ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55264

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.001, 0.023, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.004, 0.029, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.025
N1 A 0, -0.004, 0.031, 0.065, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.031 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.004, 0.040, 0.075, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.040 std_dev=0.036
C2 A 0, 0.004, 0.048, 0.092, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.048 std_dev=0.044
N4 A 0, 0.007, 0.078, 0.149, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.078 std_dev=0.071
O2 A 0, 0.022, 0.101, 0.180, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.101 std_dev=0.079
C5 B 0, 0.122, 0.428, 0.734, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.428 std_dev=0.306
N1 B 0, 0.068, 0.382, 0.695, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.382 std_dev=0.313
C6 B 0, 0.106, 0.429, 0.752, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.429 std_dev=0.323
C4 B 0, 0.125, 0.460, 0.796, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.460 std_dev=0.336
C2 B 0, 0.106, 0.547, 0.988, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.547 std_dev=0.441
C1' B 0, 0.165, 0.621, 1.078, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.621 std_dev=0.456
N4 B 0, 0.152, 0.651, 1.150, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.651 std_dev=0.499
N3 B 0, 0.053, 0.579, 1.105, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.579 std_dev=0.526
C2' A 0, 0.218, 0.758, 1.297, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.758 std_dev=0.540
O4' A 0, 0.247, 0.843, 1.440, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.843 std_dev=0.596
O2 B 0, 0.048, 0.754, 1.459, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.754 std_dev=0.705
O4' B 0, 0.145, 0.977, 1.808, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.977 std_dev=0.832
C2' B 0, 0.234, 1.076, 1.919, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.076 std_dev=0.843
O2' A 0, 0.371, 1.268, 2.165, 1.919 max_d=1.919 avg_d=1.268 std_dev=0.897
C3' A 0, 0.405, 1.397, 2.388, 2.201 max_d=2.201 avg_d=1.397 std_dev=0.991
C4' A 0, 0.441, 1.510, 2.579, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.510 std_dev=1.069
O2' B 0, 0.437, 1.525, 2.613, 2.462 max_d=2.462 avg_d=1.525 std_dev=1.088
C4' B 0, 0.389, 1.556, 2.723, 2.810 max_d=2.810 avg_d=1.556 std_dev=1.167
O5' B 0, 0.498, 1.713, 2.929, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.713 std_dev=1.215
C3' B 0, 0.523, 1.786, 3.050, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.786 std_dev=1.264
O3' A 0, 0.555, 1.901, 3.248, 2.949 max_d=2.949 avg_d=1.901 std_dev=1.347
C5' A 0, 0.576, 1.968, 3.361, 3.010 max_d=3.010 avg_d=1.968 std_dev=1.393
C5' B 0, 0.469, 1.942, 3.415, 3.566 max_d=3.566 avg_d=1.942 std_dev=1.473
OP2 A 0, 0.427, 1.978, 3.529, 3.787 max_d=3.787 avg_d=1.978 std_dev=1.551
O5' A 0, 0.429, 1.992, 3.554, 3.815 max_d=3.815 avg_d=1.992 std_dev=1.562
P A 0, 0.427, 2.038, 3.650, 3.940 max_d=3.940 avg_d=2.038 std_dev=1.612
OP1 A 0, 0.636, 2.401, 4.166, 4.194 max_d=4.194 avg_d=2.401 std_dev=1.765
O3' B 0, 0.722, 2.637, 4.553, 4.493 max_d=4.493 avg_d=2.637 std_dev=1.916
P B 0, 0.396, 2.326, 4.255, 4.724 max_d=4.724 avg_d=2.326 std_dev=1.929
OP2 B 0, 0.279, 2.452, 4.624, 5.281 max_d=5.281 avg_d=2.452 std_dev=2.172
