ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55221

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.006, 0.029, 0.052, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.029 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.012, 0.036, 0.059, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.003, 0.031, 0.058, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.031 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.003, 0.031, 0.058, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.031 std_dev=0.027
C6 A 0, 0.017, 0.045, 0.074, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.045 std_dev=0.028
O2 A 0, -0.003, 0.084, 0.172, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.084 std_dev=0.088
O4 A 0, -0.027, 0.115, 0.257, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.115 std_dev=0.142
O2' B 0, 0.138, 0.363, 0.588, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.363 std_dev=0.225
C2' B 0, 0.242, 0.475, 0.708, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.475 std_dev=0.233
O4' A 0, -0.198, 0.338, 0.874, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.338 std_dev=0.536
C8 B 0, 0.301, 0.842, 1.383, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.842 std_dev=0.541
C1' B 0, 0.174, 0.780, 1.387, 2.006 max_d=2.006 avg_d=0.780 std_dev=0.606
C2' A 0, -0.225, 0.404, 1.032, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.404 std_dev=0.629
C3' B 0, 0.106, 0.769, 1.431, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.769 std_dev=0.663
C4' A 0, -0.187, 0.507, 1.200, 2.034 max_d=2.034 avg_d=0.507 std_dev=0.694
C3' A 0, -0.248, 0.450, 1.148, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.450 std_dev=0.698
O3' A 0, -0.209, 0.504, 1.217, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.504 std_dev=0.713
OP2 B 0, 0.462, 1.212, 1.962, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.212 std_dev=0.750
N9 B 0, 0.116, 0.972, 1.828, 2.722 max_d=2.722 avg_d=0.972 std_dev=0.856
O4' B 0, 0.037, 0.942, 1.847, 2.873 max_d=2.873 avg_d=0.942 std_dev=0.905
C4' B 0, -0.095, 0.930, 1.955, 3.165 max_d=3.165 avg_d=0.930 std_dev=1.025
N7 B 0, 0.126, 1.155, 2.185, 3.196 max_d=3.196 avg_d=1.155 std_dev=1.030
O2' A 0, -0.385, 0.650, 1.685, 2.930 max_d=2.930 avg_d=0.650 std_dev=1.035
C5' A 0, -0.186, 0.881, 1.948, 3.226 max_d=3.226 avg_d=0.881 std_dev=1.067
O5' A 0, 0.093, 1.281, 2.469, 3.756 max_d=3.756 avg_d=1.281 std_dev=1.188
O5' B 0, -0.041, 1.252, 2.545, 4.055 max_d=4.055 avg_d=1.252 std_dev=1.293
O3' B 0, -0.214, 1.099, 2.412, 3.981 max_d=3.981 avg_d=1.099 std_dev=1.313
P B 0, 0.055, 1.368, 2.682, 4.159 max_d=4.159 avg_d=1.368 std_dev=1.313
C5' B 0, -0.301, 1.321, 2.943, 4.882 max_d=4.882 avg_d=1.321 std_dev=1.622
C4 B 0, -0.231, 1.394, 3.019, 4.906 max_d=4.906 avg_d=1.394 std_dev=1.625
P A 0, -0.325, 1.354, 3.034, 5.033 max_d=5.033 avg_d=1.354 std_dev=1.679
C5 B 0, -0.227, 1.497, 3.221, 5.193 max_d=5.193 avg_d=1.497 std_dev=1.724
OP2 A 0, -0.230, 1.522, 3.274, 5.326 max_d=5.326 avg_d=1.522 std_dev=1.752
OP1 B 0, -0.254, 1.663, 3.580, 5.816 max_d=5.816 avg_d=1.663 std_dev=1.917
N3 B 0, -0.538, 1.671, 3.880, 6.522 max_d=6.522 avg_d=1.671 std_dev=2.209
OP1 A 0, -0.478, 2.003, 4.483, 7.462 max_d=7.462 avg_d=2.003 std_dev=2.480
C6 B 0, -0.576, 1.940, 4.456, 7.414 max_d=7.414 avg_d=1.940 std_dev=2.516
O6 B 0, -0.615, 2.128, 4.871, 8.083 max_d=8.083 avg_d=2.128 std_dev=2.743
C2 B 0, -0.855, 2.070, 4.995, 8.518 max_d=8.518 avg_d=2.070 std_dev=2.925
N1 B 0, -0.873, 2.209, 5.291, 8.983 max_d=8.983 avg_d=2.209 std_dev=3.082
N2 B 0, -1.165, 2.403, 5.972, 10.299 max_d=10.299 avg_d=2.403 std_dev=3.568

