ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55235

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
OP1 A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C1' B 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
O5' A 0, 0.000, 0.066, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
N9 B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O4 A 0, 0.000, 0.088, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C5' A 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
P A 0, 0.000, 0.113, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C8 B 0, 0.000, 0.141, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
OP2 A 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
N3 B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C4 B 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C3' B 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O3' B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O3' A 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C4' B 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
N7 B 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O4' B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.000, 0.278, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.278 std_dev=0.278
C5 B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
N2 B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.000, 0.307, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.307 std_dev=0.307
O2' B 0, 0.000, 0.319, 0.637, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.319 std_dev=0.319
P B 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
OP2 B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
N1 B 0, 0.000, 0.387, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C6 B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C5' B 0, 0.000, 0.400, 0.799, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.400 std_dev=0.400
O6 B 0, 0.000, 0.510, 1.019, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.510 std_dev=0.510

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02
C4 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.10 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.10 0.04
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.12 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.12 0.08
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.11 0.06
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.12 0.08
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04
O3' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.07 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00
O4 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.01 0.09 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.07 0.06
O5' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.12 0.07 0.04 0.10 0.05 0.10 0.01 0.12 0.12 0.11 0.12 0.06 0.03 0.09 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.11 0.03 0.11 0.06 0.18 0.18 0.15
C2 0.00 0.02 0.00 0.10 0.03 0.07 0.05 0.10 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.07 0.03 0.12 0.11 0.05 0.15 0.08 0.22 0.20 0.18
C2' 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.07 0.05 0.03 0.12 0.14 0.09
C3' 0.05 0.05 0.00 0.02 0.04 0.09 0.02 0.16 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.03 0.04 0.04 0.11 0.02 0.02 0.05 0.09 0.03
C4 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.14 0.06 0.07 0.11 0.00 0.17 0.15 0.13
C4' 0.08 0.06 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.21 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.01 0.05 0.06 0.04 0.15 0.04 0.01 0.03 0.10 0.02
C5 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.10 0.05 0.05 0.09 0.01 0.14 0.13 0.11
C5' 0.09 0.08 0.01 0.04 0.07 0.18 0.06 0.28 0.06 0.04 0.07 0.09 0.08 0.04 0.07 0.03 0.01 0.18 0.10 0.05 0.03 0.06 0.03
C6 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.09 0.03 0.10 0.03 0.15 0.15 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.10 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.09 0.12 0.03 0.14 0.06 0.19 0.19 0.16
N3 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.08 0.03 0.11 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.14 0.09 0.07 0.14 0.04 0.20 0.18 0.17
O2 0.00 0.04 0.00 0.11 0.04 0.08 0.07 0.12 0.08 0.07 0.06 0.03 0.02 0.08 0.04 0.12 0.12 0.05 0.17 0.10 0.24 0.22 0.20
O2' 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.07 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.09 0.08 0.05 0.06 0.12 0.14 0.10
O3' 0.08 0.08 0.01 0.01 0.07 0.14 0.06 0.23 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.03 0.02 0.16 0.10 0.06 0.06 0.00 0.06
O4 0.04 0.09 0.09 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.08 0.11 0.09 0.03 0.04 0.18 0.02 0.05 0.09 0.06 0.15 0.13 0.11
O4' 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.09 0.09 0.09 0.07 0.04 0.16 0.18 0.13
O5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.10 0.03 0.19 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.09 0.04 0.05 0.03 0.08 0.02
OP1 0.02 0.02 0.11 0.02 0.01 0.11 0.02 0.22 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.10 0.12 0.04 0.07 0.01 0.07
OP2 0.07 0.06 0.10 0.00 0.02 0.01 0.06 0.10 0.08 0.00 0.08 0.06 0.02 0.05 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.04 0.02
P 0.03 0.05 0.08 0.00 0.02 0.06 0.03 0.14 0.05 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.13 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03
C2 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.09 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.09 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.10 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.09 0.10 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.10 0.12 0.09 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03
C8 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02
N1 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03
N2 0.01 0.00 0.09 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.11 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.08 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02
N7 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.09 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.12 0.12 0.09
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.07 0.11 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.02 0.10 0.10 0.12
O5' 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03
OP1 0.03 0.03 0.05 0.09 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.03 0.10 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.07 0.12 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.05 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00