ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55287

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 3, 3, 3, 1, 0, 1, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.019, 0.033, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.022, 0.039, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.039 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.026, 0.052, 0.078, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.052 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.021, 0.055, 0.089, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.055 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.019, 0.055, 0.090, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.055 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.033, 0.070, 0.108, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.070 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.025, 0.069, 0.113, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.069 std_dev=0.044
O2' A 0, 0.126, 0.272, 0.418, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.272 std_dev=0.146
C2' A 0, 0.208, 0.358, 0.507, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.358 std_dev=0.150
O4' A 0, 0.212, 0.370, 0.528, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.370 std_dev=0.158
C3' A 0, 0.394, 0.650, 0.905, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.650 std_dev=0.255
C4' A 0, 0.369, 0.629, 0.890, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.629 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.598, 0.964, 1.330, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.964 std_dev=0.366
N1 B 0, 0.563, 0.946, 1.328, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.946 std_dev=0.382
C5' A 0, 0.524, 0.908, 1.292, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.908 std_dev=0.384
C4 B 0, 0.473, 0.860, 1.246, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.860 std_dev=0.386
O3' A 0, 0.577, 0.963, 1.350, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.963 std_dev=0.387
C2 B 0, 0.728, 1.156, 1.583, 1.777 max_d=1.777 avg_d=1.156 std_dev=0.428
C1' B 0, 0.420, 0.870, 1.321, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.870 std_dev=0.450
N9 B 0, 0.770, 1.288, 1.806, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.288 std_dev=0.518
C2' B 0, 0.682, 1.245, 1.808, 2.011 max_d=2.011 avg_d=1.245 std_dev=0.563
O4' B 0, 0.625, 1.233, 1.842, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.233 std_dev=0.609
O5' A 0, 0.489, 1.106, 1.723, 2.006 max_d=2.006 avg_d=1.106 std_dev=0.617
C5 B 0, 1.041, 1.713, 2.384, 2.517 max_d=2.517 avg_d=1.713 std_dev=0.672
C4' B 0, 0.449, 1.145, 1.841, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.145 std_dev=0.696
C6 B 0, 0.767, 1.506, 2.245, 2.557 max_d=2.557 avg_d=1.506 std_dev=0.739
P A 0, 0.506, 1.285, 2.063, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.285 std_dev=0.779
O2' B 0, 1.063, 1.847, 2.630, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.847 std_dev=0.783
OP2 A 0, 0.579, 1.441, 2.302, 2.994 max_d=2.994 avg_d=1.441 std_dev=0.862
C3' B 0, 1.208, 2.126, 3.044, 3.547 max_d=3.547 avg_d=2.126 std_dev=0.918
C8 B 0, 1.536, 2.476, 3.417, 3.378 max_d=3.378 avg_d=2.476 std_dev=0.940
OP1 A 0, 0.602, 1.589, 2.576, 3.128 max_d=3.128 avg_d=1.589 std_dev=0.987
N7 B 0, 1.764, 2.796, 3.829, 3.586 max_d=3.586 avg_d=2.796 std_dev=1.033
N6 B 0, 1.333, 2.388, 3.443, 3.688 max_d=3.688 avg_d=2.388 std_dev=1.055
C5' B 0, 1.221, 2.317, 3.412, 4.116 max_d=4.116 avg_d=2.317 std_dev=1.096
O3' B 0, 2.123, 3.573, 5.024, 5.410 max_d=5.410 avg_d=3.573 std_dev=1.451
O5' B 0, 2.216, 3.826, 5.436, 5.445 max_d=5.445 avg_d=3.826 std_dev=1.610
P B 0, 3.214, 5.632, 8.051, 7.965 max_d=7.965 avg_d=5.632 std_dev=2.418
OP1 B 0, 2.808, 5.252, 7.696, 8.058 max_d=8.058 avg_d=5.252 std_dev=2.444
OP2 B 0, 3.779, 6.654, 9.529, 9.329 max_d=9.329 avg_d=6.654 std_dev=2.875

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.19 0.04 0.40 0.15 0.22
