ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55250

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 6, 8, 1, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.016, 0.047, 0.078, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.047 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.019, 0.057, 0.094, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.057 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.066, 0.163, 0.261, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.163 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.061, 0.166, 0.271, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.166 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.127, 0.326, 0.526, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.326 std_dev=0.200
C6 B 0, 0.236, 0.449, 0.663, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.449 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.242, 0.459, 0.675, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.459 std_dev=0.216
C3' A 0, 0.137, 0.361, 0.584, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.361 std_dev=0.224
C4 B 0, 0.215, 0.448, 0.680, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.448 std_dev=0.232
N3 B 0, 0.216, 0.453, 0.690, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.453 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.190, 0.427, 0.665, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.427 std_dev=0.238
O3' B 0, 0.265, 0.509, 0.753, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.509 std_dev=0.244
C2 B 0, 0.190, 0.439, 0.688, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.439 std_dev=0.249
O2' A 0, -0.002, 0.253, 0.507, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.253 std_dev=0.255
C1' B 0, 0.235, 0.496, 0.758, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.496 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.212, 0.477, 0.742, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.477 std_dev=0.265
O5' A 0, 0.196, 0.467, 0.738, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.467 std_dev=0.271
OP2 A 0, 0.260, 0.536, 0.812, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.536 std_dev=0.276
P A 0, 0.213, 0.494, 0.775, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.494 std_dev=0.281
C5' A 0, 0.194, 0.479, 0.765, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.479 std_dev=0.286
N4 B 0, 0.220, 0.510, 0.799, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.510 std_dev=0.290
O2 B 0, 0.222, 0.517, 0.811, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.517 std_dev=0.295
C4' B 0, 0.288, 0.589, 0.890, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.589 std_dev=0.301
O4' B 0, 0.277, 0.579, 0.882, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.579 std_dev=0.302
C2' B 0, 0.209, 0.513, 0.817, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.513 std_dev=0.304
OP1 A 0, 0.269, 0.631, 0.992, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.631 std_dev=0.361
O3' A 0, 0.166, 0.598, 1.030, 2.453 max_d=2.453 avg_d=0.598 std_dev=0.432
C5' B 0, 0.250, 0.768, 1.286, 2.613 max_d=2.613 avg_d=0.768 std_dev=0.518
O2' B 0, 0.153, 0.697, 1.241, 3.297 max_d=3.297 avg_d=0.697 std_dev=0.544
O5' B 0, 0.268, 0.879, 1.490, 2.712 max_d=2.712 avg_d=0.879 std_dev=0.611
