ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55253

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 4, 2, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.027, 0.069, 0.110, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.069 std_dev=0.041
O2 A 0, 0.017, 0.075, 0.132, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.075 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.030, 0.095, 0.161, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.095 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.042, 0.133, 0.224, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.133 std_dev=0.091
O2' A 0, 0.069, 0.161, 0.253, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.161 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.072, 0.188, 0.304, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.188 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.085, 0.241, 0.396, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.241 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.084, 0.245, 0.406, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.245 std_dev=0.161
N3 B 0, 0.233, 0.458, 0.682, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.458 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.252, 0.485, 0.719, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.485 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.303, 0.566, 0.828, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.566 std_dev=0.262
C4 B 0, 0.270, 0.545, 0.821, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.545 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.329, 0.619, 0.910, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.619 std_dev=0.290
O2 B 0, 0.384, 0.679, 0.975, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.679 std_dev=0.295
C5 B 0, 0.324, 0.630, 0.936, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.630 std_dev=0.306
C5' A 0, 0.188, 0.502, 0.816, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.502 std_dev=0.314
C1' B 0, 0.370, 0.768, 1.166, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.768 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.357, 0.781, 1.205, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.781 std_dev=0.424
N4 B 0, 0.294, 0.736, 1.178, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.736 std_dev=0.442
O4' B 0, 0.393, 0.987, 1.581, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.987 std_dev=0.594
O2' B 0, 0.378, 0.980, 1.583, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.980 std_dev=0.603
C3' B 0, 0.394, 1.020, 1.647, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.020 std_dev=0.627
O5' A 0, 0.524, 1.156, 1.788, 2.151 max_d=2.151 avg_d=1.156 std_dev=0.632
O3' B 0, 0.429, 1.164, 1.899, 2.555 max_d=2.555 avg_d=1.164 std_dev=0.735
C4' B 0, 0.395, 1.158, 1.921, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.158 std_dev=0.763
P A 0, 0.437, 1.220, 2.003, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.220 std_dev=0.783
OP2 A 0, 0.450, 1.241, 2.032, 2.715 max_d=2.715 avg_d=1.241 std_dev=0.791
O5' B 0, 0.272, 1.073, 1.873, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.073 std_dev=0.800
C5' B 0, 0.313, 1.226, 2.139, 2.913 max_d=2.913 avg_d=1.226 std_dev=0.913
OP1 A 0, 0.500, 1.414, 2.327, 3.096 max_d=3.096 avg_d=1.414 std_dev=0.913
P B 0, 0.348, 1.332, 2.316, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.332 std_dev=0.984
OP1 B 0, 0.428, 1.584, 2.739, 3.406 max_d=3.406 avg_d=1.584 std_dev=1.156
OP2 B 0, 0.236, 1.703, 3.171, 4.937 max_d=4.937 avg_d=1.703 std_dev=1.468

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.18 0.18 0.12 0.12
C2 0.04 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.40 0.37 0.29 0.33
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.08 0.00 0.02 0.01 0.27 0.31 0.11 0.22
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.07 0.05 0.09 0.10 0.09 0.02 0.01 0.02 0.37 0.40 0.09 0.29
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.04 0.53 0.50 0.46 0.47
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.10 0.04 0.07 0.11 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.27 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.06 0.53 0.48 0.43 0.47
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.25 0.01 0.26 0.00 0.21 0.12 0.19 0.28 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.17 0.41 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.10 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.47 0.39 0.28 0.37
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.37 0.32 0.21 0.28
N3 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.09 0.02 0.47 0.44 0.40 0.41
N4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.11 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.11 0.04 0.56 0.56 0.55 0.53
O2 0.08 0.01 0.08 0.09 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.09 0.08 0.34 0.33 0.24 0.28
