ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55274

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.013, 0.042, 0.071, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.042 std_dev=0.029
O4' A 0, -0.002, 0.092, 0.187, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.092 std_dev=0.094
C2' A 0, 0.030, 0.133, 0.235, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.133 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.047, 0.175, 0.303, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.175 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.037, 0.189, 0.340, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.189 std_dev=0.151
C4' A 0, -0.011, 0.149, 0.309, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.149 std_dev=0.160
O3' A 0, 0.078, 0.269, 0.460, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.269 std_dev=0.191
C5' A 0, -0.017, 0.293, 0.604, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.293 std_dev=0.311
P A 0, 0.033, 0.424, 0.815, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.424 std_dev=0.391
O5' A 0, 0.039, 0.467, 0.895, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.467 std_dev=0.428
N6 B 0, 0.118, 0.599, 1.081, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.599 std_dev=0.482
N7 B 0, 0.025, 0.519, 1.013, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.519 std_dev=0.494
C8 B 0, -0.004, 0.531, 1.067, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.531 std_dev=0.535
C5 B 0, 0.057, 0.612, 1.166, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.612 std_dev=0.554
C6 B 0, 0.094, 0.657, 1.220, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.657 std_dev=0.563
P B 0, 0.134, 0.705, 1.276, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.705 std_dev=0.571
OP2 B 0, 0.208, 0.812, 1.416, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.812 std_dev=0.604
OP1 B 0, 0.134, 0.758, 1.382, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.758 std_dev=0.624
N9 B 0, 0.009, 0.645, 1.282, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.645 std_dev=0.637
C4 B 0, 0.043, 0.708, 1.374, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.708 std_dev=0.666
N1 B 0, 0.104, 0.796, 1.488, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.796 std_dev=0.692
C5' B 0, 0.116, 0.839, 1.562, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.839 std_dev=0.723
C1' B 0, -0.010, 0.725, 1.459, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.725 std_dev=0.735
O4' B 0, 0.014, 0.761, 1.507, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.761 std_dev=0.747
C2' B 0, 0.013, 0.768, 1.523, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.768 std_dev=0.755
O2' B 0, 0.058, 0.834, 1.610, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.834 std_dev=0.776
C4' B 0, 0.049, 0.828, 1.608, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.828 std_dev=0.779
N3 B 0, 0.057, 0.863, 1.668, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.863 std_dev=0.805
C2 B 0, 0.085, 0.894, 1.702, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.894 std_dev=0.809
O5' B 0, -0.043, 0.797, 1.638, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.797 std_dev=0.841
C3' B 0, 0.024, 0.875, 1.726, 2.120 max_d=2.120 avg_d=0.875 std_dev=0.851
OP1 A 0, -0.239, 0.830, 1.898, 2.666 max_d=2.666 avg_d=0.830 std_dev=1.069
OP2 A 0, -0.271, 1.036, 2.343, 3.277 max_d=3.277 avg_d=1.036 std_dev=1.307
O3' B 0, -0.192, 1.286, 2.765, 3.697 max_d=3.697 avg_d=1.286 std_dev=1.479

