ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55272

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 3, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.008, 0.012, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.018, 0.057, 0.095, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.057 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.020, 0.059, 0.099, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.059 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.031, 0.090, 0.150, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.090 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.020, 0.081, 0.142, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.081 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.024, 0.093, 0.162, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.093 std_dev=0.069
C5' A 0, 0.047, 0.139, 0.230, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.139 std_dev=0.092
P A 0, 0.078, 0.178, 0.278, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.178 std_dev=0.100
O3' A 0, 0.044, 0.145, 0.246, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.145 std_dev=0.101
OP2 A 0, 0.095, 0.198, 0.300, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.198 std_dev=0.103
O5' A 0, 0.051, 0.162, 0.274, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.162 std_dev=0.111
OP1 A 0, 0.085, 0.200, 0.315, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.200 std_dev=0.115
N7 B 0, 0.156, 0.307, 0.459, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.307 std_dev=0.151
C8 B 0, 0.157, 0.309, 0.460, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.309 std_dev=0.152
N9 B 0, 0.181, 0.343, 0.504, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.343 std_dev=0.162
P B 0, 0.166, 0.328, 0.490, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.328 std_dev=0.162
C5 B 0, 0.166, 0.331, 0.496, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.331 std_dev=0.165
C4 B 0, 0.180, 0.349, 0.517, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.349 std_dev=0.168
O4' B 0, 0.236, 0.408, 0.580, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.408 std_dev=0.172
C1' B 0, 0.221, 0.398, 0.575, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.398 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.177, 0.364, 0.551, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.364 std_dev=0.187
C4' B 0, 0.200, 0.389, 0.579, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.389 std_dev=0.189
N3 B 0, 0.194, 0.383, 0.572, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.383 std_dev=0.189
N6 B 0, 0.193, 0.394, 0.594, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.394 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.191, 0.397, 0.603, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.397 std_dev=0.206
N1 B 0, 0.184, 0.390, 0.596, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.390 std_dev=0.206
C5' B 0, 0.259, 0.468, 0.676, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.468 std_dev=0.208
C2' B 0, 0.232, 0.443, 0.654, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.443 std_dev=0.211
C3' B 0, 0.198, 0.412, 0.626, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.412 std_dev=0.214
O3' B 0, 0.199, 0.442, 0.686, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.442 std_dev=0.244
OP1 B 0, 0.215, 0.462, 0.709, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.462 std_dev=0.247
O2' B 0, 0.271, 0.521, 0.771, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.521 std_dev=0.250
OP2 B 0, 0.414, 0.686, 0.957, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.686 std_dev=0.272
O5' B 0, 0.464, 0.835, 1.206, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.835 std_dev=0.371

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.04 0.00 0.05 0.08 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05
N2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.08 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.08 0.04 0.04
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.05 0.11 0.07 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05
O5' 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.03 0.05 0.00 0.07 0.08 0.06
OP1 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.11 0.06 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.08 0.05 0.05 0.08 0.03 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.04 0.07 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.12 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.23 0.18 0.14 0.11
C2 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.14 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.07 0.09 0.09 0.33 0.19 0.15 0.19
C2' 0.07 0.10 0.09 0.07 0.08 0.05 0.08 0.05 0.10 0.07 0.10 0.09 0.11 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.17 0.14 0.15 0.06
C3' 0.07 0.10 0.08 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.10 0.07 0.10 0.09 0.11 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.19 0.16 0.14 0.07
C4 0.08 0.10 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.12 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.31 0.19 0.13 0.16
C4' 0.08 0.10 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.12 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.22 0.19 0.16 0.10
C5 0.10 0.13 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.14 0.13 0.10 0.13 0.12 0.14 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.36 0.19 0.13 0.18
C5' 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.09 0.12 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.24 0.20 0.16 0.12
C6 0.12 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.13 0.17 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.13 0.39 0.20 0.16 0.21
C8 0.10 0.13 0.08 0.08 0.11 0.08 0.12 0.11 0.14 0.10 0.14 0.12 0.15 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.32 0.18 0.12 0.15
N1 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.13 0.09 0.18 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.38 0.20 0.17 0.21
N2 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.15 0.11 0.06 0.10 0.08 0.12 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.30 0.19 0.17 0.20
N3 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.28 0.19 0.13 0.16
N7 0.11 0.15 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.13 0.15 0.11 0.16 0.13 0.17 0.12 0.11 0.10 0.11 0.11 0.36 0.19 0.13 0.17
N9 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.11 0.08 0.11 0.09 0.13 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.29 0.18 0.13 0.14
O2' 0.09 0.11 0.12 0.10 0.09 0.05 0.09 0.04 0.11 0.08 0.11 0.10 0.12 0.08 0.08 0.10 0.11 0.08 0.11 0.14 0.18 0.05
O3' 0.09 0.10 0.11 0.08 0.08 0.06 0.08 0.05 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.07 0.08 0.10 0.08 0.10 0.14 0.14 0.16 0.05
O4' 0.09 0.11 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.25 0.20 0.16 0.13
O5' 0.09 0.11 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.12 0.10 0.13 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.28 0.20 0.15 0.13
O6 0.16 0.18 0.15 0.17 0.17 0.16 0.18 0.19 0.18 0.16 0.18 0.17 0.18 0.17 0.16 0.14 0.17 0.15 0.42 0.20 0.18 0.22
OP1 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.12 0.08 0.13 0.10 0.13 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.27 0.18 0.16 0.13
OP2 0.11 0.14 0.10 0.08 0.12 0.07 0.12 0.06 0.15 0.11 0.16 0.13 0.16 0.12 0.11 0.10 0.08 0.11 0.27 0.13 0.14 0.10
P 0.08 0.11 0.07 0.06 0.09 0.05 0.09 0.05 0.12 0.08 0.13 0.10 0.14 0.09 0.08 0.07 0.06 0.08 0.26 0.15 0.15 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.24 0.14 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.01 0.18 0.19 0.14 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.25 0.14 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.08 0.03 0.10 0.09 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.13 0.25 0.15 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.21 0.19 0.14 0.05
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.22 0.18 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.26 0.16 0.12 0.07
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.20 0.20 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.25 0.15 0.12 0.08
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.30 0.18 0.12 0.07
N1 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.01 0.22 0.16 0.13 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.02 0.17 0.20 0.14 0.05
N6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.27 0.13 0.11 0.09
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.31 0.15 0.12 0.09
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.22 0.21 0.14 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.08 0.07 0.06 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.23 0.18 0.05
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.09 0.04 0.11 0.10 0.08 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.22 0.24 0.17 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.19 0.24 0.17 0.07
O5' 0.15 0.18 0.06 0.13 0.21 0.03 0.26 0.01 0.25 0.30 0.22 0.17 0.27 0.31 0.22 0.05 0.22 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.24 0.19 0.25 0.25 0.19 0.22 0.16 0.20 0.15 0.18 0.16 0.20 0.13 0.15 0.21 0.23 0.24 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.18 0.12 0.20 0.12 0.12 0.13 0.14 0.11 0.12 0.14 0.18 0.17 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.07 0.09 0.05 0.03 0.07 0.02 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.09 0.04 0.05 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00