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.24 0.01 0.01 0.17 0.59 0.14 0.32
C2 0.02 0.00 0.24 0.21 0.02 0.04 0.02 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.03 0.17 0.27 0.84 0.12 0.46
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.04 0.03 0.19 0.23 0.24 0.02 0.15 0.46 0.00 0.03 0.04 0.02 0.36 0.47 0.32 0.40
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.17 0.00 0.12 0.03 0.08 0.13 0.21 0.27 0.01 0.01 0.16 0.02 0.35 0.50 0.11 0.21
C4 0.01 0.02 0.04 0.17 0.00 0.06 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.03 0.26 0.06 0.00 0.04 0.32 1.03 0.14 0.56
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.05 0.07 0.22 0.03 0.07 0.01 0.03 0.39 0.24 0.08
C5 0.01 0.02 0.19 0.12 0.01 0.10 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.03 0.40 0.08 0.01 0.08 0.24 0.91 0.12 0.50
C5' 0.12 0.20 0.23 0.03 0.29 0.01 0.30 0.00 0.27 0.19 0.26 0.17 0.12 0.15 0.31 0.03 0.01 0.36 0.38 0.03
C6 0.02 0.01 0.24 0.08 0.01 0.10 0.00 0.27 0.00 0.00 0.02 0.02 0.40 0.10 0.02 0.13 0.18 0.76 0.10 0.43
N1 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.03 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.11 0.01 0.02 0.20 0.74 0.10 0.41
N3 0.02 0.01 0.15 0.21 0.01 0.05 0.01 0.26 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.07 0.02 0.13 0.33 0.98 0.13 0.54
O2 0.05 0.01 0.46 0.27 0.03 0.07 0.03 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.39 0.09 0.04 0.26 0.25 0.78 0.12 0.41
O2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.26 0.22 0.40 0.12 0.40 0.15 0.11 0.39 0.00 0.08 0.27 0.12 0.31 0.38 0.30 0.30
O3' 0.24 0.08 0.03 0.01 0.06 0.03 0.08 0.15 0.10 0.11 0.07 0.09 0.08 0.00 0.06 0.21 0.35 0.69 0.25 0.34
O4 0.01 0.03 0.04 0.16 0.00 0.07 0.01 0.31 0.02 0.01 0.02 0.04 0.27 0.06 0.00 0.03 0.37 1.13 0.16 0.61
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.03 0.13 0.02 0.13 0.26 0.12 0.21 0.03 0.00 0.13 0.58 0.14 0.22
O5' 0.17 0.27 0.36 0.35 0.32 0.03 0.24 0.01 0.18 0.20 0.33 0.25 0.31 0.35 0.37 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.59 0.84 0.47 0.50 1.03 0.39 0.91 0.36 0.76 0.74 0.98 0.78 0.38 0.69 1.13 0.58 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.12 0.32 0.11 0.14 0.24 0.12 0.38 0.10 0.10 0.13 0.12 0.30 0.25 0.16 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.46 0.40 0.21 0.56 0.08 0.50 0.03 0.43 0.41 0.54 0.41 0.30 0.34 0.61 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.28 0.54 0.11 0.21 0.34 0.11 0.26 0.14 0.31 0.14 0.44 0.67 0.50 0.14 0.24 0.18 0.45 0.27 0.19 0.27 0.23 0.46 0.19
C2 0.33 1.23 0.10 0.39 0.74 0.42 0.64 0.65 0.84 0.20 1.11 1.52 1.06 0.34 0.42 0.18 0.77 0.12 0.36 0.80 0.75 0.27 0.26
C2' 0.52 0.37 0.61 0.64 0.50 0.52 0.55 0.52 0.52 0.62 0.43 0.29 0.40 0.62 0.55 0.56 0.69 0.45 0.45 0.55 0.60 0.26 0.39
C3' 0.20 0.23 0.23 0.17 0.26 0.11 0.32 0.09 0.33 0.31 0.29 0.20 0.22 0.35 0.26 0.19 0.16 0.17 0.17 0.37 0.21 0.31 0.16
C4 0.42 1.84 0.19 0.53 1.11 0.74 1.01 1.10 1.32 0.34 1.69 2.23 1.57 0.58 0.63 0.22 0.97 0.18 0.69 1.28 1.12 0.21 0.57
C4' 0.28 0.16 0.11 0.13 0.12 0.38 0.05 0.35 0.06 0.05 0.07 0.23 0.21 0.07 0.13 0.29 0.11 0.44 0.31 0.10 0.11 0.46 0.30
C5 0.41 1.59 0.19 0.51 1.00 0.70 0.88 0.99 1.13 0.30 1.44 1.89 1.42 0.50 0.58 0.24 0.94 0.16 0.63 1.07 0.95 0.21 0.47
C5' 0.30 0.23 0.24 0.29 0.24 0.48 0.28 0.46 0.31 0.23 0.27 0.22 0.24 0.28 0.23 0.33 0.29 0.45 0.25 0.35 0.15 0.31 0.21
C6 0.35 1.10 0.11 0.40 0.70 0.44 0.59 0.63 0.75 0.20 0.98 1.32 1.00 0.32 0.42 0.21 0.80 0.12 0.38 0.70 0.64 0.31 0.24
N1 0.32 0.97 0.10 0.33 0.60 0.30 0.50 0.47 0.64 0.18 0.86 1.18 0.86 0.27 0.36 0.19 0.69 0.17 0.25 0.59 0.55 0.34 0.16
