ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55277

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C3' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O2' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C5' A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O3' A 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C6 B 0, 0.000, 0.539, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.539 std_dev=0.539
N6 B 0, 0.000, 0.544, 1.089, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.544 std_dev=0.544
C4 B 0, 0.000, 0.557, 1.113, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.557 std_dev=0.557
C5 B 0, 0.000, 0.559, 1.118, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.559 std_dev=0.559
N1 B 0, 0.000, 0.590, 1.179, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.590 std_dev=0.590
N9 B 0, 0.000, 0.597, 1.193, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.597 std_dev=0.597
N3 B 0, 0.000, 0.607, 1.214, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.607 std_dev=0.607
C1' B 0, 0.000, 0.628, 1.257, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.628 std_dev=0.628
OP2 A 0, 0.000, 0.638, 1.275, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.638 std_dev=0.638
C2 B 0, 0.000, 0.639, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.639 std_dev=0.639
N7 B 0, 0.000, 0.658, 1.317, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.658 std_dev=0.658
C8 B 0, 0.000, 0.678, 1.356, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.678 std_dev=0.678
P A 0, 0.000, 0.803, 1.606, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.803 std_dev=0.803
O5' A 0, 0.000, 0.869, 1.737, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.869 std_dev=0.869
OP1 A 0, 0.000, 1.117, 2.234, 2.234 max_d=2.234 avg_d=1.117 std_dev=1.117
O4' B 0, 0.000, 1.229, 2.458, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.229 std_dev=1.229
C4' B 0, 0.000, 1.500, 3.000, 3.000 max_d=3.000 avg_d=1.500 std_dev=1.500
C2' B 0, 0.000, 1.605, 3.209, 3.209 max_d=3.209 avg_d=1.605 std_dev=1.605
C3' B 0, 0.000, 1.982, 3.964, 3.964 max_d=3.964 avg_d=1.982 std_dev=1.982
O2' B 0, 0.000, 2.242, 4.484, 4.484 max_d=4.484 avg_d=2.242 std_dev=2.242
O3' B 0, 0.000, 2.743, 5.486, 5.486 max_d=5.486 avg_d=2.743 std_dev=2.743
C5' B 0, 0.000, 2.891, 5.782, 5.782 max_d=5.782 avg_d=2.891 std_dev=2.891
O5' B 0, 0.000, 3.324, 6.648, 6.648 max_d=6.648 avg_d=3.324 std_dev=3.324
P B 0, 0.000, 4.439, 8.878, 8.878 max_d=8.878 avg_d=4.439 std_dev=4.439
OP2 B 0, 0.000, 5.136, 10.273, 10.273 max_d=10.273 avg_d=5.136 std_dev=5.136
OP1 B 0, 0.000, 5.292, 10.585, 10.585 max_d=10.585 avg_d=5.292 std_dev=5.292

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.11
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.13 0.00 0.00 0.23 0.08
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.01 0.19 0.22 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.29 0.02 0.29 0.18 0.14
C4 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.03 0.27 0.10
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.29 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.17 0.00 0.04 0.22 0.09
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.29 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.18 0.00 0.04 0.18 0.07
