ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55282

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 10, 3, 3, 13, 5, 2, 0, 2, 0, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 3, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.015, 0.039, 0.064, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.039 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.017, 0.042, 0.067, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.042 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.007, 0.034, 0.061, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.034 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.045 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.063, 0.255, 0.448, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.255 std_dev=0.192
C2' A 0, -0.005, 0.246, 0.497, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.246 std_dev=0.251
O4' A 0, -0.023, 0.238, 0.498, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.238 std_dev=0.261
C4 B 0, 0.168, 0.466, 0.763, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.466 std_dev=0.297
C4' A 0, 0.034, 0.436, 0.839, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.436 std_dev=0.402
C3' A 0, 0.009, 0.432, 0.855, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.432 std_dev=0.423
C1' B 0, 0.203, 0.649, 1.095, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.649 std_dev=0.446
N9 B 0, 0.111, 0.576, 1.042, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.576 std_dev=0.465
N3 B 0, 0.131, 0.603, 1.074, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.603 std_dev=0.471
C5 B 0, 0.103, 0.604, 1.105, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.604 std_dev=0.501
C6 B 0, 0.101, 0.603, 1.105, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.603 std_dev=0.502
N1 B 0, 0.030, 0.610, 1.191, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.610 std_dev=0.581
O5' A 0, 0.238, 0.870, 1.501, 2.471 max_d=2.471 avg_d=0.870 std_dev=0.631
C5' A 0, 0.092, 0.727, 1.361, 2.665 max_d=2.665 avg_d=0.727 std_dev=0.635
O3' A 0, -0.045, 0.608, 1.261, 2.498 max_d=2.498 avg_d=0.608 std_dev=0.653
C2 B 0, 0.017, 0.677, 1.337, 2.314 max_d=2.314 avg_d=0.677 std_dev=0.660
N6 B 0, 0.092, 0.818, 1.544, 2.796 max_d=2.796 avg_d=0.818 std_dev=0.726
O4' B 0, 0.251, 1.051, 1.851, 3.199 max_d=3.199 avg_d=1.051 std_dev=0.800
C8 B 0, 0.042, 0.871, 1.700, 3.281 max_d=3.281 avg_d=0.871 std_dev=0.829
N7 B 0, 0.094, 0.940, 1.785, 3.535 max_d=3.535 avg_d=0.940 std_dev=0.846
P A 0, 0.222, 1.124, 2.027, 3.721 max_d=3.721 avg_d=1.124 std_dev=0.902
C2' B 0, 0.235, 1.163, 2.091, 3.557 max_d=3.557 avg_d=1.163 std_dev=0.928
OP2 A 0, 0.219, 1.194, 2.169, 3.978 max_d=3.978 avg_d=1.194 std_dev=0.975
C3' B 0, 0.353, 1.345, 2.336, 3.945 max_d=3.945 avg_d=1.345 std_dev=0.992
C4' B 0, 0.322, 1.373, 2.425, 4.154 max_d=4.154 avg_d=1.373 std_dev=1.052
