Doublet Group distance statistics: 55273

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.008, 0.033, 0.057, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C5	A	0, 0.001, 0.026, 0.052, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.026 std_dev=0.025
N1	A	0, 0.006, 0.035, 0.065, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.035 std_dev=0.030
C4	A	0, 0.001, 0.033, 0.065, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.033 std_dev=0.032
C8	A	0, 0.005, 0.040, 0.074, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.040 std_dev=0.034
N9	A	0, 0.006, 0.042, 0.078, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.042 std_dev=0.036
C2	A	0, 0.010, 0.053, 0.097, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.053 std_dev=0.044
N3	A	0, 0.008, 0.052, 0.097, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.052 std_dev=0.045
C1'	A	0, 0.008, 0.056, 0.105, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.056 std_dev=0.048
O6	A	0, -0.004, 0.063, 0.131, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.063 std_dev=0.068
N2	A	0, 0.019, 0.088, 0.157, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.088 std_dev=0.069
C2'	A	0, 0.024, 0.132, 0.240, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.108
O4'	A	0, 0.062, 0.302, 0.542, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.302 std_dev=0.240
C8	B	0, 0.015, 0.267, 0.518, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.267 std_dev=0.252
N7	B	0, -0.002, 0.254, 0.509, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.254 std_dev=0.256
N9	B	0, 0.022, 0.304, 0.586, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.304 std_dev=0.282
C5	B	0, 0.005, 0.288, 0.571, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.288 std_dev=0.283
O2'	A	0, 0.065, 0.353, 0.641, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.353 std_dev=0.288
N6	B	0, 0.026, 0.320, 0.614, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.320 std_dev=0.294
P	A	0, 0.067, 0.361, 0.655, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.361 std_dev=0.294
C6	B	0, 0.020, 0.333, 0.647, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.333 std_dev=0.313
C4	B	0, 0.022, 0.338, 0.654, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.338 std_dev=0.316
C1'	B	0, 0.031, 0.348, 0.665, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.348 std_dev=0.317
C5'	B	0, 0.059, 0.391, 0.723, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.391 std_dev=0.332
C4'	B	0, 0.023, 0.357, 0.692, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.357 std_dev=0.334
C2'	B	0, 0.061, 0.414, 0.768, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.414 std_dev=0.354
C3'	A	0, 0.087, 0.462, 0.836, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.462 std_dev=0.374
O4'	B	0, 0.026, 0.401, 0.776, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.401 std_dev=0.375
N1	B	0, 0.038, 0.428, 0.818, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.428 std_dev=0.390
C3'	B	0, 0.021, 0.429, 0.836, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.429 std_dev=0.408
N3	B	0, 0.023, 0.431, 0.840, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.431 std_dev=0.408
O3'	A	0, 0.095, 0.535, 0.974, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.535 std_dev=0.440