C2 0.05 0.00 0.18 0.21 0.02 0.09 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.15 0.26 0.05 0.46 0.04 0.74 0.50 0.51
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.08 0.02 0.12 0.05 0.16 0.21 0.17 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.31 0.11 0.34 0.17 0.28
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.14 0.01 0.13 0.02 0.17 0.07 0.20 0.24 0.19 0.09 0.06 0.02 0.01 0.02 0.42 0.17 0.39 0.12 0.34
C4 0.03 0.02 0.10 0.14 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.03 0.47 0.03 0.76 0.45 0.51
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.08 0.11 0.08 0.06 0.03 0.10 0.02 0.01 0.02 0.07 0.10 0.25 0.04
C5 0.03 0.02 0.08 0.13 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.16 0.03 0.58 0.02 0.94 0.61 0.65
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.07 0.06 0.12 0.05 0.10 0.03 0.02 0.01 0.12 0.20 0.43 0.02
C6 0.04 0.02 0.12 0.17 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.10 0.21 0.04 0.61 0.01 0.99 0.68 0.69
C8 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.55 0.03 0.90 0.49 0.60
N1 0.05 0.01 0.16 0.20 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.13 0.25 0.04 0.55 0.03 0.89 0.62 0.62
N2 0.07 0.01 0.21 0.24 0.03 0.11 0.03 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.18 0.30 0.06 0.43 0.05 0.68 0.47 0.47
N3 0.05 0.01 0.17 0.19 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.13 0.22 0.05 0.40 0.04 0.66 0.40 0.44
N7 0.02 0.03 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.11 0.04 0.63 0.03 1.04 0.65 0.71
N9 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.41 0.03 0.69 0.35 0.44
O2' 0.03 0.15 0.01 0.02 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.04 0.13 0.18 0.13 0.05 0.03 0.00 0.05 0.07 0.12 0.10 0.13 0.11 0.12
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.03 0.21 0.07 0.25 0.30 0.22 0.11 0.06 0.05 0.00 0.02 0.35 0.22 0.41 0.08 0.29
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.08 0.05 0.31 0.22 0.13
O5' 0.19 0.46 0.31 0.42 0.47 0.02 0.58 0.01 0.61 0.55 0.55 0.43 0.40 0.63 0.41 0.12 0.35 0.08 0.00 0.66 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.04 0.11 0.17 0.03 0.07 0.02 0.12 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.10 0.22 0.05 0.66 0.00 1.08 0.78 0.76
OP1 0.40 0.74 0.34 0.39 0.76 0.10 0.94 0.20 0.99 0.90 0.89 0.68 0.66 1.04 0.69 0.13 0.41 0.31 0.02 1.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.50 0.17 0.12 0.45 0.25 0.61 0.43 0.68 0.49 0.62 0.47 0.40 0.65 0.35 0.11 0.08 0.22 0.02 0.78 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.51 0.28 0.34 0.51 0.04 0.65 0.02 0.69 0.60 0.62 0.47 0.44 0.71 0.44 0.12 0.29 0.13 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.27 0.47 0.78 0.21 0.74 0.23 0.87 0.18 0.42 0.22 0.23 0.21 0.36 0.34 0.46 0.85 0.63 1.00 1.18 1.51 1.20
C2 0.23 0.16 0.34 0.52 0.13 0.37 0.17 0.42 0.13 0.25 0.13 0.13 0.16 0.24 0.20 0.53 0.81 0.32 0.51 0.57 0.72 0.56
C2' 0.37 0.34 0.31 0.65 0.23 0.65 0.20 0.78 0.19 0.32 0.28 0.31 0.16 0.25 0.29 0.31 0.76 0.61 0.87 1.05 1.36 1.03
C3' 0.34 0.35 0.30 0.61 0.24 0.61 0.20 0.77 0.20 0.30 0.29 0.33 0.16 0.25 0.28 0.34 0.70 0.58 0.89 1.12 1.48 1.08
C4 0.33 0.19 0.43 0.69 0.17 0.55 0.19 0.64 0.14 0.33 0.15 0.16 0.17 0.30 0.27 0.52 0.90 0.47 0.74 0.85 1.07 0.85
C4' 0.38 0.30 0.36 0.67 0.19 0.70 0.19 0.87 0.15 0.37 0.23 0.27 0.16 0.31 0.29 0.33 0.71 0.62 1.03 1.29 1.72 1.30
C5 0.29 0.15 0.40 0.67 0.14 0.50 0.17 0.58 0.13 0.29 0.12 0.13 0.16 0.26 0.23 0.51 0.93 0.42 0.69 0.79 0.99 0.77
C5' 0.36 0.27 0.35 0.65 0.19 0.67 0.19 0.84 0.14 0.36 0.20 0.25 0.16 0.31 0.28 0.32 0.69 0.60 1.02 1.30 1.74 1.30
C6 0.23 0.12 0.36 0.59 0.13 0.40 0.16 0.46 0.13 0.24 0.11 0.10 0.16 0.22 0.19 0.52 0.91 0.33 0.55 0.63 0.79 0.60
C8 0.37 0.19 0.45 0.76 0.18 0.64 0.20 0.76 0.15 0.36 0.15 0.16 0.18 0.32 0.29 0.48 0.94 0.53 0.88 1.04 1.32 1.03
N1 0.20 0.12 0.33 0.52 0.13 0.34 0.15 0.38 0.13 0.22 0.11 0.11 0.15 0.21 0.18 0.52 0.85 0.29 0.47 0.52 0.68 0.51