P B 0, 0.360, 1.185, 2.011, 3.714 max_d=3.714 avg_d=1.185 std_dev=0.825
OP1 B 0, 0.457, 1.333, 2.208, 3.906 max_d=3.906 avg_d=1.333 std_dev=0.876
OP2 B 0, 0.141, 1.348, 2.556, 6.219 max_d=6.219 avg_d=1.348 std_dev=1.207

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.11 0.01 0.11 0.11 0.15 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.04 0.21 0.19 0.22 0.20
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.07 0.12 0.00 0.02 0.01 0.20 0.21 0.21 0.19
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.19 0.01 0.19 0.02 0.17 0.12 0.17 0.21 0.12 0.02 0.01 0.02 0.22 0.24 0.15 0.18
C4 0.03 0.01 0.07 0.19 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.18 0.04 0.30 0.30 0.32 0.29
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.11 0.04 0.14 0.04 0.01 0.02 0.08 0.14 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.19 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.19 0.05 0.31 0.30 0.31 0.30
C5' 0.03 0.07 0.05 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.10 0.16 0.05 0.10 0.08 0.02 0.01 0.10 0.20 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.14 0.05 0.26 0.23 0.22 0.23
N1 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.02 0.19 0.18 0.18 0.18
N3 0.02 0.01 0.08 0.17 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.15 0.04 0.25 0.25 0.27 0.25
N4 0.03 0.01 0.07 0.21 0.00 0.11 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.21 0.05 0.32 0.34 0.37 0.33
O2 0.03 0.01 0.12 0.12 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.17 0.06 0.17 0.16 0.20 0.17
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.14 0.14 0.13 0.10 0.09 0.07 0.14 0.16 0.13 0.00 0.05 0.10 0.10 0.15 0.20 0.11
O3' 0.11 0.12 0.02 0.01 0.18 0.04 0.19 0.08 0.14 0.08 0.15 0.21 0.17 0.05 0.00 0.09 0.22 0.31 0.23 0.23
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.10 0.09 0.00 0.08 0.08 0.18 0.10
O5' 0.11 0.21 0.20 0.22 0.30 0.02 0.31 0.01 0.26 0.19 0.25 0.32 0.17 0.10 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.19 0.21 0.24 0.30 0.08 0.30 0.10 0.23 0.18 0.25 0.34 0.16 0.15 0.31 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.22 0.21 0.15 0.32 0.14 0.31 0.20 0.22 0.18 0.27 0.37 0.20 0.20 0.23 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.19 0.18 0.29 0.02 0.30 0.01 0.23 0.18 0.25 0.33 0.17 0.11 0.23 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.26 0.26 0.26 0.21 0.18 0.22 0.25 0.21 0.21 0.24 0.23 0.36 0.35 0.19 0.19 0.40 0.51 0.61 0.46
C2 0.15 0.23 0.18 0.30 0.22 0.23 0.24 0.39 0.19 0.16 0.25 0.26 0.32 0.33 0.23 0.15 0.54 0.67 0.88 0.65
C2' 0.21 0.25 0.24 0.27 0.20 0.17 0.19 0.30 0.18 0.18 0.24 0.23 0.35 0.35 0.20 0.14 0.43 0.63 0.71 0.54
C3' 0.19 0.22 0.23 0.27 0.19 0.19 0.19 0.32 0.17 0.17 0.22 0.22 0.32 0.34 0.23 0.13 0.49 0.70 0.69 0.58
C4 0.16 0.22 0.15 0.33 0.19 0.34 0.22 0.53 0.20 0.16 0.25 0.21 0.27 0.40 0.28 0.24 0.67 0.82 1.06 0.80
C4' 0.24 0.24 0.26 0.21 0.18 0.15 0.18 0.19 0.19 0.20 0.22 0.19 0.33 0.34 0.16 0.17 0.32 0.47 0.45 0.36
C5 0.15 0.21 0.15 0.34 0.15 0.34 0.16 0.52 0.16 0.14 0.22 0.17 0.27 0.44 0.29 0.24 0.66 0.78 0.94 0.75
C5' 0.24 0.24 0.26 0.22 0.17 0.20 0.18 0.24 0.19 0.21 0.21 0.17 0.33 0.33 0.19 0.19 0.29 0.45 0.37 0.32
C6 0.15 0.21 0.16 0.32 0.14 0.27 0.17 0.41 0.16 0.13 0.20 0.16 0.29 0.41 0.27 0.16 0.54 0.66 0.77 0.61