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.07 0.30 0.11
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.17 0.00 0.01 0.20 0.07
N2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.23 0.08
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.00 0.26 0.09
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.18 0.01 0.07 0.23 0.09
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.03 0.31 0.11
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.02 0.17 0.24 0.01
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.32 0.04 0.42 0.12 0.22
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.01 0.07 0.35 0.16
O5' 0.01 0.13 0.18 0.29 0.12 0.02 0.17 0.00 0.18 0.14 0.17 0.12 0.10 0.18 0.09 0.08 0.32 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.20 0.00 0.06 0.14 0.07
OP1 0.01 0.00 0.19 0.29 0.03 0.10 0.04 0.09 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.17 0.42 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.23 0.22 0.18 0.27 0.29 0.22 0.29 0.18 0.30 0.20 0.23 0.26 0.23 0.31 0.24 0.12 0.35 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.08 0.04 0.14 0.10 0.02 0.09 0.01 0.07 0.11 0.07 0.08 0.09 0.09 0.11 0.01 0.22 0.16 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.29 0.78 0.16 0.28 0.24 0.18 0.94 0.14 0.21 0.21 0.33 0.03 0.12 0.30 1.31 0.36 0.20 1.71 2.86 1.71 2.16
C2 0.44 0.21 0.61 0.04 0.28 0.14 0.17 0.69 0.07 0.29 0.11 0.29 0.09 0.16 0.35 1.05 0.15 0.03 1.44 2.15 1.09 1.62
C2' 0.42 0.26 0.69 0.00 0.28 0.31 0.19 1.06 0.14 0.24 0.18 0.32 0.03 0.16 0.32 1.26 0.16 0.19 1.82 2.89 1.91 2.27
C3' 0.44 0.31 0.71 0.05 0.32 0.26 0.25 0.98 0.20 0.29 0.24 0.35 0.11 0.22 0.35 1.25 0.19 0.14 1.75 2.81 1.79 2.18
C4 0.42 0.29 0.72 0.18 0.31 0.11 0.22 0.68 0.16 0.27 0.21 0.34 0.03 0.18 0.34 1.15 0.32 0.06 1.45 2.36 1.17 1.72
C4' 0.40 0.31 0.78 0.15 0.30 0.26 0.21 0.97 0.18 0.22 0.24 0.35 0.09 0.16 0.31 1.32 0.35 0.21 1.75 2.93 1.81 2.22
C5 0.43 0.32 0.70 0.26 0.35 0.03 0.28 0.42 0.22 0.32 0.26 0.37 0.11 0.26 0.38 1.04 0.38 0.06 1.20 1.98 0.73 1.36
C5' 0.41 0.35 0.81 0.23 0.33 0.18 0.25 0.85 0.23 0.25 0.29 0.38 0.14 0.19 0.33 1.30 0.43 0.16 1.64 2.80 1.61 2.08
C6 0.44 0.31 0.63 0.25 0.37 0.11 0.32 0.25 0.24 0.36 0.25 0.37 0.11 0.31 0.40 0.90 0.32 0.17 1.00 1.61 0.38 1.04
C8 0.42 0.35 0.78 0.30 0.34 0.03 0.27 0.56 0.23 0.28 0.28 0.38 0.14 0.22 0.36 1.17 0.46 0.02 1.35 2.31 1.03 1.62
N1 0.45 0.25 0.58 0.14 0.34 0.03 0.27 0.38 0.14 0.37 0.16 0.33 0.03 0.28 0.40 0.90 0.20 0.13 1.12 1.68 0.55 1.16
N2 0.42 0.13 0.52 0.12 0.21 0.25 0.07 0.85 0.04 0.24 0.02 0.22 0.18 0.05 0.31 1.01 0.02 0.08 1.58 2.20 1.28 1.75
N3 0.42 0.23 0.68 0.07 0.27 0.20 0.16 0.83 0.09 0.24 0.14 0.30 0.05 0.13 0.32 1.16 0.21 0.12 1.59 2.49 1.40 1.89
N7 0.43 0.36 0.74 0.33 0.36 0.06 0.30 0.38 0.26 0.31 0.30 0.39 0.17 0.26 0.37 1.06 0.46 0.07 1.16 1.99 0.69 1.34
N9 0.41 0.31 0.76 0.21 0.31 0.14 0.22 0.74 0.18 0.25 0.23 0.35 0.06 0.17 0.33 1.22 0.38 0.10 1.52 2.54 1.33 1.86
O2' 0.38 0.22 0.67 0.08 0.23 0.44 0.13 1.26 0.08 0.17 0.14 0.28 0.03 0.08 0.27 1.29 0.10 0.30 1.99 3.15 2.27 2.54
O3' 0.43 0.30 0.65 0.05 0.32 0.33 0.25 1.09 0.20 0.29 0.23 0.34 0.12 0.23 0.35 1.23 0.07 0.16 1.84 2.88 1.98 2.29
