ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55249

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 7, 9, 8, 5, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.019, 0.045, 0.071, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.045 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.032, 0.068, 0.104, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.068 std_dev=0.036
C6 B 0, 0.201, 0.340, 0.479, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.340 std_dev=0.139
N1 B 0, 0.217, 0.384, 0.552, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.384 std_dev=0.167
C5 B 0, 0.206, 0.389, 0.571, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.389 std_dev=0.183
C1' B 0, 0.228, 0.446, 0.665, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.446 std_dev=0.218
C4 B 0, 0.187, 0.415, 0.642, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.415 std_dev=0.227
O4' A 0, 0.004, 0.236, 0.468, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.236 std_dev=0.232
C2' B 0, 0.215, 0.448, 0.681, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.448 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.269, 0.503, 0.738, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.503 std_dev=0.235
N3 B 0, 0.252, 0.493, 0.735, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.493 std_dev=0.241
C2' A 0, 0.007, 0.252, 0.498, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.252 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.239, 0.485, 0.732, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.485 std_dev=0.246
C3' B 0, 0.210, 0.466, 0.722, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.466 std_dev=0.256
C4' B 0, 0.243, 0.527, 0.811, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.527 std_dev=0.284
N4 B 0, 0.187, 0.493, 0.799, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.493 std_dev=0.306
O2' B 0, 0.252, 0.567, 0.883, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.567 std_dev=0.315
C5' B 0, 0.287, 0.605, 0.923, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.605 std_dev=0.318
O2 B 0, 0.356, 0.681, 1.006, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.681 std_dev=0.325
OP2 A 0, 0.199, 0.559, 0.918, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.559 std_dev=0.359
O3' B 0, 0.180, 0.553, 0.927, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.553 std_dev=0.374
C4' A 0, 0.010, 0.383, 0.757, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.383 std_dev=0.374
C3' A 0, 0.030, 0.413, 0.795, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.413 std_dev=0.383
O5' A 0, 0.124, 0.534, 0.944, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.534 std_dev=0.410
O5' B 0, 0.241, 0.667, 1.093, 2.476 max_d=2.476 avg_d=0.667 std_dev=0.426
O2' A 0, -0.066, 0.362, 0.790, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.362 std_dev=0.428
P A 0, 0.102, 0.535, 0.968, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.535 std_dev=0.433
C5' A 0, 0.105, 0.589, 1.074, 2.239 max_d=2.239 avg_d=0.589 std_dev=0.485
OP1 A 0, 0.146, 0.712, 1.278, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.712 std_dev=0.566
P B 0, 0.360, 0.929, 1.498, 2.692 max_d=2.692 avg_d=0.929 std_dev=0.569
O3' A 0, 0.047, 0.620, 1.193, 2.753 max_d=2.753 avg_d=0.620 std_dev=0.573
OP1 B 0, 0.436, 1.131, 1.825, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.131 std_dev=0.694
OP2 B 0, 0.346, 1.058, 1.771, 2.818 max_d=2.818 avg_d=1.058 std_dev=0.713

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.17 0.01 0.12 0.13 0.19 0.13
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.13 0.06 0.10 0.11 0.17 0.11
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.12 0.10 0.03 0.08 0.05 0.18 0.00 0.04 0.01 0.25 0.30 0.34 0.28
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.22 0.01 0.24 0.01 0.21 0.13 0.18 0.24 0.12 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.10 0.07
C4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.14 0.03 0.17 0.18 0.22 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.05 0.11 0.06 0.17 0.02 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.08 0.24 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.19 0.06 0.19 0.19 0.21 0.18
C5' 0.04 0.06 0.12 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.13 0.06 0.08 0.14 0.08 0.07 0.12 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.14 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.16 0.07 0.14 0.13 0.17 0.12
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.07 0.01 0.10 0.11 0.17 0.11
N3 0.02 0.00 0.08 0.18 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.11 0.04 0.13 0.14 0.19 0.13
N4 0.02 0.01 0.05 0.24 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.17 0.03 0.19 0.22 0.25 0.20
O2 0.04 0.00 0.18 0.12 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.23 0.10 0.10 0.11 0.17 0.11
