ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55218

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.026, 0.067, 0.108, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.067 std_dev=0.041
O2 A 0, 0.023, 0.073, 0.124, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.073 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.054, 0.306, 0.558, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.306 std_dev=0.252
O2' B 0, 0.142, 0.412, 0.683, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.412 std_dev=0.271
C4' A 0, 0.065, 0.369, 0.673, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.369 std_dev=0.304
C3' A 0, 0.070, 0.377, 0.685, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.377 std_dev=0.308
C2' A 0, 0.029, 0.374, 0.719, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.374 std_dev=0.345
C2' B 0, 0.088, 0.550, 1.012, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.550 std_dev=0.462
O3' A 0, -0.072, 0.471, 1.014, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.471 std_dev=0.543
C5' A 0, 0.036, 0.597, 1.157, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.597 std_dev=0.560
O3' B 0, 0.008, 0.661, 1.314, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.661 std_dev=0.653
P A 0, 0.081, 0.758, 1.434, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.758 std_dev=0.676
O2' A 0, -0.006, 0.678, 1.362, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.678 std_dev=0.684
OP2 A 0, 0.072, 0.761, 1.450, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.761 std_dev=0.689
C3' B 0, -0.053, 0.707, 1.467, 2.505 max_d=2.505 avg_d=0.707 std_dev=0.760
C1' B 0, -0.011, 0.751, 1.512, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.751 std_dev=0.762
O5' A 0, 0.237, 1.007, 1.777, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.007 std_dev=0.770
OP1 A 0, 0.104, 0.943, 1.783, 2.322 max_d=2.322 avg_d=0.943 std_dev=0.840
O4' B 0, -0.171, 0.844, 1.858, 3.430 max_d=3.430 avg_d=0.844 std_dev=1.015
C4' B 0, -0.234, 0.857, 1.949, 3.590 max_d=3.590 avg_d=0.857 std_dev=1.091
N9 B 0, -0.133, 1.187, 2.506, 4.486 max_d=4.486 avg_d=1.187 std_dev=1.319
O5' B 0, -0.244, 1.450, 3.145, 5.432 max_d=5.432 avg_d=1.450 std_dev=1.694
C4 B 0, -0.153, 1.550, 3.254, 5.741 max_d=5.741 avg_d=1.550 std_dev=1.704
N3 B 0, -0.058, 1.657, 3.372, 5.763 max_d=5.763 avg_d=1.657 std_dev=1.715
C5' B 0, -0.366, 1.376, 3.119, 5.657 max_d=5.657 avg_d=1.376 std_dev=1.743
C8 B 0, -0.245, 1.511, 3.266, 5.874 max_d=5.874 avg_d=1.511 std_dev=1.755
OP2 B 0, -0.142, 1.898, 3.938, 6.152 max_d=6.152 avg_d=1.898 std_dev=2.040
C5 B 0, -0.268, 1.977, 4.223, 7.483 max_d=7.483 avg_d=1.977 std_dev=2.245
N7 B 0, -0.307, 1.953, 4.213, 7.506 max_d=7.506 avg_d=1.953 std_dev=2.260
P B 0, -0.393, 1.891, 4.175, 7.175 max_d=7.175 avg_d=1.891 std_dev=2.284
C2 B 0, -0.130, 2.175, 4.480, 7.656 max_d=7.656 avg_d=2.175 std_dev=2.305
N2 B 0, -0.094, 2.466, 5.026, 8.423 max_d=8.423 avg_d=2.466 std_dev=2.560
N1 B 0, -0.250, 2.525, 5.300, 9.189 max_d=9.189 avg_d=2.525 std_dev=2.775
C6 B 0, -0.310, 2.489, 5.288, 9.273 max_d=9.273 avg_d=2.489 std_dev=2.799
OP1 B 0, -0.766, 2.364, 5.493, 9.916 max_d=9.916 avg_d=2.364 std_dev=3.130
O6 B 0, -0.386, 2.950, 6.286, 10.987 max_d=10.987 avg_d=2.950 std_dev=3.336

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.24 0.03 0.01 0.28 0.44 0.27 0.24
C2 0.03 0.00 0.09 0.05 0.01 0.07 0.02 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.22 0.02 0.11 0.45 0.48 0.40 0.41
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.21 0.14 0.03 0.06 0.17 0.01 0.04 0.06 0.02 0.40 0.40 0.51 0.36
