, 0.578, 0.962, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.578 std_dev=0.385
C4 B 0, 0.286, 0.679, 1.073, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.679 std_dev=0.393
O2' B 0, 0.362, 0.758, 1.153, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.758 std_dev=0.396
N3 B 0, 0.397, 0.795, 1.193, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.795 std_dev=0.398
C8 B 0, 0.268, 0.668, 1.067, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.668 std_dev=0.399
N7 B 0, 0.328, 0.777, 1.225, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.777 std_dev=0.449
C5 B 0, 0.316, 0.766, 1.215, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.766 std_dev=0.449
O5' A 0, 0.204, 0.680, 1.156, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.680 std_dev=0.476
C2 B 0, 0.437, 0.932, 1.426, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.932 std_dev=0.494
C5' B 0, 0.685, 1.192, 1.698, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.192 std_dev=0.506
C6 B 0, 0.394, 0.923, 1.453, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.923 std_dev=0.530
N1 B 0, 0.430, 0.978, 1.527, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.978 std_dev=0.549
N2 B 0, 0.495, 1.088, 1.682, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.088 std_dev=0.594
O6 B 0, 0.441, 1.061, 1.680, 2.076 max_d=2.076 avg_d=1.061 std_dev=0.620
OP2 A 0, 0.158, 0.845, 1.531, 2.652 max_d=2.652 avg_d=0.845 std_dev=0.686
OP1 A 0, 0.064, 0.795, 1.526, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.795 std_dev=0.731
O5' B 0, 0.589, 1.414, 2.238, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.414 std_dev=0.825
OP2 B 0, 0.433, 1.357, 2.280, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.357 std_dev=0.923
P B 0, 0.222, 1.214, 2.205, 3.536 max_d=3.536 avg_d=1.214 std_dev=0.991
OP1 B 0, 0.444, 1.489, 2.534, 3.939 max_d=3.939 avg_d=1.489 std_dev=1.045

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.09 0.20 0.28 0.23
C2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.11 0.01 0.03 0.22 0.20 0.43 0.24
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.07 0.16 0.01 0.03 0.07 0.01 0.18 0.23 0.23 0.15
C3' 0.03 0.09 0.00 0.00 0.12 0.01 0.18 0.02 0.19 0.08 0.10 0.16 0.02 0.01 0.13 0.01 0.26 0.36 0.20 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.04 0.35 0.27 0.62 0.30
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.13 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.09 0.00 0.03 0.20 0.21 0.11
C5 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.05 0.37 0.26 0.61 0.30
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.16 0.00 0.21 0.00 0.19 0.09 0.11 0.07 0.04 0.08 0.18 0.02 0.01 0.22 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.20 0.01 0.04 0.31 0.20 0.46 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.02 0.20 0.18 0.38 0.23
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.01 0.03 0.29 0.23 0.53 0.27
O2 0.04 0.00 0.16 0.16 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.20 0.02 0.04 0.18 0.19 0.39 0.24
