ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55276

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.001, 0.025, 0.050, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C6 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.010, 0.038, 0.065, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.038 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.035 std_dev=0.027
C5 A 0, 0.008, 0.039, 0.070, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.039 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.013, 0.049, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.049 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.009, 0.045, 0.081, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.045 std_dev=0.036
O6 A 0, 0.033, 0.113, 0.194, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.113 std_dev=0.080
N2 A 0, -0.005, 0.099, 0.204, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.099 std_dev=0.105
C5 B 0, 0.203, 0.697, 1.191, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.697 std_dev=0.494
C4 B 0, 0.235, 0.809, 1.382, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.809 std_dev=0.573
N7 B 0, 0.263, 0.906, 1.548, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.906 std_dev=0.642
N3 B 0, 0.266, 0.948, 1.630, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.948 std_dev=0.682
C6 B 0, 0.284, 0.973, 1.662, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.973 std_dev=0.689
O3' A 0, 0.309, 1.058, 1.807, 1.622 max_d=1.622 avg_d=1.058 std_dev=0.749
N6 B 0, 0.349, 1.192, 2.035, 1.803 max_d=1.803 avg_d=1.192 std_dev=0.843
N9 B 0, 0.354, 1.211, 2.068, 1.857 max_d=1.857 avg_d=1.211 std_dev=0.857
C2 B 0, 0.350, 1.240, 2.129, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.240 std_dev=0.890
C8 B 0, 0.384, 1.312, 2.241, 1.977 max_d=1.977 avg_d=1.312 std_dev=0.928
N1 B 0, 0.390, 1.356, 2.322, 2.175 max_d=2.175 avg_d=1.356 std_dev=0.966
C3' A 0, 0.477, 1.631, 2.785, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.631 std_dev=1.154
C1' B 0, 0.476, 1.635, 2.794, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.635 std_dev=1.159
O4' A 0, 0.519, 1.773, 3.026, 2.678 max_d=2.678 avg_d=1.773 std_dev=1.254
C2' A 0, 0.540, 1.846, 3.151, 2.812 max_d=2.812 avg_d=1.846 std_dev=1.306
O4' B 0, 0.558, 1.907, 3.255, 2.861 max_d=2.861 avg_d=1.907 std_dev=1.348
C4' A 0, 0.604, 2.063, 3.521, 3.112 max_d=3.112 avg_d=2.063 std_dev=1.459
C4' B 0, 0.813, 2.779, 4.744, 4.237 max_d=4.237 avg_d=2.779 std_dev=1.966
C2' B 0, 0.828, 2.848, 4.867, 4.461 max_d=4.461 avg_d=2.848 std_dev=2.019
C3' B 0, 0.855, 2.937, 5.018, 4.580 max_d=4.580 avg_d=2.937 std_dev=2.082
OP2 B 0, 0.872, 2.979, 5.086, 4.530 max_d=4.530 avg_d=2.979 std_dev=2.107
O2' A 0, 0.907, 3.099, 5.290, 4.672 max_d=4.672 avg_d=3.099 std_dev=2.191
O3' B 0, 0.915, 3.136, 5.357, 4.851 max_d=4.851 avg_d=3.136 std_dev=2.221
O5' B 0, 0.923, 3.152, 5.381, 4.732 max_d=4.732 avg_d=3.152 std_dev=2.229
O2' B 0, 0.924, 3.174, 5.425, 4.964 max_d=4.964 avg_d=3.174 std_dev=2.251
