ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55226

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.014, 0.035, 0.057, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.011, 0.046, 0.081, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.046 std_dev=0.035
C3' A 0, -0.006, 0.043, 0.093, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.043 std_dev=0.050
O3' A 0, 0.039, 0.104, 0.169, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.104 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.019, 0.090, 0.161, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.090 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.018, 0.101, 0.184, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.101 std_dev=0.083
C2' A 0, -0.014, 0.085, 0.183, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.085 std_dev=0.099
C3' B 0, 0.060, 0.207, 0.354, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.207 std_dev=0.147
C5' A 0, -0.005, 0.166, 0.336, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.166 std_dev=0.170
O2' A 0, -0.013, 0.186, 0.385, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.186 std_dev=0.199
C2' B 0, 0.196, 0.472, 0.747, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.472 std_dev=0.276
OP1 A 0, 0.233, 0.595, 0.957, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.595 std_dev=0.362
O3' B 0, 0.269, 0.648, 1.027, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.648 std_dev=0.379
C1' B 0, 0.273, 0.656, 1.038, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.656 std_dev=0.383
P A 0, -0.053, 0.332, 0.717, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.332 std_dev=0.385
OP2 A 0, 0.252, 0.640, 1.028, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.640 std_dev=0.388
C4' B 0, 0.293, 0.737, 1.180, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.737 std_dev=0.443
O5' A 0, -0.036, 0.450, 0.936, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.450 std_dev=0.486
O4' B 0, 0.325, 0.823, 1.322, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.823 std_dev=0.499
N9 B 0, 0.286, 0.817, 1.348, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.817 std_dev=0.531
O2' B 0, 0.317, 0.861, 1.406, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.861 std_dev=0.545
C4 B 0, 0.394, 1.023, 1.651, 1.690 max_d=1.690 avg_d=1.023 std_dev=0.628
O5' B 0, 0.425, 1.062, 1.698, 1.696 max_d=1.696 avg_d=1.062 std_dev=0.637
N3 B 0, 0.462, 1.116, 1.770, 1.661 max_d=1.661 avg_d=1.116 std_dev=0.654
C5' B 0, 0.489, 1.171, 1.854, 1.663 max_d=1.663 avg_d=1.171 std_dev=0.683
C8 B 0, 0.125, 0.856, 1.586, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.856 std_dev=0.730
C2 B 0, 0.556, 1.328, 2.099, 1.912 max_d=1.912 avg_d=1.328 std_dev=0.772
OP2 B 0, 0.182, 0.954, 1.727, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.954 std_dev=0.773
P B 0, 0.080, 0.882, 1.684, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.882 std_dev=0.802
C5 B 0, 0.296, 1.129, 1.962, 2.340 max_d=2.340 avg_d=1.129 std_dev=0.833
N1 B 0, 0.558, 1.440, 2.322, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.440 std_dev=0.882
N2 B 0, 0.572, 1.458, 2.344, 2.260 max_d=2.260 avg_d=1.458 std_dev=0.886
N7 B 0, 0.101, 1.027, 1.953, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.027 std_dev=0.926
OP1 B 0, 0.483, 1.412, 2.341, 2.609 max_d=2.609 avg_d=1.412 std_dev=0.929
C6 B 0, 0.381, 1.349, 2.318, 2.723 max_d=2.723 avg_d=1.349 std_dev=0.968
O6 B 0, 0.282, 1.472, 2.661, 3.310 max_d=3.310 avg_d=1.472 std_dev=1.190

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.05 0.17 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.10 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.22 0.14 0.22 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.20 0.27 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.09 0.17 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.09 0.27 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.09 0.13 0.16 0.08
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.07 0.07 0.02 0.00 0.06 0.02 0.00 0.09 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.08 0.09 0.13 0.08
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.03
N3 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.14 0.02
O2 0.03 0.01 0.09 0.05 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.02 0.02 0.01 0.13 0.10 0.09 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.13 0.00 0.05 0.03 0.02 0.24 0.16 0.23 0.04
O3' 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.17 0.20 0.27 0.04
O4 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.12 0.20 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.09 0.03 0.21 0.06
