ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55219

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.003, 0.018, 0.039, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.021
N1 A 0, -0.003, 0.019, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.005, 0.017, 0.040, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.017 std_dev=0.023
C6 A 0, -0.005, 0.019, 0.043, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.019 std_dev=0.024
C1' A 0, -0.002, 0.023, 0.048, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.023 std_dev=0.025
O4 A 0, -0.007, 0.027, 0.062, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.027 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.024, 0.085, 0.146, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.085 std_dev=0.061
O2 A 0, -0.017, 0.051, 0.118, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.051 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.051, 0.146, 0.241, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.146 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.041, 0.139, 0.237, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.139 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.059, 0.196, 0.333, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.196 std_dev=0.137
C3' A 0, 0.036, 0.198, 0.359, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.198 std_dev=0.161
O5' A 0, 0.126, 0.289, 0.453, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.289 std_dev=0.163
C5' A 0, 0.108, 0.290, 0.473, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.290 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.240, 0.439, 0.639, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.439 std_dev=0.200
O4' B 0, 0.294, 0.510, 0.727, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.510 std_dev=0.217
C5' B 0, 0.224, 0.441, 0.659, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.441 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.286, 0.507, 0.729, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.507 std_dev=0.221
C3' B 0, 0.217, 0.443, 0.670, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.443 std_dev=0.226
O3' A 0, 0.021, 0.252, 0.483, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.252 std_dev=0.231
C2' B 0, 0.243, 0.475, 0.708, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.475 std_dev=0.232
N9 B 0, 0.319, 0.551, 0.783, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.551 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.330, 0.575, 0.820, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.575 std_dev=0.245
N3 B 0, 0.302, 0.549, 0.796, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.549 std_dev=0.247
O3' B 0, 0.165, 0.413, 0.662, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.249
C8 B 0, 0.355, 0.610, 0.864, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.610 std_dev=0.255
O2' B 0, 0.223, 0.486, 0.749, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.486 std_dev=0.263
C2 B 0, 0.330, 0.601, 0.873, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.601 std_dev=0.272
O5' B 0, 0.291, 0.569, 0.848, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.569 std_dev=0.278
C5 B 0, 0.376, 0.655, 0.934, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.655 std_dev=0.279
N7 B 0, 0.384, 0.671, 0.959, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.671 std_dev=0.287
P A 0, 0.071, 0.368, 0.665, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.368 std_dev=0.297
N2 B 0, 0.308, 0.611, 0.914, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.611 std_dev=0.303
OP2 A 0, 0.103, 0.406, 0.709, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.406 std_dev=0.303
N1 B 0, 0.378, 0.682, 0.985, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.682 std_dev=0.304
C6 B 0, 0.402, 0.719, 1.036, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.719 std_dev=0.317
P B 0, 0.265, 0.602, 0.938, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.602 std_dev=0.337
OP1 B 0, 0.239, 0.591, 0.942, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.591 std_dev=0.352
O6 B 0, 0.438, 0.809, 1.180, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.809 std_dev=0.371
OP2 B 0, 0.258, 0.657, 1.055, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.657 std_dev=0.399
OP1 A 0, 0.041, 0.441, 0.841, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.441 std_dev=0.400

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.19 0.15
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.02 0.03 0.12 0.09 0.14 0.10
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.06 0.01 0.06 0.18 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.07 0.09 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.18 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.01 0.11 0.08 0.12 0.09
C4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.09 0.13 0.12
C5 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.14 0.01 0.01 0.05 0.11 0.15 0.12
C5' 0.03 0.12 0.06 0.01 0.13 0.00 0.08 0.00 0.06 0.07 0.14 0.16 0.05 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.04 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.15 0.02 0.02 0.03 0.13 0.18 0.15
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.05 0.10 0.18 0.13
N3 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.02 0.14 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.14 0.10 0.12 0.10
O2 0.08 0.00 0.18 0.18 0.02 0.12 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.00 0.17 0.14 0.04 0.05 0.17 0.14 0.14 0.13
