ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55233

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.000, 0.065, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.000, 0.090, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C4' A 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O3' A 0, 0.000, 0.195, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C5' A 0, 0.000, 0.248, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.248 std_dev=0.248
O2' A 0, 0.000, 0.286, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.286 std_dev=0.286
O5' A 0, 0.000, 0.318, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C3' B 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
O3' B 0, 0.000, 0.328, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.328 std_dev=0.328
C2' B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
P A 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
OP2 A 0, 0.000, 0.373, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.373 std_dev=0.373
OP1 A 0, 0.000, 0.388, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.388 std_dev=0.388
C5' B 0, 0.000, 0.536, 1.073, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.536 std_dev=0.536
C4' B 0, 0.000, 0.558, 1.115, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.558 std_dev=0.558
O5' B 0, 0.000, 0.620, 1.240, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.620 std_dev=0.620
O2' B 0, 0.000, 0.749, 1.498, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.749 std_dev=0.749
C1' B 0, 0.000, 0.752, 1.503, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.752 std_dev=0.752
O4' B 0, 0.000, 0.801, 1.601, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.801 std_dev=0.801
P B 0, 0.000, 1.152, 2.303, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.152 std_dev=1.152
N9 B 0, 0.000, 1.457, 2.914, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.457 std_dev=1.457
C8 B 0, 0.000, 1.665, 3.331, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.665 std_dev=1.665
OP1 B 0, 0.000, 1.708, 3.417, 3.417 max_d=3.417 avg_d=1.708 std_dev=1.708
OP2 B 0, 0.000, 1.733, 3.466, 3.466 max_d=3.466 avg_d=1.733 std_dev=1.733
C4 B 0, 0.000, 2.409, 4.817, 4.817 max_d=4.817 avg_d=2.409 std_dev=2.409
N7 B 0, 0.000, 2.640, 5.280, 5.280 max_d=5.280 avg_d=2.640 std_dev=2.640
N3 B 0, 0.000, 2.732, 5.464, 5.464 max_d=5.464 avg_d=2.732 std_dev=2.732
C5 B 0, 0.000, 3.060, 6.120, 6.120 max_d=6.120 avg_d=3.060 std_dev=3.060
C2 B 0, 0.000, 3.681, 7.361, 7.361 max_d=7.361 avg_d=3.681 std_dev=3.681
C6 B 0, 0.000, 4.114, 8.229, 8.229 max_d=8.229 avg_d=4.114 std_dev=4.114
N2 B 0, 0.000, 4.151, 8.303, 8.303 max_d=8.303 avg_d=4.151 std_dev=4.151
N1 B 0, 0.000, 4.318, 8.636, 8.636 max_d=8.636 avg_d=4.318 std_dev=4.318
O6 B 0, 0.000, 4.863, 9.726, 9.726 max_d=9.726 avg_d=4.863 std_dev=4.863

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.11 0.01 0.09 0.08
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.14 0.03 0.09
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.09 0.14 0.03 0.09
C4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.02 0.00 0.02 0.19 0.13 0.17 0.16
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.09 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.02 0.00 0.03 0.20 0.13 0.17 0.17
