ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55227

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.008, 0.032, 0.057, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.010, 0.042, 0.073, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.042 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.002, 0.036, 0.070, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.036 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.022, 0.090, 0.158, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.090 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.059, 0.172, 0.286, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.172 std_dev=0.113
O4 A 0, 0.074, 0.196, 0.318, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.196 std_dev=0.122
C2' A 0, 0.043, 0.197, 0.351, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.197 std_dev=0.154
O2' A 0, 0.060, 0.231, 0.402, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.231 std_dev=0.171
C4' A 0, 0.103, 0.327, 0.550, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.327 std_dev=0.223
C3' A 0, 0.062, 0.293, 0.524, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.293 std_dev=0.231
O3' A 0, 0.034, 0.321, 0.607, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.321 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.131, 0.430, 0.729, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.430 std_dev=0.299
O2' B 0, 0.118, 0.435, 0.753, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.435 std_dev=0.318
O5' A 0, 0.171, 0.495, 0.819, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.495 std_dev=0.324
O3' B 0, 0.153, 0.497, 0.840, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.497 std_dev=0.343
C3' B 0, 0.140, 0.503, 0.865, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.503 std_dev=0.362
P A 0, 0.201, 0.608, 1.015, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.608 std_dev=0.407
C4' B 0, 0.302, 0.722, 1.141, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.722 std_dev=0.420
OP2 A 0, 0.255, 0.716, 1.176, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.716 std_dev=0.461
C2' B 0, 0.223, 0.685, 1.148, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.685 std_dev=0.462
O4' B 0, 0.244, 0.796, 1.349, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.796 std_dev=0.553
OP1 A 0, 0.266, 0.841, 1.415, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.841 std_dev=0.575
C5' B 0, 0.392, 1.083, 1.773, 1.913 max_d=1.913 avg_d=1.083 std_dev=0.690
O5' B 0, 0.452, 1.299, 2.145, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.299 std_dev=0.846
C1' B 0, 0.350, 1.223, 2.096, 2.328 max_d=2.328 avg_d=1.223 std_dev=0.873
N3 B 0, 0.351, 1.833, 3.314, 3.912 max_d=3.912 avg_d=1.833 std_dev=1.481
P B 0, 0.631, 2.154, 3.677, 3.794 max_d=3.794 avg_d=2.154 std_dev=1.523
N9 B 0, 0.350, 2.033, 3.716, 3.995 max_d=3.995 avg_d=2.033 std_dev=1.683
C4 B 0, 0.352, 2.107, 3.861, 4.299 max_d=4.299 avg_d=2.107 std_dev=1.755
C2 B 0, 0.359, 2.143, 3.928, 4.640 max_d=4.640 avg_d=2.143 std_dev=1.785
OP1 B 0, 0.732, 2.695, 4.659, 4.834 max_d=4.834 avg_d=2.695 std_dev=1.963
OP2 B 0, 0.655, 2.649, 4.643, 4.683 max_d=4.683 avg_d=2.649 std_dev=1.994
N2 B 0, 0.463, 2.545, 4.627, 5.335 max_d=5.335 avg_d=2.545 std_dev=2.082
N1 B 0, 0.345, 2.674, 5.004, 5.694 max_d=5.694 avg_d=2.674 std_dev=2.330
C5 B 0, 0.321, 3.088, 5.854, 6.213 max_d=6.213 avg_d=3.088 std_dev=2.767
C8 B 0, 0.291, 3.119, 5.946, 6.131 max_d=6.131 avg_d=3.119 std_dev=2.828
C6 B 0, 0.317, 3.379, 6.441, 6.923 max_d=6.923 avg_d=3.379 std_dev=3.062
N7 B 0, 0.270, 3.794, 7.317, 7.532 max_d=7.532 avg_d=3.794 std_dev=3.524
O6 B 0, 0.273, 4.285, 8.296, 8.748 max_d=8.748 avg_d=4.285 std_dev=4.012

