Doublet Group distance statistics: 55256

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N4	A	0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.014
O2	A	0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.036 std_dev=0.020
O4'	A	0, 0.020, 0.217, 0.415, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.217 std_dev=0.197
C2'	A	0, 0.028, 0.257, 0.486, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.257 std_dev=0.229
C6	B	0, 0.123, 0.387, 0.650, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.387 std_dev=0.263
N1	B	0, 0.140, 0.405, 0.670, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.405 std_dev=0.265
C2'	B	0, 0.173, 0.453, 0.732, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.453 std_dev=0.279
O2'	A	0, 0.064, 0.344, 0.624, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.344 std_dev=0.280
C3'	B	0, 0.195, 0.478, 0.761, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.478 std_dev=0.283
C4'	A	0, 0.055, 0.339, 0.623, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.339 std_dev=0.284
O3'	B	0, 0.210, 0.504, 0.798, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.504 std_dev=0.294
C1'	B	0, 0.174, 0.479, 0.783, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.479 std_dev=0.304
C4	B	0, 0.120, 0.427, 0.733, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.427 std_dev=0.307
C2	B	0, 0.161, 0.471, 0.781, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.471 std_dev=0.310
C5	B	0, 0.049, 0.361, 0.672, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.361 std_dev=0.311
O2'	B	0, 0.179, 0.500, 0.820, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.500 std_dev=0.320
N3	B	0, 0.146, 0.484, 0.822, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.484 std_dev=0.338
C4'	B	0, 0.196, 0.538, 0.880, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.538 std_dev=0.342
C3'	A	0, 0.050, 0.395, 0.740, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.395 std_dev=0.345
O4'	B	0, 0.197, 0.542, 0.888, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.542 std_dev=0.345
P	A	0, 0.149, 0.497, 0.845, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.497 std_dev=0.348
OP1	A	0, 0.199, 0.555, 0.912, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.555 std_dev=0.357
N4	B	0, 0.110, 0.516, 0.922, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.516 std_dev=0.406
O2	B	0, 0.169, 0.584, 0.999, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.584 std_dev=0.415
C5'	B	0, 0.223, 0.654, 1.084, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.654 std_dev=0.431
O5'	B	0, 0.218, 0.717, 1.215, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.717 std_dev=0.499
O5'	A	0, 0.055, 0.564, 1.073, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.564 std_dev=0.509
O3'	A	0, 0.037, 0.557, 1.076, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.557 std_dev=0.519
OP2	A	0, 0.210, 0.741, 1.273, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.741 std_dev=0.532
C5'	A	0, 0.119, 0.719, 1.319, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.719 std_dev=0.600
OP1	B	0, 0.247, 0.894, 1.541, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.894 std_dev=0.647
P	B	0, 0.214, 0.983, 1.753, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.983 std_dev=0.770
OP2	B	0, -0.074, 1.359, 2.792, 4.253 max_d=4.253 avg_d=1.359 std_dev=1.433

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.13	0.12	0.37	0.08