C2	B	0, 0.031, 0.474, 0.918, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.474 std_dev=0.444
C4'	A	0, 0.122, 0.633, 1.145, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.633 std_dev=0.511
P	B	0, -0.025, 0.529, 1.083, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.529 std_dev=0.554
OP1	A	0, 0.125, 0.699, 1.272, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.699 std_dev=0.574
O5'	A	0, 0.118, 0.700, 1.282, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.700 std_dev=0.582
OP1	B	0, 0.158, 0.750, 1.343, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.750 std_dev=0.593
O2'	B	0, 0.126, 0.760, 1.393, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.760 std_dev=0.633
OP2	A	0, 0.124, 0.837, 1.550, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.837 std_dev=0.713
O3'	B	0, 0.172, 0.900, 1.628, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.900 std_dev=0.728
O5'	B	0, 0.137, 0.911, 1.685, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.911 std_dev=0.774
OP2	B	0, 0.092, 0.876, 1.660, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.876 std_dev=0.784
C5'	A	0, 0.205, 1.089, 1.973, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.089 std_dev=0.884

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.07	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.09	0.02	0.03	0.05	0.09	0.08	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.08	0.01	0.08	0.50	0.18
C2	0.07	0.00	0.05	0.05	0.02	0.09	0.02	0.12	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.10	0.09	0.17	0.23	0.02	0.21	0.30	0.13
C2'	0.01	0.05	0.00	0.01	0.04	0.02	0.04	0.06	0.04	0.07	0.04	0.06	0.06	0.07	0.04	0.00	0.04	0.04	0.23	0.04	0.08	0.61	0.26
C3'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.05	0.01	0.10	0.03	0.09	0.14	0.04	0.08	0.06	0.14	0.07	0.03	0.01	0.01	0.33	0.13	0.10	0.59	0.25
C4	0.03	0.02	0.04	0.05	0.00	0.07	0.00	0.24	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.06	0.04	0.07	0.24	0.01	0.12	0.31	0.11
C4'	0.01	0.09	0.02	0.01	0.07	0.00	0.15	0.01	0.13	0.27	0.05	0.16	0.10	0.25	0.13	0.04	0.02	0.01	0.03	0.18	0.21	0.44	0.08
C5	0.01	0.02	0.04	0.10	0.00	0.15	0.00	0.39	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.07	0.07	0.03	0.34	0.02	0.07	0.23	0.05
C5'	0.09	0.12	0.06	0.03	0.24	0.01	0.39	0.00	0.36	0.52	0.23	0.09	0.11	0.54	0.29	0.05	0.03	0.03	0.01	0.44	0.19	0.32	0.04
C6	0.02	0.01	0.04	0.09	0.01	0.13	0.01	0.36	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.08	0.07	0.05	0.34	0.00	0.08	0.28	0.04
C8	0.03	0.02	0.07	0.14	0.01	0.27	0.01	0.52	0.03	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.08	0.11	0.09	0.40	0.06	0.10	0.33	0.09
N1	0.05	0.01	0.04	0.04	0.02	0.05	0.02	0.23	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.09	0.04	0.12	0.29	0.02	0.16	0.29	0.08
N2	0.09	0.00	0.06	0.08	0.02	0.16	0.02	0.09	0.02	0.02	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.11	0.14	0.21	0.24	0.04	0.27	0.31	0.16
N3	0.08	0.01	0.06	0.06	0.01	0.10	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.09	0.10	0.17	0.18	0.01	0.20	0.33	0.16
N7	0.01	0.02	0.07	0.14	0.01	0.25	0.01	0.54	0.03	0.00	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.09	0.13	0.06	0.42	0.06	0.08	0.19	0.06
