ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55279

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 5, 7, 16, 14, 16, 7, 7, 1, 4, 18, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.023, 0.031, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.026, 0.035, 0.044, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.035 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.030, 0.044, 0.058, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.044 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.048, 0.063, 0.078, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.063 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.047, 0.062, 0.078, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.062 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.046, 0.062, 0.078, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.062 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.034, 0.051, 0.069, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.051 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.068, 0.087, 0.105, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.087 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.026, 0.050, 0.074, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.050 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.096, 0.121, 0.146, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.121 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.168, 0.207, 0.246, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.207 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.136, 0.217, 0.297, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.217 std_dev=0.081
O4' A 0, 0.131, 0.257, 0.383, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.257 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.175, 0.310, 0.445, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.310 std_dev=0.135
C3' A 0, 0.182, 0.336, 0.490, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.336 std_dev=0.154
C4' A 0, 0.188, 0.356, 0.523, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.356 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.346, 0.515, 0.683, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.515 std_dev=0.168
O3' A 0, 0.270, 0.500, 0.730, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.500 std_dev=0.230
C5 B 0, 0.387, 0.636, 0.885, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.636 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.354, 0.612, 0.869, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.612 std_dev=0.257
N3 B 0, 0.359, 0.634, 0.909, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.634 std_dev=0.275
C5' A 0, 0.260, 0.611, 0.963, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.611 std_dev=0.351
N6 B 0, 0.337, 0.706, 1.076, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.706 std_dev=0.369
N9 B 0, 0.440, 0.859, 1.277, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.859 std_dev=0.418
N1 B 0, 0.407, 0.895, 1.382, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.895 std_dev=0.487
C1' B 0, 0.399, 0.907, 1.414, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.907 std_dev=0.507
N7 B 0, 0.610, 1.130, 1.650, 2.176 max_d=2.176 avg_d=1.130 std_dev=0.520
C2 B 0, 0.391, 0.930, 1.468, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.930 std_dev=0.538
C8 B 0, 0.611, 1.251, 1.891, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.251 std_dev=0.640
O2' B 0, 0.396, 1.040, 1.684, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.040 std_dev=0.644
C2' B 0, 0.461, 1.152, 1.842, 2.566 max_d=2.566 avg_d=1.152 std_dev=0.691
O5' A 0, 1.372, 2.128, 2.884, 3.192 max_d=3.192 avg_d=2.128 std_dev=0.756
O4' B 0, 0.934, 1.975, 3.016, 3.712 max_d=3.712 avg_d=1.975 std_dev=1.041
C3' B 0, 0.932, 2.130, 3.328, 4.328 max_d=4.328 avg_d=2.130 std_dev=1.198
C4' B 0, 1.005, 2.303, 3.601, 4.624 max_d=4.624 avg_d=2.303 std_dev=1.298
P A 0, 2.310, 3.689, 5.068, 5.254 max_d=5.254 avg_d=3.689 std_dev=1.379
O3' B 0, 1.188, 2.675, 4.161, 5.293 max_d=5.293 avg_d=2.675 std_dev=1.487
OP1 A 0, 2.894, 4.427, 5.960, 7.798 max_d=7.798 avg_d=4.427 std_dev=1.533