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.14 0.00 0.17 0.02 0.16 0.07 0.09 0.08 0.01 0.01 0.16 0.03 0.34 0.49 0.22 0.30
C4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.09 0.01 0.29 0.02 0.02 0.01 0.02 0.18 0.14 0.01 0.05 0.51 0.55 0.53 0.53
C4' 0.02 0.07 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.04 0.06 0.13 0.18 0.04 0.10 0.01 0.03 0.38 0.18 0.10
C5 0.02 0.02 0.12 0.17 0.01 0.11 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.03 0.28 0.15 0.01 0.08 0.49 0.52 0.54 0.52
C5' 0.09 0.19 0.21 0.02 0.29 0.00 0.31 0.00 0.29 0.19 0.23 0.18 0.05 0.17 0.31 0.01 0.00 0.34 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.16 0.02 0.10 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.03 0.27 0.15 0.02 0.09 0.46 0.45 0.47 0.44
N1 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.04 0.11 0.17 0.03 0.02 0.41 0.45 0.38 0.36
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.18 0.02 0.08 0.49 0.52 0.46 0.47
O2 0.07 0.01 0.17 0.08 0.02 0.13 0.03 0.18 0.03 0.04 0.01 0.00 0.28 0.32 0.03 0.20 0.43 0.49 0.37 0.38
O2' 0.03 0.12 0.01 0.01 0.18 0.18 0.28 0.05 0.27 0.11 0.11 0.28 0.00 0.08 0.18 0.08 0.41 0.46 0.56 0.41
O3' 0.24 0.22 0.04 0.01 0.14 0.04 0.15 0.17 0.15 0.17 0.18 0.32 0.08 0.00 0.15 0.19 0.40 0.49 0.17 0.34
O4 0.03 0.02 0.06 0.16 0.01 0.10 0.01 0.31 0.02 0.03 0.02 0.03 0.18 0.15 0.00 0.06 0.53 0.60 0.58 0.57
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.08 0.20 0.08 0.19 0.06 0.00 0.10 0.50 0.10 0.21
O5' 0.28 0.45 0.40 0.34 0.51 0.03 0.49 0.00 0.46 0.41 0.49 0.43 0.41 0.40 0.53 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.48 0.40 0.49 0.55 0.38 0.52 0.34 0.45 0.45 0.52 0.49 0.46 0.49 0.60 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.40 0.51 0.22 0.53 0.18 0.54 0.25 0.47 0.38 0.46 0.37 0.56 0.17 0.58 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.41 0.36 0.30 0.53 0.10 0.52 0.02 0.44 0.36 0.47 0.38 0.41 0.34 0.57 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 1.40 0.32 0.12 0.97 0.24 1.04 0.32 1.28 0.60 1.44 1.54 1.15 0.83 0.64 0.15 0.29 0.14 0.34 1.31 0.41 0.36 0.34
C2 0.14 1.30 0.20 0.25 0.74 0.57 0.75 0.77 1.02 0.28 1.28 1.57 1.04 0.48 0.37 0.21 0.48 0.31 0.68 1.03 0.92 0.61 0.76
C2' 0.51 1.49 0.40 0.29 1.11 0.36 1.21 0.36 1.42 0.81 1.55 1.58 1.24 1.02 0.80 0.37 0.34 0.40 0.33 1.46 0.18 0.29 0.29
C3' 0.53 1.56 0.44 0.40 1.24 0.33 1.40 0.37 1.63 0.95 1.70 1.57 1.30 1.23 0.90 0.38 0.36 0.40 0.30 1.70 0.40 0.41 0.32
C4 0.15 0.84 0.08 0.49 0.31 0.85 0.23 1.17 0.44 0.26 0.73 1.13 0.66 0.15 0.05 0.26 0.62 0.58 0.99 0.40 1.40 0.88 1.14
C4' 0.52 1.35 0.44 0.37 1.10 0.27 1.22 0.30 1.40 0.87 1.46 1.38 1.15 1.09 0.83 0.23 0.24 0.38 0.16 1.45 0.29 0.32 0.19
C5 0.14 0.70 0.07 0.48 0.25 0.80 0.17 1.06 0.34 0.27 0.59 0.94 0.56 0.16 0.05 0.25 0.61 0.54 0.91 0.29 1.23 0.79 1.01
C5' 0.69 1.11 0.60 0.53 1.02 0.48 1.10 0.47 1.17 0.93 1.19 1.10 1.01 1.04 0.89 0.50 0.31 0.60 0.20 1.19 0.28 0.29 0.22
C6 0.08 0.88 0.15 0.31 0.47 0.57 0.43 0.73 0.61 0.15 0.82 1.08 0.73 0.23 0.20 0.21 0.50 0.33 0.67 0.58 0.87 0.59 0.72
N1 0.19 1.21 0.23 0.19 0.74 0.46 0.75 0.61 0.97 0.33 1.18 1.41 0.99 0.51 0.41 0.19 0.42 0.23 0.56 0.98 0.73 0.51 0.61
N3 0.06 1.12 0.14 0.37 0.55 0.73 0.51 1.01 0.77 0.14 1.05 1.42 0.89 0.24 0.19 0.24 0.56 0.46 0.86 0.75 1.21 0.76 0.98
O2 0.21 1.49 0.24 0.20 0.88 0.52 0.94 0.70 1.25 0.41 1.51 1.78 1.17 0.65 0.49 0.21 0.44 0.27 0.63 1.29 0.83 0.56 0.69
O2' 0.75 1.69 0.56 0.46 1.24 0.61 1.37 0.58 1.63 0.98 1.78 1.83 1.37 1.19 0.96 0.64 0.44 0.71 0.53 1.69 0.33 0.46 0.49
O3' 0.63 1.83 0.57 0.51 1.41 0.40 1.65 0.44 1.97 1.11 2.05 1.88 1.49 1.45 1.03 0.49 0.42 0.49 0.42 2.10 0.51 0.58 0.45
