ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55228

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.019, 0.049, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.049 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.002, 0.069, 0.136, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.069 std_dev=0.067
O2' B 0, 0.214, 0.566, 0.918, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.566 std_dev=0.352
N2 B 0, 0.218, 0.600, 0.982, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.600 std_dev=0.382
C2' A 0, 0.281, 0.674, 1.068, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.674 std_dev=0.393
C2 B 0, 0.263, 0.691, 1.119, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.691 std_dev=0.428
O4' A 0, 0.309, 0.743, 1.178, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.743 std_dev=0.435
C2' B 0, 0.288, 0.723, 1.157, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.723 std_dev=0.435
N3 B 0, 0.276, 0.725, 1.173, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.725 std_dev=0.448
N1 B 0, 0.303, 0.817, 1.331, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.817 std_dev=0.514
C4' A 0, 0.399, 0.951, 1.503, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.951 std_dev=0.552
C3' A 0, 0.401, 0.957, 1.514, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.957 std_dev=0.557
C4 B 0, 0.362, 0.930, 1.498, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.930 std_dev=0.568
C1' B 0, 0.395, 0.972, 1.550, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.972 std_dev=0.577
O3' B 0, 0.434, 1.033, 1.632, 1.455 max_d=1.455 avg_d=1.033 std_dev=0.599
C3' B 0, 0.424, 1.027, 1.629, 1.486 max_d=1.486 avg_d=1.027 std_dev=0.603
N9 B 0, 0.432, 1.072, 1.712, 1.575 max_d=1.575 avg_d=1.072 std_dev=0.640
O2' A 0, 0.462, 1.102, 1.743, 1.581 max_d=1.581 avg_d=1.102 std_dev=0.640
C6 B 0, 0.381, 1.034, 1.688, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.034 std_dev=0.653
C5 B 0, 0.424, 1.101, 1.778, 1.711 max_d=1.711 avg_d=1.101 std_dev=0.677
C4' B 0, 0.486, 1.170, 1.853, 1.662 max_d=1.662 avg_d=1.170 std_dev=0.683
O5' A 0, 0.508, 1.246, 1.984, 1.927 max_d=1.927 avg_d=1.246 std_dev=0.738
O4' B 0, 0.523, 1.267, 2.011, 1.842 max_d=1.842 avg_d=1.267 std_dev=0.744
O6 B 0, 0.415, 1.161, 1.907, 1.938 max_d=1.938 avg_d=1.161 std_dev=0.746
O3' A 0, 0.373, 1.135, 1.897, 1.873 max_d=1.873 avg_d=1.135 std_dev=0.762
C8 B 0, 0.527, 1.299, 2.072, 1.977 max_d=1.977 avg_d=1.299 std_dev=0.773
N7 B 0, 0.530, 1.338, 2.147, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.338 std_dev=0.808
C5' B 0, 0.664, 1.587, 2.509, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.587 std_dev=0.922
P A 0, 0.732, 1.749, 2.765, 2.472 max_d=2.472 avg_d=1.749 std_dev=1.016
C5' A 0, 0.748, 1.772, 2.795, 2.418 max_d=2.418 avg_d=1.772 std_dev=1.023
OP2 A 0, 0.769, 1.838, 2.907, 2.650 max_d=2.650 avg_d=1.838 std_dev=1.069
O5' B 0, 0.766, 1.835, 2.904, 2.648 max_d=2.648 avg_d=1.835 std_dev=1.069
P B 0, 0.973, 2.317, 3.661, 3.285 max_d=3.285 avg_d=2.317 std_dev=1.344
OP1 B 0, 1.012, 2.405, 3.797, 3.387 max_d=3.387 avg_d=2.405 std_dev=1.393
OP1 A 0, 0.998, 2.401, 3.803, 3.471 max_d=3.471 avg_d=2.401 std_dev=1.402
OP2 B 0, 1.062, 2.534, 4.006, 3.572 max_d=3.572 avg_d=2.534 std_dev=1.472

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.19 0.09 0.10
C2 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.08 0.18 0.17 0.14 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.07 0.07 0.02 0.03 0.11 0.00 0.09 0.03 0.02 0.06 0.17 0.14 0.05
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.10 0.17 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.19 0.09 0.09
C4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.14 0.00 0.02 0.15 0.11 0.22 0.09
C4' 0.00 0.10 0.02 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.05 0.05 0.11 0.15 0.00 0.03 0.11 0.00 0.01 0.20 0.04 0.10
C5 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.23 0.00 0.07 0.09 0.09 0.22 0.08
C5' 0.03 0.14 0.07 0.01 0.18 0.00 0.16 0.00 0.12 0.10 0.18 0.15 0.06 0.06 0.21 0.01 0.00 0.18 0.16 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.25 0.00 0.08 0.08 0.10 0.18 0.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.01 0.11 0.15 0.14 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.05 0.19 0.14 0.18 0.10