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.05 0.11 0.03 0.03 0.17 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.07 0.09 0.08
O3' 0.05 0.03 0.03 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.15 0.06 0.03 0.14 0.05 0.00 0.08 0.04 0.06 0.06 0.12 0.09
O4 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.15 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.02 0.13 0.08 0.11 0.09
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.15 0.23 0.18
O5' 0.02 0.12 0.07 0.06 0.11 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.14 0.17 0.07 0.06 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.09 0.07 0.05 0.08 0.09 0.11 0.01 0.13 0.10 0.10 0.14 0.07 0.06 0.08 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.14 0.09 0.06 0.12 0.13 0.15 0.03 0.18 0.18 0.12 0.14 0.09 0.12 0.11 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.10 0.08 0.05 0.09 0.12 0.12 0.01 0.15 0.13 0.10 0.13 0.08 0.09 0.09 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.17 0.04 0.13 0.09 0.08 0.06 0.13 0.07 0.04 0.14 0.27 0.15 0.04 0.06 0.06 0.23 0.06 0.13 0.04 0.21 0.12 0.16
C2 0.06 0.15 0.05 0.13 0.08 0.07 0.05 0.14 0.06 0.05 0.11 0.24 0.13 0.05 0.05 0.07 0.20 0.04 0.16 0.05 0.28 0.17 0.21
C2' 0.15 0.27 0.12 0.12 0.19 0.10 0.17 0.13 0.18 0.13 0.24 0.37 0.24 0.14 0.15 0.15 0.17 0.12 0.14 0.15 0.22 0.13 0.17
C3' 0.19 0.32 0.14 0.13 0.24 0.12 0.23 0.13 0.24 0.18 0.30 0.42 0.29 0.20 0.20 0.15 0.17 0.16 0.13 0.22 0.18 0.13 0.14
C4 0.15 0.22 0.15 0.16 0.16 0.14 0.14 0.19 0.14 0.12 0.18 0.29 0.20 0.13 0.14 0.18 0.18 0.12 0.22 0.13 0.35 0.26 0.28
C4' 0.07 0.18 0.08 0.16 0.09 0.12 0.09 0.15 0.11 0.07 0.16 0.28 0.14 0.07 0.07 0.08 0.25 0.08 0.13 0.09 0.19 0.11 0.15
C5 0.16 0.23 0.16 0.16 0.17 0.13 0.15 0.17 0.15 0.13 0.20 0.31 0.22 0.13 0.15 0.21 0.18 0.12 0.20 0.14 0.31 0.23 0.25
C5' 0.06 0.18 0.09 0.17 0.07 0.15 0.07 0.18 0.09 0.06 0.16 0.29 0.12 0.05 0.05 0.09 0.25 0.11 0.16 0.08 0.21 0.14 0.18
C6 0.11 0.21 0.11 0.13 0.13 0.08 0.11 0.14 0.11 0.08 0.17 0.29 0.19 0.09 0.10 0.17 0.20 0.07 0.16 0.10 0.26 0.17 0.20
N1 0.06 0.16 0.05 0.14 0.08 0.07 0.06 0.14 0.07 0.05 0.12 0.26 0.14 0.05 0.06 0.09 0.22 0.03 0.15 0.06 0.25 0.16 0.19
N3 0.10 0.18 0.10 0.14 0.11 0.10 0.09 0.17 0.09 0.08 0.14 0.27 0.16 0.09 0.09 0.13 0.18 0.08 0.20 0.08 0.32 0.22 0.25
O2 0.06 0.11 0.05 0.14 0.06 0.08 0.05 0.14 0.04 0.06 0.07 0.19 0.09 0.06 0.05 0.04 0.22 0.05 0.15 0.06 0.27 0.16 0.20
O2' 0.23 0.32 0.21 0.17 0.25 0.17 0.24 0.17 0.24 0.21 0.30 0.40 0.30 0.22 0.23 0.24 0.16 0.19 0.20 0.22 0.27 0.19 0.22
O3' 0.30 0.37 0.24 0.19 0.32 0.22 0.31 0.21 0.30 0.30 0.35 0.44 0.36 0.30 0.31 0.25 0.17 0.28 0.22 0.28 0.23 0.22 0.22
O4 0.18 0.24 0.18 0.20 0.19 0.18 0.17 0.23 0.17 0.17 0.21 0.31 0.23 0.17 0.18 0.21 0.20 0.17 0.27 0.16 0.40 0.32 0.33
O4' 0.09 0.13 0.11 0.20 0.08 0.15 0.08 0.18 0.08 0.09 0.10 0.21 0.10 0.09 0.08 0.09 0.29 0.11 0.17 0.09 0.21 0.15 0.18
O5' 0.05 0.20 0.11 0.17 0.10 0.14 0.10 0.16 0.13 0.06 0.19 0.30 0.14 0.08 0.06 0.11 0.25 0.07 0.14 0.12 0.20 0.12 0.15
OP1 0.21 0.35 0.15 0.15 0.28 0.16 0.30 0.17 0.32 0.26 0.36 0.41 0.30 0.29 0.25 0.14 0.16 0.19 0.16 0.32 0.18 0.17 0.17
OP2 0.21 0.31 0.20 0.22 0.25 0.21 0.25 0.23 0.26 0.22 0.31 0.39 0.28 0.24 0.22 0.21 0.23 0.19 0.21 0.25 0.25 0.21 0.22
P 0.18 0.31 0.16 0.17 0.24 0.16 0.25 0.17 0.26 0.20 0.31 0.38 0.26 0.23 0.21 0.17 0.19 0.16 0.16 0.26 0.19 0.16 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.05 0.03
C2 0.04 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.07 0.03 0.04 0.05 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.10 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.10 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.09 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.04 0.10 0.14 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.10 0.02 0.01 0.02
C6 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.10 0.02 0.11 0.16 0.14
C8 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.05 0.10 0.11 0.11
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.13 0.10
N2 0.08 0.00 0.10 0.10 0.04 0.09 0.02 0.07 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.12 0.11 0.07 0.04 0.07 0.06 0.09 0.05
N3 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05
N7 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.10 0.04 0.12 0.14 0.14
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.05 0.08 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.12 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.03 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.11 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.04 0.13 0.08 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.03 0.03
O5' 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.06 0.04 0.04 0.10 0.05 0.04 0.07 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00
O6 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.10 0.02 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.07 0.13 0.00 0.15 0.19 0.18
OP1 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.10 0.02 0.11 0.10 0.07 0.06 0.04 0.12 0.05 0.07 0.13 0.02 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.10 0.04 0.05 0.10 0.01 0.14 0.01 0.16 0.11 0.13 0.09 0.08 0.14 0.08 0.03 0.08 0.03 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.02 0.04 0.07 0.02 0.12 0.02 0.14 0.11 0.10 0.05 0.05 0.14 0.07 0.04 0.10 0.03 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00