C2	0.01	0.00	0.04	0.06	0.01	0.04	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.06	0.02	0.31	0.22	0.39	0.20
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.06	0.02	0.11	0.02	0.12	0.04	0.02	0.06	0.13	0.00	0.03	0.01	0.23	0.27	0.26	0.13
C3'	0.02	0.06	0.00	0.00	0.10	0.00	0.18	0.03	0.19	0.07	0.06	0.11	0.12	0.01	0.01	0.03	0.34	0.38	0.19	0.25
C4	0.01	0.01	0.06	0.10	0.00	0.07	0.00	0.23	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.17	0.02	0.45	0.33	0.44	0.32
C4'	0.01	0.04	0.02	0.00	0.07	0.00	0.08	0.01	0.08	0.04	0.05	0.07	0.03	0.07	0.02	0.00	0.02	0.13	0.36	0.03
C5	0.01	0.01	0.11	0.18	0.00	0.08	0.00	0.25	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.26	0.04	0.48	0.34	0.43	0.33
C5'	0.05	0.15	0.02	0.03	0.23	0.01	0.25	0.00	0.21	0.14	0.19	0.25	0.10	0.08	0.03	0.02	0.01	0.17	0.41	0.01
C6	0.01	0.01	0.12	0.19	0.01	0.08	0.00	0.21	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.24	0.05	0.43	0.28	0.39	0.26
N1	0.00	0.01	0.04	0.07	0.01	0.04	0.01	0.14	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.09	0.02	0.30	0.21	0.38	0.17
N3	0.01	0.00	0.02	0.06	0.00	0.05	0.00	0.19	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.08	0.01	0.39	0.27	0.42	0.27
N4	0.01	0.01	0.06	0.11	0.00	0.07	0.01	0.25	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.18	0.02	0.48	0.37	0.46	0.36
O2	0.03	0.00	0.13	0.12	0.01	0.03	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.13	0.15	0.05	0.24	0.18	0.37	0.15
O2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.05	0.07	0.08	0.08	0.08	0.02	0.05	0.06	0.13	0.00	0.06	0.03	0.09	0.23	0.28	0.06
O3'	0.02	0.06	0.03	0.01	0.17	0.02	0.26	0.03	0.24	0.09	0.08	0.18	0.15	0.06	0.00	0.02	0.29	0.47	0.22	0.30
O4'	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.00	0.04	0.02	0.05	0.02	0.01	0.02	0.05	0.03	0.02	0.00	0.06	0.05	0.43	0.12
O5'	0.13	0.31	0.23	0.34	0.45	0.02	0.48	0.01	0.43	0.30	0.39	0.48	0.24	0.09	0.29	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.12	0.22	0.27	0.38	0.33	0.13	0.34	0.17	0.28	0.21	0.27	0.37	0.18	0.23	0.47	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.37	0.39	0.26	0.19	0.44	0.36	0.43	0.41	0.39	0.38	0.42	0.46	0.37	0.28	0.22	0.43	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.08	0.20	0.13	0.25	0.32	0.03	0.33	0.01	0.26	0.17	0.27	0.36	0.15	0.06	0.30	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.20	0.27	0.12	0.07	0.23	0.10	0.20	0.12	0.20	0.22	0.27	0.25	0.34	0.20	0.06	0.17	0.25	0.39	0.41	0.29
C2	0.14	0.22	0.11	0.12	0.24	0.10	0.24	0.18	0.19	0.15	0.26	0.31	0.33	0.17	0.16	0.11	0.34	0.49	0.73	0.45
C2'	0.15	0.26	0.07	0.11	0.21	0.06	0.15	0.15	0.14	0.18	0.27	0.25	0.35	0.15	0.18	0.11	0.28	0.50	0.43	0.33
C3'	0.08	0.23	0.11	0.26	0.21	0.22	0.13	0.31	0.10	0.14	0.26	0.24	0.30	0.11	0.33	0.13	0.38	0.64	0.43	0.40
C4	0.12	0.18	0.17	0.21	0.19	0.18	0.25	0.28	0.23	0.12	0.24	0.25	0.27	0.22	0.25	0.14	0.43	0.62	0.96	0.58
C4'	0.07	0.22	0.08	0.14	0.17	0.12	0.09	0.17	0.07	0.12	0.23	0.18	0.28	0.10	0.17	0.09	0.22	0.44	0.26	0.20
C5	0.13	0.17	0.19	0.20	0.19	0.18	0.20	0.27	0.21	0.12	0.25	0.24	0.23	0.24	0.26	0.16	0.40	0.61	0.84	0.54
C5'	0.21	0.26	0.24	0.28	0.18	0.31	0.13	0.32	0.12	0.18	0.25	0.19	0.33	0.31	0.34	0.26	0.26	0.52	0.29	0.20
C6	0.14	0.22	0.15	0.12	0.22	0.11	0.20	0.19	0.21	0.17	0.27	0.23	0.26	0.23	0.19	0.13	0.33	0.52	0.64	0.42
N1	0.14	0.24	0.10	0.08	0.22	0.07	0.20	0.15	0.19	0.17	0.27	0.25	0.31	0.19	0.13	0.11	0.30	0.46	0.59	0.38
