ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55280

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 7, 18, 13, 6, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 9, 7, 4, 1, 1, 2, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.026, 0.035, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.030, 0.043, 0.057, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.043 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.031, 0.048, 0.065, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.048 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.046, 0.064, 0.082, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.064 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.058, 0.077, 0.095, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.077 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.034 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.064, 0.088, 0.112, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.088 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.073, 0.103, 0.134, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.103 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.094, 0.126, 0.157, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.126 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.127, 0.165, 0.204, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.165 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.144, 0.191, 0.237, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.191 std_dev=0.047
N1 B 0, 0.162, 0.404, 0.646, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.404 std_dev=0.242
C2' A 0, 0.181, 0.423, 0.666, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.423 std_dev=0.242
O2' A 0, 0.286, 0.551, 0.816, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.551 std_dev=0.265
O4' A 0, 0.074, 0.363, 0.651, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.363 std_dev=0.289
N3 B 0, 0.161, 0.519, 0.877, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.519 std_dev=0.358
C4 B 0, 0.223, 0.634, 1.046, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.634 std_dev=0.411
C3' A 0, 0.156, 0.596, 1.037, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.596 std_dev=0.441
C1' B 0, 0.268, 0.715, 1.162, 2.176 max_d=2.176 avg_d=0.715 std_dev=0.447
C4' A 0, 0.131, 0.589, 1.046, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.589 std_dev=0.457
C2 B 0, 0.092, 0.557, 1.022, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.557 std_dev=0.465
O4' B 0, 0.306, 0.963, 1.621, 2.812 max_d=2.812 avg_d=0.963 std_dev=0.658
C6 B 0, 0.166, 0.828, 1.489, 2.086 max_d=2.086 avg_d=0.828 std_dev=0.661
O5' A 0, 0.202, 0.873, 1.544, 2.201 max_d=2.201 avg_d=0.873 std_dev=0.671
N9 B 0, 0.237, 0.918, 1.600, 2.547 max_d=2.547 avg_d=0.918 std_dev=0.682
O3' A 0, 0.161, 0.844, 1.527, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.844 std_dev=0.683
C5' A 0, 0.368, 1.101, 1.835, 2.342 max_d=2.342 avg_d=1.101 std_dev=0.734
C5 B 0, 0.173, 1.023, 1.874, 2.684 max_d=2.684 avg_d=1.023 std_dev=0.850
C4' B 0, 0.304, 1.186, 2.068, 3.686 max_d=3.686 avg_d=1.186 std_dev=0.882
C2' B 0, 0.189, 1.090, 1.990, 3.252 max_d=3.252 avg_d=1.090 std_dev=0.900
O2' B 0, 0.169, 1.151, 2.134, 3.211 max_d=3.211 avg_d=1.151 std_dev=0.983
OP2 A 0, 0.518, 1.512, 2.506, 3.415 max_d=3.415 avg_d=1.512 std_dev=0.994
N6 B 0, 0.124, 1.194, 2.264, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.194 std_dev=1.070
P A 0, 0.177, 1.255, 2.332, 3.251 max_d=3.251 avg_d=1.255 std_dev=1.078
C3' B 0, 0.182, 1.439, 2.695, 4.418 max_d=4.418 avg_d=1.439 std_dev=1.256
OP1 A 0, 0.226, 1.532, 2.838, 3.969 max_d=3.969 avg_d=1.532 std_dev=1.306
C8 B 0, 0.182, 1.507, 2.831, 4.193 max_d=4.193 avg_d=1.507 std_dev=1.324
C5' B 0, 0.257, 1.623, 2.989, 4.931 max_d=4.931 avg_d=1.623 std_dev=1.366
N7 B 0, 0.140, 1.602, 3.064, 4.350 max_d=4.350 avg_d=1.602 std_dev=1.462
O3' B 0, 0.135, 1.764, 3.392, 5.354 max_d=5.354 avg_d=1.764 std_dev=1.628
O5' B 0, 0.061, 2.029, 3.996, 6.311 max_d=6.311 avg_d=2.029 std_dev=1.967
P B 0, 0.060, 2.847, 5.634, 8.121 max_d=8.121 avg_d=2.847 std_dev=2.787