OP1 A 0, 0.318, 1.379, 2.440, 4.394 max_d=4.394 avg_d=1.379 std_dev=1.061
O3' B 0, 0.303, 1.398, 2.493, 4.137 max_d=4.137 avg_d=1.398 std_dev=1.095
O2' B 0, 0.200, 1.515, 2.830, 4.340 max_d=4.340 avg_d=1.515 std_dev=1.315
C5' B 0, 0.414, 1.935, 3.456, 5.891 max_d=5.891 avg_d=1.935 std_dev=1.521
O5' B 0, 0.367, 1.934, 3.502, 6.094 max_d=6.094 avg_d=1.934 std_dev=1.568
P B 0, 0.050, 2.305, 4.561, 8.171 max_d=8.171 avg_d=2.305 std_dev=2.255
OP2 B 0, -0.348, 2.451, 5.250, 9.060 max_d=9.060 avg_d=2.451 std_dev=2.799
OP1 B 0, 0.421, 3.353, 6.284, 10.384 max_d=10.384 avg_d=3.353 std_dev=2.932

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.24 0.02 0.27 0.21 0.23
C2 0.03 0.00 0.24 0.31 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.37 0.07 0.44 0.02 0.46 0.47 0.48
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.03 0.12 0.10 0.19 0.29 0.22 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.30 0.10 0.34 0.17 0.26
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.19 0.01 0.17 0.04 0.23 0.10 0.29 0.35 0.27 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.38 0.21 0.43 0.14 0.31
C4 0.01 0.01 0.12 0.19 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.21 0.04 0.46 0.01 0.46 0.43 0.46
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.13 0.10 0.13 0.13 0.10 0.11 0.07 0.06 0.03 0.01 0.02 0.13 0.15 0.28 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.20 0.03 0.57 0.01 0.57 0.56 0.57
C5' 0.04 0.19 0.03 0.04 0.18 0.01 0.22 0.00 0.24 0.20 0.23 0.19 0.16 0.24 0.14 0.06 0.09 0.02 0.01 0.26 0.24 0.44 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.23 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.28 0.04 0.58 0.01 0.60 0.62 0.61
C8 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.05 0.57 0.02 0.52 0.44 0.50
N1 0.03 0.01 0.19 0.29 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.35 0.06 0.52 0.01 0.54 0.56 0.56
N2 0.05 0.01 0.29 0.35 0.02 0.13 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.22 0.44 0.08 0.40 0.02 0.42 0.45 0.45
N3 0.03 0.01 0.22 0.27 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.31 0.07 0.39 0.01 0.41 0.40 0.42
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.03 0.62 0.02 0.61 0.59 0.60
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.43 0.02 0.42 0.34 0.39
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.08 0.06 0.05 0.06 0.09 0.07 0.14 0.22 0.15 0.05 0.03 0.00 0.05 0.06 0.07 0.07 0.16 0.14 0.06
O3' 0.02 0.37 0.03 0.01 0.21 0.03 0.20 0.09 0.28 0.11 0.35 0.44 0.31 0.13 0.08 0.05 0.00 0.02 0.29 0.27 0.42 0.21 0.27
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.08 0.07 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.15 0.04 0.21 0.27 0.17
O5' 0.24 0.44 0.30 0.38 0.46 0.02 0.57 0.01 0.58 0.57 0.52 0.40 0.39 0.62 0.43 0.07 0.29 0.15 0.00 0.63 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.21 0.01 0.13 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.27 0.04 0.63 0.00 0.67 0.70 0.67