N3	0.12	0.20	0.14	0.17	0.23	0.14	0.27	0.24	0.22	0.13	0.24	0.32	0.31	0.19	0.21	0.12	0.40	0.56	0.90	0.54
N4	0.14	0.17	0.20	0.25	0.16	0.23	0.27	0.34	0.25	0.12	0.23	0.23	0.26	0.23	0.30	0.18	0.48	0.68	1.11	0.66
O2	0.17	0.23	0.12	0.12	0.26	0.11	0.24	0.17	0.18	0.15	0.25	0.35	0.35	0.17	0.14	0.14	0.33	0.45	0.69	0.43
O2'	0.27	0.33	0.17	0.12	0.27	0.14	0.23	0.14	0.23	0.27	0.32	0.30	0.42	0.22	0.13	0.23	0.25	0.42	0.36	0.28
O3'	0.06	0.22	0.09	0.26	0.20	0.22	0.14	0.33	0.10	0.12	0.25	0.25	0.29	0.10	0.35	0.11	0.40	0.71	0.46	0.43
O4'	0.12	0.22	0.09	0.09	0.17	0.09	0.13	0.12	0.14	0.15	0.23	0.19	0.29	0.15	0.08	0.11	0.22	0.35	0.28	0.22
O5'	0.06	0.19	0.10	0.06	0.36	0.03	0.34	0.12	0.24	0.14	0.29	0.43	0.15	0.35	0.02	0.03	0.21	0.48	0.32	0.21
OP1	0.02	0.15	0.04	0.03	0.25	0.05	0.25	0.10	0.19	0.10	0.20	0.30	0.16	0.11	0.03	0.04	0.14	0.46	0.76	0.28
OP2	0.15	0.18	0.25	0.05	0.27	0.10	0.30	0.31	0.24	0.16	0.21	0.32	0.18	0.29	0.02	0.04	0.29	0.73	0.30	0.31
P	0.05	0.12	0.11	0.01	0.25	0.04	0.26	0.15	0.20	0.09	0.19	0.30	0.11	0.20	0.00	0.01	0.15	0.50	0.45	0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.15	0.10	0.22	0.19
C2	0.01	0.00	0.07	0.13	0.01	0.04	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.07	0.13	0.02	0.30	0.21	0.68	0.41
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.05	0.01	0.06	0.04	0.06	0.02	0.07	0.07	0.12	0.00	0.02	0.01	0.10	0.18	0.14	0.09
C3'	0.02	0.13	0.00	0.00	0.16	0.00	0.15	0.04	0.13	0.09	0.15	0.18	0.13	0.01	0.01	0.01	0.08	0.22	0.26	0.10
C4	0.01	0.01	0.05	0.16	0.00	0.09	0.01	0.22	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.19	0.03	0.43	0.37	1.14	0.62
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.09	0.00	0.12	0.01	0.11	0.05	0.06	0.11	0.02	0.06	0.02	0.00	0.03	0.09	0.21	0.02
C5	0.01	0.01	0.06	0.15	0.01	0.12	0.00	0.26	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.19	0.05	0.45	0.40	1.17	0.64
C5'	0.03	0.10	0.04	0.04	0.22	0.01	0.26	0.00	0.22	0.12	0.15	0.24	0.05	0.06	0.06	0.02	0.01	0.07	0.24	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.13	0.01	0.11	0.00	0.22	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.06	0.15	0.05	0.39	0.32	0.87	0.52
N1	0.00	0.01	0.02	0.09	0.01	0.05	0.01	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.08	0.01	0.29	0.20	0.60	0.38
N3	0.01	0.00	0.07	0.15	0.00	0.06	0.01	0.15	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.08	0.16	0.01	0.37	0.29	0.93	0.52
N4	0.01	0.01	0.07	0.18	0.00	0.11	0.01	0.24	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.09	0.22	0.03	0.46	0.42	1.30	0.68
O2	0.01	0.00	0.12	0.13	0.01	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.10	0.14	0.04	0.24	0.14	0.51	0.32
O2'	0.02	0.07	0.00	0.01	0.07	0.06	0.07	0.06	0.06	0.04	0.08	0.09	0.10	0.00	0.06	0.06	0.08	0.16	0.24	0.04
O3'	0.02	0.13	0.02	0.01	0.19	0.02	0.19	0.06	0.15	0.08	0.16	0.22	0.14	0.06	0.00	0.02	0.11	0.31	0.55	0.20
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.02	0.05	0.01	0.01	0.03	0.04	0.06	0.02	0.00	0.12	0.06	0.15	0.17
O5'	0.15	0.30	0.10	0.08	0.43	0.03	0.45	0.01	0.39	0.29	0.37	0.46	0.24	0.08	0.11	0.12	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.10	0.21	0.18	0.22	0.37	0.09	0.40	0.07	0.32	0.20	0.29	0.42	0.14	0.16	0.31	0.06	0.03	0.00	0.01	0.00
OP2	0.22	0.68	0.14	0.26	1.14	0.21	1.17	0.24	0.87	0.60	0.93	1.30	0.51	0.24	0.55	0.15	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.19	0.41	0.09	0.10	0.62	0.02	0.64	0.01	0.52	0.38	0.52	0.68	0.32	0.04	0.20	0.17	0.01	0.00	0.01	0.00