C5' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.00 0.03 0.18 0.06 0.13 0.12
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.00 0.00 0.15 0.07 0.13 0.12
O2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.02 0.06 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.03 0.13 0.03 0.14 0.00 0.11 0.07 0.10 0.01 0.00 0.06 0.15 0.02 0.06 0.14 0.04 0.10
O3' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.03 0.03 0.11 0.14 0.06 0.11
O4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.03 0.00 0.02 0.20 0.17 0.19 0.19
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.08 0.04 0.00
O5' 0.04 0.11 0.05 0.09 0.19 0.00 0.20 0.00 0.18 0.12 0.15 0.08 0.06 0.11 0.20 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.08 0.01 0.14 0.14 0.13 0.09 0.13 0.09 0.06 0.01 0.07 0.02 0.14 0.14 0.17 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.09 0.03 0.03 0.17 0.04 0.17 0.05 0.13 0.09 0.13 0.06 0.04 0.06 0.19 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.08 0.09 0.09 0.16 0.02 0.17 0.01 0.12 0.06 0.12 0.04 0.10 0.11 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.00 0.18 0.06 0.07 0.04 0.04 0.09 0.00 0.10 0.02 0.04 0.05 0.06 0.11 0.00 0.04 0.15 0.01 0.01 0.18 0.09 0.02
C2 0.26 0.82 0.21 0.12 0.59 0.11 0.63 0.19 0.75 0.40 0.83 0.90 0.69 0.51 0.42 0.26 0.05 0.22 0.02 0.77 0.26 0.19 0.01
C2' 0.09 0.42 0.12 0.00 0.16 0.01 0.16 0.01 0.27 0.06 0.39 0.56 0.30 0.03 0.00 0.18 0.12 0.09 0.11 0.27 0.04 0.22 0.13
C3' 0.02 0.85 0.13 0.01 0.50 0.01 0.58 0.00 0.78 0.21 0.90 0.97 0.63 0.40 0.24 0.27 0.11 0.01 0.02 0.82 0.03 0.03 0.02
C4 0.41 1.54 0.17 0.15 1.03 0.13 1.06 0.27 1.30 0.59 1.50 1.77 1.29 0.81 0.68 0.41 0.14 0.33 0.06 1.32 0.38 0.19 0.06
C4' 0.00 0.64 0.19 0.06 0.45 0.03 0.58 0.09 0.73 0.31 0.75 0.66 0.46 0.49 0.26 0.16 0.04 0.03 0.14 0.81 0.28 0.21 0.19
C5 0.42 1.23 0.16 0.14 0.86 0.10 0.83 0.24 0.99 0.46 1.15 1.38 1.10 0.61 0.59 0.38 0.13 0.36 0.08 0.97 0.39 0.11 0.09
C5' 0.06 0.72 0.19 0.08 0.58 0.04 0.76 0.12 0.91 0.49 0.89 0.70 0.54 0.71 0.39 0.16 0.01 0.02 0.24 1.02 0.38 0.39 0.32
C6 0.33 0.72 0.17 0.11 0.53 0.06 0.48 0.18 0.56 0.29 0.66 0.80 0.67 0.35 0.38 0.25 0.06 0.28 0.06 0.53 0.32 0.07 0.08
N1 0.25 0.53 0.19 0.10 0.41 0.08 0.40 0.15 0.45 0.27 0.51 0.57 0.49 0.32 0.31 0.18 0.02 0.21 0.03 0.44 0.26 0.12 0.04
N3 0.33 1.29 0.20 0.15 0.88 0.14 0.93 0.24 1.14 0.54 1.30 1.47 1.06 0.73 0.58 0.36 0.10 0.27 0.03 1.18 0.32 0.22 0.02
O2 0.21 0.64 0.22 0.12 0.48 0.12 0.54 0.17 0.65 0.37 0.69 0.67 0.52 0.47 0.35 0.21 0.03 0.17 0.00 0.68 0.22 0.21 0.01
O2' 0.15 0.32 0.05 0.05 0.02 0.02 0.09 0.09 0.03 0.29 0.21 0.56 0.20 0.24 0.16 0.22 0.15 0.14 0.25 0.01 0.21 0.45 0.31
O3' 0.01 0.98 0.09 0.02 0.53 0.01 0.59 0.05 0.84 0.16 1.02 1.17 0.71 0.37 0.22 0.32 0.13 0.02 0.09 0.89 0.07 0.13 0.10
O4 0.45 1.90 0.15 0.16 1.25 0.15 1.31 0.30 1.63 0.72 1.89 2.22 1.56 1.00 0.80 0.45 0.16 0.37 0.06 1.67 0.41 0.23 0.05
O4' 0.13 0.16 0.18 0.06 0.10 0.01 0.19 0.11 0.26 0.09 0.25 0.15 0.06 0.18 0.02 0.04 0.04 0.15 0.11 0.32 0.32 0.12 0.16
O5' 0.00 0.50 0.15 0.06 0.41 0.04 0.54 0.11 0.64 0.35 0.62 0.48 0.38 0.50 0.27 0.16 0.00 0.01 0.17 0.71 0.29 0.24 0.22
OP1 0.21 0.06 0.04 0.01 0.05 0.09 0.25 0.18 0.27 0.27 0.13 0.18 0.13 0.37 0.05 0.06 0.01 0.22 0.34 0.38 0.70 0.51 0.48