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.01 0.80 0.36 0.32
C2 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.13 0.02 0.38 0.00 1.08 0.17 0.22
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.08 0.07 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.79 0.16 0.32
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.10 0.14 0.12 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.53 0.11 0.26
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.40 0.00 1.08 0.15 0.26
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.21 0.33 0.19
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.45 0.00 1.16 0.13 0.25
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.14 0.11 0.13 0.11 0.10 0.13 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.15 0.26 0.33 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.46 0.00 1.17 0.17 0.22
C8 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.45 0.00 1.06 0.37 0.33
N1 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.43 0.00 1.14 0.20 0.21
N2 0.02 0.00 0.08 0.14 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.03 0.36 0.01 1.04 0.20 0.21
N3 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.02 0.35 0.00 1.03 0.14 0.24
N7 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.48 0.00 1.14 0.20 0.27
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.37 0.00 1.01 0.28 0.31
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.62 0.18 0.27
O3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.11 0.17 0.13 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.28 0.06 0.25 0.19 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.21 0.00 0.52 0.56 0.29
O5' 0.22 0.38 0.02 0.11 0.40 0.00 0.45 0.00 0.46 0.45 0.43 0.36 0.35 0.48 0.37 0.02 0.28 0.21 0.00 0.47 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.47 0.00 1.17 0.18 0.20
OP1 0.80 1.08 0.79 0.53 1.08 0.21 1.16 0.26 1.17 1.06 1.14 1.04 1.03 1.14 1.01 0.62 0.25 0.52 0.00 1.17 0.00 0.00 0.00
OP2 0.36 0.17 0.16 0.11 0.15 0.33 0.13 0.33 0.17 0.37 0.20 0.20 0.14 0.20 0.28 0.18 0.19 0.56 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.32 0.22 0.32 0.26 0.26 0.19 0.25 0.01 0.22 0.33 0.21 0.21 0.24 0.27 0.31 0.27 0.17 0.29 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.20 0.14 0.19 0.19 0.18 0.20 0.15 0.21 0.18 0.21 0.19 0.22 0.20 0.18 0.06 0.37 0.22 0.16 0.20 0.21 0.13
C2 0.08 0.27 0.06 0.04 0.20 0.04 0.24 0.04 0.30 0.09 0.31 0.23 0.33 0.17 0.12 0.11 0.09 0.13 0.08 0.08 0.05 0.08
C2' 0.15 0.20 0.11 0.14 0.19 0.13 0.21 0.09 0.22 0.19 0.21 0.18 0.25 0.22 0.18 0.05 0.34 0.19 0.10 0.09 0.08 0.05
C3' 0.02 0.06 0.04 0.02 0.06 0.01 0.09 0.04 0.10 0.08 0.08 0.05 0.14 0.11 0.04 0.15 0.18 0.05 0.02 0.07 0.04 0.06
C4 0.05 0.16 0.03 0.03 0.11 0.04 0.14 0.01 0.18 0.07 0.18 0.13 0.21 0.11 0.07 0.12 0.12 0.10 0.03 0.08 0.11 0.04
C4' 0.08 0.10 0.06 0.12 0.10 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.09 0.15 0.13 0.10 0.08 0.31 0.15 0.13 0.21 0.17 0.12
C5 0.09 0.08 0.13 0.08 0.06 0.08 0.06 0.11 0.10 0.07 0.10 0.06 0.14 0.06 0.07 0.21 0.06 0.03 0.16 0.07 0.07 0.09
C5' 0.09 0.13 0.10 0.03 0.10 0.01 0.09 0.02 0.10 0.06 0.12 0.12 0.10 0.07 0.08 0.24 0.15 0.02 0.02 0.16 0.11 0.06
C6 0.15 0.07 0.21 0.16 0.10 0.16 0.08 0.21 0.08 0.15 0.09 0.08 0.14 0.12 0.14 0.27 0.19 0.10 0.27 0.13 0.06 0.17
C8 0.04 0.07 0.07 0.02 0.05 0.01 0.07 0.03 0.09 0.03 0.09 0.06 0.12 0.06 0.04 0.17 0.07 0.04 0.05 0.10 0.13 0.04
N1 0.10 0.16 0.17 0.13 0.08 0.12 0.11 0.18 0.20 0.11 0.21 0.10 0.28 0.07 0.08 0.22 0.14 0.05 0.25 0.15 0.07 0.17