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.06 0.15 0.05
C2 0.05 0.00 0.09 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02 0.03 0.10 0.04 0.26 0.10
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.10 0.14 0.00 0.03 0.08 0.01 0.08 0.07 0.11 0.04
C3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.07 0.12 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.09 0.04
C4 0.02 0.01 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01 0.04 0.09 0.04 0.30 0.08
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.10 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.08 0.04
C5 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.09 0.05 0.30 0.08
C5' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.11 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.12 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.03 0.26 0.08
N1 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.23 0.08
N3 0.03 0.01 0.10 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02 0.01 0.10 0.04 0.28 0.09
O2 0.10 0.01 0.14 0.12 0.01 0.10 0.03 0.11 0.04 0.04 0.01 0.00 0.13 0.09 0.02 0.09 0.13 0.08 0.24 0.12
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.03 0.04 0.02 0.10 0.13 0.00 0.05 0.10 0.01 0.07 0.06 0.10 0.04
O3' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.09 0.05 0.00 0.03 0.04 0.01 0.11 0.07 0.03
O4 0.02 0.02 0.08 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.10 0.03 0.00 0.06 0.08 0.05 0.31 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.09 0.15 0.08
O5' 0.07 0.10 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.08 0.10 0.13 0.07 0.01 0.08 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.04 0.07 0.08 0.04 0.11 0.05 0.12 0.03 0.01 0.04 0.08 0.06 0.11 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.26 0.11 0.09 0.30 0.08 0.30 0.02 0.26 0.23 0.28 0.24 0.10 0.07 0.31 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.04 0.04 0.08 0.04 0.08 0.01 0.08 0.08 0.09 0.12 0.04 0.03 0.07 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.61 0.39 0.07 0.15 0.67 0.23 0.89 0.56 0.83 1.13 0.59 0.20 0.39 1.15 0.80 0.18 0.12 0.31 0.45 0.94 1.11 0.51 0.70
C2 0.61 0.41 0.05 0.14 0.87 0.32 1.32 0.57 1.26 1.68 0.81 0.12 0.37 1.79 1.05 0.19 0.09 0.23 0.31 1.52 0.89 0.19 0.48
C2' 0.52 0.20 0.06 0.11 0.46 0.15 0.62 0.43 0.55 0.87 0.35 0.04 0.23 0.85 0.61 0.13 0.10 0.30 0.38 0.64 1.00 0.50 0.63
C3' 0.48 0.20 0.07 0.12 0.36 0.11 0.40 0.44 0.34 0.57 0.25 0.11 0.25 0.52 0.46 0.15 0.11 0.32 0.51 0.35 1.22 0.77 0.83
C4 0.59 0.46 0.13 0.10 1.01 0.30 1.62 0.39 1.55 2.02 0.98 0.17 0.37 2.20 1.21 0.17 0.08 0.21 0.09 1.88 0.43 0.30 0.10
C4' 0.53 0.37 0.05 0.14 0.45 0.12 0.45 0.51 0.41 0.54 0.38 0.33 0.41 0.50 0.51 0.17 0.13 0.36 0.59 0.40 1.34 0.86 0.92
C5 0.59 0.43 0.12 0.10 0.90 0.28 1.37 0.36 1.28 1.75 0.83 0.16 0.36 1.83 1.10 0.19 0.07 0.20 0.07 1.52 0.40 0.24 0.09
C5' 0.43 0.31 0.05 0.10 0.26 0.08 0.14 0.40 0.12 0.15 0.21 0.37 0.36 0.09 0.27 0.14 0.11 0.34 0.58 0.04 1.26 0.91 0.90
C6 0.60 0.39 0.07 0.12 0.76 0.28 1.08 0.45 1.01 1.40 0.68 0.16 0.36 1.43 0.93 0.21 0.08 0.23 0.20 1.17 0.65 0.07 0.31
N1 0.60 0.39 0.05 0.15 0.76 0.29 1.10 0.55 1.03 1.41 0.69 0.14 0.37 1.46 0.93 0.20 0.10 0.24 0.34 1.21 0.90 0.26 0.51
N3 0.61 0.45 0.10 0.12 0.98 0.32 1.55 0.49 1.49 1.94 0.94 0.15 0.38 2.11 1.17 0.17 0.07 0.23 0.18 1.82 0.67 0.10 0.27
O2 0.60 0.40 0.02 0.15 0.86 0.33 1.31 0.63 1.25 1.64 0.80 0.10 0.36 1.76 1.03 0.19 0.11 0.22 0.40 1.52 1.06 0.32 0.61
O2' 0.53 0.15 0.06 0.11 0.50 0.16 0.72 0.43 0.64 1.01 0.36 0.11 0.19 1.02 0.67 0.11 0.10 0.29 0.35 0.77 0.99 0.45 0.60
O3' 0.55 0.28 0.05 0.11 0.46 0.11 0.53 0.48 0.46 0.70 0.34 0.17 0.33 0.66 0.56 0.15 0.10 0.37 0.56 0.49 1.36 0.87 0.92
