ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55229

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.013, 0.037, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.037 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.013, 0.043, 0.073, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.044, 0.168, 0.293, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.168 std_dev=0.124
C2' A 0, 0.082, 0.228, 0.374, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.228 std_dev=0.146
C8 B 0, 0.112, 0.271, 0.430, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.271 std_dev=0.159
C4' A 0, 0.087, 0.255, 0.424, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.255 std_dev=0.168
N9 B 0, 0.137, 0.325, 0.512, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.325 std_dev=0.188
O2' A 0, 0.108, 0.305, 0.502, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.305 std_dev=0.197
C3' A 0, 0.101, 0.305, 0.508, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.305 std_dev=0.204
N7 B 0, 0.156, 0.380, 0.604, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.380 std_dev=0.224
O5' B 0, 0.161, 0.387, 0.613, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.387 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.161, 0.391, 0.621, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.391 std_dev=0.230
C2' B 0, 0.147, 0.378, 0.608, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.378 std_dev=0.231
C3' B 0, 0.132, 0.367, 0.601, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.367 std_dev=0.234
C5 B 0, 0.166, 0.404, 0.642, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.404 std_dev=0.238
C1' B 0, 0.142, 0.385, 0.627, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.385 std_dev=0.242
O3' B 0, 0.138, 0.406, 0.673, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.406 std_dev=0.267
C5' B 0, 0.134, 0.405, 0.676, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.405 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.109, 0.385, 0.661, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.385 std_dev=0.276
O3' A 0, 0.175, 0.457, 0.739, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.457 std_dev=0.282
C4' B 0, 0.083, 0.374, 0.666, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.374 std_dev=0.291
P B 0, 0.219, 0.520, 0.820, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.520 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.178, 0.481, 0.785, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.481 std_dev=0.303
N3 B 0, 0.186, 0.496, 0.806, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.496 std_dev=0.310
C6 B 0, 0.197, 0.513, 0.829, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.513 std_dev=0.316
P A 0, 0.148, 0.477, 0.805, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.477 std_dev=0.328
OP2 B 0, 0.240, 0.569, 0.898, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.569 std_dev=0.329
N1 B 0, 0.201, 0.544, 0.886, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.544 std_dev=0.343
C2 B 0, 0.196, 0.545, 0.895, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.545 std_dev=0.349
OP1 B 0, 0.251, 0.606, 0.961, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.606 std_dev=0.355
O6 B 0, 0.220, 0.621, 1.023, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.621 std_dev=0.402
C5' A 0, 0.092, 0.506, 0.919, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.506 std_dev=0.413
N2 B 0, 0.195, 0.665, 1.134, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.665 std_dev=0.469
O5' A 0, 0.105, 0.657, 1.210, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.657 std_dev=0.553
OP1 A 0, 0.184, 0.762, 1.341, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.762 std_dev=0.578
OP2 A 0, 0.201, 1.029, 1.857, 1.847 max_d=1.847 avg_d=1.029 std_dev=0.828

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.20 0.47 0.04
C2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.00 0.07 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.00 0.02 0.35 0.12 0.45 0.02
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.08 0.15 0.00 0.02 0.05 0.01 0.19 0.29 0.46 0.02
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.10 0.16 0.01 0.00 0.05 0.02 0.20 0.36 0.42 0.03
C4 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.51 0.04 0.36 0.06
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.08 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.33 0.44 0.04
C5 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.54 0.05 0.36 0.07
C5' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.10 0.00 0.07 0.00 0.05 0.07 0.11 0.11 0.04 0.04 0.10 0.00 0.01 0.39 0.39 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.49 0.05 0.44 0.03