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.09 0.08 0.14 0.00 0.03 0.05 0.07 0.14 0.13 0.06
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.10 0.03 0.09 0.04 0.08 0.05 0.09 0.11 0.09 0.03 0.00 0.02 0.28 0.39 0.10 0.25
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.08 0.05 0.02 0.00 0.08 0.09 0.23 0.07
O5' 0.18 0.40 0.27 0.37 0.53 0.02 0.53 0.01 0.47 0.37 0.47 0.56 0.34 0.07 0.28 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.37 0.31 0.40 0.50 0.11 0.48 0.17 0.39 0.32 0.44 0.56 0.33 0.14 0.39 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.29 0.11 0.09 0.46 0.27 0.43 0.41 0.28 0.21 0.40 0.55 0.24 0.13 0.10 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.33 0.22 0.29 0.47 0.02 0.47 0.01 0.37 0.28 0.41 0.53 0.28 0.06 0.25 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.20 0.20 0.13 0.30 0.12 0.30 0.16 0.26 0.21 0.23 0.35 0.23 0.36 0.19 0.16 0.61 0.68 0.62 0.58
C2 0.16 0.17 0.20 0.23 0.24 0.18 0.26 0.29 0.18 0.13 0.15 0.34 0.28 0.32 0.31 0.12 0.72 0.87 1.06 0.82
C2' 0.19 0.19 0.18 0.16 0.27 0.13 0.26 0.21 0.21 0.18 0.21 0.33 0.24 0.35 0.27 0.13 0.59 0.72 0.55 0.55
C3' 0.15 0.12 0.20 0.26 0.24 0.24 0.25 0.31 0.18 0.11 0.17 0.32 0.19 0.34 0.38 0.16 0.54 0.72 0.42 0.47
C4 0.20 0.21 0.27 0.37 0.10 0.36 0.20 0.48 0.17 0.16 0.18 0.19 0.31 0.30 0.43 0.25 0.84 1.09 1.41 1.05
C4' 0.14 0.14 0.16 0.12 0.27 0.13 0.29 0.15 0.23 0.14 0.20 0.32 0.21 0.34 0.20 0.11 0.48 0.58 0.31 0.37
C5 0.24 0.22 0.31 0.40 0.11 0.39 0.17 0.49 0.16 0.17 0.16 0.22 0.31 0.32 0.45 0.28 0.82 1.04 1.26 0.97
C5' 0.22 0.18 0.28 0.24 0.28 0.29 0.31 0.24 0.21 0.14 0.20 0.35 0.31 0.50 0.36 0.24 0.40 0.55 0.33 0.29
C6 0.19 0.14 0.27 0.31 0.19 0.28 0.22 0.35 0.15 0.12 0.09 0.26 0.26 0.32 0.38 0.20 0.72 0.88 0.95 0.78
N1 0.16 0.14 0.21 0.22 0.25 0.18 0.26 0.26 0.19 0.13 0.15 0.32 0.24 0.32 0.30 0.13 0.68 0.80 0.88 0.73
N3 0.16 0.18 0.22 0.30 0.18 0.26 0.24 0.39 0.17 0.12 0.14 0.27 0.30 0.30 0.37 0.16 0.79 1.01 1.29 0.97
N4 0.24 0.26 0.29 0.41 0.12 0.42 0.19 0.57 0.21 0.20 0.26 0.16 0.33 0.30 0.47 0.31 0.89 1.22 1.62 1.18
O2 0.19 0.19 0.19 0.19 0.29 0.14 0.29 0.24 0.20 0.16 0.21 0.40 0.29 0.36 0.28 0.12 0.68 0.81 0.97 0.76
O2' 0.30 0.27 0.24 0.13 0.31 0.17 0.31 0.16 0.28 0.28 0.27 0.35 0.31 0.43 0.16 0.24 0.56 0.64 0.45 0.48
O3' 0.14 0.13 0.17 0.22 0.24 0.22 0.25 0.31 0.18 0.12 0.18 0.31 0.19 0.31 0.35 0.14 0.48 0.69 0.34 0.40
O4' 0.18 0.15 0.19 0.12 0.27 0.12 0.29 0.13 0.26 0.18 0.20 0.31 0.19 0.35 0.16 0.15 0.56 0.61 0.44 0.48
O5' 0.19 0.15 0.25 0.07 0.20 0.06 0.16 0.13 0.12 0.11 0.19 0.25 0.20 0.38 0.02 0.11 0.47 0.66 0.27 0.36
OP1 0.04 0.12 0.10 0.03 0.16 0.09 0.16 0.19 0.11 0.05 0.16 0.21 0.18 0.17 0.02 0.05 0.30 0.64 0.47 0.16
OP2 0.08 0.13 0.11 0.07 0.20 0.21 0.21 0.37 0.18 0.12 0.16 0.23 0.15 0.12 0.03 0.17 0.58 0.99 0.35 0.53
P 0.04 0.11 0.11 0.02 0.16 0.09 0.16 0.20 0.11 0.05 0.15 0.20 0.16 0.17 0.01 0.05 0.42 0.71 0.23 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.09 0.01 0.02 0.01 0.19 0.14 0.29 0.19
C2 0.04 0.00 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.14 0.04 0.39 0.33 0.71 0.48
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05 0.17 0.00 0.03 0.01 0.27 0.28 0.15 0.17
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.10 0.00 0.09 0.02 0.07 0.06 0.13 0.12 0.17 0.02 0.01 0.01 0.37 0.44 0.13 0.23
C4 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.58 0.62 1.26 0.81
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.09 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.13 0.38 0.07
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.05 0.62 0.67 1.32 0.86
C5' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.13 0.17 0.11 0.03 0.03 0.01 0.01 0.29 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.05 0.54 0.52 0.99 0.68
N1 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.39 0.33 0.66 0.46
N3 0.04 0.00 0.08 0.13 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.16 0.03 0.49 0.48 1.00 0.65
N4 0.03 0.01 0.05 0.12 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.15 0.04 0.62 0.71 1.44 0.91
O2 0.09 0.00 0.17 0.17 0.01 0.10 0.02 0.11 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.15 0.21 0.09 0.28 0.20 0.47 0.31
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.07 0.06 0.15 0.00 0.05 0.04 0.06 0.10 0.42 0.11
O3' 0.02 0.14 0.03 0.01 0.13 0.01 0.11 0.03 0.08 0.06 0.16 0.15 0.21 0.05 0.00 0.02 0.30 0.48 0.42 0.20
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.09 0.04 0.02 0.00 0.08 0.09 0.30 0.14
O5' 0.19 0.39 0.27 0.37 0.58 0.01 0.62 0.01 0.54 0.39 0.49 0.62 0.28 0.06 0.30 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.14 0.33 0.28 0.44 0.62 0.13 0.67 0.29 0.52 0.33 0.48 0.71 0.20 0.10 0.48 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.71 0.15 0.13 1.26 0.38 1.32 0.34 0.99 0.66 1.00 1.44 0.47 0.42 0.42 0.30 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.48 0.17 0.23 0.81 0.07 0.86 0.01 0.68 0.46 0.65 0.91 0.31 0.11 0.20 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00