N2 0.17 0.40 0.09 0.09 0.32 0.09 0.35 0.01 0.41 0.17 0.42 0.35 0.41 0.27 0.23 0.10 0.17 0.21 0.04 0.11 0.03 0.08
N3 0.12 0.26 0.06 0.09 0.21 0.10 0.23 0.05 0.27 0.14 0.28 0.23 0.30 0.19 0.16 0.06 0.21 0.18 0.03 0.09 0.12 0.05
N7 0.11 0.09 0.14 0.09 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.24 0.07 0.05 0.15 0.06 0.08 0.08
N9 0.07 0.14 0.03 0.08 0.11 0.07 0.13 0.04 0.16 0.09 0.15 0.12 0.18 0.12 0.09 0.09 0.19 0.13 0.03 0.13 0.15 0.06
O2' 0.37 0.36 0.35 0.38 0.37 0.34 0.37 0.29 0.36 0.37 0.35 0.37 0.34 0.37 0.37 0.27 0.64 0.39 0.32 0.21 0.21 0.19
O3' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.02 0.11 0.05 0.12 0.10 0.09 0.04 0.16 0.14 0.06 0.13 0.20 0.06 0.03 0.07 0.06 0.08
O4' 0.14 0.16 0.11 0.18 0.16 0.18 0.17 0.17 0.17 0.15 0.17 0.16 0.19 0.16 0.15 0.05 0.37 0.21 0.18 0.26 0.25 0.17
O5' 0.34 0.46 0.32 0.25 0.39 0.28 0.38 0.29 0.42 0.30 0.46 0.44 0.40 0.32 0.35 0.42 0.13 0.28 0.29 0.19 0.18 0.28
O6 0.25 0.15 0.30 0.25 0.21 0.25 0.19 0.30 0.13 0.25 0.12 0.19 0.09 0.22 0.24 0.34 0.34 0.20 0.38 0.19 0.10 0.23
OP1 0.96 1.04 0.88 0.92 1.06 0.98 1.14 0.98 1.15 1.10 1.09 1.02 1.21 1.18 1.04 0.72 0.94 1.04 0.97 1.06 1.06 1.02
OP2 0.60 0.48 0.65 0.54 0.49 0.45 0.39 0.34 0.32 0.44 0.38 0.54 0.20 0.35 0.52 0.89 0.55 0.45 0.34 0.18 0.16 0.19
P 0.02 0.03 0.03 0.07 0.06 0.10 0.13 0.14 0.14 0.15 0.08 0.02 0.21 0.19 0.07 0.17 0.11 0.12 0.13 0.32 0.30 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.00 0.11 0.06 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.31 0.09 0.04 0.20 0.28 0.22
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.14 0.14 0.08
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.10 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.24 0.05 0.12 0.05 0.16 0.09
C4' 0.01 0.09 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.08 0.07 0.09 0.02 0.06 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.17 0.03 0.16 0.02 0.17 0.04
C5' 0.05 0.10 0.07 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.04 0.18 0.06 0.08 0.05 0.15 0.09 0.05 0.15 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.20 0.05 0.12 0.09 0.25 0.11
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.27 0.20 0.06 0.18
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.26 0.07 0.07 0.18 0.30 0.19
N3 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.32 0.09 0.05 0.15 0.22 0.18
N6 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.04 0.13 0.08 0.26 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.24 0.15 0.04 0.13
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.00 0.17 0.07 0.05 0.03
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.17 0.00 0.09 0.16 0.21 0.12
O3' 0.27 0.31 0.10 0.00 0.24 0.06 0.17 0.15 0.20 0.08 0.26 0.32 0.15 0.09 0.20 0.17 0.00 0.27 0.22 0.19 0.15 0.20
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.07 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.27 0.00 0.05 0.02 0.08 0.09
O5' 0.11 0.04 0.08 0.05 0.12 0.01 0.16 0.00 0.12 0.27 0.07 0.05 0.13 0.24 0.17 0.09 0.22 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.20 0.14 0.08 0.05 0.07 0.02 0.07 0.09 0.20 0.18 0.15 0.08 0.15 0.07 0.16 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.28 0.14 0.10 0.16 0.05 0.17 0.06 0.25 0.06 0.30 0.22 0.26 0.04 0.05 0.21 0.15 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.22 0.08 0.02 0.09 0.02 0.04 0.00 0.11 0.18 0.19 0.18 0.08 0.13 0.03 0.12 0.20 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00