ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55261

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.013, 0.036, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.020, 0.048, 0.076, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.048 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.044, 0.141, 0.238, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.141 std_dev=0.097
C2' A 0, 0.027, 0.132, 0.237, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.132 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.079, 0.190, 0.300, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.190 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.053, 0.194, 0.335, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.194 std_dev=0.141
C4 B 0, 0.103, 0.268, 0.433, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.268 std_dev=0.165
O2' A 0, 0.070, 0.237, 0.403, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.237 std_dev=0.166
N3 B 0, 0.102, 0.268, 0.435, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.268 std_dev=0.167
C5 B 0, 0.123, 0.309, 0.495, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.309 std_dev=0.186
N4 B 0, 0.081, 0.284, 0.487, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.284 std_dev=0.203
C5' A 0, 0.136, 0.350, 0.564, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.350 std_dev=0.214
C2 B 0, 0.097, 0.316, 0.535, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.316 std_dev=0.219
C6 B 0, 0.132, 0.364, 0.596, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.364 std_dev=0.232
O3' A 0, 0.077, 0.317, 0.557, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.317 std_dev=0.240
O5' A 0, 0.095, 0.336, 0.576, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.336 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.122, 0.376, 0.630, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.376 std_dev=0.254
O2 B 0, 0.076, 0.349, 0.622, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.349 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.118, 0.474, 0.829, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.474 std_dev=0.355
C2' B 0, 0.092, 0.453, 0.814, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.453 std_dev=0.361
P A 0, 0.043, 0.426, 0.808, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.426 std_dev=0.382
O3' B 0, 0.103, 0.509, 0.915, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.509 std_dev=0.406
C3' B 0, 0.110, 0.522, 0.935, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.522 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.092, 0.509, 0.926, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.509 std_dev=0.417
O4' B 0, 0.152, 0.580, 1.008, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.580 std_dev=0.428
OP1 A 0, 0.030, 0.468, 0.907, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.468 std_dev=0.438
OP2 A 0, -0.023, 0.425, 0.873, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.425 std_dev=0.448
OP2 B 0, 0.179, 0.630, 1.080, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.630 std_dev=0.450
C4' B 0, 0.156, 0.635, 1.115, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.635 std_dev=0.479
O5' B 0, 0.099, 0.640, 1.182, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.640 std_dev=0.541
C5' B 0, 0.161, 0.704, 1.247, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.704 std_dev=0.543
P B 0, 0.198, 0.747, 1.297, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.747 std_dev=0.549
OP1 B 0, 0.312, 1.016, 1.720, 1.985 max_d=1.985 avg_d=1.016 std_dev=0.704

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.08 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.10 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.03 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.05 0.03 0.05 0.03
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.03 0.07 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00
C5 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.12 0.08 0.08 0.06 0.04 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.04 0.04 0.09 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.11 0.08 0.09 0.08 0.06 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.09 0.04
N4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.06 0.04 0.05 0.05
O2 0.06 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.06 0.07 0.09 0.12 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.12 0.03 0.11 0.03 0.03 0.08 0.09 0.04 0.00 0.01 0.04 0.08 0.05 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.03 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.06 0.04 0.10 0.07