O4' 0.39 0.31 0.83 0.24 0.28 0.22 0.18 0.90 0.16 0.19 0.23 0.34 0.05 0.11 0.29 1.34 0.47 0.22 1.68 2.89 1.69 2.15
O5' 0.40 0.31 0.83 0.31 0.28 0.10 0.16 0.70 0.12 0.18 0.21 0.35 0.01 0.09 0.29 1.30 0.52 0.11 1.53 2.64 1.43 1.94
O6 0.43 0.33 0.57 0.31 0.39 0.23 0.36 0.02 0.30 0.38 0.29 0.38 0.21 0.36 0.41 0.76 0.35 0.28 0.75 1.23 0.03 0.69
OP1 0.55 0.58 0.98 0.50 0.49 0.09 0.39 0.47 0.39 0.35 0.50 0.59 0.29 0.29 0.47 1.40 0.69 0.08 1.32 2.43 1.17 1.72
OP2 0.69 0.58 1.04 0.61 0.59 0.30 0.52 0.19 0.47 0.55 0.51 0.63 0.37 0.48 0.61 1.41 0.77 0.30 1.01 1.95 0.67 1.28
P 0.61 0.57 1.03 0.57 0.53 0.18 0.43 0.36 0.41 0.41 0.49 0.60 0.29 0.35 0.52 1.44 0.77 0.16 1.19 2.27 0.98 1.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.21 0.26 0.42 0.12
C2 0.03 0.00 0.06 0.48 0.01 0.55 0.01 0.89 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.40 0.44 0.41 0.37 1.61 0.82
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.27 0.17 0.03
C3' 0.01 0.48 0.00 0.00 0.15 0.00 0.05 0.00 0.07 0.42 0.30 0.48 0.03 0.34 0.11 0.00 0.00 0.01 0.29 0.30 0.03 0.15
C4 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.22 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.23 0.15 0.23 0.85 0.22
C4' 0.02 0.55 0.01 0.00 0.22 0.00 0.03 0.00 0.16 0.38 0.39 0.54 0.06 0.27 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.12 0.21 0.14
C5 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.10 0.52 0.61 0.51 0.17
C5' 0.01 0.89 0.00 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.24 0.62 0.63 0.83 0.08 0.47 0.11 0.05 0.01 0.00 0.00 0.21 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.20 0.32 0.40 0.81 0.05
C8 0.01 0.00 0.05 0.42 0.00 0.38 0.00 0.62 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.36 0.23 1.12 1.19 0.29 0.80
N1 0.02 0.00 0.03 0.30 0.00 0.39 0.00 0.63 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.23 0.34 0.10 0.06 1.32 0.51
N3 0.03 0.00 0.07 0.48 0.00 0.54 0.00 0.83 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.40 0.44 0.39 0.32 1.45 0.77
N6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.53 0.64 0.58 0.20
N7 0.01 0.00 0.04 0.34 0.00 0.27 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.32 0.12 1.05 1.17 0.15 0.76
N9 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.50 0.56 0.35 0.14
O2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.05 0.20 0.16 0.23 0.00 0.15 0.05 0.00 0.04 0.08 0.12 0.15 0.14 0.07
O3' 0.02 0.40 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.01 0.02 0.36 0.23 0.40 0.08 0.32 0.08 0.04 0.00 0.02 0.15 0.17 0.24 0.15
O4' 0.00 0.44 0.00 0.01 0.23 0.00 0.10 0.00 0.20 0.23 0.34 0.44 0.13 0.12 0.00 0.08 0.02 0.00 0.08 0.19 0.53 0.25
O5' 0.21 0.41 0.25 0.29 0.15 0.00 0.52 0.00 0.32 1.12 0.10 0.39 0.53 1.05 0.50 0.12 0.15 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.26 0.37 0.27 0.30 0.23 0.12 0.61 0.21 0.40 1.19 0.06 0.32 0.64 1.17 0.56 0.15 0.17 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.42 1.61 0.17 0.03 0.85 0.21 0.51 0.06 0.81 0.29 1.32 1.45 0.58 0.15 0.35 0.14 0.24 0.53 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.82 0.03 0.15 0.22 0.14 0.17 0.01 0.05 0.80 0.51 0.77 0.20 0.76 0.14 0.07 0.15 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00