P B 0, 0.972, 3.322, 5.671, 5.047 max_d=5.047 avg_d=3.322 std_dev=2.349
C5' B 0, 1.014, 3.464, 5.913, 5.233 max_d=5.233 avg_d=3.464 std_dev=2.449
OP1 B 0, 1.081, 3.693, 6.306, 5.635 max_d=5.635 avg_d=3.693 std_dev=2.613
C5' A 0, 1.177, 4.018, 6.860, 6.063 max_d=6.063 avg_d=4.018 std_dev=2.842
O5' A 0, 1.445, 4.935, 8.425, 7.465 max_d=7.465 avg_d=4.935 std_dev=3.490
P A 0, 1.958, 6.685, 11.411, 10.087 max_d=10.087 avg_d=6.685 std_dev=4.727
OP1 A 0, 1.987, 6.783, 11.580, 10.221 max_d=10.221 avg_d=6.783 std_dev=4.797
OP2 A 0, 2.305, 7.871, 13.437, 11.852 max_d=11.852 avg_d=7.871 std_dev=5.566

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.13 0.08 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.20 0.05 0.36 0.07 0.17
C2 0.08 0.00 0.31 0.33 0.01 0.38 0.01 0.72 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.18 0.15 0.24 1.23 0.03 1.28 1.18 1.27
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.14 0.02 0.06 0.07 0.11 0.16 0.23 0.41 0.30 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.03 0.07 0.06
C3' 0.03 0.33 0.01 0.00 0.13 0.01 0.04 0.02 0.11 0.16 0.24 0.46 0.30 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01 0.18 0.07 0.16 0.08 0.20
C4 0.04 0.01 0.14 0.13 0.00 0.15 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.11 0.73 0.01 0.86 0.53 0.72
C4' 0.01 0.38 0.02 0.01 0.15 0.00 0.05 0.01 0.13 0.19 0.28 0.51 0.35 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.14 0.04 0.06
C5 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.14 0.03 0.61 0.01 0.82 0.38 0.64
C5' 0.04 0.72 0.07 0.02 0.28 0.01 0.11 0.00 0.26 0.35 0.54 0.97 0.64 0.23 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.16 0.11 0.02 0.03
C6 0.04 0.02 0.11 0.11 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.14 0.14 0.08 0.82 0.00 1.03 0.64 0.88
C8 0.02 0.01 0.16 0.16 0.00 0.19 0.01 0.35 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.13 0.10 0.04 0.34 0.25 0.11
N1 0.06 0.02 0.23 0.24 0.01 0.28 0.00 0.54 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.17 0.14 0.18 1.10 0.02 1.25 1.02 1.17
N2 0.13 0.00 0.41 0.46 0.03 0.51 0.01 0.97 0.05 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.24 0.19 0.33 1.45 0.07 1.48 1.55 1.53
N3 0.08 0.01 0.30 0.30 0.00 0.35 0.02 0.64 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.16 0.15 0.24 1.08 0.02 1.10 0.97 1.06
N7 0.03 0.01 0.11 0.11 0.01 0.12 0.01 0.23 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.13 0.08 0.26 0.04 0.53 0.12 0.28
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.36 0.04 0.54 0.14 0.34
O2' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.12 0.01 0.12 0.07 0.14 0.07 0.17 0.24 0.16 0.10 0.06 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.09 0.10 0.12
O3' 0.10 0.15 0.02 0.00 0.13 0.01 0.14 0.03 0.14 0.12 0.14 0.19 0.15 0.13 0.11 0.01 0.00 0.07 0.21 0.15 0.19 0.08 0.24
O4' 0.00 0.24 0.02 0.01 0.11 0.00 0.03 0.02 0.08 0.13 0.18 0.33 0.24 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.31 0.04 0.49 0.10 0.24