O2' 0.03 0.12 0.01 0.02 0.08 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.11 0.18 0.00 0.06 0.09 0.05 0.11 0.23 0.20 0.14
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.14 0.03 0.21 0.08 0.20 0.07 0.11 0.20 0.06 0.00 0.16 0.02 0.28 0.51 0.26 0.22
O4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.16 0.00 0.04 0.38 0.30 0.68 0.32
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.00 0.13 0.28 0.29 0.29
O5' 0.09 0.22 0.18 0.26 0.35 0.03 0.37 0.01 0.31 0.20 0.29 0.18 0.11 0.28 0.38 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.20 0.20 0.23 0.36 0.27 0.20 0.26 0.22 0.20 0.18 0.23 0.19 0.23 0.51 0.30 0.28 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.43 0.23 0.20 0.62 0.21 0.61 0.30 0.46 0.38 0.53 0.39 0.20 0.26 0.68 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.24 0.15 0.16 0.30 0.11 0.30 0.01 0.24 0.23 0.27 0.24 0.14 0.22 0.32 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.45 0.16 0.39 0.36 0.27 0.48 0.45 0.57 0.37 0.55 0.47 0.33 0.47 0.27 0.43 0.50 0.15 0.58 0.62 0.70 0.69 0.62
C2 0.20 0.23 0.20 0.36 0.24 0.28 0.44 0.50 0.50 0.40 0.34 0.41 0.19 0.51 0.25 0.42 0.44 0.18 0.68 0.62 0.77 0.83 0.73
C2' 0.19 0.44 0.16 0.27 0.32 0.19 0.44 0.39 0.54 0.34 0.54 0.50 0.31 0.43 0.24 0.47 0.37 0.11 0.56 0.61 0.72 0.68 0.62
C3' 0.30 0.37 0.30 0.13 0.27 0.12 0.33 0.30 0.39 0.34 0.41 0.45 0.28 0.36 0.28 0.59 0.20 0.16 0.55 0.44 0.75 0.62 0.60
C4 0.23 0.56 0.25 0.30 0.27 0.31 0.21 0.56 0.21 0.32 0.43 0.68 0.46 0.36 0.23 0.38 0.37 0.24 0.78 0.22 0.84 0.91 0.83
C4' 0.33 0.45 0.30 0.15 0.34 0.11 0.37 0.27 0.42 0.34 0.46 0.51 0.38 0.36 0.31 0.61 0.28 0.17 0.47 0.44 0.71 0.55 0.54
C5 0.23 0.46 0.25 0.31 0.25 0.33 0.17 0.57 0.21 0.26 0.35 0.55 0.42 0.27 0.21 0.37 0.36 0.25 0.77 0.20 0.79 0.82 0.78
C5' 0.47 0.38 0.51 0.21 0.35 0.20 0.33 0.22 0.32 0.41 0.35 0.44 0.37 0.36 0.40 0.77 0.19 0.31 0.46 0.32 0.74 0.49 0.53
C6 0.16 0.28 0.21 0.36 0.12 0.32 0.22 0.53 0.23 0.27 0.22 0.40 0.25 0.32 0.15 0.39 0.41 0.20 0.68 0.29 0.73 0.74 0.70
N1 0.16 0.26 0.18 0.37 0.23 0.29 0.39 0.49 0.44 0.35 0.35 0.36 0.18 0.45 0.22 0.42 0.45 0.16 0.65 0.51 0.73 0.76 0.68
N3 0.21 0.39 0.22 0.33 0.19 0.29 0.32 0.53 0.31 0.37 0.22 0.61 0.32 0.47 0.22 0.40 0.40 0.21 0.74 0.46 0.82 0.90 0.80
O2 0.21 0.28 0.18 0.36 0.32 0.26 0.53 0.47 0.64 0.44 0.51 0.34 0.21 0.57 0.30 0.42 0.45 0.18 0.66 0.77 0.77 0.83 0.72
O2' 0.18 0.61 0.14 0.31 0.41 0.21 0.53 0.37 0.68 0.36 0.71 0.68 0.43 0.49 0.28 0.42 0.41 0.12 0.54 0.75 0.71 0.66 0.59
O3' 0.32 0.41 0.33 0.13 0.27 0.14 0.33 0.28 0.40 0.34 0.44 0.51 0.30 0.35 0.28 0.61 0.15 0.20 0.54 0.45 0.78 0.61 0.60
O4 0.26 0.68 0.26 0.27 0.37 0.32 0.30 0.58 0.42 0.32 0.65 0.79 0.55 0.33 0.27 0.35 0.35 0.27 0.81 0.33 0.90 0.97 0.88
O4' 0.25 0.46 0.18 0.33 0.37 0.21 0.42 0.38 0.48 0.34 0.49 0.49 0.39 0.40 0.30 0.50 0.51 0.13 0.51 0.50 0.68 0.61 0.56
O5' 0.44 0.32 0.55 0.13 0.31 0.11 0.28 0.26 0.24 0.39 0.26 0.39 0.34 0.35 0.37 0.75 0.02 0.25 0.46 0.25 0.79 0.57 0.59
