ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55216

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.011, 0.045, 0.079, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.045 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.011, 0.076, 0.142, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.076 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.058, 0.194, 0.329, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.194 std_dev=0.136
O4' A 0, 0.048, 0.215, 0.381, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.215 std_dev=0.166
C2' B 0, 0.170, 0.338, 0.506, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.338 std_dev=0.168
O2' A 0, 0.054, 0.263, 0.473, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.263 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.315, 0.539, 0.763, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.539 std_dev=0.224
C3' B 0, 0.242, 0.468, 0.695, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.468 std_dev=0.226
O2' B 0, 0.127, 0.391, 0.655, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.391 std_dev=0.264
C4' B 0, 0.257, 0.541, 0.824, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.541 std_dev=0.283
C4' A 0, 0.057, 0.352, 0.647, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.352 std_dev=0.295
C3' A 0, 0.003, 0.299, 0.595, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.299 std_dev=0.296
O4' B 0, 0.294, 0.591, 0.888, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.591 std_dev=0.297
N9 B 0, 0.443, 0.785, 1.127, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.785 std_dev=0.342
O3' A 0, 0.112, 0.485, 0.858, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.485 std_dev=0.373
C5' B 0, 0.456, 0.832, 1.209, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.832 std_dev=0.377
O3' B 0, 0.194, 0.581, 0.969, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.581 std_dev=0.387
C4 B 0, 0.473, 0.915, 1.357, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.915 std_dev=0.442
O5' A 0, 0.058, 0.518, 0.978, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.518 std_dev=0.460
N3 B 0, 0.432, 0.910, 1.388, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.910 std_dev=0.478
C8 B 0, 0.547, 1.047, 1.547, 1.758 max_d=1.758 avg_d=1.047 std_dev=0.500
C5' A 0, 0.060, 0.599, 1.139, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.599 std_dev=0.539
P A 0, 0.035, 0.630, 1.226, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.630 std_dev=0.595
C5 B 0, 0.579, 1.177, 1.775, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.177 std_dev=0.598
N7 B 0, 0.635, 1.261, 1.887, 2.094 max_d=2.094 avg_d=1.261 std_dev=0.626
C2 B 0, 0.495, 1.160, 1.824, 1.950 max_d=1.950 avg_d=1.160 std_dev=0.665
N2 B 0, 0.579, 1.326, 2.073, 2.265 max_d=2.265 avg_d=1.326 std_dev=0.747
OP2 A 0, -0.081, 0.691, 1.463, 2.668 max_d=2.668 avg_d=0.691 std_dev=0.772
C6 B 0, 0.611, 1.385, 2.159, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.385 std_dev=0.774
N1 B 0, 0.538, 1.340, 2.143, 2.408 max_d=2.408 avg_d=1.340 std_dev=0.803
OP1 A 0, 0.038, 0.887, 1.735, 3.082 max_d=3.082 avg_d=0.887 std_dev=0.848
O5' B 0, 0.398, 1.263, 2.127, 3.345 max_d=3.345 avg_d=1.263 std_dev=0.865
O6 B 0, 0.709, 1.635, 2.562, 3.002 max_d=3.002 avg_d=1.635 std_dev=0.926
P B 0, 0.591, 1.802, 3.013, 4.797 max_d=4.797 avg_d=1.802 std_dev=1.211
OP1 B 0, 0.627, 2.245, 3.862, 5.841 max_d=5.841 avg_d=2.245 std_dev=1.617
OP2 B 0, 0.291, 2.080, 3.868, 6.718 max_d=6.718 avg_d=2.080 std_dev=1.789

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.18 0.18 0.25 0.13
C2 0.02 0.00 0.04 0.14 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.01 0.03 0.36 0.31 0.45 0.31