OP1 B 0, 0.257, 2.767, 5.278, 6.077 max_d=6.077 avg_d=2.767 std_dev=2.510

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.19 0.01 0.04 0.34 0.35 0.18
C2 0.04 0.00 0.11 0.20 0.02 0.07 0.03 0.16 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.10 0.12 0.09 0.23 0.38 0.48 0.29
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.10 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.32 0.74 0.66 0.54
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.28 0.00 0.27 0.01 0.21 0.17 0.25 0.30 0.17 0.01 0.01 0.01 0.36 0.60 0.43 0.43
C4 0.01 0.02 0.00 0.28 0.00 0.18 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.22 0.12 0.06 0.36 0.36 0.48 0.38
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.18 0.00 0.24 0.00 0.22 0.11 0.10 0.19 0.11 0.16 0.00 0.00 0.00 0.12 0.11 0.05
C5 0.02 0.03 0.08 0.27 0.00 0.24 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.24 0.15 0.11 0.36 0.26 0.34 0.33
C5' 0.04 0.16 0.12 0.01 0.31 0.00 0.36 0.00 0.30 0.17 0.22 0.34 0.14 0.04 0.11 0.02 0.01 0.03 0.12 0.01
C6 0.03 0.02 0.10 0.21 0.01 0.22 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.20 0.10 0.13 0.26 0.18 0.26 0.19
N1 0.00 0.01 0.01 0.17 0.00 0.11 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.05 0.01 0.17 0.29 0.37 0.19
N3 0.02 0.01 0.08 0.25 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.16 0.10 0.06 0.30 0.39 0.51 0.35
N4 0.01 0.03 0.01 0.30 0.00 0.19 0.01 0.34 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.24 0.14 0.07 0.41 0.42 0.53 0.46
O2 0.08 0.02 0.20 0.17 0.04 0.11 0.05 0.14 0.04 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.23 0.18 0.23 0.46 0.53 0.32
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.22 0.16 0.24 0.04 0.20 0.12 0.16 0.24 0.03 0.00 0.03 0.18 0.18 0.71 0.63 0.46
O3' 0.19 0.12 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.11 0.10 0.05 0.10 0.14 0.23 0.03 0.00 0.12 0.39 0.56 0.39 0.42
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.02 0.13 0.01 0.06 0.07 0.18 0.18 0.12 0.00 0.20 0.20 0.20 0.19
O5' 0.04 0.23 0.32 0.36 0.36 0.00 0.36 0.01 0.26 0.17 0.30 0.41 0.23 0.18 0.39 0.20 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.34 0.38 0.74 0.60 0.36 0.12 0.26 0.03 0.18 0.29 0.39 0.42 0.46 0.71 0.56 0.20 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.35 0.48 0.66 0.43 0.48 0.11 0.34 0.12 0.26 0.37 0.51 0.53 0.53 0.63 0.39 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.29 0.54 0.43 0.38 0.05 0.33 0.01 0.19 0.19 0.35 0.46 0.32 0.46 0.42 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.26 0.45 0.76 0.35 0.64 0.02 0.71 0.13 0.06 0.49 0.52 0.32 0.54 0.86 0.43 0.18 0.43 0.40 0.31
C2 0.13 0.30 0.14 0.27 0.28 0.14 0.11 0.10 0.09 0.17 0.38 0.31 0.34 0.42 0.27 0.08 0.44 0.44 0.34 0.37
C2' 0.26 0.24 0.50 0.78 0.38 0.70 0.05 0.83 0.14 0.08 0.48 0.59 0.29 0.74 0.94 0.47 0.32 0.65 0.58 0.49
C3' 0.28 0.27 0.49 0.99 0.33 0.93 0.02 1.16 0.20 0.09 0.48 0.51 0.38 0.60 1.16 0.63 0.53 0.87 0.90 0.75
C4 0.29 0.35 0.57 0.60 0.09 0.26 0.13 0.08 0.05 0.23 0.29 0.02 0.46 0.70 0.76 0.10 0.42 0.40 0.41 0.31
C4' 0.43 0.26 0.70 1.25 0.29 1.12 0.16 1.35 0.33 0.23 0.46 0.45 0.40 0.69 1.45 0.77 0.75 1.09 1.07 0.94
C5 0.17 0.40 0.46 0.32 0.11 0.23 0.21 0.45 0.19 0.14 0.37 0.08 0.56 0.67 0.48 0.29 0.23 0.54 0.89 0.59
C5' 0.37 0.38 0.52 1.24 0.28 1.20 0.16 1.56 0.33 0.20 0.52 0.41 0.60 0.58 1.43 0.81 0.98 1.41 1.43 1.25
C6 0.02 0.39 0.09 0.39 0.19 0.47 0.15 0.68 0.22 0.06 0.45 0.22 0.55 0.47 0.36 0.41 0.30 0.62 0.81 0.58