OP2 B 0, 0.208, 3.315, 6.423, 8.916 max_d=8.916 avg_d=3.315 std_dev=3.107
OP1 B 0, -0.211, 3.396, 7.004, 10.167 max_d=10.167 avg_d=3.396 std_dev=3.608

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.02 0.17 0.23 0.17
C2 0.03 0.00 0.31 0.36 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.46 0.11 0.38 0.01 0.37 0.50 0.45
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.17 0.02 0.11 0.03 0.17 0.10 0.26 0.37 0.30 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.26 0.14 0.27 0.19 0.23
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.21 0.00 0.17 0.04 0.23 0.12 0.32 0.41 0.32 0.09 0.08 0.01 0.01 0.02 0.35 0.21 0.36 0.13 0.27
C4 0.02 0.01 0.17 0.21 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.25 0.07 0.40 0.01 0.38 0.46 0.44
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.12 0.11 0.12 0.09 0.12 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.11 0.27 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.17 0.00 0.10 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.21 0.05 0.50 0.01 0.50 0.59 0.56
C5' 0.06 0.20 0.03 0.04 0.21 0.01 0.28 0.00 0.29 0.27 0.25 0.17 0.16 0.31 0.18 0.05 0.03 0.02 0.01 0.33 0.16 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.23 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.31 0.07 0.52 0.01 0.54 0.66 0.61
C8 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01 0.12 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.06 0.50 0.02 0.47 0.47 0.49
N1 0.03 0.01 0.26 0.32 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.42 0.10 0.46 0.01 0.47 0.60 0.55
N2 0.04 0.00 0.37 0.41 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.55 0.13 0.34 0.02 0.32 0.48 0.42
N3 0.03 0.00 0.30 0.32 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.40 0.11 0.33 0.01 0.31 0.42 0.38
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.12 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04 0.56 0.02 0.57 0.63 0.61
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02 0.36 0.02 0.33 0.37 0.36
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.05 0.10 0.05 0.15 0.07 0.23 0.33 0.25 0.05 0.04 0.00 0.04 0.05 0.08 0.14 0.13 0.20 0.08
O3' 0.01 0.46 0.02 0.01 0.25 0.02 0.21 0.03 0.31 0.13 0.42 0.55 0.40 0.10 0.08 0.04 0.00 0.02 0.27 0.29 0.36 0.15 0.25
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.02 0.07 0.06 0.10 0.13 0.11 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.07 0.07 0.08 0.28 0.09
O5' 0.17 0.38 0.26 0.35 0.40 0.02 0.50 0.01 0.52 0.50 0.46 0.34 0.33 0.56 0.36 0.08 0.27 0.07 0.00 0.57 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.14 0.21 0.01 0.13 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.29 0.07 0.57 0.00 0.62 0.74 0.69
OP1 0.17 0.37 0.27 0.36 0.38 0.11 0.50 0.16 0.54 0.47 0.47 0.32 0.31 0.57 0.33 0.13 0.36 0.08 0.02 0.62 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.50 0.19 0.13 0.46 0.27 0.59 0.38 0.66 0.47 0.60 0.48 0.42 0.63 0.37 0.20 0.15 0.28 0.02 0.74 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.45 0.23 0.27 0.44 0.03 0.56 0.02 0.61 0.49 0.55 0.42 0.38 0.61 0.36 0.08 0.25 0.09 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.13 0.59 0.60 0.22 0.29 0.28 0.27 0.26 0.31 0.18 0.15 0.29 0.34 0.25 0.56 0.81 0.21 0.35 0.63 0.60 0.31
C2 0.15 0.14 0.16 0.14 0.15 0.12 0.19 0.19 0.19 0.20 0.16 0.13 0.23 0.22 0.16 0.20 0.22 0.22 0.31 1.19 0.48 0.50
C2' 0.22 0.20 0.52 0.46 0.29 0.22 0.37 0.21 0.36 0.37 0.28 0.20 0.40 0.41 0.30 0.68 0.73 0.33 0.24 0.95 0.24 0.41
C3' 0.26 0.22 0.62 0.59 0.35 0.24 0.45 0.25 0.44 0.48 0.32 0.21 0.51 0.53 0.37 0.83 0.98 0.45 0.28 0.95 0.27 0.44
C4 0.14 0.13 0.38 0.37 0.14 0.16 0.18 0.16 0.18 0.19 0.15 0.13 0.22 0.21 0.15 0.41 0.55 0.20 0.24 0.94 0.52 0.36
C4' 0.19 0.10 0.71 0.77 0.16 0.29 0.24 0.27 0.21 0.29 0.12 0.12 0.27 0.32 0.21 0.74 1.14 0.33 0.34 0.53 0.44 0.28
C5 0.14 0.14 0.41 0.40 0.14 0.18 0.17 0.16 0.18 0.19 0.15 0.13 0.22 0.21 0.15 0.46 0.61 0.22 0.24 1.00 0.51 0.39
C5' 0.20 0.10 0.70 0.80 0.17 0.27 0.28 0.26 0.27 0.31 0.17 0.13 0.36 0.36 0.21 0.72 1.23 0.40 0.34 0.53 0.42 0.30