N9	0.01	0.03	0.04	0.07	0.01	0.13	0.01	0.29	0.01	0.00	0.02	0.03	0.03	0.01	0.00	0.04	0.04	0.02	0.24	0.03	0.10	0.39	0.14
O2'	0.02	0.10	0.00	0.03	0.06	0.04	0.07	0.05	0.08	0.08	0.09	0.11	0.09	0.09	0.04	0.00	0.09	0.14	0.15	0.08	0.17	0.54	0.13
O3'	0.04	0.09	0.04	0.01	0.04	0.02	0.07	0.03	0.07	0.11	0.04	0.14	0.10	0.13	0.04	0.09	0.00	0.03	0.33	0.12	0.20	0.55	0.18
O4'	0.01	0.17	0.04	0.01	0.07	0.01	0.03	0.03	0.05	0.09	0.12	0.21	0.17	0.06	0.02	0.14	0.03	0.00	0.18	0.03	0.07	0.51	0.18
O5'	0.08	0.23	0.23	0.33	0.24	0.03	0.34	0.01	0.34	0.40	0.29	0.24	0.18	0.42	0.24	0.15	0.33	0.18	0.00	0.39	0.01	0.04	0.01
O6	0.01	0.02	0.04	0.13	0.01	0.18	0.02	0.44	0.00	0.06	0.02	0.04	0.01	0.06	0.03	0.08	0.12	0.03	0.39	0.00	0.04	0.33	0.06
OP1	0.08	0.21	0.08	0.10	0.12	0.21	0.07	0.19	0.08	0.10	0.16	0.27	0.20	0.08	0.10	0.17	0.20	0.07	0.01	0.04	0.00	0.03	0.01
OP2	0.50	0.30	0.61	0.59	0.31	0.44	0.23	0.32	0.28	0.33	0.29	0.31	0.33	0.19	0.39	0.54	0.55	0.51	0.04	0.33	0.03	0.00	0.03
P	0.18	0.13	0.26	0.25	0.11	0.08	0.05	0.04	0.04	0.09	0.08	0.16	0.16	0.06	0.14	0.13	0.18	0.18	0.01	0.06	0.01	0.03	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.11	0.15	0.13	0.11	0.09	0.09	0.18	0.09	0.11	0.09	0.12	0.09	0.09	0.12	0.46	0.31	0.07	0.32	0.13	0.40	0.12
C2	0.11	0.05	0.13	0.12	0.06	0.08	0.03	0.19	0.03	0.05	0.04	0.07	0.07	0.02	0.07	0.39	0.34	0.03	0.33	0.13	0.48	0.12
C2'	0.15	0.11	0.15	0.14	0.10	0.10	0.08	0.19	0.09	0.10	0.10	0.11	0.11	0.08	0.11	0.43	0.30	0.07	0.32	0.16	0.40	0.13
C3'	0.23	0.11	0.26	0.23	0.13	0.18	0.08	0.27	0.07	0.14	0.08	0.14	0.11	0.09	0.17	0.58	0.39	0.11	0.26	0.32	0.47	0.23
C4	0.12	0.08	0.14	0.10	0.08	0.06	0.07	0.17	0.07	0.09	0.07	0.08	0.09	0.07	0.09	0.44	0.28	0.05	0.39	0.06	0.40	0.07
C4'	0.29	0.16	0.32	0.28	0.18	0.23	0.12	0.30	0.10	0.19	0.11	0.19	0.12	0.13	0.22	0.68	0.44	0.15	0.25	0.35	0.45	0.25
C5	0.15	0.11	0.18	0.13	0.11	0.09	0.11	0.18	0.11	0.14	0.11	0.11	0.13	0.13	0.13	0.47	0.28	0.07	0.44	0.05	0.36	0.05
C5'	0.32	0.23	0.40	0.35	0.22	0.28	0.20	0.34	0.24	0.21	0.24	0.24	0.30	0.18	0.24	0.76	0.49	0.21	0.28	0.47	0.52	0.32
C6	0.18	0.14	0.21	0.15	0.15	0.11	0.15	0.20	0.14	0.18	0.13	0.14	0.14	0.17	0.16	0.47	0.32	0.09	0.43	0.08	0.38	0.06
C8	0.13	0.09	0.16	0.13	0.09	0.08	0.09	0.14	0.10	0.11	0.09	0.09	0.13	0.10	0.10	0.47	0.25	0.09	0.46	0.04	0.30	0.04
N1	0.16	0.10	0.18	0.14	0.12	0.11	0.10	0.21	0.08	0.14	0.09	0.12	0.09	0.11	0.13	0.43	0.35	0.07	0.37	0.12	0.44	0.09
N2	0.10	0.05	0.13	0.14	0.06	0.09	0.06	0.20	0.06	0.07	0.03	0.07	0.10	0.10	0.07	0.33	0.39	0.05	0.26	0.18	0.54	0.18
N3	0.09	0.05	0.09	0.08	0.04	0.04	0.02	0.17	0.03	0.04	0.03	0.06	0.07	0.01	0.05	0.38	0.30	0.02	0.34	0.11	0.45	0.12
N7	0.15	0.12	0.19	0.14	0.11	0.10	0.12	0.16	0.13	0.14	0.12	0.11	0.15	0.13	0.13	0.48	0.26	0.10	0.48	0.05	0.30	0.06
N9	0.13	0.08	0.14	0.10	0.08	0.06	0.07	0.16	0.07	0.09	0.07	0.09	0.10	0.07	0.09	0.45	0.27	0.06	0.39	0.07	0.36	0.06
O2'	0.13	0.13	0.12	0.15	0.10	0.12	0.10	0.11	0.12	0.08	0.13	0.11	0.14	0.09	0.09	0.33	0.27	0.10	0.39	0.07	0.28	0.06
O3'	0.26	0.14	0.28	0.26	0.16	0.21	0.11	0.28	0.08	0.17	0.09	0.17	0.10	0.11	0.19	0.60	0.42	0.14	0.26	0.34	0.44	0.23
O4'	0.28	0.20	0.28	0.23	0.21	0.19	0.17	0.28	0.15	0.21	0.16	0.22	0.12	0.17	0.23	0.62	0.39	0.14	0.23	0.26	0.45	0.21
O5'	0.22	0.31	0.19	0.31	0.27	0.34	0.30	0.33	0.34	0.24	0.34	0.28	0.38	0.27	0.24	0.25	0.20	0.39	0.67	0.40	0.38	0.38
