ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55246

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 5, 13, 10, 7, 10, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.014, 0.042, 0.070, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.042 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.022, 0.052, 0.082, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.052 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.036, 0.146, 0.255, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.146 std_dev=0.109
O4' A 0, 0.007, 0.126, 0.246, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.126 std_dev=0.120
O2' A 0, 0.082, 0.203, 0.324, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.203 std_dev=0.121
C3' A 0, 0.058, 0.238, 0.417, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.238 std_dev=0.180
C4' A 0, 0.034, 0.216, 0.397, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.216 std_dev=0.181
C2 B 0, 0.328, 0.518, 0.708, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.518 std_dev=0.190
N3 B 0, 0.332, 0.524, 0.715, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.524 std_dev=0.192
N1 B 0, 0.346, 0.541, 0.736, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.541 std_dev=0.195
C4 B 0, 0.350, 0.548, 0.746, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.548 std_dev=0.198
C6 B 0, 0.373, 0.582, 0.791, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.582 std_dev=0.209
C5 B 0, 0.377, 0.587, 0.797, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.587 std_dev=0.210
N4 B 0, 0.376, 0.611, 0.846, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.611 std_dev=0.235
O2 B 0, 0.321, 0.561, 0.802, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.561 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.278, 0.523, 0.767, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.523 std_dev=0.245
C1' B 0, 0.339, 0.588, 0.836, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.588 std_dev=0.248
O3' A 0, 0.127, 0.378, 0.628, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.378 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.293, 0.557, 0.821, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.557 std_dev=0.264
O5' A 0, 0.097, 0.368, 0.638, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.368 std_dev=0.270
P A 0, 0.208, 0.480, 0.751, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.480 std_dev=0.272
OP2 A 0, 0.255, 0.542, 0.828, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.542 std_dev=0.286
O3' B 0, 0.266, 0.568, 0.870, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.568 std_dev=0.302
O2' B 0, 0.293, 0.603, 0.913, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.603 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.381, 0.697, 1.013, 2.187 max_d=2.187 avg_d=0.697 std_dev=0.316
C4' B 0, 0.406, 0.722, 1.038, 2.099 max_d=2.099 avg_d=0.722 std_dev=0.316
C5' A 0, 0.034, 0.353, 0.672, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.353 std_dev=0.319
OP1 A 0, 0.297, 0.657, 1.017, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.657 std_dev=0.360
O5' B 0, 0.581, 0.961, 1.340, 2.577 max_d=2.577 avg_d=0.961 std_dev=0.380
C5' B 0, 0.551, 0.935, 1.318, 2.314 max_d=2.314 avg_d=0.935 std_dev=0.384
P B 0, 0.729, 1.184, 1.638, 2.790 max_d=2.790 avg_d=1.184 std_dev=0.454
OP2 B 0, 0.761, 1.293, 1.825, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.293 std_dev=0.532
OP1 B 0, 0.796, 1.331, 1.866, 3.256 max_d=3.256 avg_d=1.331 std_dev=0.535

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.09 0.08 0.25 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.12 0.02 0.19 0.14 0.26 0.14
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.07 0.13 0.01 0.02 0.01 0.14 0.18 0.16 0.09
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.08 0.06 0.12 0.12 0.14 0.02 0.01 0.02 0.19 0.24 0.12 0.13
C4 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.13 0.04 0.25 0.20 0.28 0.19
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.10 0.21 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.05 0.26 0.19 0.27 0.19
C5' 0.02 0.10 0.03 0.03 0.14 0.01 0.14 0.00 0.11 0.08 0.13 0.15 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.11 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05 0.23 0.14 0.26 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.17 0.11 0.25 0.12
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.03 0.22 0.17 0.27 0.17
N4 0.03 0.02 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.15 0.04 0.27 0.23 0.29 0.22
O2 0.04 0.01 0.13 0.14 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.16 0.04 0.16 0.13 0.26 0.13
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.08 0.08 0.11 0.00 0.06 0.04 0.07 0.15 0.18 0.06