C6 0.13 0.13 0.32 0.29 0.13 0.13 0.18 0.16 0.19 0.20 0.15 0.12 0.25 0.23 0.15 0.38 0.47 0.23 0.27 1.15 0.49 0.47
C8 0.21 0.15 0.60 0.63 0.19 0.30 0.22 0.27 0.21 0.26 0.16 0.16 0.24 0.27 0.22 0.64 0.89 0.23 0.32 0.75 0.56 0.32
N1 0.14 0.14 0.20 0.17 0.15 0.12 0.20 0.19 0.21 0.22 0.16 0.12 0.27 0.24 0.17 0.26 0.29 0.23 0.31 1.23 0.47 0.53
N2 0.20 0.16 0.14 0.17 0.20 0.19 0.24 0.26 0.24 0.25 0.19 0.17 0.27 0.26 0.21 0.13 0.14 0.24 0.39 1.29 0.47 0.59
N3 0.13 0.13 0.24 0.21 0.13 0.11 0.16 0.14 0.18 0.17 0.15 0.12 0.21 0.19 0.14 0.26 0.33 0.20 0.25 1.03 0.51 0.40
N7 0.18 0.14 0.54 0.55 0.16 0.25 0.19 0.22 0.18 0.22 0.15 0.15 0.22 0.23 0.18 0.59 0.80 0.23 0.27 0.88 0.53 0.35
N9 0.18 0.14 0.53 0.54 0.18 0.25 0.23 0.23 0.22 0.25 0.17 0.15 0.24 0.27 0.20 0.54 0.75 0.21 0.29 0.77 0.56 0.31
O2' 0.18 0.18 0.48 0.42 0.21 0.21 0.24 0.18 0.23 0.24 0.21 0.17 0.25 0.26 0.21 0.62 0.63 0.26 0.20 0.83 0.23 0.33
O3' 0.34 0.29 0.60 0.55 0.49 0.24 0.66 0.33 0.63 0.72 0.46 0.28 0.73 0.78 0.53 0.97 1.02 0.58 0.41 1.15 0.50 0.65
O4' 0.27 0.17 0.75 0.83 0.33 0.39 0.45 0.40 0.43 0.50 0.29 0.18 0.50 0.55 0.37 0.64 1.08 0.25 0.54 0.46 0.79 0.46
O5' 0.28 0.21 0.65 0.72 0.21 0.36 0.29 0.36 0.32 0.32 0.29 0.16 0.38 0.34 0.25 0.66 1.10 0.46 0.35 0.60 0.40 0.29
O6 0.13 0.14 0.33 0.30 0.14 0.13 0.20 0.16 0.20 0.22 0.16 0.12 0.27 0.25 0.16 0.41 0.50 0.24 0.28 1.20 0.48 0.50
OP1 0.27 0.20 0.61 0.71 0.14 0.33 0.21 0.36 0.27 0.23 0.25 0.16 0.34 0.26 0.18 0.62 1.17 0.56 0.29 0.61 0.28 0.29
OP2 0.37 0.32 0.65 0.72 0.35 0.41 0.44 0.42 0.47 0.46 0.42 0.28 0.54 0.50 0.38 0.65 1.09 0.54 0.40 0.69 0.43 0.34
P 0.25 0.24 0.63 0.73 0.23 0.32 0.35 0.33 0.40 0.33 0.35 0.16 0.49 0.40 0.24 0.61 1.12 0.46 0.34 0.56 0.40 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.12 0.59 0.19 0.21
C2 0.03 0.00 0.18 0.20 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.25 0.06 0.23 0.91 0.42 0.33
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.05 0.09 0.09 0.15 0.18 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.32 0.21 0.17
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.13 0.00 0.13 0.02 0.16 0.16 0.18 0.18 0.16 0.15 0.08 0.01 0.01 0.01 0.15 0.26 0.19 0.14
C4 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.03 0.23 0.88 0.42 0.33
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06 0.06 0.08 0.10 0.05 0.09 0.02 0.00 0.02 0.19 0.22 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.02 0.28 1.01 0.56 0.40
C5' 0.03 0.09 0.05 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.15 0.12 0.08 0.17 0.17 0.09 0.05 0.06 0.01 0.01 0.21 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.04 0.28 1.05 0.59 0.41
C8 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.15 0.05 0.28 0.94 0.52 0.39
N1 0.03 0.00 0.15 0.18 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.21 0.05 0.26 1.00 0.52 0.38
N3 0.03 0.01 0.18 0.18 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.06 0.20 0.83 0.35 0.30
N6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.15 0.04 0.31 1.11 0.69 0.45
N7 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.14 0.03 0.31 1.05 0.64 0.43
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.21 0.81 0.36 0.30
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.09 0.09 0.09 0.05 0.11 0.09 0.14 0.16 0.11 0.09 0.05 0.00 0.03 0.07 0.10 0.29 0.14 0.12
O3' 0.08 0.25 0.01 0.01 0.13 0.02 0.11 0.06 0.15 0.15 0.21 0.23 0.15 0.14 0.06 0.03 0.00 0.06 0.19 0.55 0.29 0.24
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.07 0.06 0.00 0.12 0.57 0.20 0.21
O5' 0.12 0.23 0.16 0.15 0.23 0.02 0.28 0.01 0.28 0.28 0.26 0.20 0.31 0.31 0.21 0.10 0.19 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.59 0.91 0.32 0.26 0.88 0.19 1.01 0.21 1.05 0.94 1.00 0.83 1.11 1.05 0.81 0.29 0.55 0.57 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.42 0.21 0.19 0.42 0.22 0.56 0.39 0.59 0.52 0.52 0.35 0.69 0.64 0.36 0.14 0.29 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.33 0.17 0.14 0.33 0.05 0.40 0.02 0.41 0.39 0.38 0.30 0.45 0.43 0.30 0.12 0.24 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00