C2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.04 0.09 0.04 0.04 0.08 0.01 0.04 0.06 0.01 0.27 0.30 0.14 0.20
C3' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.15 0.01 0.11 0.04 0.09 0.09 0.16 0.15 0.02 0.01 0.17 0.03 0.30 0.34 0.10 0.22
C4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.14 0.01 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.00 0.08 0.47 0.48 0.66 0.48
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.14 0.00 0.14 0.02 0.11 0.08 0.12 0.05 0.09 0.02 0.16 0.01 0.04 0.13 0.29 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.14 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.08 0.48 0.48 0.64 0.49
C5' 0.05 0.21 0.04 0.04 0.34 0.02 0.33 0.00 0.27 0.19 0.29 0.15 0.09 0.05 0.38 0.03 0.01 0.18 0.38 0.02
C6 0.01 0.00 0.09 0.09 0.02 0.11 0.01 0.27 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.10 0.02 0.07 0.43 0.38 0.48 0.38
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.34 0.28 0.39 0.28
N3 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.12 0.01 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.15 0.01 0.05 0.42 0.39 0.57 0.41
O2 0.03 0.01 0.08 0.15 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.11 0.02 0.03 0.31 0.26 0.40 0.26
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.11 0.09 0.08 0.09 0.06 0.06 0.13 0.14 0.00 0.10 0.12 0.08 0.09 0.19 0.15 0.07
O3' 0.03 0.11 0.04 0.01 0.17 0.02 0.14 0.05 0.10 0.06 0.15 0.11 0.10 0.00 0.20 0.03 0.21 0.32 0.20 0.19
O4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.16 0.01 0.38 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.20 0.00 0.08 0.49 0.53 0.72 0.53
O4' 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.03 0.07 0.04 0.05 0.03 0.08 0.03 0.08 0.00 0.07 0.10 0.28 0.07
O5' 0.18 0.36 0.27 0.30 0.47 0.04 0.48 0.01 0.43 0.34 0.42 0.31 0.09 0.21 0.49 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.18 0.31 0.30 0.34 0.48 0.13 0.48 0.18 0.38 0.28 0.39 0.26 0.19 0.32 0.53 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.45 0.14 0.10 0.66 0.29 0.64 0.38 0.48 0.39 0.57 0.40 0.15 0.20 0.72 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.31 0.20 0.22 0.48 0.04 0.49 0.02 0.38 0.28 0.41 0.26 0.07 0.19 0.53 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.45 0.18 0.22 0.33 0.18 0.41 0.24 0.48 0.33 0.51 0.48 0.34 0.38 0.28 0.21 0.19 0.19 0.48 0.52 0.72 0.78 0.60
C2 0.27 0.23 0.21 0.31 0.34 0.28 0.45 0.41 0.48 0.44 0.36 0.25 0.24 0.50 0.35 0.22 0.27 0.28 0.76 0.55 1.12 1.25 0.96
C2' 0.17 0.46 0.18 0.25 0.30 0.20 0.36 0.26 0.46 0.30 0.51 0.55 0.33 0.34 0.24 0.19 0.26 0.16 0.48 0.51 0.68 0.81 0.59
C3' 0.13 0.38 0.18 0.25 0.18 0.24 0.23 0.27 0.32 0.24 0.39 0.51 0.26 0.24 0.16 0.17 0.30 0.17 0.39 0.36 0.54 0.67 0.47
C4 0.27 0.39 0.15 0.35 0.31 0.33 0.32 0.53 0.24 0.42 0.31 0.50 0.35 0.43 0.33 0.19 0.36 0.31 1.01 0.21 1.51 1.65 1.29
C4' 0.10 0.45 0.11 0.13 0.25 0.15 0.27 0.15 0.36 0.18 0.44 0.54 0.35 0.22 0.15 0.18 0.17 0.10 0.30 0.38 0.43 0.52 0.38
C5 0.24 0.34 0.13 0.34 0.26 0.30 0.23 0.49 0.17 0.37 0.26 0.42 0.30 0.33 0.30 0.19 0.37 0.27 0.93 0.15 1.37 1.45 1.17
C5' 0.14 0.38 0.15 0.17 0.23 0.25 0.26 0.24 0.33 0.20 0.38 0.47 0.32 0.25 0.16 0.23 0.27 0.19 0.30 0.36 0.36 0.49 0.35
C6 0.21 0.15 0.15 0.30 0.13 0.25 0.18 0.39 0.15 0.32 0.12 0.27 0.10 0.29 0.24 0.21 0.31 0.23 0.73 0.21 1.06 1.12 0.90
N1 0.23 0.22 0.19 0.28 0.26 0.24 0.35 0.35 0.38 0.36 0.31 0.26 0.17 0.39 0.29 0.21 0.26 0.24 0.66 0.43 0.96 1.05 0.82
N3 0.28 0.26 0.19 0.33 0.32 0.31 0.40 0.48 0.36 0.45 0.21 0.38 0.27 0.50 0.35 0.20 0.32 0.31 0.91 0.44 1.35 1.51 1.16
O2 0.29 0.38 0.23 0.30 0.41 0.27 0.54 0.38 0.62 0.47 0.55 0.32 0.32 0.55 0.38 0.23 0.25 0.29 0.71 0.71 1.05 1.19 0.89
O2' 0.21 0.62 0.16 0.16 0.39 0.13 0.46 0.15 0.60 0.32 0.67 0.74 0.45 0.40 0.29 0.20 0.14 0.17 0.40 0.65 0.59 0.71 0.51