O4 0.57 0.49 0.17 0.09 1.11 0.28 1.85 0.31 1.79 2.22 1.12 0.22 0.38 2.51 1.30 0.14 0.09 0.20 0.15 2.21 0.25 0.52 0.14
O4' 0.61 0.48 0.10 0.19 0.64 0.23 0.75 0.60 0.71 0.91 0.58 0.37 0.49 0.90 0.72 0.22 0.16 0.36 0.55 0.76 1.24 0.67 0.82
O5' 0.37 0.16 0.07 0.02 0.13 0.12 0.03 0.21 0.06 0.08 0.07 0.21 0.21 0.09 0.16 0.11 0.00 0.30 0.38 0.13 0.90 0.68 0.64
OP1 0.04 0.13 0.24 0.05 0.41 0.29 0.77 0.18 0.75 0.93 0.44 0.15 0.03 1.05 0.48 0.14 0.02 0.16 0.32 0.95 0.51 0.77 0.51
OP2 0.14 0.39 0.32 0.04 0.42 0.07 0.53 0.07 0.56 0.48 0.49 0.33 0.33 0.57 0.37 0.24 0.02 0.07 0.07 0.62 0.11 0.14 0.09
P 0.12 0.07 0.17 0.01 0.16 0.15 0.35 0.05 0.36 0.42 0.21 0.14 0.07 0.50 0.18 0.13 0.01 0.15 0.21 0.47 0.47 0.46 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.10 0.10 0.01 0.01 0.01 0.31 0.00 0.04 0.01 0.01 0.08 0.06
C2 0.09 0.00 0.28 0.36 0.01 0.60 0.03 1.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.19 0.32 0.46 1.40 0.03 1.66 2.04 1.79
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.13 0.01 0.07 0.15 0.13 0.12 0.22 0.33 0.27 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.32 0.10 0.22 0.42 0.32
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.04 0.00 0.18 0.02 0.08 0.52 0.17 0.55 0.38 0.46 0.19 0.02 0.01 0.01 0.03 0.18 0.12 0.05 0.06
C4 0.05 0.01 0.13 0.04 0.00 0.22 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.19 0.24 0.45 0.01 0.47 0.60 0.56
C4' 0.01 0.60 0.01 0.00 0.22 0.00 0.03 0.00 0.11 0.47 0.38 0.81 0.60 0.36 0.09 0.25 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02
C5 0.02 0.03 0.07 0.18 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.38 0.06 0.06 0.10 0.01 0.10 0.09 0.08
C5' 0.03 1.07 0.15 0.02 0.38 0.00 0.05 0.00 0.22 0.75 0.71 1.47 1.03 0.60 0.12 0.09 0.18 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01
C6 0.04 0.02 0.13 0.08 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.40 0.09 0.15 0.23 0.01 0.29 0.39 0.36
C8 0.03 0.02 0.12 0.52 0.01 0.47 0.01 0.75 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.34 0.08 0.28 1.05 0.04 1.11 1.21 1.12
N1 0.07 0.01 0.22 0.17 0.01 0.38 0.02 0.71 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.32 0.21 0.32 0.90 0.02 1.11 1.38 1.21
N2 0.10 0.00 0.33 0.55 0.01 0.81 0.04 1.47 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.41 0.57 1.93 0.03 2.42 2.95 2.53
N3 0.10 0.01 0.27 0.38 0.00 0.60 0.03 1.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.35 0.49 1.32 0.02 1.44 1.73 1.58
N7 0.01 0.04 0.06 0.46 0.01 0.36 0.01 0.60 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.42 0.09 0.18 0.87 0.04 0.99 1.13 0.98
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.22 0.13 0.01 0.19 0.01 0.21 0.17 0.17
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.24 0.25 0.38 0.09 0.40 0.34 0.32 0.12 0.13 0.42 0.22 0.00 0.02 0.18 0.23 0.46 0.13 0.49 0.26
O3' 0.31 0.32 0.02 0.01 0.19 0.02 0.06 0.18 0.09 0.08 0.21 0.41 0.35 0.09 0.13 0.02 0.00 0.19 0.20 0.04 0.50 0.30 0.33
O4' 0.00 0.46 0.03 0.01 0.24 0.01 0.06 0.01 0.15 0.28 0.32 0.57 0.49 0.18 0.01 0.18 0.19 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04 0.03
O5' 0.04 1.40 0.32 0.03 0.45 0.01 0.10 0.01 0.23 1.05 0.90 1.93 1.32 0.87 0.19 0.23 0.20 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.03 0.10 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.46 0.04 0.07 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03
OP1 0.01 1.66 0.22 0.12 0.47 0.05 0.10 0.03 0.29 1.11 1.11 2.42 1.44 0.99 0.21 0.13 0.50 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 2.04 0.42 0.05 0.60 0.02 0.09 0.01 0.39 1.21 1.38 2.95 1.73 1.13 0.17 0.49 0.30 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 1.79 0.32 0.06 0.56 0.02 0.08 0.01 0.36 1.12 1.21 2.53 1.58 0.98 0.17 0.26 0.33 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00