OP2 0.09 0.67 0.06 0.01 0.65 0.03 0.89 0.08 0.99 0.71 0.88 0.58 0.52 0.92 0.51 0.18 0.01 0.07 0.37 1.11 0.47 0.63 0.47
P 0.08 0.28 0.06 0.01 0.30 0.04 0.47 0.13 0.53 0.39 0.43 0.20 0.17 0.52 0.22 0.12 0.00 0.08 0.28 0.62 0.48 0.42 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.20 0.01 0.18 0.00 0.18 0.26 0.22
C2 0.01 0.00 0.34 0.22 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.06 0.23 0.06 0.00 0.07 0.16 0.17
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.20 0.02 0.13 0.16 0.20 0.08 0.28 0.39 0.31 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.34 0.17 0.33 0.45 0.37
C3' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.24 0.00 0.31 0.01 0.33 0.27 0.29 0.19 0.18 0.32 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.04 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.20 0.24 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.12 0.04 0.00 0.07 0.17 0.15
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.16 0.02 0.11 0.08 0.14 0.06 0.22 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.13 0.31 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.12 0.06 0.04 0.00 0.01 0.11 0.09
C5' 0.09 0.11 0.16 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.15 0.12 0.09 0.02 0.05 0.16 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.20 0.33 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.13 0.11 0.05 0.00 0.01 0.08 0.08
C8 0.00 0.01 0.08 0.27 0.00 0.16 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.27 0.15 0.13 0.06 0.00 0.03 0.15 0.07
N1 0.00 0.00 0.28 0.29 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.00 0.03 0.11 0.12
N2 0.02 0.00 0.39 0.19 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.13 0.26 0.08 0.00 0.09 0.17 0.18
N3 0.00 0.00 0.31 0.18 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.12 0.22 0.09 0.00 0.10 0.19 0.19
N7 0.00 0.00 0.00 0.32 0.00 0.14 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.20 0.06 0.10 0.00 0.02 0.07 0.03
N9 0.00 0.01 0.05 0.20 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.21 0.16
O2' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.06 0.22 0.15 0.05 0.11 0.27 0.01 0.22 0.11 0.26 0.14 0.00 0.02 0.12 0.24 0.15 0.21 0.46 0.28
O3' 0.20 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.16 0.13 0.15 0.04 0.13 0.12 0.20 0.01 0.02 0.00 0.16 0.19 0.19 0.37 0.21 0.24
O4' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.12 0.00 0.06 0.00 0.11 0.13 0.18 0.26 0.22 0.06 0.00 0.12 0.16 0.00 0.01 0.08 0.01 0.04 0.03
O5' 0.18 0.06 0.34 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.00 0.08 0.09 0.10 0.06 0.24 0.19 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.17 0.36 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.19 0.08 0.09 0.00 0.05 0.03 0.04
OP1 0.18 0.07 0.33 0.04 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.10 0.02 0.10 0.21 0.37 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.16 0.45 0.03 0.17 0.00 0.11 0.01 0.08 0.15 0.11 0.17 0.19 0.07 0.21 0.46 0.21 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.17 0.37 0.02 0.15 0.00 0.09 0.01 0.08 0.07 0.12 0.18 0.19 0.03 0.16 0.28 0.24 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00