ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55260

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.018, 0.037, 0.057, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.037 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.018, 0.040, 0.062, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.040 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.013, 0.037, 0.060, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.037 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.020, 0.089, 0.157, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.089 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.068, 0.195, 0.321, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.195 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.108, 0.262, 0.417, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.262 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.185, 0.386, 0.587, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.386 std_dev=0.201
C3' A 0, 0.181, 0.408, 0.635, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.408 std_dev=0.227
C5 B 0, 0.209, 0.451, 0.693, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.451 std_dev=0.242
O2' B 0, 0.226, 0.478, 0.729, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.478 std_dev=0.251
N1 B 0, 0.190, 0.444, 0.698, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.444 std_dev=0.254
O2' A 0, 0.146, 0.400, 0.654, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.400 std_dev=0.254
C2' B 0, 0.158, 0.414, 0.671, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.414 std_dev=0.257
O5' A 0, 0.175, 0.435, 0.695, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.435 std_dev=0.260
C3' B 0, 0.205, 0.471, 0.738, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.471 std_dev=0.266
C5' A 0, 0.128, 0.396, 0.664, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.396 std_dev=0.268
C1' B 0, 0.207, 0.482, 0.756, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.482 std_dev=0.274
OP2 A 0, 0.186, 0.480, 0.774, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.480 std_dev=0.294
P A 0, 0.182, 0.486, 0.790, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.486 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.254, 0.573, 0.892, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.573 std_dev=0.319
O3' B 0, 0.194, 0.515, 0.836, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.515 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.215, 0.543, 0.871, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.543 std_dev=0.328
C4 B 0, 0.239, 0.568, 0.897, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.568 std_dev=0.329
C4' B 0, 0.308, 0.656, 1.004, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.656 std_dev=0.348
N3 B 0, 0.237, 0.599, 0.962, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.599 std_dev=0.362
O2 B 0, 0.228, 0.599, 0.971, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.599 std_dev=0.371
OP1 A 0, 0.171, 0.556, 0.942, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.556 std_dev=0.385
N4 B 0, 0.294, 0.704, 1.115, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.704 std_dev=0.410
O3' A 0, 0.379, 0.790, 1.202, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.790 std_dev=0.411
C5' B 0, 0.411, 0.861, 1.310, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.861 std_dev=0.450
O5' B 0, -0.077, 0.613, 1.303, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.613 std_dev=0.690
P B 0, 0.232, 1.227, 2.221, 3.035 max_d=3.035 avg_d=1.227 std_dev=0.995
OP1 B 0, 1.184, 2.376, 3.568, 3.134 max_d=3.134 avg_d=2.376 std_dev=1.192
OP2 B 0, 1.413, 2.837, 4.260, 3.733 max_d=3.733 avg_d=2.837 std_dev=1.424

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.10 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.09 0.04 0.05 0.09 0.07 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.13 0.12 0.05 0.10
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.07 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.14 0.12 0.04 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.11 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.11 0.09 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.06 0.02
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.11 0.10 0.03 0.07
N4 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.02 0.15 0.14 0.09 0.13
O2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.09 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.11 0.00 0.04 0.04 0.03 0.08 0.07 0.03