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.22 0.17 0.24 0.07 0.21 0.12 0.16 0.24 0.14 0.00 0.08 0.12 0.19 0.25 0.39 0.25
O3' 0.17 0.13 0.04 0.01 0.14 0.02 0.19 0.12 0.16 0.07 0.11 0.17 0.23 0.08 0.00 0.12 0.17 0.29 0.23 0.21
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.10 0.12 0.12 0.00 0.09 0.09 0.13 0.10
O5' 0.12 0.10 0.25 0.05 0.17 0.01 0.19 0.01 0.14 0.10 0.13 0.19 0.10 0.19 0.17 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.11 0.30 0.14 0.18 0.08 0.19 0.08 0.13 0.11 0.14 0.22 0.11 0.25 0.29 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.17 0.34 0.10 0.22 0.05 0.21 0.02 0.17 0.17 0.19 0.25 0.17 0.39 0.23 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.11 0.28 0.07 0.17 0.03 0.18 0.02 0.12 0.11 0.13 0.20 0.11 0.25 0.21 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.27 0.16 0.17 0.26 0.16 0.21 0.19 0.18 0.17 0.31 0.30 0.37 0.24 0.18 0.16 0.35 0.43 0.48 0.37
C2 0.15 0.18 0.15 0.15 0.24 0.15 0.22 0.20 0.17 0.13 0.24 0.31 0.26 0.23 0.15 0.14 0.41 0.47 0.53 0.44
C2' 0.15 0.24 0.15 0.20 0.23 0.19 0.21 0.24 0.19 0.14 0.28 0.28 0.35 0.22 0.23 0.15 0.42 0.57 0.59 0.47
C3' 0.14 0.26 0.13 0.10 0.25 0.09 0.21 0.13 0.18 0.16 0.30 0.29 0.35 0.21 0.10 0.11 0.33 0.50 0.54 0.39
C4 0.16 0.18 0.16 0.16 0.15 0.18 0.20 0.26 0.18 0.15 0.17 0.20 0.26 0.21 0.16 0.16 0.49 0.54 0.60 0.52
C4' 0.12 0.22 0.10 0.10 0.20 0.09 0.16 0.11 0.14 0.12 0.25 0.23 0.33 0.20 0.13 0.09 0.26 0.40 0.42 0.29
C5 0.18 0.20 0.18 0.18 0.16 0.20 0.20 0.27 0.19 0.16 0.20 0.19 0.27 0.21 0.17 0.19 0.49 0.54 0.59 0.52
C5' 0.16 0.23 0.15 0.08 0.20 0.08 0.18 0.09 0.18 0.16 0.24 0.22 0.32 0.23 0.10 0.12 0.23 0.41 0.39 0.26
C6 0.18 0.24 0.18 0.18 0.20 0.19 0.20 0.24 0.19 0.17 0.24 0.22 0.33 0.23 0.16 0.19 0.44 0.50 0.54 0.46
N1 0.16 0.24 0.16 0.17 0.24 0.16 0.21 0.21 0.18 0.16 0.27 0.28 0.33 0.23 0.16 0.16 0.40 0.47 0.51 0.42
N3 0.16 0.17 0.15 0.15 0.20 0.15 0.22 0.23 0.17 0.14 0.18 0.28 0.25 0.23 0.14 0.14 0.45 0.50 0.57 0.48
N4 0.18 0.21 0.17 0.18 0.14 0.20 0.20 0.30 0.19 0.17 0.20 0.16 0.27 0.21 0.18 0.18 0.52 0.58 0.64 0.57
O2 0.15 0.18 0.15 0.16 0.26 0.14 0.23 0.19 0.17 0.13 0.25 0.35 0.24 0.25 0.17 0.14 0.39 0.44 0.51 0.41
O2' 0.15 0.26 0.13 0.17 0.28 0.15 0.27 0.21 0.22 0.16 0.30 0.34 0.39 0.24 0.19 0.14 0.39 0.56 0.60 0.46
O3' 0.13 0.22 0.13 0.14 0.20 0.13 0.19 0.18 0.17 0.13 0.25 0.25 0.33 0.21 0.17 0.12 0.34 0.55 0.58 0.42
O4' 0.15 0.24 0.15 0.18 0.22 0.16 0.18 0.18 0.16 0.15 0.26 0.25 0.34 0.23 0.21 0.15 0.29 0.37 0.41 0.30
O5' 0.19 0.26 0.21 0.07 0.22 0.06 0.21 0.07 0.21 0.20 0.26 0.23 0.33 0.26 0.02 0.12 0.30 0.48 0.46 0.35
OP1 0.05 0.16 0.09 0.03 0.15 0.09 0.17 0.18 0.15 0.08 0.17 0.17 0.24 0.15 0.02 0.06 0.26 0.53 0.50 0.36
OP2 0.09 0.19 0.09 0.07 0.21 0.14 0.23 0.23 0.21 0.14 0.21 0.22 0.23 0.08 0.03 0.13 0.38 0.60 0.58 0.47
P 0.05 0.16 0.09 0.02 0.15 0.06 0.17 0.13 0.16 0.09 0.17 0.17 0.23 0.13 0.01 0.03 0.29 0.51 0.46 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.10 0.18 0.21 0.17
C2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.11 0.04 0.22 0.23 0.29 0.22
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.08 0.06 0.15 0.00 0.02 0.01 0.15 0.18 0.17 0.12
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.11 0.04 0.08 0.08 0.14 0.02 0.01 0.01 0.20 0.26 0.19 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.31 0.32 0.39 0.31
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04 0.06 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.10 0.16 0.08
C5 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.33 0.33 0.40 0.32
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.10 0.14 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.09 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.28 0.27 0.31 0.26
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.20 0.22 0.26 0.21
N3 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.11 0.03 0.27 0.28 0.35 0.27
N4 0.02 0.02 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.11 0.03 0.33 0.35 0.43 0.34
O2 0.05 0.01 0.15 0.14 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.15 0.18 0.06 0.18 0.21 0.27 0.20
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.06 0.15 0.00 0.03 0.04 0.06 0.15 0.15 0.11
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.03 0.12 0.05 0.11 0.11 0.18 0.03 0.00 0.02 0.20 0.37 0.27 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.09 0.24 0.28 0.23
O5' 0.10 0.22 0.15 0.20 0.31 0.02 0.33 0.01 0.28 0.20 0.27 0.33 0.18 0.06 0.20 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.23 0.18 0.26 0.32 0.10 0.33 0.09 0.27 0.22 0.28 0.35 0.21 0.15 0.37 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.29 0.17 0.19 0.39 0.16 0.40 0.19 0.31 0.26 0.35 0.43 0.27 0.15 0.27 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.22 0.12 0.17 0.31 0.08 0.32 0.02 0.26 0.21 0.27 0.34 0.20 0.11 0.22 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00