N1 0.00 0.35 0.07 0.39 0.30 0.37 0.03 0.47 0.09 0.08 0.48 0.37 0.43 0.42 0.40 0.28 0.15 0.35 0.39 0.27
N3 0.25 0.31 0.40 0.48 0.17 0.26 0.09 0.18 0.12 0.23 0.30 0.11 0.37 0.54 0.57 0.10 0.60 0.60 0.42 0.48
N4 0.40 0.33 0.80 0.94 0.03 0.51 0.15 0.36 0.07 0.27 0.22 0.11 0.45 0.88 1.20 0.18 0.61 0.58 0.43 0.39
O2 0.12 0.25 0.06 0.25 0.33 0.12 0.21 0.07 0.15 0.18 0.34 0.42 0.25 0.41 0.23 0.03 0.57 0.60 0.54 0.55
O2' 0.27 0.27 0.62 0.91 0.41 0.75 0.09 0.82 0.11 0.09 0.52 0.65 0.33 0.74 1.14 0.46 0.33 0.68 0.59 0.50
O3' 0.36 0.30 0.60 1.12 0.41 1.04 0.20 1.29 0.27 0.20 0.51 0.60 0.37 0.66 1.36 0.69 0.63 1.02 1.00 0.86
O4' 0.40 0.20 0.72 1.13 0.27 0.96 0.19 1.09 0.33 0.22 0.44 0.43 0.32 0.67 1.26 0.66 0.54 0.79 0.76 0.66
O5' 0.92 0.21 1.12 1.81 0.08 1.79 0.43 2.07 0.68 0.61 0.05 0.13 0.13 1.00 2.11 1.37 1.43 1.79 1.69 1.62
OP1 1.18 0.40 1.22 1.96 0.19 2.20 0.52 2.57 0.81 0.79 0.11 0.09 0.33 1.18 2.41 1.73 1.92 2.42 2.11 2.14
OP2 0.77 0.16 0.64 1.40 0.12 1.76 0.32 2.29 0.57 0.47 0.22 0.25 0.21 0.73 1.52 1.39 1.67 2.16 2.07 1.99
P 1.05 0.30 1.07 1.88 0.17 2.04 0.51 2.40 0.78 0.71 0.06 0.04 0.18 0.94 2.24 1.60 1.76 2.16 2.00 1.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.00 0.18 0.28 0.15 0.20
C2 0.00 0.00 0.15 0.12 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.13 0.06 0.37 0.42 0.46 0.44
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.12 0.13 0.00 0.12 0.02 0.26 0.00 0.01 0.01 0.41 0.59 0.43 0.46
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.21 0.01 0.27 0.01 0.27 0.13 0.15 0.22 0.16 0.01 0.01 0.02 0.33 0.43 0.09 0.26
C4 0.02 0.00 0.02 0.21 0.00 0.13 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.10 0.06 0.61 0.72 0.84 0.73
C4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.18 0.06 0.05 0.14 0.06 0.16 0.01 0.00 0.02 0.16 0.19 0.03
C5 0.03 0.00 0.09 0.27 0.01 0.19 0.00 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.23 0.06 0.66 0.77 0.86 0.77
C5' 0.06 0.11 0.12 0.01 0.28 0.00 0.34 0.00 0.30 0.15 0.18 0.31 0.05 0.05 0.15 0.02 0.01 0.07 0.29 0.01
C6 0.03 0.01 0.13 0.27 0.01 0.18 0.01 0.30 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.23 0.05 0.56 0.60 0.59 0.60
N1 0.01 0.01 0.00 0.13 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.09 0.02 0.37 0.41 0.37 0.40
N3 0.01 0.00 0.12 0.15 0.00 0.05 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.06 0.07 0.49 0.57 0.66 0.60
N4 0.02 0.01 0.02 0.22 0.00 0.14 0.01 0.31 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.23 0.11 0.07 0.67 0.83 0.98 0.83
O2 0.00 0.01 0.26 0.16 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.27 0.28 0.08 0.27 0.33 0.34 0.34
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.21 0.16 0.22 0.05 0.21 0.13 0.21 0.23 0.27 0.00 0.03 0.11 0.26 0.50 0.46 0.37
O3' 0.18 0.13 0.01 0.01 0.10 0.01 0.23 0.15 0.23 0.09 0.06 0.11 0.28 0.03 0.00 0.12 0.28 0.23 0.14 0.14
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.08 0.11 0.12 0.00 0.07 0.06 0.14 0.06
O5' 0.18 0.37 0.41 0.33 0.61 0.02 0.66 0.01 0.56 0.37 0.49 0.67 0.27 0.26 0.28 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.28 0.42 0.59 0.43 0.72 0.16 0.77 0.07 0.60 0.41 0.57 0.83 0.33 0.50 0.23 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.46 0.43 0.09 0.84 0.19 0.86 0.29 0.59 0.37 0.66 0.98 0.34 0.46 0.14 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.44 0.46 0.26 0.73 0.03 0.77 0.01 0.60 0.40 0.60 0.83 0.34 0.37 0.14 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00