ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55220

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O4 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.066, 0.126, 0.187, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.126 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.071, 0.135, 0.199, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.135 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.063, 0.140, 0.216, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.140 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.087, 0.165, 0.243, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.165 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.011, 0.104, 0.197, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.104 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.115, 0.220, 0.325, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.220 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.158, 0.300, 0.442, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.300 std_dev=0.142
O5' A 0, 0.149, 0.297, 0.445, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.297 std_dev=0.148
C2' B 0, 0.185, 0.362, 0.539, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.362 std_dev=0.177
C3' B 0, 0.184, 0.375, 0.567, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.375 std_dev=0.192
N9 B 0, 0.223, 0.418, 0.612, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.418 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.200, 0.395, 0.590, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.395 std_dev=0.195
N3 B 0, 0.243, 0.452, 0.660, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.452 std_dev=0.209
C5 B 0, 0.215, 0.425, 0.634, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.425 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.236, 0.447, 0.657, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.447 std_dev=0.211
O3' B 0, 0.193, 0.404, 0.615, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.404 std_dev=0.211
C1' B 0, 0.247, 0.459, 0.671, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.459 std_dev=0.212
N1 B 0, 0.257, 0.470, 0.684, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.470 std_dev=0.213
OP2 B 0, 0.152, 0.368, 0.583, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.368 std_dev=0.215
O2' B 0, 0.229, 0.448, 0.668, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.448 std_dev=0.219
C8 B 0, 0.259, 0.483, 0.706, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.483 std_dev=0.224
C6 B 0, 0.229, 0.456, 0.684, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.456 std_dev=0.227
C2 B 0, 0.251, 0.483, 0.715, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.483 std_dev=0.232
N7 B 0, 0.269, 0.505, 0.741, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.505 std_dev=0.236
P B 0, 0.160, 0.403, 0.645, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.403 std_dev=0.242
C4' B 0, 0.282, 0.529, 0.776, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.529 std_dev=0.247
O6 B 0, 0.293, 0.547, 0.801, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.547 std_dev=0.254
C5' B 0, 0.299, 0.557, 0.815, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.557 std_dev=0.258
O4' B 0, 0.307, 0.565, 0.823, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.565 std_dev=0.258
P A 0, 0.157, 0.428, 0.699, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.428 std_dev=0.271
OP1 B 0, 0.150, 0.448, 0.746, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.448 std_dev=0.298
OP1 A 0, 0.179, 0.502, 0.825, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.502 std_dev=0.323
N2 B 0, 0.225, 0.574, 0.923, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.574 std_dev=0.349
OP2 A 0, 0.149, 0.598, 1.048, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.598 std_dev=0.449

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.16 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.04 0.23 0.04 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.14 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.14 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.23 0.03 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.07 0.21 0.03 0.04
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.06 0.20 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.20 0.04 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.05 0.24 0.04 0.04
O2 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.00 0.05 0.03 0.22 0.05 0.04
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.11 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.08 0.19 0.05
