ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55245

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 3, 11, 7, 5, 11, 9, 7, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N3 A 0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.012 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.026, 0.053, 0.080, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.053 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.024, 0.063, 0.101, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.063 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.064, 0.169, 0.274, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.169 std_dev=0.105
O4' A 0, 0.043, 0.158, 0.274, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.158 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.105, 0.223, 0.340, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.223 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.077, 0.258, 0.440, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.258 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.086, 0.271, 0.457, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.271 std_dev=0.186
C4 B 0, 0.294, 0.518, 0.742, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.518 std_dev=0.224
C5 B 0, 0.246, 0.480, 0.714, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.480 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.377, 0.620, 0.864, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.620 std_dev=0.244
C6 B 0, 0.313, 0.559, 0.806, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.559 std_dev=0.246
C2 B 0, 0.402, 0.662, 0.923, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.662 std_dev=0.261
C2' B 0, 0.336, 0.598, 0.859, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.598 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.367, 0.630, 0.893, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.630 std_dev=0.263
O3' A 0, 0.146, 0.410, 0.674, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.410 std_dev=0.264
N4 B 0, 0.339, 0.620, 0.900, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.620 std_dev=0.281
C5' A 0, 0.097, 0.409, 0.722, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.409 std_dev=0.313
O2 B 0, 0.470, 0.818, 1.165, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.818 std_dev=0.347
C1' B 0, 0.461, 0.812, 1.163, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.812 std_dev=0.351
O2' B 0, 0.495, 0.881, 1.267, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.881 std_dev=0.386
OP2 A 0, 0.205, 0.601, 0.997, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.601 std_dev=0.396
O5' A 0, 0.130, 0.549, 0.968, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.549 std_dev=0.419
C3' B 0, 0.192, 0.616, 1.040, 2.416 max_d=2.416 avg_d=0.616 std_dev=0.424
P A 0, 0.192, 0.631, 1.069, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.631 std_dev=0.438
O5' B 0, 1.015, 1.455, 1.894, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.455 std_dev=0.439
O4' B 0, 0.550, 1.052, 1.553, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.052 std_dev=0.502
P B 0, 0.660, 1.179, 1.698, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.179 std_dev=0.519
C4' B 0, 0.463, 1.026, 1.590, 2.691 max_d=2.691 avg_d=1.026 std_dev=0.563
O3' B 0, 0.121, 0.688, 1.254, 3.853 max_d=3.853 avg_d=0.688 std_dev=0.566
OP2 B 0, 0.400, 0.975, 1.551, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.975 std_dev=0.575
OP1 A 0, 0.137, 0.790, 1.443, 3.970 max_d=3.970 avg_d=0.790 std_dev=0.653
OP1 B 0, 0.727, 1.391, 2.056, 3.794 max_d=3.794 avg_d=1.391 std_dev=0.665
C5' B 0, 0.744, 1.457, 2.170, 3.343 max_d=3.343 avg_d=1.457 std_dev=0.713

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.11 0.13 0.21 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.10 0.04 0.24 0.29 0.22 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.07 0.11 0.01 0.02 0.01 0.16 0.22 0.13 0.11
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.09 0.06 0.11 0.11 0.11 0.02 0.01 0.01 0.21 0.28 0.11 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.04 0.34 0.41 0.29 0.28
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.13 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.13 0.04 0.35 0.40 0.28 0.29
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.10 0.14 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.17 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.11 0.04 0.31 0.29 0.23 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.23 0.24 0.21 0.16
N3 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.04 0.30 0.37 0.26 0.24
N4 0.03 0.02 0.07 0.11 0.01 0.07 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.14 0.04 0.36 0.47 0.32 0.32
O2 0.03 0.01 0.11 0.11 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.13 0.06 0.20 0.25 0.21 0.15