OP2 A 0, 3.137, 4.827, 6.517, 6.202 max_d=6.202 avg_d=4.827 std_dev=1.690
C5' B 0, 1.655, 3.612, 5.568, 6.366 max_d=6.366 avg_d=3.612 std_dev=1.956
O5' B 0, 1.267, 3.334, 5.401, 6.102 max_d=6.102 avg_d=3.334 std_dev=2.067
P B 0, 2.093, 4.191, 6.289, 7.919 max_d=7.919 avg_d=4.191 std_dev=2.098
OP1 B 0, 2.600, 4.846, 7.091, 9.092 max_d=9.092 avg_d=4.846 std_dev=2.245
OP2 B 0, 2.293, 4.602, 6.912, 8.640 max_d=8.640 avg_d=4.602 std_dev=2.309

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.32 0.02 0.28 0.41 0.26
C2 0.04 0.00 0.14 0.15 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.20 0.04 0.53 0.01 0.67 0.84 0.59
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.02 0.06 0.07 0.11 0.18 0.14 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.05 0.21 0.29 0.15
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.11 0.15 0.13 0.19 0.14 0.14 0.07 0.02 0.01 0.01 0.17 0.12 0.28 0.21 0.17
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.58 0.02 0.69 0.82 0.63
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.07 0.14 0.20 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.73 0.01 0.93 1.05 0.84
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.13 0.12 0.11 0.09 0.15 0.08 0.07 0.05 0.02 0.01 0.15 0.30 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.74 0.01 1.00 1.14 0.89
C8 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.17 0.03 0.75 0.02 0.87 0.93 0.81
N1 0.03 0.01 0.11 0.13 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.17 0.03 0.65 0.01 0.86 1.02 0.76
N2 0.05 0.01 0.18 0.19 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.27 0.05 0.47 0.02 0.59 0.77 0.51
N3 0.04 0.01 0.14 0.14 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.18 0.04 0.47 0.02 0.55 0.72 0.50
N7 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.17 0.03 0.81 0.02 1.06 1.15 0.96
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.56 0.02 0.61 0.71 0.56
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.04 0.13 0.22 0.16 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.08 0.08 0.24 0.16 0.16
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.05 0.14 0.17 0.17 0.27 0.18 0.17 0.07 0.04 0.00 0.02 0.22 0.15 0.34 0.19 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.27 0.03 0.21 0.34 0.19
O5' 0.32 0.53 0.18 0.17 0.58 0.02 0.73 0.01 0.74 0.75 0.65 0.47 0.47 0.81 0.56 0.08 0.22 0.27 0.00 0.80 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.15 0.03 0.80 0.00 1.14 1.28 1.01
OP1 0.28 0.67 0.21 0.28 0.69 0.14 0.93 0.30 1.00 0.87 0.86 0.59 0.55 1.06 0.61 0.24 0.34 0.21 0.03 1.14 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 0.84 0.29 0.21 0.82 0.20 1.05 0.27 1.14 0.93 1.02 0.77 0.72 1.15 0.71 0.16 0.19 0.34 0.02 1.28 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.59 0.15 0.17 0.63 0.07 0.84 0.02 0.89 0.81 0.76 0.51 0.50 0.96 0.56 0.16 0.22 0.19 0.01 1.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.19 0.39 0.56 0.16 0.49 0.16 0.54 0.14 0.28 0.17 0.15 0.13 0.22 0.24 0.38 0.80 0.44 0.53 1.31 0.77 0.91
C2 0.29 0.18 0.68 0.60 0.14 0.35 0.15 0.42 0.16 0.21 0.20 0.12 0.18 0.17 0.21 0.73 0.83 0.47 0.42 0.69 0.38 0.34
C2' 0.21 0.28 0.25 0.36 0.17 0.39 0.16 0.47 0.19 0.20 0.25 0.24 0.18 0.17 0.18 0.30 0.54 0.38 0.44 1.18 0.67 0.78
C3' 0.20 0.31 0.18 0.30 0.20 0.33 0.19 0.43 0.22 0.20 0.29 0.27 0.21 0.18 0.18 0.22 0.48 0.34 0.42 1.26 0.79 0.84
C4 0.28 0.18 0.57 0.61 0.13 0.42 0.13 0.48 0.14 0.21 0.18 0.13 0.15 0.16 0.20 0.63 0.88 0.47 0.43 1.00 0.44 0.59
C4' 0.27 0.20 0.25 0.40 0.15 0.43 0.15 0.51 0.13 0.27 0.17 0.16 0.13 0.22 0.22 0.23 0.57 0.39 0.59 1.49 1.05 1.09
C5 0.28 0.18 0.59 0.62 0.13 0.43 0.13 0.50 0.16 0.20 0.20 0.13 0.17 0.16 0.20 0.65 0.91 0.49 0.46 1.00 0.43 0.57
C5' 0.25 0.21 0.25 0.41 0.14 0.41 0.14 0.51 0.14 0.26 0.19 0.17 0.13 0.21 0.21 0.23 0.57 0.37 0.61 1.55 1.14 1.13
C6 0.30 0.19 0.64 0.62 0.15 0.41 0.15 0.50 0.19 0.21 0.22 0.13 0.22 0.18 0.21 0.70 0.91 0.51 0.48 0.86 0.39 0.46
C8 0.29 0.19 0.49 0.60 0.14 0.47 0.13 0.54 0.14 0.23 0.19 0.14 0.15 0.17 0.21 0.51 0.88 0.46 0.50 1.26 0.65 0.80
N1 0.30 0.19 0.68 0.61 0.16 0.38 0.17 0.47 0.19 0.22 0.22 0.13 0.22 0.19 0.22 0.73 0.87 0.51 0.48 0.72 0.41 0.36