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.36 0.11 0.47 0.02
N3 0.03 0.00 0.08 0.10 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.02 0.43 0.07 0.42 0.04
O2 0.03 0.00 0.15 0.16 0.00 0.08 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.19 0.01 0.03 0.27 0.16 0.46 0.02
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.32 0.44 0.04
O3' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.11 0.19 0.04 0.00 0.06 0.01 0.09 0.42 0.37 0.03
O4 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.54 0.05 0.30 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.22 0.45 0.05
O5' 0.21 0.35 0.19 0.20 0.51 0.00 0.54 0.01 0.49 0.36 0.43 0.27 0.05 0.09 0.54 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.12 0.29 0.36 0.04 0.33 0.05 0.39 0.05 0.11 0.07 0.16 0.32 0.42 0.05 0.22 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.45 0.46 0.42 0.36 0.44 0.36 0.39 0.44 0.47 0.42 0.46 0.44 0.37 0.30 0.45 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.07 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.40 0.21 0.14 0.32 0.12 0.27 0.11 0.29 0.20 0.35 0.43 0.40 0.21 0.26 0.18 0.01 0.19 0.18 0.26 0.19 0.22 0.19
C2 0.10 0.30 0.04 0.03 0.23 0.04 0.23 0.08 0.26 0.16 0.30 0.31 0.26 0.19 0.17 0.06 0.07 0.09 0.16 0.25 0.21 0.25 0.21
C2' 0.24 0.46 0.20 0.12 0.33 0.10 0.27 0.07 0.31 0.18 0.39 0.53 0.43 0.19 0.25 0.21 0.00 0.18 0.14 0.27 0.14 0.18 0.15
C3' 0.15 0.36 0.14 0.06 0.23 0.02 0.17 0.02 0.21 0.09 0.30 0.44 0.34 0.10 0.16 0.15 0.04 0.09 0.07 0.17 0.08 0.10 0.08
C4 0.03 0.02 0.08 0.06 0.05 0.01 0.10 0.07 0.11 0.07 0.07 0.01 0.01 0.11 0.04 0.14 0.13 0.02 0.15 0.13 0.22 0.28 0.22
C4' 0.15 0.30 0.15 0.09 0.21 0.04 0.16 0.01 0.18 0.08 0.25 0.36 0.29 0.09 0.15 0.13 0.01 0.09 0.08 0.15 0.11 0.13 0.10
C5 0.03 0.08 0.04 0.02 0.09 0.04 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.09 0.12 0.06 0.18 0.10 0.24 0.28 0.24
C5' 0.06 0.23 0.07 0.03 0.13 0.04 0.09 0.07 0.12 0.04 0.19 0.29 0.22 0.04 0.07 0.04 0.06 0.01 0.02 0.09 0.06 0.10 0.05
C6 0.14 0.21 0.09 0.06 0.20 0.09 0.17 0.13 0.17 0.14 0.18 0.20 0.22 0.14 0.17 0.06 0.07 0.14 0.20 0.15 0.24 0.27 0.24
N1 0.17 0.31 0.12 0.08 0.26 0.09 0.23 0.11 0.24 0.17 0.28 0.32 0.30 0.18 0.21 0.07 0.04 0.14 0.19 0.22 0.22 0.25 0.22
N3 0.02 0.16 0.04 0.03 0.13 0.01 0.17 0.07 0.21 0.11 0.20 0.13 0.11 0.15 0.09 0.12 0.11 0.04 0.15 0.22 0.21 0.27 0.21
O2 0.11 0.36 0.05 0.04 0.25 0.04 0.25 0.07 0.30 0.17 0.35 0.39 0.30 0.20 0.18 0.04 0.06 0.09 0.15 0.29 0.19 0.24 0.19
O2' 0.28 0.52 0.24 0.15 0.37 0.13 0.32 0.09 0.36 0.21 0.45 0.61 0.49 0.23 0.29 0.26 0.04 0.22 0.15 0.32 0.14 0.18 0.15
O3' 0.17 0.41 0.16 0.07 0.25 0.03 0.18 0.03 0.23 0.09 0.33 0.51 0.38 0.10 0.17 0.20 0.02 0.10 0.05 0.19 0.03 0.05 0.04
O4 0.10 0.14 0.13 0.10 0.09 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.10 0.16 0.13 0.06 0.07 0.18 0.16 0.05 0.12 0.08 0.21 0.27 0.20
O4' 0.18 0.29 0.17 0.12 0.23 0.08 0.18 0.07 0.20 0.13 0.25 0.32 0.29 0.13 0.18 0.13 0.01 0.13 0.14 0.17 0.16 0.18 0.15
O5' 0.14 0.22 0.11 0.12 0.29 0.06 0.41 0.09 0.43 0.42 0.33 0.14 0.18 0.48 0.29 0.03 0.01 0.11 0.19 0.50 0.06 0.28 0.17
OP1 0.08 0.08 0.02 0.10 0.09 0.13 0.08 0.23 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.01 0.13 0.29 0.07 0.45 0.36 0.38
OP2 0.01 0.23 0.12 0.02 0.09 0.20 0.03 0.36 0.07 0.17 0.17 0.31 0.21 0.14 0.02 0.13 0.01 0.16 0.31 0.04 0.36 0.28 0.34
P 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.07 0.07 0.13 0.02 0.10 0.06 0.14 0.05 0.03 0.00 0.04 0.05 0.10 0.04 0.09 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.02 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.06 0.01 0.08 0.10 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.00 0.09 0.12 0.09
C8 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.06 0.02 0.07 0.11 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.08
N2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04
N7 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.02 0.07 0.01 0.10 0.13 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.07 0.11 0.03 0.05 0.03 0.12 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.07 0.07 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.05 0.07 0.07
O5' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03 0.03 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.07 0.00 0.11 0.14 0.11
OP1 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.08 0.03 0.09 0.07 0.07 0.06 0.04 0.10 0.03 0.02 0.07 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.02 0.04 0.07 0.03 0.10 0.02 0.12 0.11 0.10 0.06 0.05 0.13 0.06 0.02 0.07 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.09 0.08 0.08 0.04 0.04 0.10 0.05 0.02 0.03 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00