OP1 0.46 0.41 0.45 0.20 0.35 0.46 0.29 0.47 0.30 0.32 0.35 0.48 0.42 0.30 0.34 0.72 0.02 0.50 0.37 0.29 0.49 0.29 0.34
OP2 0.30 0.48 0.23 0.32 0.47 0.43 0.57 0.76 0.58 0.60 0.53 0.49 0.43 0.65 0.46 0.23 0.02 0.40 0.96 0.63 1.09 0.95 1.02
P 0.13 0.30 0.25 0.03 0.15 0.21 0.18 0.40 0.22 0.24 0.27 0.39 0.25 0.25 0.11 0.43 0.01 0.12 0.47 0.25 0.70 0.46 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.18 0.02 0.15 0.41 0.21
C2 0.03 0.00 0.22 0.34 0.01 0.16 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.41 0.04 0.48 0.01 0.50 0.66 0.50
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.02 0.09 0.11 0.16 0.27 0.22 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.26 0.07 0.31 0.25 0.19
C3' 0.02 0.34 0.00 0.00 0.20 0.01 0.18 0.02 0.22 0.19 0.30 0.41 0.31 0.18 0.10 0.01 0.01 0.02 0.35 0.21 0.46 0.15 0.26
C4 0.02 0.01 0.11 0.20 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.22 0.03 0.46 0.01 0.41 0.55 0.42
C4' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.12 0.12 0.14 0.19 0.14 0.12 0.05 0.09 0.03 0.01 0.02 0.12 0.16 0.34 0.10
C5 0.02 0.01 0.06 0.18 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.22 0.04 0.55 0.01 0.50 0.62 0.51
C5' 0.03 0.26 0.02 0.02 0.19 0.01 0.22 0.00 0.25 0.19 0.27 0.29 0.22 0.22 0.12 0.08 0.05 0.02 0.01 0.27 0.24 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.22 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.28 0.04 0.58 0.00 0.57 0.70 0.57
C8 0.01 0.01 0.11 0.19 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.22 0.05 0.52 0.01 0.38 0.47 0.39
N1 0.02 0.00 0.16 0.30 0.01 0.14 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.36 0.04 0.55 0.01 0.57 0.71 0.56
N2 0.04 0.00 0.27 0.41 0.01 0.19 0.01 0.29 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.50 0.04 0.47 0.02 0.51 0.67 0.51
N3 0.03 0.00 0.22 0.31 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.35 0.04 0.42 0.01 0.41 0.58 0.43
N7 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.23 0.05 0.58 0.02 0.49 0.58 0.50
N9 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.39 0.01 0.30 0.46 0.32
O2' 0.04 0.15 0.01 0.01 0.07 0.09 0.05 0.08 0.07 0.07 0.11 0.20 0.15 0.06 0.02 0.00 0.11 0.12 0.07 0.06 0.19 0.29 0.13
O3' 0.04 0.41 0.04 0.01 0.22 0.03 0.22 0.05 0.28 0.22 0.36 0.50 0.35 0.23 0.09 0.11 0.00 0.03 0.27 0.29 0.54 0.12 0.25
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.12 0.03 0.00 0.06 0.04 0.11 0.49 0.26
O5' 0.18 0.48 0.26 0.35 0.46 0.02 0.55 0.01 0.58 0.52 0.55 0.47 0.42 0.58 0.39 0.07 0.27 0.06 0.00 0.63 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.21 0.01 0.12 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.29 0.04 0.63 0.00 0.64 0.74 0.63
OP1 0.15 0.50 0.31 0.46 0.41 0.16 0.50 0.24 0.57 0.38 0.57 0.51 0.41 0.49 0.30 0.19 0.54 0.11 0.01 0.64 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.66 0.25 0.15 0.55 0.34 0.62 0.37 0.70 0.47 0.71 0.67 0.58 0.58 0.46 0.29 0.12 0.49 0.02 0.74 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.50 0.19 0.26 0.42 0.10 0.51 0.01 0.57 0.39 0.56 0.51 0.43 0.50 0.32 0.13 0.25 0.26 0.01 0.63 0.01 0.01 0.00