O3' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.02 0.12 0.03 0.10 0.04 0.07 0.11 0.09 0.04 0.00 0.02 0.08 0.07 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.11 0.06
O5' 0.03 0.07 0.02 0.04 0.13 0.01 0.14 0.00 0.11 0.06 0.11 0.15 0.05 0.03 0.08 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.04 0.07 0.05 0.05 0.12 0.06 0.12 0.06 0.09 0.06 0.10 0.14 0.06 0.08 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.04 0.08 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.09 0.04 0.07 0.10 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.03 0.04 0.10 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.07 0.13 0.03 0.03 0.07 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.02 0.08 0.10 0.12 0.10 0.13 0.21 0.10 0.05 0.07 0.16 0.07 0.19 0.08 0.08 0.37 0.88 0.29 0.46
C2 0.10 0.13 0.14 0.05 0.05 0.07 0.07 0.18 0.07 0.09 0.12 0.07 0.18 0.21 0.03 0.06 0.33 1.13 0.35 0.48
C2' 0.05 0.02 0.08 0.10 0.12 0.10 0.12 0.22 0.09 0.05 0.08 0.16 0.05 0.20 0.07 0.07 0.40 0.86 0.37 0.50
C3' 0.05 0.03 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.22 0.07 0.04 0.07 0.12 0.02 0.19 0.07 0.07 0.41 0.70 0.43 0.49
C4 0.05 0.11 0.11 0.05 0.09 0.11 0.05 0.25 0.04 0.06 0.12 0.10 0.13 0.14 0.06 0.10 0.39 1.28 0.45 0.59
C4' 0.06 0.06 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.15 0.07 0.05 0.09 0.13 0.04 0.20 0.06 0.05 0.32 0.53 0.31 0.37
C5 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.16 0.08 0.31 0.08 0.06 0.09 0.08 0.10 0.11 0.05 0.15 0.49 1.13 0.43 0.64
C5' 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.04 0.07 0.11 0.07 0.05 0.07 0.09 0.04 0.19 0.04 0.04 0.28 0.34 0.30 0.31
C6 0.05 0.07 0.07 0.09 0.08 0.16 0.10 0.29 0.09 0.05 0.08 0.10 0.09 0.13 0.05 0.14 0.47 0.97 0.37 0.58
N1 0.06 0.06 0.10 0.07 0.07 0.10 0.10 0.22 0.08 0.03 0.05 0.10 0.11 0.18 0.04 0.08 0.39 1.00 0.33 0.51
N3 0.09 0.15 0.14 0.04 0.09 0.07 0.05 0.20 0.06 0.09 0.15 0.08 0.18 0.18 0.05 0.06 0.33 1.24 0.40 0.51
N4 0.05 0.12 0.12 0.06 0.12 0.11 0.06 0.25 0.05 0.07 0.14 0.14 0.13 0.13 0.08 0.11 0.37 1.37 0.50 0.61
O2 0.15 0.18 0.16 0.05 0.08 0.06 0.09 0.14 0.09 0.14 0.16 0.09 0.24 0.25 0.04 0.09 0.27 1.10 0.33 0.42
O2' 0.03 0.07 0.04 0.10 0.18 0.08 0.16 0.19 0.11 0.06 0.14 0.23 0.05 0.19 0.07 0.05 0.37 0.84 0.34 0.47
O3' 0.06 0.03 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.21 0.07 0.04 0.07 0.12 0.04 0.21 0.07 0.06 0.43 0.67 0.49 0.52
O4' 0.06 0.05 0.08 0.12 0.12 0.10 0.12 0.18 0.10 0.06 0.10 0.15 0.04 0.20 0.09 0.07 0.33 0.67 0.25 0.39
O5' 0.09 0.09 0.13 0.02 0.11 0.02 0.12 0.12 0.11 0.09 0.10 0.12 0.09 0.18 0.01 0.03 0.30 0.35 0.33 0.34
OP1 0.02 0.06 0.05 0.01 0.09 0.07 0.09 0.15 0.07 0.04 0.08 0.10 0.06 0.08 0.01 0.04 0.28 0.38 0.30 0.29
OP2 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.13 0.07 0.23 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.06 0.02 0.10 0.37 0.34 0.34 0.39
P 0.02 0.05 0.06 0.01 0.08 0.06 0.09 0.14 0.08 0.04 0.07 0.09 0.05 0.08 0.01 0.03 0.28 0.30 0.29 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.30 0.28 0.12
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.66 0.09 0.17
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.07 0.17 0.19 0.10
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.17 0.12
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.94 0.18 0.22
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.13 0.34 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.06 0.94 0.17 0.22
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.08 0.12 0.04 0.05 0.05 0.00 0.00 0.32 0.34 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.72 0.08 0.19
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.57 0.14 0.16
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.83 0.11 0.20
N4 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 1.05 0.28 0.23
O2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.06 0.56 0.13 0.15
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.08 0.09 0.32 0.10
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.03 0.00 0.01 0.16 0.25 0.20 0.16
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.08 0.18 0.42 0.13
O5' 0.04 0.06 0.07 0.12 0.07 0.02 0.06 0.00 0.03 0.04 0.07 0.08 0.06 0.08 0.16 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.30 0.66 0.17 0.09 0.94 0.13 0.94 0.32 0.72 0.57 0.83 1.05 0.56 0.09 0.25 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.09 0.19 0.17 0.18 0.34 0.17 0.34 0.08 0.14 0.11 0.28 0.13 0.32 0.20 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.17 0.10 0.12 0.22 0.04 0.22 0.01 0.19 0.16 0.20 0.23 0.15 0.10 0.16 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00