N3 0.37 1.61 0.14 0.48 0.95 0.61 0.86 0.92 1.14 0.28 1.48 1.97 1.36 0.48 0.53 0.18 0.91 0.12 0.55 1.10 1.00 0.22 0.46
O2 0.31 1.12 0.10 0.35 0.66 0.34 0.57 0.56 0.76 0.18 1.01 1.40 0.96 0.29 0.38 0.18 0.69 0.14 0.29 0.72 0.70 0.27 0.22
O2' 0.72 0.79 0.75 0.65 0.80 0.55 0.83 0.50 0.84 0.78 0.82 0.75 0.78 0.82 0.78 0.74 0.60 0.59 0.37 0.86 0.48 0.27 0.33
O3' 0.24 0.38 0.20 0.09 0.33 0.16 0.36 0.17 0.40 0.28 0.41 0.39 0.34 0.33 0.28 0.21 0.09 0.20 0.18 0.43 0.11 0.37 0.18
O4 0.46 2.16 0.24 0.57 1.29 0.85 1.21 1.27 1.59 0.43 2.02 2.63 1.81 0.72 0.73 0.24 1.02 0.25 0.82 1.56 1.31 0.25 0.71
O4' 0.63 0.72 0.38 0.21 0.59 0.47 0.48 0.35 0.50 0.38 0.62 0.81 0.73 0.36 0.53 0.56 0.15 0.69 0.47 0.44 0.17 0.71 0.47
O5' 0.43 0.54 0.42 0.17 0.43 0.19 0.35 0.06 0.36 0.28 0.45 0.62 0.54 0.29 0.38 0.60 0.02 0.33 0.23 0.32 0.41 0.15 0.18
OP1 0.07 0.17 0.09 0.14 0.12 0.23 0.22 0.45 0.21 0.32 0.14 0.26 0.16 0.35 0.15 0.26 0.02 0.19 0.79 0.28 1.05 0.65 0.84
OP2 0.15 0.30 0.22 0.03 0.13 0.03 0.08 0.19 0.08 0.23 0.17 0.41 0.31 0.24 0.08 0.39 0.02 0.05 0.72 0.11 0.77 0.44 0.64
P 0.12 0.22 0.17 0.02 0.10 0.05 0.05 0.18 0.04 0.15 0.12 0.31 0.23 0.16 0.06 0.32 0.01 0.04 0.54 0.08 0.66 0.26 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.01 0.22 0.61 0.23
C2 0.04 0.00 0.07 0.06 0.02 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.07 0.29 0.03 0.33 0.58 0.28
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.10 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.22 0.01 0.13 0.39 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.08 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.03 0.22 0.24 0.16
C4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.31 0.00 0.29 0.56 0.24
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.15 0.43 0.10
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.40 0.00 0.31 0.45 0.23
C5' 0.04 0.11 0.02 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.12 0.11 0.09 0.16 0.10 0.03 0.03 0.02 0.01 0.13 0.19 0.29 0.02
C6 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.40 0.01 0.33 0.42 0.24
C8 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.44 0.02 0.27 0.43 0.19
N1 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.35 0.02 0.34 0.50 0.26
N2 0.06 0.01 0.10 0.08 0.03 0.07 0.03 0.11 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.11 0.08 0.08 0.26 0.05 0.34 0.61 0.31
N3 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.24 0.01 0.30 0.61 0.27
N7 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.47 0.03 0.30 0.35 0.23
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.30 0.00 0.26 0.57 0.21
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.11 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.02 0.11 0.46 0.10
O3' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03 0.08 0.05 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02 0.34 0.05 0.34 0.20 0.25
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.19 0.03 0.28 0.67 0.32
O5' 0.15 0.29 0.22 0.33 0.31 0.02 0.40 0.01 0.40 0.44 0.35 0.26 0.24 0.47 0.30 0.07 0.34 0.19 0.00 0.43 0.04 0.02 0.01
O6 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.43 0.00 0.33 0.33 0.23
OP1 0.22 0.33 0.13 0.22 0.29 0.15 0.31 0.19 0.33 0.27 0.34 0.34 0.30 0.30 0.26 0.11 0.34 0.28 0.04 0.33 0.00 0.02 0.00
OP2 0.61 0.58 0.39 0.24 0.56 0.43 0.45 0.29 0.42 0.43 0.50 0.61 0.61 0.35 0.57 0.46 0.20 0.67 0.02 0.33 0.02 0.00 0.02
P 0.23 0.28 0.05 0.16 0.24 0.10 0.23 0.02 0.24 0.19 0.26 0.31 0.27 0.23 0.21 0.10 0.25 0.32 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00