O3' 0.09 0.48 0.14 0.20 0.21 0.21 0.24 0.24 0.35 0.22 0.46 0.64 0.34 0.23 0.14 0.18 0.25 0.13 0.36 0.38 0.44 0.65 0.42
O4 0.28 0.53 0.15 0.37 0.38 0.36 0.40 0.60 0.42 0.43 0.52 0.62 0.44 0.46 0.35 0.18 0.39 0.33 1.14 0.36 1.73 1.90 1.49
O4' 0.14 0.44 0.16 0.18 0.28 0.15 0.32 0.18 0.39 0.23 0.44 0.49 0.35 0.28 0.20 0.20 0.16 0.13 0.37 0.41 0.55 0.57 0.45
O5' 0.09 0.39 0.08 0.05 0.23 0.04 0.26 0.13 0.33 0.18 0.38 0.46 0.32 0.22 0.12 0.34 0.01 0.05 0.35 0.34 0.41 0.60 0.40
OP1 0.04 0.29 0.04 0.02 0.17 0.07 0.23 0.18 0.27 0.25 0.29 0.36 0.23 0.28 0.12 0.13 0.02 0.04 0.55 0.31 0.63 0.81 0.58
OP2 0.14 0.41 0.20 0.06 0.34 0.12 0.43 0.33 0.48 0.39 0.47 0.43 0.34 0.46 0.28 0.33 0.02 0.07 0.48 0.52 0.72 0.74 0.59
P 0.06 0.30 0.07 0.02 0.20 0.06 0.26 0.18 0.30 0.26 0.31 0.34 0.24 0.29 0.15 0.20 0.01 0.02 0.42 0.33 0.48 0.62 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.28 0.02 0.27 0.39 0.24
C2 0.02 0.00 0.15 0.14 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.19 0.07 0.49 0.01 0.67 0.87 0.54
C2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.10 0.03 0.11 0.08 0.13 0.06 0.14 0.16 0.14 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.26 0.14 0.36 0.33 0.30
C3' 0.02 0.14 0.02 0.00 0.12 0.01 0.15 0.06 0.15 0.17 0.15 0.15 0.13 0.17 0.11 0.02 0.01 0.03 0.14 0.16 0.19 0.20 0.17
C4 0.01 0.01 0.10 0.12 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.12 0.05 0.57 0.01 0.68 0.91 0.61
C4' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.11 0.03 0.07 0.05 0.11 0.05 0.17 0.04 0.01 0.03 0.08 0.18 0.14 0.06
C5 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.06 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.15 0.05 0.74 0.01 0.96 1.20 0.84
C5' 0.05 0.10 0.08 0.06 0.14 0.01 0.22 0.00 0.22 0.26 0.16 0.07 0.08 0.28 0.15 0.12 0.10 0.03 0.00 0.27 0.29 0.24 0.01
C6 0.02 0.00 0.13 0.15 0.01 0.06 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.17 0.06 0.75 0.00 1.04 1.28 0.89
C8 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.11 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.18 0.05 0.78 0.01 0.89 1.12 0.84
N1 0.02 0.00 0.14 0.15 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.18 0.07 0.63 0.00 0.88 1.11 0.73
N2 0.03 0.01 0.16 0.15 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.23 0.08 0.40 0.01 0.60 0.76 0.44
N3 0.02 0.01 0.14 0.13 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.17 0.06 0.42 0.01 0.55 0.74 0.44
N7 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.11 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.19 0.05 0.85 0.01 1.10 1.34 0.99
N9 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.08 0.03 0.55 0.01 0.59 0.80 0.56
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.21 0.17 0.22 0.12 0.28 0.10 0.30 0.30 0.25 0.17 0.11 0.00 0.07 0.10 0.14 0.29 0.31 0.20 0.20
O3' 0.04 0.19 0.03 0.01 0.12 0.04 0.15 0.10 0.17 0.18 0.18 0.23 0.17 0.19 0.08 0.07 0.00 0.03 0.35 0.19 0.38 0.41 0.32
O4' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.03 0.10 0.03 0.00 0.25 0.05 0.13 0.30 0.16
O5' 0.28 0.49 0.26 0.14 0.57 0.03 0.74 0.00 0.75 0.78 0.63 0.40 0.42 0.85 0.55 0.14 0.35 0.25 0.00 0.84 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.14 0.16 0.01 0.08 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.19 0.05 0.84 0.00 1.21 1.46 1.03
OP1 0.27 0.67 0.36 0.19 0.68 0.18 0.96 0.29 1.04 0.89 0.88 0.60 0.55 1.10 0.59 0.31 0.38 0.13 0.01 1.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.87 0.33 0.20 0.91 0.14 1.20 0.24 1.28 1.12 1.11 0.76 0.74 1.34 0.80 0.20 0.41 0.30 0.02 1.46 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.54 0.30 0.17 0.61 0.06 0.84 0.01 0.89 0.84 0.73 0.44 0.44 0.99 0.56 0.20 0.32 0.16 0.01 1.03 0.00 0.00 0.00