ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55222

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.031 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.052, 0.125, 0.197, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.125 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.040, 0.123, 0.205, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.123 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.066, 0.155, 0.243, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.155 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.063, 0.172, 0.280, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.172 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.075, 0.194, 0.312, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.194 std_dev=0.118
O6 B 0, 0.117, 0.267, 0.418, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.267 std_dev=0.151
C6 B 0, 0.027, 0.182, 0.337, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.182 std_dev=0.155
O5' A 0, 0.130, 0.292, 0.455, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.292 std_dev=0.162
N1 B 0, 0.160, 0.322, 0.485, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.322 std_dev=0.162
C5' A 0, 0.070, 0.233, 0.397, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.233 std_dev=0.164
C5 B 0, 0.051, 0.221, 0.390, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.221 std_dev=0.169
O4' B 0, 0.150, 0.321, 0.493, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.321 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.148, 0.319, 0.490, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.319 std_dev=0.171
OP2 A 0, 0.163, 0.337, 0.511, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.337 std_dev=0.174
O3' A 0, 0.117, 0.293, 0.470, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.293 std_dev=0.177
P A 0, 0.166, 0.349, 0.533, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.349 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.158, 0.345, 0.531, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.345 std_dev=0.186
N9 B 0, 0.168, 0.357, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.357 std_dev=0.190
N7 B 0, 0.156, 0.346, 0.536, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.346 std_dev=0.190
OP1 A 0, 0.189, 0.389, 0.589, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.389 std_dev=0.200
C8 B 0, 0.184, 0.388, 0.591, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.388 std_dev=0.203
C1' B 0, 0.186, 0.394, 0.602, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.394 std_dev=0.208
O3' B 0, 0.193, 0.406, 0.620, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.406 std_dev=0.213
C5' B 0, 0.200, 0.414, 0.627, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.414 std_dev=0.214
C3' B 0, 0.207, 0.437, 0.668, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.437 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.231, 0.465, 0.700, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.465 std_dev=0.234
C2 B 0, 0.230, 0.467, 0.705, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.467 std_dev=0.237
C2' B 0, 0.226, 0.479, 0.733, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.479 std_dev=0.253
P B 0, 0.257, 0.528, 0.799, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.528 std_dev=0.271
O5' B 0, 0.278, 0.562, 0.845, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.562 std_dev=0.284
O2' B 0, 0.261, 0.550, 0.838, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.550 std_dev=0.289
N2 B 0, 0.313, 0.657, 1.002, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.657 std_dev=0.344
OP2 B 0, 0.525, 1.126, 1.727, 1.662 max_d=1.662 avg_d=1.126 std_dev=0.601
OP1 B 0, 0.574, 1.229, 1.884, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.229 std_dev=0.655

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03
O2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.09 0.06
O4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04
O5' 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.08 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.13 0.03 0.04 0.29 0.04
C2 0.03 0.08 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.09 0.09 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.13 0.04 0.07 0.31 0.07
C2' 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03 0.03 0.11 0.04 0.04 0.30 0.04
C3' 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.04 0.07 0.06 0.05 0.04 0.07 0.03 0.06 0.30 0.05
C4 0.02 0.11 0.02 0.04 0.06 0.06 0.02 0.08 0.04 0.02 0.08 0.14 0.11 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.13 0.05 0.16 0.31 0.11
C4' 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.05 0.02 0.09 0.28 0.04
C5 0.01 0.10 0.01 0.03 0.07 0.06 0.05 0.08 0.06 0.00 0.08 0.10 0.10 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.13 0.06 0.14 0.33 0.11
C5' 0.09 0.03 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.10 0.02 0.09 0.01 0.08 0.09 0.05 0.05 0.10 0.01 0.04 0.08 0.30 0.09
C6 0.03 0.07 0.02 0.02 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.13 0.05 0.07 0.32 0.08
N1 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.08 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.13 0.04 0.04 0.31 0.06
N3 0.02 0.10 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.13 0.11 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.13 0.04 0.13 0.31 0.09
O2 0.03 0.07 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.09 0.09 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.13 0.04 0.06 0.30 0.06
O2' 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.02 0.04 0.12 0.04 0.08 0.28 0.05
O3' 0.08 0.03 0.08 0.07 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.07 0.04 0.09 0.02 0.04 0.08 0.08 0.08 0.05 0.05 0.03 0.09 0.29 0.05
O4 0.03 0.13 0.04 0.05 0.04 0.07 0.01 0.09 0.04 0.05 0.09 0.17 0.11 0.05 0.02 0.02 0.04 0.06 0.14 0.05 0.20 0.29 0.11
O4' 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.10 0.02 0.07 0.27 0.03
O5' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.07 0.13 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.17 0.17 0.03
OP1 0.02 0.09 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.13 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.28 0.05 0.12
OP2 0.01 0.10 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.08 0.15 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.22 0.12 0.06
P 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.07 0.14 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.21 0.11 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.25 0.11
C2 0.06 0.00 0.06 0.07 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.09 0.06 0.07 0.01 0.21 0.37 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.17 0.07
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.11 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01
C4 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.22 0.33 0.18
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.10 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.15 0.04
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.30 0.33 0.22
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.00 0.33 0.35 0.24
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.02 0.25 0.24 0.18
N1 0.05 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.07 0.01 0.28 0.37 0.21
N2 0.08 0.00 0.09 0.11 0.02 0.10 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.13 0.08 0.09 0.02 0.18 0.37 0.15
N3 0.06 0.00 0.07 0.07 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.08 0.05 0.06 0.01 0.17 0.35 0.16
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.02 0.33 0.27 0.22
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.18 0.28 0.16
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.11 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.18 0.06
O3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.13 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.14 0.01
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.25 0.11
O5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.08 0.05 0.02 0.03 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.39 0.35 0.26
OP1 0.08 0.21 0.02 0.09 0.22 0.04 0.30 0.05 0.33 0.25 0.28 0.18 0.17 0.33 0.18 0.02 0.13 0.07 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.37 0.17 0.12 0.33 0.15 0.33 0.04 0.35 0.24 0.37 0.37 0.35 0.27 0.28 0.18 0.14 0.25 0.00 0.35 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.18 0.07 0.01 0.18 0.04 0.22 0.01 0.24 0.18 0.21 0.15 0.16 0.22 0.16 0.06 0.01 0.11 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00