O6	0.22	0.20	0.26	0.18	0.21	0.15	0.21	0.22	0.20	0.23	0.19	0.20	0.19	0.24	0.22	0.49	0.34	0.12	0.44	0.11	0.35	0.08
OP1	0.47	0.31	0.57	0.44	0.36	0.41	0.29	0.51	0.23	0.38	0.24	0.37	0.15	0.31	0.41	0.90	0.49	0.31	0.25	0.63	0.57	0.45
OP2	0.28	0.40	0.20	0.36	0.33	0.38	0.31	0.27	0.36	0.22	0.40	0.37	0.36	0.24	0.27	0.29	0.29	0.47	0.88	0.28	0.24	0.42
P	0.12	0.12	0.17	0.12	0.08	0.08	0.05	0.06	0.08	0.08	0.10	0.11	0.10	0.05	0.09	0.52	0.15	0.16	0.53	0.08	0.11	0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.02	0.01	0.05	0.02	0.01	0.03	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.22	0.00	0.20	0.30	0.40	0.02
C2	0.04	0.00	0.06	0.08	0.02	0.10	0.02	0.13	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.26	0.10	0.33	0.51	0.23	0.23
C2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.03	0.02	0.03	0.15	0.04	0.04	0.05	0.06	0.04	0.04	0.03	0.00	0.07	0.01	0.12	0.13	0.54	0.17
C3'	0.04	0.08	0.01	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.03	0.06	0.08	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.08	0.27	0.31	0.05
C4	0.02	0.02	0.03	0.03	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.24	0.05	0.33	0.38	0.31	0.11
C4'	0.02	0.10	0.02	0.00	0.05	0.00	0.04	0.00	0.05	0.04	0.08	0.09	0.05	0.03	0.02	0.06	0.02	0.01	0.02	0.37	0.30	0.03
C5	0.01	0.02	0.03	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.24	0.05	0.38	0.34	0.32	0.10
C5'	0.05	0.13	0.15	0.01	0.05	0.00	0.05	0.00	0.05	0.12	0.09	0.11	0.03	0.10	0.08	0.09	0.14	0.01	0.01	0.45	0.28	0.03
C6	0.02	0.01	0.04	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.25	0.06	0.40	0.40	0.26	0.16
C8	0.01	0.03	0.04	0.03	0.02	0.04	0.01	0.12	0.02	0.00	0.02	0.03	0.02	0.01	0.01	0.18	0.21	0.05	0.34	0.22	0.44	0.05
N1	0.03	0.01	0.05	0.06	0.01	0.08	0.01	0.09	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.26	0.08	0.37	0.48	0.22	0.21
N3	0.04	0.01	0.06	0.08	0.01	0.09	0.01	0.11	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.25	0.09	0.30	0.48	0.26	0.18
N6	0.01	0.01	0.04	0.02	0.01	0.05	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.12	0.24	0.05	0.44	0.38	0.25	0.16
N7	0.01	0.02	0.04	0.02	0.01	0.03	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.01	0.17	0.22	0.05	0.38	0.25	0.39	0.04
N9	0.00	0.03	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.08	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.07	0.22	0.03	0.29	0.29	0.40	0.02
O2'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.06	0.06	0.11	0.09	0.10	0.18	0.06	0.03	0.12	0.17	0.07	0.00	0.04	0.02	0.09	0.11	0.62	0.21
O3'	0.22	0.26	0.07	0.01	0.24	0.02	0.24	0.14	0.25	0.21	0.26	0.25	0.24	0.22	0.22	0.04	0.00	0.14	0.08	0.54	0.13	0.19
O4'	0.00	0.10	0.01	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.06	0.05	0.08	0.09	0.05	0.05	0.03	0.02	0.14	0.00	0.25	0.42	0.24	0.11
O5'	0.20	0.33	0.12	0.08	0.33	0.02	0.38	0.01	0.40	0.34	0.37	0.30	0.44	0.38	0.29	0.09	0.08	0.25	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.30	0.51	0.13	0.27	0.38	0.37	0.34	0.45	0.40	0.22	0.48	0.48	0.38	0.25	0.29	0.11	0.54	0.42	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.40	0.23	0.54	0.31	0.31	0.30	0.32	0.28	0.26	0.44	0.22	0.26	0.25	0.39	0.40	0.62	0.13	0.24	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.02	0.23	0.17	0.05	0.11	0.03	0.10	0.03	0.16	0.05	0.21	0.18	0.16	0.04	0.02	0.21	0.19	0.11	0.00	0.00	0.01	0.00