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.10 0.00 0.06 0.05 0.07 0.17 0.15 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.04 0.11 0.06 0.12 0.14 0.13 0.06 0.00 0.02 0.18 0.35 0.15 0.19
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.08 0.09 0.28 0.13
O5' 0.11 0.24 0.16 0.21 0.34 0.02 0.35 0.01 0.31 0.23 0.30 0.36 0.20 0.07 0.18 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.13 0.29 0.22 0.28 0.41 0.13 0.40 0.17 0.29 0.24 0.37 0.47 0.25 0.17 0.35 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.22 0.13 0.11 0.29 0.21 0.28 0.24 0.23 0.21 0.26 0.32 0.21 0.15 0.15 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.19 0.11 0.16 0.28 0.04 0.29 0.02 0.22 0.16 0.24 0.32 0.15 0.06 0.19 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.22 0.23 0.20 0.28 0.20 0.28 0.21 0.25 0.19 0.27 0.33 0.31 0.35 0.20 0.19 0.36 0.38 0.35 0.31
C2 0.21 0.21 0.23 0.22 0.28 0.18 0.28 0.24 0.23 0.17 0.24 0.35 0.33 0.34 0.21 0.17 0.40 0.36 0.39 0.35
C2' 0.18 0.21 0.20 0.20 0.27 0.18 0.27 0.22 0.23 0.17 0.26 0.33 0.30 0.32 0.21 0.16 0.36 0.42 0.39 0.34
C3' 0.18 0.21 0.23 0.27 0.24 0.26 0.25 0.29 0.23 0.17 0.24 0.29 0.31 0.29 0.32 0.19 0.36 0.47 0.41 0.36
C4 0.17 0.22 0.22 0.28 0.20 0.24 0.26 0.34 0.21 0.15 0.22 0.28 0.34 0.30 0.28 0.17 0.44 0.43 0.48 0.43
C4' 0.18 0.22 0.20 0.20 0.23 0.21 0.23 0.20 0.21 0.17 0.25 0.27 0.32 0.29 0.25 0.18 0.30 0.43 0.37 0.30
C5 0.17 0.20 0.22 0.31 0.20 0.27 0.27 0.37 0.23 0.15 0.21 0.26 0.30 0.30 0.33 0.20 0.44 0.42 0.45 0.42
C5' 0.26 0.26 0.29 0.29 0.21 0.31 0.22 0.27 0.21 0.21 0.25 0.24 0.37 0.36 0.39 0.27 0.27 0.45 0.40 0.30
C6 0.18 0.20 0.23 0.28 0.24 0.25 0.28 0.31 0.25 0.17 0.22 0.28 0.30 0.32 0.29 0.19 0.40 0.39 0.40 0.37
N1 0.19 0.20 0.22 0.23 0.27 0.20 0.29 0.25 0.24 0.17 0.25 0.33 0.31 0.34 0.23 0.17 0.38 0.37 0.37 0.34
N3 0.19 0.22 0.22 0.25 0.24 0.20 0.27 0.29 0.21 0.16 0.22 0.33 0.35 0.33 0.23 0.15 0.42 0.39 0.44 0.39
N4 0.19 0.26 0.22 0.30 0.18 0.26 0.24 0.38 0.21 0.17 0.27 0.25 0.35 0.29 0.30 0.19 0.47 0.48 0.54 0.48
O2 0.23 0.22 0.23 0.20 0.29 0.18 0.28 0.21 0.23 0.19 0.26 0.38 0.33 0.36 0.18 0.19 0.39 0.35 0.38 0.34
O2' 0.23 0.25 0.22 0.18 0.30 0.19 0.28 0.19 0.24 0.21 0.30 0.36 0.32 0.35 0.18 0.21 0.33 0.41 0.37 0.31
O3' 0.19 0.21 0.23 0.27 0.24 0.27 0.26 0.31 0.23 0.17 0.24 0.29 0.30 0.28 0.34 0.20 0.35 0.51 0.45 0.38
O4' 0.19 0.22 0.21 0.20 0.25 0.20 0.25 0.20 0.23 0.18 0.26 0.29 0.31 0.32 0.22 0.18 0.34 0.40 0.34 0.30
O5' 0.26 0.29 0.30 0.37 0.27 0.34 0.25 0.33 0.25 0.23 0.30 0.29 0.36 0.29 0.49 0.27 0.37 0.49 0.38 0.36
OP1 0.16 0.16 0.21 0.43 0.24 0.44 0.23 0.46 0.17 0.08 0.22 0.32 0.24 0.20 0.69 0.27 0.39 0.64 0.52 0.46
OP2 0.12 0.24 0.14 0.24 0.26 0.26 0.26 0.38 0.23 0.17 0.27 0.29 0.29 0.21 0.39 0.17 0.41 0.53 0.46 0.43
P 0.19 0.18 0.22 0.42 0.17 0.41 0.19 0.42 0.18 0.14 0.18 0.20 0.25 0.16 0.64 0.28 0.38 0.53 0.41 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.12 0.11 0.25 0.11
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.13 0.04 0.25 0.17 0.27 0.18
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.05 0.09 0.03 0.07 0.06 0.17 0.00 0.02 0.01 0.21 0.25 0.22 0.16
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.03 0.15 0.09 0.14 0.16 0.16 0.02 0.01 0.02 0.24 0.30 0.20 0.18
C4 0.03 0.01 0.05 0.14 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.12 0.04 0.35 0.26 0.35 0.28
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.10 0.07 0.10 0.03 0.01 0.02 0.13 0.23 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.15 0.06 0.37 0.28 0.36 0.29
C5' 0.03 0.11 0.05 0.03 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.10 0.14 0.20 0.09 0.06 0.08 0.02 0.01 0.15 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.14 0.06 0.32 0.22 0.30 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.02 0.23 0.15 0.26 0.16
N3 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.13 0.04 0.30 0.22 0.31 0.23
N4 0.03 0.02 0.06 0.16 0.01 0.10 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.13 0.14 0.05 0.37 0.30 0.39 0.32
O2 0.05 0.01 0.17 0.16 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.15 0.22 0.07 0.20 0.15 0.25 0.15
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.12 0.10 0.11 0.06 0.10 0.07 0.12 0.13 0.15 0.00 0.05 0.08 0.10 0.20 0.25 0.11
O3' 0.09 0.13 0.02 0.01 0.12 0.03 0.15 0.08 0.14 0.06 0.13 0.14 0.22 0.05 0.00 0.06 0.24 0.43 0.32 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.05 0.07 0.08 0.06 0.00 0.10 0.10 0.32 0.17
O5' 0.12 0.25 0.21 0.24 0.35 0.02 0.37 0.01 0.32 0.23 0.30 0.37 0.20 0.10 0.24 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.17 0.25 0.30 0.26 0.13 0.28 0.15 0.22 0.15 0.22 0.30 0.15 0.20 0.43 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.27 0.22 0.20 0.35 0.23 0.36 0.24 0.30 0.26 0.31 0.39 0.25 0.25 0.32 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.16 0.18 0.28 0.05 0.29 0.02 0.22 0.16 0.23 0.32 0.15 0.11 0.27 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00