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.12 0.04 0.09 0.06 0.14 0.15 0.16 0.06 0.00 0.02 0.17 0.32 0.14 0.17
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.08 0.09 0.31 0.16
O5' 0.09 0.19 0.14 0.19 0.25 0.02 0.26 0.01 0.23 0.17 0.22 0.27 0.16 0.07 0.17 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.14 0.18 0.24 0.20 0.10 0.19 0.11 0.14 0.11 0.17 0.23 0.13 0.15 0.32 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.26 0.16 0.12 0.28 0.21 0.27 0.21 0.26 0.25 0.27 0.29 0.26 0.18 0.14 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.14 0.09 0.13 0.19 0.05 0.19 0.02 0.15 0.12 0.17 0.22 0.13 0.06 0.17 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.17 0.20 0.18 0.17 0.18 0.16 0.18 0.14 0.14 0.19 0.21 0.26 0.33 0.20 0.18 0.26 0.35 0.34 0.29
C2 0.20 0.18 0.21 0.17 0.22 0.17 0.22 0.20 0.18 0.17 0.20 0.27 0.24 0.31 0.18 0.18 0.31 0.39 0.41 0.35
C2' 0.17 0.18 0.16 0.13 0.18 0.13 0.17 0.16 0.14 0.13 0.19 0.22 0.26 0.30 0.16 0.14 0.28 0.40 0.38 0.32
C3' 0.15 0.18 0.15 0.15 0.18 0.14 0.19 0.18 0.17 0.14 0.18 0.21 0.25 0.27 0.17 0.13 0.30 0.43 0.39 0.34
C4 0.18 0.16 0.20 0.18 0.17 0.19 0.22 0.27 0.19 0.16 0.13 0.21 0.22 0.26 0.18 0.18 0.38 0.47 0.50 0.44
C4' 0.15 0.19 0.13 0.12 0.16 0.11 0.15 0.13 0.13 0.13 0.19 0.18 0.29 0.26 0.15 0.12 0.24 0.36 0.33 0.28
C5 0.20 0.18 0.23 0.20 0.13 0.21 0.18 0.26 0.18 0.17 0.15 0.17 0.23 0.27 0.19 0.19 0.37 0.45 0.46 0.41
C5' 0.24 0.24 0.25 0.18 0.18 0.20 0.18 0.18 0.18 0.20 0.20 0.19 0.33 0.35 0.18 0.22 0.25 0.36 0.32 0.27
C6 0.20 0.18 0.23 0.18 0.14 0.18 0.15 0.21 0.15 0.16 0.15 0.17 0.25 0.30 0.18 0.18 0.31 0.40 0.39 0.34
N1 0.20 0.17 0.21 0.17 0.18 0.17 0.17 0.19 0.16 0.15 0.17 0.22 0.25 0.31 0.18 0.17 0.29 0.38 0.37 0.32
N3 0.19 0.17 0.20 0.17 0.22 0.17 0.23 0.23 0.19 0.17 0.17 0.28 0.23 0.28 0.17 0.17 0.35 0.43 0.47 0.40
N4 0.18 0.16 0.20 0.20 0.16 0.22 0.24 0.31 0.21 0.16 0.14 0.20 0.21 0.24 0.20 0.19 0.44 0.52 0.57 0.50
O2 0.22 0.20 0.22 0.18 0.25 0.18 0.23 0.20 0.19 0.18 0.23 0.31 0.26 0.33 0.19 0.20 0.30 0.38 0.40 0.34
O2' 0.19 0.18 0.18 0.16 0.18 0.17 0.16 0.16 0.14 0.14 0.20 0.23 0.26 0.31 0.18 0.19 0.26 0.37 0.36 0.30
O3' 0.15 0.18 0.15 0.16 0.18 0.15 0.20 0.19 0.17 0.14 0.18 0.21 0.26 0.25 0.18 0.14 0.30 0.45 0.41 0.36
O4' 0.15 0.18 0.15 0.18 0.16 0.16 0.14 0.17 0.12 0.11 0.20 0.19 0.28 0.28 0.22 0.14 0.26 0.35 0.32 0.28
O5' 0.20 0.24 0.22 0.10 0.22 0.08 0.22 0.09 0.20 0.20 0.24 0.24 0.30 0.31 0.02 0.13 0.27 0.39 0.35 0.31
OP1 0.05 0.10 0.09 0.04 0.21 0.09 0.27 0.19 0.21 0.09 0.14 0.25 0.17 0.18 0.03 0.06 0.37 0.51 0.52 0.44
OP2 0.12 0.20 0.16 0.06 0.28 0.13 0.29 0.25 0.24 0.18 0.24 0.31 0.20 0.18 0.02 0.11 0.34 0.53 0.41 0.41
P 0.05 0.09 0.10 0.01 0.16 0.05 0.21 0.14 0.17 0.08 0.11 0.20 0.14 0.16 0.01 0.03 0.27 0.41 0.36 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.13 0.16 0.14 0.11
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.22 0.20 0.25 0.20
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.11 0.00 0.02 0.01 0.13 0.19 0.16 0.12
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.01 0.12 0.03 0.12 0.05 0.07 0.10 0.10 0.02 0.01 0.01 0.17 0.23 0.19 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.04 0.29 0.28 0.35 0.29
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.05 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.12 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.05 0.30 0.29 0.34 0.30
C5' 0.03 0.10 0.03 0.03 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.11 0.14 0.20 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.15 0.17 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.05 0.27 0.24 0.25 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.21 0.19 0.21 0.18
N3 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.25 0.24 0.31 0.25
N4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.13 0.04 0.30 0.31 0.39 0.33
O2 0.03 0.01 0.11 0.10 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.13 0.04 0.19 0.19 0.22 0.17
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.09 0.07 0.14 0.00 0.05 0.05 0.06 0.17 0.13 0.07
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.11 0.02 0.15 0.04 0.13 0.05 0.08 0.13 0.13 0.05 0.00 0.02 0.20 0.28 0.27 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.14 0.17 0.16 0.13
O5' 0.13 0.22 0.13 0.17 0.29 0.02 0.30 0.01 0.27 0.21 0.25 0.30 0.19 0.06 0.20 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.16 0.20 0.19 0.23 0.28 0.13 0.29 0.15 0.24 0.19 0.24 0.31 0.19 0.17 0.28 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.25 0.16 0.19 0.35 0.12 0.34 0.17 0.25 0.21 0.31 0.39 0.22 0.13 0.27 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.12 0.17 0.29 0.03 0.30 0.02 0.24 0.18 0.25 0.33 0.17 0.07 0.22 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00