O4 0.25 0.71 0.10 0.57 0.18 0.96 0.08 1.36 0.26 0.42 0.57 1.03 0.55 0.30 0.17 0.28 0.66 0.71 1.14 0.20 1.67 1.03 1.35
O4' 0.42 1.34 0.43 0.30 0.99 0.24 1.05 0.30 1.25 0.65 1.39 1.44 1.14 0.86 0.69 0.20 0.32 0.24 0.33 1.28 0.50 0.46 0.36
O5' 0.27 0.87 0.28 0.17 0.63 0.11 0.67 0.07 0.80 0.40 0.90 0.95 0.75 0.54 0.43 0.32 0.02 0.19 0.31 0.80 0.34 0.51 0.28
OP1 0.10 0.27 0.08 0.13 0.08 0.15 0.12 0.25 0.13 0.27 0.22 0.38 0.23 0.26 0.11 0.11 0.02 0.15 0.53 0.16 0.73 0.64 0.48
OP2 0.23 0.18 0.39 0.05 0.15 0.09 0.20 0.34 0.22 0.20 0.21 0.20 0.15 0.24 0.16 0.51 0.02 0.05 0.39 0.26 0.54 0.73 0.44
P 0.07 0.36 0.13 0.01 0.20 0.03 0.22 0.14 0.29 0.16 0.36 0.43 0.30 0.20 0.10 0.23 0.01 0.03 0.35 0.28 0.44 0.54 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.09 0.12 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.02 0.18 0.28 0.14
C2 0.10 0.00 0.26 0.25 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.27 0.31 0.06 0.24 0.02 0.27 0.72 0.32
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.11 0.22 0.32 0.26 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.07 0.10 0.37 0.21
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.14 0.00 0.11 0.02 0.14 0.13 0.22 0.30 0.24 0.12 0.07 0.02 0.01 0.02 0.32 0.12 0.21 0.41 0.27
C4 0.04 0.02 0.12 0.14 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.04 0.27 0.02 0.24 0.72 0.33
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.07 0.13 0.10 0.11 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.14 0.05 0.37 0.02 0.26 0.98 0.46
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.09 0.08 0.07 0.18 0.08 0.06 0.05 0.01 0.01 0.18 0.11 0.03 0.02
C6 0.04 0.01 0.11 0.14 0.02 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.12 0.19 0.05 0.38 0.01 0.28 1.07 0.51
C8 0.04 0.03 0.11 0.13 0.02 0.10 0.01 0.15 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.39 0.03 0.23 0.88 0.42
N1 0.09 0.01 0.22 0.22 0.04 0.07 0.03 0.09 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.22 0.28 0.05 0.31 0.02 0.27 0.92 0.42
N2 0.12 0.01 0.32 0.30 0.02 0.13 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.34 0.38 0.07 0.21 0.01 0.28 0.64 0.28
N3 0.10 0.01 0.26 0.24 0.01 0.10 0.01 0.07 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.24 0.29 0.05 0.21 0.02 0.26 0.59 0.26
N7 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.13 0.05 0.44 0.03 0.28 1.11 0.53
N9 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.02 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.26 0.02 0.22 0.61 0.28
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.10 0.06 0.06 0.06 0.12 0.09 0.22 0.34 0.24 0.06 0.02 0.00 0.05 0.05 0.07 0.08 0.10 0.11 0.07
O3' 0.02 0.31 0.02 0.01 0.16 0.03 0.14 0.05 0.19 0.13 0.28 0.38 0.29 0.13 0.07 0.05 0.00 0.03 0.32 0.16 0.39 0.36 0.27
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.05 0.01 0.05 0.03 0.00 0.11 0.08 0.26 0.09 0.08
O5' 0.12 0.24 0.22 0.32 0.27 0.01 0.37 0.01 0.38 0.39 0.31 0.21 0.21 0.44 0.26 0.07 0.32 0.11 0.00 0.45 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.12 0.02 0.08 0.02 0.18 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.08 0.16 0.08 0.45 0.00 0.32 1.25 0.61
OP1 0.18 0.27 0.10 0.21 0.24 0.09 0.26 0.11 0.28 0.23 0.27 0.28 0.26 0.28 0.22 0.10 0.39 0.26 0.02 0.32 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.72 0.37 0.41 0.72 0.03 0.98 0.03 1.07 0.88 0.92 0.64 0.59 1.11 0.61 0.11 0.36 0.09 0.03 1.25 0.02 0.00 0.02
P 0.14 0.32 0.21 0.27 0.33 0.03 0.46 0.02 0.51 0.42 0.42 0.28 0.26 0.53 0.28 0.07 0.27 0.08 0.01 0.61 0.01 0.02 0.00