OP1 0.27 0.46 0.34 0.43 0.46 0.15 0.57 0.24 0.60 0.52 0.54 0.42 0.41 0.61 0.42 0.16 0.42 0.21 0.02 0.67 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.47 0.17 0.14 0.43 0.28 0.56 0.44 0.62 0.44 0.56 0.45 0.40 0.59 0.34 0.14 0.21 0.27 0.02 0.70 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.48 0.26 0.31 0.46 0.04 0.57 0.02 0.61 0.50 0.56 0.45 0.42 0.60 0.39 0.06 0.27 0.17 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.21 0.93 0.57 0.22 0.47 0.28 0.54 0.30 0.30 0.28 0.17 0.35 0.31 0.26 1.16 0.68 0.51 0.52 0.80 0.56 0.52
C2 0.23 0.27 0.62 0.45 0.29 0.37 0.43 0.44 0.52 0.37 0.45 0.22 0.64 0.46 0.28 0.62 0.49 0.54 0.45 1.23 0.60 0.58
C2' 0.25 0.18 0.68 0.40 0.23 0.59 0.33 0.71 0.35 0.34 0.28 0.14 0.41 0.38 0.25 1.05 0.69 0.67 0.63 1.05 0.64 0.69
C3' 0.27 0.18 0.68 0.49 0.26 0.75 0.40 0.94 0.40 0.43 0.30 0.14 0.49 0.48 0.30 1.24 0.79 0.78 0.80 1.14 0.82 0.87
C4 0.23 0.24 0.79 0.51 0.23 0.45 0.35 0.54 0.43 0.30 0.38 0.18 0.53 0.38 0.23 0.92 0.60 0.55 0.50 1.04 0.59 0.55
C4' 0.32 0.17 0.90 0.59 0.19 0.65 0.26 0.77 0.27 0.32 0.24 0.12 0.33 0.32 0.26 1.43 0.81 0.64 0.64 0.87 0.60 0.67
C5 0.23 0.25 0.79 0.51 0.24 0.49 0.37 0.62 0.45 0.32 0.39 0.20 0.58 0.41 0.23 0.97 0.63 0.59 0.55 1.10 0.63 0.61
C5' 0.32 0.18 0.90 0.63 0.19 0.72 0.28 0.89 0.29 0.34 0.25 0.12 0.37 0.35 0.26 1.48 0.85 0.69 0.73 0.93 0.68 0.77
C6 0.23 0.25 0.72 0.47 0.27 0.48 0.42 0.61 0.50 0.37 0.41 0.20 0.65 0.47 0.26 0.85 0.58 0.61 0.55 1.23 0.64 0.64
C8 0.28 0.25 0.91 0.56 0.22 0.55 0.31 0.68 0.38 0.29 0.34 0.21 0.47 0.35 0.23 1.21 0.72 0.58 0.59 0.93 0.62 0.61
N1 0.23 0.26 0.64 0.45 0.29 0.42 0.44 0.53 0.53 0.39 0.44 0.21 0.69 0.49 0.29 0.69 0.52 0.59 0.50 1.29 0.62 0.63
N2 0.26 0.32 0.52 0.44 0.34 0.32 0.47 0.37 0.56 0.41 0.49 0.27 0.70 0.49 0.32 0.46 0.43 0.52 0.42 1.32 0.60 0.61
N3 0.22 0.24 0.70 0.48 0.25 0.37 0.37 0.43 0.45 0.32 0.41 0.19 0.54 0.39 0.24 0.72 0.53 0.51 0.45 1.09 0.58 0.53
N7 0.26 0.26 0.86 0.54 0.23 0.55 0.35 0.69 0.42 0.31 0.37 0.21 0.54 0.39 0.23 1.13 0.69 0.60 0.60 1.03 0.65 0.64
N9 0.27 0.24 0.88 0.55 0.22 0.49 0.31 0.59 0.37 0.28 0.34 0.18 0.45 0.33 0.23 1.10 0.67 0.54 0.54 0.91 0.59 0.55
O2' 0.24 0.16 0.67 0.36 0.16 0.47 0.21 0.54 0.22 0.24 0.20 0.10 0.25 0.25 0.20 0.97 0.69 0.54 0.51 0.90 0.51 0.56
O3' 0.29 0.19 0.52 0.57 0.32 0.92 0.49 1.16 0.47 0.56 0.32 0.14 0.57 0.62 0.38 1.20 0.87 0.89 1.02 1.34 1.09 1.11
O4' 0.37 0.21 1.02 0.68 0.24 0.56 0.29 0.63 0.29 0.35 0.27 0.17 0.34 0.34 0.31 1.35 0.82 0.55 0.58 0.76 0.58 0.57
O5' 0.29 0.27 0.76 0.57 0.18 0.74 0.24 0.90 0.30 0.27 0.33 0.17 0.36 0.28 0.22 1.27 0.96 0.69 0.73 0.98 0.72 0.81
O6 0.24 0.25 0.72 0.47 0.27 0.51 0.43 0.66 0.51 0.39 0.41 0.21 0.68 0.50 0.27 0.87 0.60 0.63 0.58 1.28 0.68 0.68
OP1 0.26 0.30 0.70 0.55 0.20 0.77 0.25 1.00 0.31 0.27 0.33 0.21 0.36 0.28 0.22 1.30 0.92 0.70 0.80 1.07 0.81 0.93