O5' 0.05 0.07 0.22 0.22 0.04 0.02 0.09 0.00 0.08 0.03 0.04 0.13 0.24 0.17 0.05 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.04 0.14 0.20 0.09 0.09 0.13 0.09 0.09 0.01 0.02 0.10 0.16 0.20 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.10 0.22 0.27 0.17 0.27 0.16 0.26 0.13 0.11 0.14 0.09 0.23 0.27 0.20 0.21 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.08 0.01 0.08 0.03 0.02 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.24 0.18 0.08 0.24 0.17 0.25 0.20 0.25 0.23 0.24 0.22 0.24 0.24 0.23 0.28 0.05 0.20 0.19 0.25 0.36 0.52 0.13
C2 0.05 0.10 0.14 0.02 0.09 0.18 0.10 0.18 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.30 0.05 0.17 0.21 0.11 0.42 0.39 0.20
C2' 0.07 0.01 0.10 0.03 0.05 0.13 0.04 0.14 0.03 0.07 0.01 0.03 0.03 0.06 0.06 0.20 0.03 0.13 0.14 0.02 0.33 0.51 0.11
C3' 0.20 0.13 0.13 0.11 0.18 0.22 0.18 0.23 0.16 0.21 0.14 0.09 0.16 0.19 0.20 0.18 0.13 0.25 0.30 0.16 0.31 0.60 0.19
C4 0.14 0.08 0.11 0.07 0.05 0.28 0.06 0.23 0.08 0.07 0.09 0.10 0.05 0.06 0.08 0.32 0.17 0.32 0.41 0.09 0.50 0.26 0.35
C4' 0.35 0.34 0.24 0.17 0.37 0.29 0.38 0.29 0.37 0.38 0.35 0.31 0.36 0.38 0.37 0.26 0.19 0.37 0.39 0.38 0.33 0.64 0.24
C5 0.07 0.21 0.15 0.06 0.13 0.26 0.15 0.22 0.19 0.08 0.22 0.23 0.17 0.12 0.07 0.38 0.17 0.26 0.35 0.20 0.48 0.32 0.29
C5' 0.39 0.37 0.27 0.22 0.40 0.33 0.41 0.30 0.40 0.41 0.38 0.32 0.38 0.41 0.40 0.27 0.27 0.41 0.44 0.40 0.32 0.68 0.28
C6 0.10 0.25 0.18 0.01 0.21 0.19 0.22 0.19 0.24 0.17 0.26 0.25 0.24 0.19 0.17 0.36 0.09 0.17 0.21 0.25 0.42 0.42 0.19
N1 0.11 0.20 0.17 0.03 0.18 0.17 0.19 0.18 0.20 0.16 0.20 0.19 0.19 0.17 0.15 0.32 0.03 0.16 0.17 0.20 0.40 0.44 0.16
N3 0.08 0.05 0.12 0.03 0.04 0.23 0.05 0.20 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.30 0.11 0.25 0.32 0.06 0.46 0.31 0.28
O2 0.06 0.06 0.15 0.04 0.08 0.16 0.08 0.17 0.08 0.09 0.07 0.04 0.07 0.09 0.08 0.29 0.02 0.16 0.18 0.08 0.40 0.41 0.17
O2' 0.04 0.16 0.13 0.06 0.10 0.12 0.11 0.12 0.14 0.06 0.16 0.19 0.12 0.08 0.06 0.23 0.05 0.10 0.12 0.15 0.34 0.45 0.11
O3' 0.23 0.16 0.14 0.12 0.21 0.24 0.21 0.26 0.19 0.24 0.16 0.12 0.19 0.23 0.23 0.19 0.13 0.28 0.34 0.19 0.33 0.61 0.22
O4 0.24 0.08 0.08 0.12 0.14 0.35 0.11 0.28 0.07 0.16 0.07 0.07 0.14 0.13 0.18 0.29 0.21 0.41 0.53 0.06 0.55 0.18 0.44
O4' 0.34 0.41 0.26 0.14 0.41 0.24 0.42 0.26 0.43 0.39 0.42 0.39 0.42 0.40 0.39 0.34 0.13 0.31 0.29 0.43 0.36 0.57 0.17
O5' 0.07 0.11 0.07 0.03 0.10 0.16 0.10 0.18 0.11 0.08 0.11 0.10 0.11 0.09 0.08 0.18 0.01 0.12 0.15 0.12 0.49 0.35 0.21
OP1 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.15 0.08 0.19 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.05 0.01 0.12 0.16 0.07 0.50 0.30 0.25
OP2 0.11 0.10 0.17 0.13 0.13 0.09 0.16 0.14 0.16 0.17 0.13 0.06 0.10 0.18 0.14 0.19 0.01 0.10 0.09 0.18 0.20 0.69 0.14
P 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.08 0.00 0.04 0.12 0.06 0.34 0.48 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.26 0.03 0.16 0.48 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.32 0.01 0.06 0.45 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.33 0.06 0.20 0.58 0.11
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.05 0.24 0.53 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.33 0.01 0.04 0.46 0.05
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.02 0.07 0.04 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.23 0.45 0.05
C5 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.34 0.01 0.09 0.45 0.09
C5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.04 0.03 0.02 0.10 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.10 0.19 0.43 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.33 0.00 0.12 0.43 0.10
C8 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.35 0.02 0.09 0.50 0.09
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.33 0.01 0.05 0.44 0.07
N2 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.07 0.31 0.01 0.11 0.43 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.31 0.01 0.10 0.45 0.06
N7 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.34 0.02 0.17 0.45 0.12
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.33 0.02 0.05 0.48 0.05
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.33 0.02 0.23 0.58 0.12
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.09 0.04 0.25 0.50 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.14 0.04 0.21 0.42 0.12
O5' 0.26 0.32 0.33 0.18 0.33 0.01 0.34 0.00 0.33 0.35 0.33 0.31 0.31 0.34 0.33 0.33 0.09 0.14 0.00 0.32 0.01 0.03 0.00
O6 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.32 0.00 0.20 0.41 0.13
OP1 0.16 0.06 0.20 0.24 0.04 0.23 0.09 0.19 0.12 0.09 0.05 0.11 0.10 0.17 0.05 0.23 0.25 0.21 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.45 0.58 0.53 0.46 0.45 0.45 0.43 0.43 0.50 0.44 0.43 0.45 0.45 0.48 0.58 0.50 0.42 0.03 0.41 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.11 0.09 0.05 0.05 0.09 0.01 0.10 0.09 0.07 0.07 0.06 0.12 0.05 0.12 0.05 0.12 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00