O2 0.01 0.00 0.11 0.17 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.01 0.16 0.25 0.23 0.14 0.17
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.11 0.00 0.16 0.06 0.16 0.06 0.06 0.13 0.00 0.12 0.12 0.01 0.07 0.19 0.13 0.06
O3' 0.18 0.04 0.09 0.01 0.14 0.03 0.23 0.06 0.25 0.16 0.06 0.08 0.12 0.00 0.13 0.09 0.20 0.42 0.18 0.28
O4 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.13 0.00 0.04 0.17 0.11 0.22 0.10
O4' 0.00 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.05 0.16 0.01 0.09 0.04 0.00 0.17 0.22 0.08 0.15
O5' 0.10 0.18 0.06 0.12 0.15 0.01 0.09 0.00 0.08 0.11 0.19 0.25 0.07 0.20 0.17 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.19 0.17 0.17 0.19 0.11 0.20 0.09 0.18 0.10 0.15 0.14 0.23 0.19 0.42 0.11 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.14 0.14 0.09 0.22 0.04 0.22 0.16 0.18 0.14 0.18 0.14 0.13 0.18 0.22 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.11 0.05 0.09 0.09 0.10 0.08 0.01 0.05 0.08 0.10 0.17 0.06 0.28 0.10 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.17 0.04 0.05 0.11 0.07 0.11 0.08 0.15 0.05 0.17 0.19 0.14 0.08 0.06 0.04 0.12 0.06 0.06 0.16 0.12 0.08 0.08
C2 0.07 0.16 0.08 0.06 0.11 0.07 0.11 0.09 0.14 0.05 0.16 0.18 0.13 0.08 0.07 0.10 0.12 0.07 0.07 0.15 0.13 0.10 0.09
C2' 0.11 0.21 0.10 0.04 0.16 0.06 0.18 0.05 0.21 0.12 0.22 0.23 0.18 0.15 0.13 0.08 0.02 0.10 0.04 0.23 0.05 0.04 0.03
C3' 0.18 0.19 0.16 0.14 0.18 0.15 0.19 0.15 0.21 0.18 0.20 0.19 0.18 0.19 0.18 0.16 0.12 0.18 0.15 0.22 0.15 0.16 0.15
C4 0.08 0.14 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.13 0.12 0.06 0.14 0.16 0.12 0.07 0.07 0.14 0.12 0.08 0.11 0.12 0.16 0.14 0.13
C4' 0.17 0.15 0.16 0.17 0.15 0.19 0.15 0.19 0.15 0.16 0.15 0.15 0.14 0.15 0.16 0.19 0.19 0.19 0.18 0.17 0.21 0.19 0.19
C5 0.09 0.14 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.14 0.12 0.07 0.14 0.16 0.13 0.08 0.09 0.15 0.11 0.10 0.12 0.12 0.16 0.14 0.13
C5' 0.18 0.17 0.16 0.18 0.15 0.22 0.15 0.23 0.16 0.16 0.17 0.18 0.16 0.15 0.16 0.18 0.20 0.21 0.20 0.17 0.23 0.20 0.21
C6 0.08 0.15 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.12 0.13 0.06 0.15 0.17 0.14 0.08 0.08 0.13 0.10 0.09 0.09 0.13 0.14 0.11 0.11
N1 0.06 0.16 0.08 0.06 0.11 0.07 0.11 0.09 0.14 0.05 0.16 0.18 0.14 0.08 0.07 0.09 0.11 0.06 0.07 0.15 0.12 0.09 0.09
N3 0.06 0.15 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.13 0.05 0.15 0.17 0.13 0.07 0.07 0.13 0.12 0.07 0.08 0.13 0.14 0.12 0.11
O2 0.08 0.17 0.07 0.05 0.11 0.06 0.12 0.08 0.15 0.06 0.17 0.19 0.14 0.08 0.08 0.08 0.12 0.08 0.06 0.16 0.12 0.09 0.08
O2' 0.21 0.35 0.21 0.15 0.29 0.14 0.31 0.12 0.34 0.24 0.36 0.37 0.31 0.28 0.24 0.18 0.09 0.18 0.14 0.36 0.09 0.12 0.12
O3' 0.46 0.35 0.47 0.47 0.43 0.45 0.43 0.45 0.40 0.47 0.36 0.29 0.40 0.45 0.45 0.45 0.45 0.46 0.48 0.40 0.48 0.49 0.49
O4 0.09 0.14 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.15 0.11 0.07 0.13 0.15 0.12 0.07 0.08 0.15 0.12 0.10 0.13 0.11 0.18 0.15 0.15
O4' 0.13 0.12 0.15 0.19 0.11 0.20 0.11 0.21 0.12 0.13 0.13 0.13 0.10 0.12 0.12 0.16 0.23 0.17 0.19 0.13 0.23 0.20 0.20
O5' 0.19 0.23 0.18 0.15 0.21 0.16 0.21 0.15 0.22 0.19 0.23 0.24 0.22 0.20 0.20 0.17 0.12 0.19 0.16 0.23 0.14 0.17 0.16
OP1 0.10 0.12 0.08 0.06 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.14 0.11 0.10 0.09 0.06 0.03 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09
OP2 0.13 0.15 0.16 0.17 0.12 0.16 0.11 0.17 0.13 0.10 0.14 0.18 0.14 0.10 0.11 0.18 0.21 0.13 0.15 0.13 0.19 0.15 0.16
P 0.10 0.14 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.13 0.15 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05
C8 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04
N2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.09 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.05 0.04 0.02 0.09 0.04 0.03 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
O5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.10 0.02 0.05 0.00 0.07 0.06 0.06
OP1 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00