O5' 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.05 0.03 0.06 0.07 0.02 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.04 0.06 0.02 0.08 0.06 0.04 0.04 0.09 0.04 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.10 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.06 0.08 0.09 0.05 0.12 0.02 0.05 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05 0.07 0.02 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.08 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.08 0.06 0.15 0.21 0.04 0.07 0.13 0.21 0.18 0.13
C2 0.02 0.03 0.04 0.02 0.09 0.03 0.08 0.03 0.06 0.03 0.07 0.10 0.02 0.14 0.02 0.02 0.10 0.25 0.23 0.15
C2' 0.05 0.06 0.06 0.01 0.07 0.03 0.09 0.02 0.06 0.02 0.06 0.09 0.13 0.20 0.01 0.04 0.11 0.18 0.15 0.08
C3' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.10 0.01 0.14 0.02 0.11 0.04 0.07 0.13 0.11 0.17 0.02 0.01 0.11 0.16 0.15 0.06
C4 0.04 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.09 0.07 0.06 0.04 0.06 0.10 0.05 0.12 0.05 0.05 0.11 0.29 0.28 0.20
C4' 0.04 0.06 0.03 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.07 0.03 0.08 0.09 0.13 0.16 0.02 0.04 0.10 0.16 0.15 0.07
C5 0.07 0.08 0.10 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.05 0.04 0.04 0.12 0.15 0.04 0.06 0.10 0.24 0.22 0.15
C5' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.12 0.03 0.15 0.04 0.13 0.08 0.09 0.13 0.08 0.11 0.03 0.03 0.12 0.12 0.13 0.04
C6 0.09 0.10 0.10 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.17 0.19 0.02 0.06 0.11 0.20 0.17 0.12
N1 0.04 0.05 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.05 0.06 0.10 0.18 0.02 0.04 0.11 0.21 0.18 0.12
N3 0.03 0.05 0.04 0.03 0.11 0.03 0.10 0.05 0.07 0.05 0.09 0.13 0.05 0.12 0.03 0.03 0.11 0.29 0.27 0.19
N4 0.07 0.07 0.08 0.08 0.13 0.09 0.13 0.12 0.10 0.08 0.10 0.15 0.06 0.11 0.07 0.08 0.15 0.34 0.34 0.25
O2 0.05 0.04 0.05 0.04 0.10 0.04 0.09 0.03 0.07 0.05 0.08 0.12 0.03 0.15 0.04 0.04 0.10 0.24 0.22 0.14
O2' 0.10 0.11 0.09 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.03 0.06 0.09 0.06 0.19 0.21 0.04 0.09 0.10 0.19 0.16 0.10
O3' 0.02 0.05 0.02 0.05 0.13 0.03 0.17 0.06 0.14 0.06 0.08 0.15 0.11 0.15 0.05 0.02 0.10 0.18 0.21 0.10
O4' 0.10 0.11 0.10 0.08 0.09 0.09 0.06 0.09 0.05 0.08 0.11 0.09 0.16 0.21 0.08 0.10 0.15 0.23 0.21 0.16
O5' 0.02 0.04 0.04 0.02 0.12 0.02 0.16 0.03 0.13 0.06 0.07 0.13 0.06 0.14 0.01 0.02 0.13 0.16 0.14 0.05
OP1 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.01 0.15 0.03 0.12 0.05 0.05 0.13 0.06 0.06 0.00 0.01 0.19 0.15 0.17 0.08
OP2 0.02 0.02 0.06 0.02 0.12 0.02 0.17 0.05 0.14 0.05 0.06 0.15 0.06 0.09 0.01 0.02 0.17 0.21 0.17 0.07
P 0.01 0.02 0.03 0.01 0.11 0.00 0.15 0.03 0.13 0.05 0.05 0.12 0.06 0.08 0.00 0.00 0.18 0.15 0.14 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.11 0.11 0.16 0.09
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.02 0.12 0.15 0.21 0.12
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.14 0.08
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.05 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.11 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.08 0.12 0.19 0.09
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.01 0.00 0.02 0.09 0.06 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.03 0.07 0.10 0.17 0.08
C5' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.10 0.11 0.18 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.12 0.13 0.19 0.11
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.02 0.10 0.14 0.20 0.11
N4 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.06 0.12 0.18 0.09
O2 0.04 0.00 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.07 0.03 0.13 0.16 0.22 0.13
O2' 0.03 0.08 0.00 0.02 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.03 0.07 0.05 0.13 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.11 0.05
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.04 0.04 0.08 0.07 0.02 0.00 0.01 0.14 0.10 0.09 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.13 0.10 0.11 0.06
O5' 0.11 0.12 0.08 0.09 0.08 0.02 0.07 0.01 0.10 0.12 0.10 0.06 0.13 0.02 0.14 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.15 0.12 0.11 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.13 0.14 0.12 0.16 0.10 0.10 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.21 0.14 0.07 0.19 0.06 0.17 0.03 0.18 0.19 0.20 0.18 0.22 0.11 0.09 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.08 0.04 0.09 0.02 0.08 0.02 0.10 0.11 0.11 0.09 0.13 0.05 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00