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.16 0.06
O4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.23 0.03 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.03 0.06
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.16 0.23 0.08 0.03 0.23 0.04 0.21 0.04 0.20 0.20 0.24 0.22 0.08 0.04 0.23 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.04 0.14 0.14 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.19 0.16 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.22 0.04 0.05 0.08 0.09 0.08 0.11 0.14 0.19 0.21 0.28 0.16 0.15 0.08 0.03 0.01 0.11 0.12 0.14 0.16 0.10 0.12
C2 0.13 0.26 0.10 0.07 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.25 0.22 0.34 0.19 0.25 0.15 0.11 0.05 0.14 0.09 0.10 0.13 0.08 0.09
C2' 0.08 0.19 0.03 0.04 0.10 0.09 0.10 0.12 0.15 0.18 0.19 0.23 0.14 0.14 0.09 0.02 0.02 0.13 0.12 0.15 0.14 0.10 0.12
C3' 0.09 0.19 0.03 0.04 0.10 0.11 0.11 0.15 0.15 0.16 0.19 0.23 0.14 0.13 0.09 0.02 0.02 0.14 0.16 0.16 0.21 0.13 0.17
C4 0.15 0.26 0.13 0.08 0.13 0.10 0.11 0.07 0.06 0.18 0.16 0.37 0.23 0.18 0.14 0.16 0.07 0.13 0.04 0.06 0.08 0.02 0.02
C4' 0.08 0.21 0.03 0.05 0.09 0.11 0.09 0.16 0.14 0.16 0.20 0.27 0.15 0.13 0.08 0.03 0.01 0.13 0.16 0.14 0.25 0.13 0.17
C5 0.10 0.24 0.10 0.06 0.11 0.07 0.06 0.04 0.07 0.12 0.16 0.31 0.22 0.11 0.09 0.13 0.06 0.09 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03
C5' 0.05 0.21 0.02 0.04 0.09 0.10 0.08 0.16 0.14 0.13 0.20 0.26 0.16 0.10 0.05 0.03 0.01 0.10 0.15 0.14 0.26 0.10 0.17
C6 0.07 0.24 0.06 0.04 0.11 0.04 0.07 0.04 0.11 0.13 0.19 0.30 0.20 0.11 0.07 0.07 0.03 0.07 0.04 0.09 0.08 0.06 0.04
N1 0.07 0.24 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.07 0.10 0.19 0.20 0.30 0.18 0.16 0.08 0.07 0.03 0.09 0.07 0.09 0.12 0.07 0.07
N3 0.16 0.28 0.13 0.09 0.16 0.11 0.17 0.08 0.13 0.24 0.21 0.38 0.22 0.25 0.18 0.14 0.06 0.15 0.07 0.12 0.11 0.06 0.06
O2 0.16 0.26 0.11 0.09 0.15 0.12 0.18 0.12 0.17 0.29 0.24 0.34 0.19 0.30 0.18 0.11 0.05 0.17 0.12 0.17 0.16 0.13 0.13
O2' 0.09 0.17 0.03 0.03 0.10 0.08 0.12 0.09 0.16 0.18 0.18 0.20 0.13 0.15 0.10 0.03 0.03 0.12 0.09 0.17 0.09 0.10 0.10
O3' 0.10 0.19 0.04 0.04 0.11 0.11 0.12 0.15 0.16 0.18 0.20 0.23 0.14 0.16 0.11 0.03 0.02 0.14 0.16 0.17 0.20 0.16 0.17
O4 0.18 0.26 0.15 0.10 0.17 0.13 0.15 0.09 0.11 0.19 0.14 0.39 0.25 0.19 0.17 0.19 0.08 0.16 0.06 0.12 0.09 0.02 0.04
O4' 0.08 0.22 0.05 0.07 0.07 0.11 0.07 0.14 0.13 0.18 0.21 0.29 0.16 0.14 0.08 0.05 0.03 0.12 0.15 0.13 0.22 0.12 0.15
O5' 0.04 0.19 0.02 0.04 0.09 0.09 0.08 0.12 0.13 0.09 0.18 0.23 0.15 0.07 0.04 0.02 0.00 0.08 0.10 0.13 0.19 0.04 0.10
OP1 0.08 0.18 0.10 0.05 0.13 0.02 0.14 0.05 0.17 0.13 0.18 0.20 0.16 0.14 0.11 0.06 0.01 0.03 0.04 0.17 0.22 0.07 0.11
OP2 0.11 0.17 0.05 0.09 0.16 0.15 0.18 0.21 0.19 0.17 0.19 0.18 0.15 0.18 0.15 0.01 0.01 0.15 0.26 0.20 0.35 0.32 0.31
P 0.00 0.14 0.02 0.00 0.08 0.03 0.07 0.06 0.10 0.03 0.13 0.17 0.11 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.10 0.19 0.12 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.07 0.08
C2 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.01 0.11 0.00 0.13 0.19 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.09 0.11 0.08 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.13 0.16 0.16
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.16 0.19 0.19
C5' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.18 0.22 0.21
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.00 0.14 0.14 0.16
N1 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.16 0.21 0.20
N2 0.00 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.12 0.00 0.13 0.19 0.17
N3 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.11 0.16 0.15
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.11 0.00 0.17 0.19 0.20
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.12 0.13
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03
O3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.11 0.14 0.10 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.11 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.06 0.07
O5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.10 0.00 0.12 0.00 0.13 0.08 0.13 0.12 0.10 0.11 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.20 0.24 0.22
OP1 0.05 0.13 0.02 0.05 0.13 0.01 0.16 0.02 0.18 0.14 0.16 0.13 0.11 0.17 0.10 0.02 0.11 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.19 0.04 0.04 0.16 0.02 0.19 0.00 0.22 0.14 0.21 0.19 0.16 0.19 0.12 0.04 0.06 0.06 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.17 0.04 0.02 0.16 0.02 0.19 0.00 0.21 0.16 0.20 0.17 0.15 0.20 0.13 0.03 0.05 0.07 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00