O5' 0.20 1.23 0.04 0.18 0.73 0.03 0.61 0.01 0.82 0.10 1.10 1.45 1.08 0.26 0.36 0.10 0.21 0.31 0.00 0.74 0.03 0.02 0.02
O6 0.05 0.03 0.08 0.07 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.04 0.02 0.07 0.02 0.04 0.04 0.15 0.15 0.04 0.74 0.00 1.00 0.54 0.82
OP1 0.36 1.28 0.03 0.16 0.86 0.14 0.82 0.11 1.03 0.34 1.25 1.48 1.10 0.53 0.54 0.09 0.19 0.49 0.03 1.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 1.18 0.07 0.08 0.53 0.04 0.38 0.02 0.64 0.25 1.02 1.55 0.97 0.12 0.14 0.10 0.08 0.10 0.02 0.54 0.01 0.00 0.01
P 0.17 1.27 0.06 0.20 0.72 0.06 0.64 0.03 0.88 0.11 1.17 1.53 1.06 0.28 0.34 0.12 0.24 0.24 0.02 0.82 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 0.06 0.74 0.46 0.25 0.56 0.18 0.65 0.06 0.51 0.15 0.14 0.19 0.35 0.44 0.92 0.41 0.53 0.62 0.52 0.53 0.55
C2 0.52 0.10 0.73 0.38 0.29 0.43 0.21 0.44 0.04 0.51 0.06 0.22 0.18 0.35 0.45 0.94 0.35 0.44 0.41 0.28 0.24 0.28
C2' 0.94 0.26 1.15 0.90 0.58 1.05 0.46 1.18 0.18 0.86 0.10 0.47 0.05 0.64 0.81 1.30 0.82 1.00 1.13 1.01 1.01 1.08
C3' 0.99 0.24 1.27 1.02 0.58 1.11 0.46 1.24 0.17 0.89 0.07 0.46 0.04 0.66 0.84 1.43 0.94 1.01 1.22 1.17 1.18 1.21
C4 0.49 0.08 0.65 0.35 0.26 0.47 0.21 0.53 0.06 0.49 0.11 0.17 0.17 0.37 0.43 0.85 0.33 0.48 0.49 0.35 0.33 0.38
C4' 0.89 0.11 1.22 0.96 0.49 0.98 0.41 1.10 0.10 0.86 0.04 0.34 0.06 0.65 0.76 1.41 0.91 0.87 1.12 1.14 1.16 1.13
C5 0.43 0.10 0.53 0.25 0.26 0.41 0.22 0.46 0.08 0.46 0.12 0.17 0.14 0.37 0.39 0.74 0.25 0.45 0.40 0.25 0.20 0.27
C5' 1.27 0.30 1.66 1.44 0.78 1.42 0.67 1.56 0.30 1.23 0.13 0.59 0.09 0.97 1.11 1.87 1.40 1.26 1.60 1.72 1.73 1.67
C6 0.41 0.11 0.47 0.19 0.27 0.34 0.24 0.37 0.08 0.44 0.08 0.19 0.12 0.37 0.38 0.70 0.21 0.41 0.30 0.16 0.08 0.16
C8 0.44 0.13 0.55 0.29 0.24 0.47 0.21 0.56 0.11 0.46 0.17 0.15 0.17 0.36 0.39 0.74 0.28 0.49 0.50 0.36 0.33 0.39
N1 0.45 0.11 0.58 0.25 0.28 0.35 0.23 0.35 0.04 0.47 0.05 0.21 0.16 0.37 0.41 0.81 0.25 0.40 0.29 0.16 0.08 0.15
N2 0.54 0.14 0.82 0.44 0.29 0.42 0.19 0.39 0.07 0.49 0.09 0.24 0.20 0.29 0.45 1.03 0.40 0.40 0.39 0.28 0.23 0.25
N3 0.53 0.09 0.76 0.43 0.29 0.50 0.21 0.54 0.06 0.52 0.09 0.20 0.19 0.36 0.46 0.95 0.39 0.48 0.51 0.38 0.37 0.40
N7 0.40 0.14 0.46 0.22 0.23 0.40 0.22 0.48 0.12 0.43 0.17 0.15 0.16 0.35 0.36 0.66 0.22 0.45 0.41 0.26 0.22 0.29
N9 0.48 0.09 0.65 0.37 0.24 0.50 0.20 0.59 0.08 0.49 0.15 0.15 0.18 0.36 0.42 0.84 0.34 0.50 0.54 0.41 0.40 0.45
O2' 0.77 0.21 0.91 0.66 0.45 0.86 0.33 0.99 0.12 0.64 0.08 0.39 0.15 0.45 0.64 1.04 0.56 0.85 0.89 0.70 0.68 0.80
O3' 0.56 0.05 0.83 0.57 0.23 0.65 0.13 0.76 0.12 0.47 0.19 0.14 0.28 0.28 0.44 0.98 0.48 0.57 0.72 0.64 0.65 0.69
O4' 0.64 0.04 0.94 0.66 0.32 0.69 0.26 0.79 0.01 0.66 0.14 0.17 0.14 0.49 0.55 1.14 0.63 0.61 0.80 0.79 0.81 0.78
O5' 1.80 0.91 2.18 1.91 1.36 1.86 1.27 1.93 0.91 1.78 0.74 1.18 0.72 1.55 1.66 2.44 1.88 1.73 1.97 2.03 2.04 1.98
O6 0.36 0.14 0.35 0.14 0.27 0.29 0.27 0.31 0.14 0.39 0.10 0.20 0.09 0.37 0.35 0.58 0.17 0.39 0.22 0.11 0.01 0.09