OP2 0.34 0.24 0.71 0.61 0.20 0.89 0.25 1.11 0.28 0.34 0.28 0.18 0.35 0.33 0.27 1.22 0.99 0.85 0.89 1.13 0.94 0.99
P 0.27 0.28 0.79 0.57 0.20 0.74 0.26 0.93 0.32 0.27 0.34 0.19 0.39 0.29 0.22 1.31 0.94 0.69 0.74 0.97 0.75 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.20 0.75 0.28 0.33
C2 0.04 0.00 0.40 0.29 0.01 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.31 0.26 0.34 1.09 0.49 0.50
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.22 0.02 0.13 0.19 0.21 0.17 0.33 0.40 0.17 0.08 0.03 0.01 0.03 0.03 0.47 0.93 0.65 0.65
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.28 0.01 0.36 0.02 0.38 0.33 0.35 0.24 0.42 0.38 0.23 0.02 0.01 0.03 0.18 0.74 0.27 0.33
C4 0.02 0.01 0.22 0.28 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.18 0.14 0.30 1.12 0.45 0.49
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.21 0.12 0.14 0.14 0.19 0.09 0.30 0.03 0.00 0.03 0.29 0.21 0.08
C5 0.02 0.01 0.13 0.36 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.11 0.07 0.37 1.36 0.60 0.63
C5' 0.07 0.23 0.19 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.20 0.25 0.22 0.20 0.22 0.25 0.11 0.13 0.21 0.02 0.01 0.18 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.21 0.38 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.15 0.13 0.40 1.39 0.67 0.66
C8 0.01 0.01 0.17 0.33 0.01 0.21 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.41 0.14 0.15 0.34 1.37 0.52 0.63
N1 0.03 0.01 0.33 0.35 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.22 0.21 0.38 1.26 0.60 0.60
N3 0.04 0.01 0.40 0.24 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.34 0.25 0.30 0.98 0.40 0.43
N6 0.03 0.01 0.17 0.42 0.02 0.14 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.31 0.17 0.10 0.43 1.52 0.77 0.74
N7 0.01 0.01 0.08 0.38 0.01 0.19 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.40 0.17 0.07 0.39 1.52 0.65 0.71
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.12 0.01 0.26 1.06 0.38 0.46
O2' 0.02 0.36 0.01 0.02 0.21 0.30 0.28 0.13 0.28 0.41 0.30 0.34 0.31 0.40 0.21 0.00 0.05 0.19 0.29 0.86 0.68 0.54
O3' 0.33 0.31 0.03 0.01 0.18 0.03 0.11 0.21 0.15 0.14 0.22 0.34 0.17 0.17 0.12 0.05 0.00 0.22 0.26 0.73 0.39 0.33
O4' 0.01 0.26 0.03 0.03 0.14 0.00 0.07 0.02 0.13 0.15 0.21 0.25 0.10 0.07 0.01 0.19 0.22 0.00 0.09 0.62 0.19 0.21
O5' 0.20 0.34 0.47 0.18 0.30 0.03 0.37 0.01 0.40 0.34 0.38 0.30 0.43 0.39 0.26 0.29 0.26 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.75 1.09 0.93 0.74 1.12 0.29 1.36 0.18 1.39 1.37 1.26 0.98 1.52 1.52 1.06 0.86 0.73 0.62 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.49 0.65 0.27 0.45 0.21 0.60 0.40 0.67 0.52 0.60 0.40 0.77 0.65 0.38 0.68 0.39 0.19 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.50 0.65 0.33 0.49 0.08 0.63 0.02 0.66 0.63 0.60 0.43 0.74 0.71 0.46 0.54 0.33 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00