N2 0.19 0.16 0.29 0.40 0.13 0.27 0.16 0.30 0.13 0.23 0.12 0.12 0.15 0.22 0.18 0.51 0.70 0.24 0.40 0.46 0.62 0.46
N3 0.32 0.20 0.40 0.62 0.17 0.49 0.20 0.57 0.15 0.32 0.16 0.17 0.18 0.29 0.26 0.54 0.84 0.44 0.67 0.76 0.93 0.75
N7 0.32 0.16 0.43 0.72 0.16 0.57 0.18 0.66 0.13 0.32 0.13 0.14 0.16 0.28 0.25 0.49 0.95 0.47 0.78 0.92 1.15 0.89
N9 0.38 0.22 0.46 0.76 0.19 0.65 0.21 0.77 0.16 0.38 0.17 0.18 0.19 0.33 0.30 0.49 0.91 0.55 0.88 1.03 1.31 1.03
O2' 0.46 0.33 0.35 0.72 0.26 0.81 0.24 0.95 0.21 0.40 0.28 0.31 0.20 0.33 0.36 0.36 0.72 0.72 1.01 1.21 1.52 1.20
O3' 0.35 0.40 0.29 0.52 0.30 0.57 0.26 0.75 0.27 0.32 0.34 0.38 0.24 0.29 0.31 0.47 0.62 0.58 0.89 1.15 1.51 1.08
O4' 0.44 0.26 0.48 0.78 0.22 0.76 0.27 0.93 0.21 0.47 0.22 0.22 0.26 0.42 0.36 0.46 0.82 0.64 1.09 1.32 1.71 1.35
O5' 0.26 0.42 0.37 0.70 0.24 0.57 0.24 0.73 0.30 0.28 0.39 0.34 0.31 0.27 0.23 0.35 0.86 0.42 0.91 1.19 1.63 1.16
O6 0.20 0.12 0.35 0.58 0.12 0.37 0.16 0.42 0.14 0.22 0.13 0.10 0.17 0.21 0.17 0.51 0.93 0.30 0.51 0.58 0.75 0.55
OP1 0.26 0.65 0.32 0.65 0.37 0.56 0.36 0.76 0.48 0.26 0.63 0.53 0.50 0.28 0.26 0.32 0.84 0.41 0.93 1.30 1.71 1.20
OP2 0.29 0.44 0.41 0.70 0.30 0.55 0.32 0.69 0.38 0.32 0.43 0.37 0.40 0.33 0.28 0.38 0.88 0.42 0.87 1.14 1.52 1.08
P 0.26 0.46 0.37 0.69 0.27 0.55 0.27 0.72 0.34 0.28 0.43 0.37 0.36 0.28 0.23 0.34 0.86 0.41 0.91 1.21 1.65 1.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.22 0.01 0.18 0.27 0.37 0.23
C2 0.04 0.00 0.14 0.13 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.21 0.34 0.06 0.25 0.29 0.72 0.38
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.14 0.08 0.06 0.12 0.14 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.34 0.49 0.52 0.41
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.13 0.01 0.19 0.02 0.19 0.25 0.16 0.12 0.22 0.25 0.14 0.01 0.01 0.01 0.23 0.56 0.41 0.31
C4 0.02 0.02 0.08 0.13 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.21 0.04 0.28 0.32 0.71 0.39
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.14 0.05 0.05 0.09 0.14 0.06 0.17 0.03 0.00 0.02 0.26 0.25 0.09
C5 0.02 0.01 0.05 0.19 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.24 0.15 0.03 0.37 0.41 0.94 0.51
C5' 0.05 0.07 0.14 0.02 0.09 0.01 0.15 0.00 0.14 0.18 0.11 0.07 0.16 0.20 0.09 0.05 0.13 0.02 0.01 0.26 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.04 0.37 0.41 1.00 0.54
C8 0.02 0.02 0.06 0.25 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.20 0.16 0.05 0.40 0.43 0.84 0.50
N1 0.03 0.01 0.12 0.16 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.24 0.26 0.05 0.31 0.35 0.88 0.47
N3 0.05 0.01 0.14 0.12 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.18 0.34 0.06 0.22 0.27 0.61 0.33
N6 0.04 0.02 0.07 0.22 0.02 0.09 0.03 0.16 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.29 0.19 0.05 0.43 0.49 1.16 0.62
N7 0.02 0.01 0.05 0.25 0.01 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.25 0.17 0.04 0.44 0.48 1.05 0.59
N9 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.14 0.11 0.01 0.28 0.33 0.61 0.36
O2' 0.02 0.21 0.01 0.01 0.19 0.17 0.24 0.05 0.26 0.20 0.24 0.18 0.29 0.25 0.14 0.00 0.05 0.13 0.24 0.39 0.50 0.34
O3' 0.22 0.34 0.03 0.01 0.21 0.03 0.15 0.13 0.19 0.16 0.26 0.34 0.19 0.17 0.11 0.05 0.00 0.14 0.23 0.74 0.42 0.37
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.01 0.13 0.14 0.00 0.13 0.16 0.26 0.18
O5' 0.18 0.25 0.34 0.23 0.28 0.02 0.37 0.01 0.37 0.40 0.31 0.22 0.43 0.44 0.28 0.24 0.23 0.13 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.27 0.29 0.49 0.56 0.32 0.26 0.41 0.26 0.41 0.43 0.35 0.27 0.49 0.48 0.33 0.39 0.74 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.72 0.52 0.41 0.71 0.25 0.94 0.26 1.00 0.84 0.88 0.61 1.16 1.05 0.61 0.50 0.42 0.26 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.38 0.41 0.31 0.39 0.09 0.51 0.02 0.54 0.50 0.47 0.33 0.62 0.59 0.36 0.34 0.37 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00