N1 0.17 0.23 0.19 0.29 0.19 0.22 0.20 0.35 0.18 0.16 0.22 0.21 0.32 0.35 0.23 0.15 0.50 0.61 0.75 0.58
N3 0.14 0.22 0.15 0.32 0.22 0.29 0.25 0.47 0.20 0.15 0.25 0.26 0.29 0.35 0.26 0.19 0.62 0.76 1.01 0.75
N4 0.20 0.23 0.17 0.34 0.23 0.40 0.26 0.60 0.26 0.21 0.26 0.26 0.26 0.42 0.30 0.32 0.74 0.91 1.19 0.90
O2 0.18 0.25 0.21 0.29 0.26 0.21 0.25 0.35 0.20 0.18 0.27 0.31 0.34 0.31 0.22 0.16 0.51 0.63 0.85 0.62
O2' 0.28 0.29 0.28 0.22 0.24 0.15 0.22 0.20 0.21 0.24 0.28 0.27 0.40 0.40 0.17 0.21 0.37 0.53 0.63 0.46
O3' 0.21 0.26 0.25 0.25 0.19 0.19 0.16 0.31 0.15 0.18 0.25 0.22 0.38 0.37 0.24 0.14 0.48 0.75 0.69 0.59
O4' 0.25 0.24 0.27 0.24 0.20 0.18 0.21 0.20 0.21 0.22 0.23 0.21 0.33 0.33 0.19 0.20 0.32 0.40 0.44 0.34
O5' 0.25 0.19 0.20 0.09 0.18 0.06 0.18 0.16 0.16 0.16 0.18 0.22 0.26 0.39 0.02 0.15 0.33 0.52 0.45 0.39
OP1 0.15 0.13 0.11 0.03 0.17 0.07 0.18 0.21 0.14 0.09 0.14 0.21 0.19 0.20 0.03 0.08 0.25 0.45 0.40 0.29
OP2 0.23 0.20 0.28 0.11 0.28 0.18 0.30 0.37 0.26 0.20 0.24 0.32 0.21 0.51 0.03 0.16 0.49 0.72 0.50 0.53
P 0.17 0.12 0.14 0.02 0.18 0.06 0.19 0.21 0.15 0.10 0.15 0.22 0.17 0.29 0.01 0.07 0.30 0.49 0.36 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.11 0.00 0.18 0.14 0.19 0.16
C2 0.03 0.00 0.13 0.15 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.08 0.29 0.23 0.45 0.31
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.01 0.11 0.08 0.13 0.03 0.10 0.05 0.23 0.00 0.03 0.01 0.23 0.31 0.29 0.26
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.16 0.01 0.15 0.03 0.12 0.10 0.17 0.17 0.17 0.02 0.01 0.02 0.16 0.27 0.16 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.04 0.39 0.37 0.72 0.47
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.05 0.09 0.08 0.13 0.03 0.01 0.02 0.11 0.19 0.04
C5 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.13 0.08 0.41 0.40 0.73 0.49
C5' 0.04 0.12 0.08 0.03 0.19 0.01 0.23 0.00 0.21 0.12 0.15 0.21 0.12 0.07 0.11 0.01 0.01 0.13 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.12 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.10 0.10 0.37 0.30 0.55 0.40
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02 0.28 0.21 0.39 0.29
N3 0.03 0.00 0.10 0.17 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.06 0.35 0.30 0.60 0.40
N4 0.02 0.01 0.05 0.17 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.14 0.04 0.41 0.43 0.82 0.52
O2 0.05 0.01 0.23 0.17 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.15 0.13 0.25 0.19 0.35 0.25
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.16 0.13 0.24 0.07 0.23 0.09 0.08 0.17 0.20 0.00 0.06 0.09 0.15 0.28 0.32 0.22
O3' 0.11 0.10 0.03 0.01 0.12 0.03 0.13 0.11 0.10 0.06 0.11 0.14 0.15 0.06 0.00 0.07 0.14 0.27 0.28 0.16
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.06 0.04 0.13 0.09 0.07 0.00 0.15 0.09 0.20 0.14
O5' 0.18 0.29 0.23 0.16 0.39 0.02 0.41 0.01 0.37 0.28 0.35 0.41 0.25 0.15 0.14 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.14 0.23 0.31 0.27 0.37 0.11 0.40 0.13 0.30 0.21 0.30 0.43 0.19 0.28 0.27 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.45 0.29 0.16 0.72 0.19 0.73 0.25 0.55 0.39 0.60 0.82 0.35 0.32 0.28 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.31 0.26 0.16 0.47 0.04 0.49 0.02 0.40 0.29 0.40 0.52 0.25 0.22 0.16 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00