N2 0.30 0.19 0.70 0.57 0.17 0.30 0.17 0.38 0.18 0.24 0.21 0.13 0.19 0.20 0.24 0.72 0.76 0.45 0.42 0.55 0.47 0.26
N3 0.27 0.18 0.62 0.60 0.13 0.38 0.13 0.43 0.14 0.20 0.18 0.13 0.14 0.15 0.20 0.70 0.85 0.46 0.39 0.84 0.36 0.47
N7 0.28 0.18 0.54 0.61 0.13 0.45 0.13 0.53 0.15 0.21 0.20 0.13 0.17 0.16 0.20 0.58 0.91 0.48 0.49 1.15 0.54 0.69
N9 0.29 0.19 0.48 0.59 0.14 0.46 0.14 0.51 0.13 0.24 0.18 0.14 0.14 0.18 0.22 0.51 0.86 0.45 0.47 1.19 0.61 0.77
O2' 0.29 0.27 0.19 0.36 0.21 0.41 0.20 0.47 0.20 0.26 0.24 0.25 0.19 0.23 0.24 0.17 0.54 0.42 0.50 1.22 0.79 0.89
O3' 0.26 0.44 0.12 0.28 0.31 0.33 0.29 0.48 0.33 0.26 0.40 0.40 0.32 0.26 0.26 0.18 0.50 0.36 0.39 1.22 0.82 0.82
O4' 0.33 0.22 0.37 0.57 0.18 0.52 0.18 0.61 0.16 0.32 0.20 0.18 0.15 0.25 0.27 0.33 0.79 0.44 0.64 1.50 1.00 1.10
O5' 0.21 0.38 0.26 0.39 0.22 0.39 0.20 0.53 0.26 0.20 0.35 0.31 0.25 0.17 0.19 0.28 0.58 0.31 0.67 1.79 1.33 1.33
O6 0.30 0.20 0.65 0.62 0.16 0.42 0.17 0.53 0.21 0.22 0.24 0.14 0.25 0.19 0.22 0.70 0.92 0.53 0.52 0.85 0.41 0.46
OP1 0.24 0.49 0.29 0.52 0.27 0.57 0.27 0.79 0.35 0.29 0.47 0.38 0.35 0.26 0.23 0.26 0.72 0.40 1.02 2.23 1.86 1.77
OP2 0.28 0.64 0.31 0.37 0.42 0.34 0.40 0.53 0.50 0.24 0.62 0.55 0.49 0.28 0.30 0.38 0.59 0.28 0.67 1.88 1.37 1.35
P 0.18 0.40 0.28 0.50 0.19 0.51 0.17 0.72 0.26 0.20 0.38 0.31 0.25 0.16 0.15 0.26 0.70 0.33 0.90 2.09 1.65 1.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.25 0.39 0.39 0.25
C2 0.04 0.00 0.39 0.29 0.01 0.16 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.40 0.34 0.64 0.74 1.01 0.66
C2' 0.00 0.39 0.00 0.01 0.21 0.02 0.13 0.04 0.20 0.18 0.32 0.39 0.16 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.30 0.50 0.43 0.32
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.17 0.01 0.13 0.03 0.18 0.16 0.25 0.27 0.16 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.39 0.53 0.46 0.40
C4 0.02 0.01 0.21 0.17 0.00 0.09 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.21 0.18 0.54 0.69 0.92 0.59
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.12 0.17 0.14 0.14 0.13 0.15 0.07 0.07 0.04 0.00 0.02 0.37 0.17 0.20
C5 0.01 0.01 0.13 0.13 0.00 0.10 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.10 0.60 0.91 1.17 0.78
C5' 0.08 0.33 0.04 0.03 0.25 0.01 0.30 0.00 0.33 0.38 0.34 0.28 0.36 0.37 0.22 0.06 0.10 0.03 0.01 0.15 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.18 0.01 0.12 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.24 0.18 0.67 0.99 1.28 0.87
C8 0.02 0.01 0.18 0.16 0.01 0.17 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.19 0.18 0.47 0.79 0.97 0.66
N1 0.03 0.00 0.32 0.25 0.01 0.14 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.34 0.29 0.68 0.89 1.19 0.80
N3 0.04 0.01 0.39 0.27 0.01 0.14 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.36 0.33 0.56 0.63 0.84 0.54
N6 0.02 0.01 0.16 0.16 0.01 0.13 0.01 0.36 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.15 0.22 0.14 0.70 1.15 1.44 0.99
N7 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.15 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.16 0.08 0.56 1.01 1.23 0.84
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.42 0.57 0.74 0.46
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.17 0.07 0.11 0.06 0.18 0.15 0.30 0.35 0.15 0.09 0.03 0.00 0.05 0.06 0.09 0.59 0.21 0.30
O3' 0.02 0.40 0.02 0.01 0.21 0.04 0.17 0.10 0.24 0.19 0.34 0.36 0.22 0.16 0.07 0.05 0.00 0.03 0.35 0.62 0.43 0.39
O4' 0.01 0.34 0.01 0.02 0.18 0.00 0.10 0.03 0.18 0.18 0.29 0.33 0.14 0.08 0.02 0.06 0.03 0.00 0.24 0.37 0.30 0.31
O5' 0.25 0.64 0.30 0.39 0.54 0.02 0.60 0.01 0.67 0.47 0.68 0.56 0.70 0.56 0.42 0.09 0.35 0.24 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.39 0.74 0.50 0.53 0.69 0.37 0.91 0.15 0.99 0.79 0.89 0.63 1.15 1.01 0.57 0.59 0.62 0.37 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 1.01 0.43 0.46 0.92 0.17 1.17 0.32 1.28 0.97 1.19 0.84 1.44 1.23 0.74 0.21 0.43 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.66 0.32 0.40 0.59 0.20 0.78 0.02 0.87 0.66 0.80 0.54 0.99 0.84 0.46 0.30 0.39 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00