OP1 1.90 1.10 2.32 2.02 1.52 1.89 1.46 1.91 1.15 1.91 0.98 1.34 1.00 1.72 1.79 2.64 2.01 1.76 1.96 2.04 2.03 1.96
OP2 1.90 0.76 2.40 2.20 1.32 2.06 1.21 2.15 0.78 1.84 0.57 1.10 0.56 1.55 1.71 2.69 2.20 1.82 2.22 2.51 2.44 2.35
P 1.91 0.98 2.35 2.08 1.46 1.96 1.37 2.00 1.01 1.90 0.83 1.26 0.83 1.67 1.77 2.65 2.08 1.79 2.06 2.20 2.17 2.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.09 0.22 0.13 0.11
C2 0.05 0.00 0.12 0.08 0.02 0.09 0.02 0.09 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.22 0.14 0.01 0.07 0.13 0.06
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.11 0.06 0.07 0.10 0.12 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.49 0.43 0.38
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.21 0.25 0.15 0.05 0.26 0.27 0.14 0.02 0.01 0.02 0.05 0.29 0.10 0.14
C4 0.02 0.02 0.06 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.06 0.05 0.04 0.12 0.08
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.18 0.04 0.10 0.10 0.16 0.06 0.21 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.04
C5 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.03 0.01 0.14 0.10 0.23 0.19
C5' 0.04 0.09 0.11 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.16 0.02 0.10 0.11 0.16 0.03 0.09 0.14 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.21 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.00 0.04 0.15 0.13 0.29 0.22
C8 0.01 0.03 0.07 0.25 0.01 0.18 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.27 0.15 0.11 0.18 0.10 0.16 0.18
N1 0.03 0.00 0.10 0.15 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.11 0.09 0.08 0.04 0.23 0.15
N3 0.05 0.01 0.12 0.05 0.00 0.10 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.25 0.14 0.03 0.13 0.07 0.01
N6 0.01 0.01 0.05 0.26 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.23 0.08 0.01 0.21 0.24 0.40 0.32
N7 0.01 0.02 0.03 0.27 0.01 0.16 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.28 0.16 0.07 0.22 0.19 0.28 0.26
N9 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.04 0.01 0.06 0.07 0.07 0.05
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.12 0.21 0.21 0.09 0.19 0.27 0.11 0.02 0.23 0.28 0.14 0.00 0.01 0.14 0.19 0.46 0.49 0.35
O3' 0.19 0.22 0.01 0.01 0.10 0.00 0.03 0.14 0.00 0.15 0.11 0.25 0.08 0.16 0.04 0.01 0.00 0.11 0.15 0.03 0.10 0.07
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.09 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.11 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
O5' 0.09 0.01 0.27 0.05 0.05 0.03 0.14 0.01 0.15 0.18 0.08 0.03 0.21 0.22 0.06 0.19 0.15 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.07 0.49 0.29 0.04 0.11 0.10 0.03 0.13 0.10 0.04 0.13 0.24 0.19 0.07 0.46 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.13 0.43 0.10 0.12 0.03 0.23 0.03 0.29 0.16 0.23 0.07 0.40 0.28 0.07 0.49 0.10 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.06 0.38 0.14 0.08 0.04 0.19 0.02 0.22 0.18 0.15 0.01 0.32 0.26 0.05 0.35 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00