ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55288

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 2, 4, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.029 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.011, 0.046, 0.080, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.046 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.025, 0.071, 0.117, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.071 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.022, 0.072, 0.122, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.072 std_dev=0.050
C3' A 0, 0.039, 0.101, 0.162, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.101 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.029, 0.104, 0.179, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.104 std_dev=0.075
O3' A 0, 0.069, 0.160, 0.251, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.160 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.033, 0.125, 0.217, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.125 std_dev=0.092
O2' B 0, 0.079, 0.182, 0.286, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.182 std_dev=0.103
O5' A 0, 0.057, 0.162, 0.267, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.162 std_dev=0.105
N3 B 0, 0.113, 0.254, 0.396, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.254 std_dev=0.141
C2 B 0, 0.128, 0.274, 0.419, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.274 std_dev=0.145
C2' B 0, 0.087, 0.235, 0.383, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.235 std_dev=0.148
P A 0, 0.073, 0.224, 0.375, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.224 std_dev=0.151
C1' B 0, 0.088, 0.241, 0.394, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.241 std_dev=0.153
N1 B 0, 0.132, 0.295, 0.459, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.295 std_dev=0.164
C4 B 0, 0.103, 0.268, 0.433, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.268 std_dev=0.165
OP2 A 0, 0.109, 0.279, 0.450, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.279 std_dev=0.171
N9 B 0, 0.096, 0.267, 0.438, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.267 std_dev=0.171
OP1 A 0, 0.106, 0.278, 0.449, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.278 std_dev=0.172
C6 B 0, 0.126, 0.308, 0.491, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.308 std_dev=0.183
O4' B 0, 0.092, 0.280, 0.467, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.280 std_dev=0.188
C5 B 0, 0.114, 0.302, 0.490, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.302 std_dev=0.188
N6 B 0, 0.156, 0.347, 0.539, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.347 std_dev=0.191
C3' B 0, 0.092, 0.290, 0.488, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.290 std_dev=0.198
C8 B 0, 0.112, 0.312, 0.511, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.312 std_dev=0.199
C4' B 0, 0.090, 0.296, 0.502, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.296 std_dev=0.206
O3' B 0, 0.088, 0.295, 0.501, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.295 std_dev=0.207
N7 B 0, 0.125, 0.334, 0.543, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.334 std_dev=0.209
O5' B 0, 0.103, 0.358, 0.612, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.358 std_dev=0.254
C5' B 0, 0.087, 0.342, 0.598, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.342 std_dev=0.255
P B 0, 0.133, 0.426, 0.719, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.426 std_dev=0.293
OP1 B 0, 0.129, 0.426, 0.723, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.426 std_dev=0.297
OP2 B 0, 0.172, 0.489, 0.806, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.489 std_dev=0.317

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.06 0.06
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.05 0.05
N2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.09 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.07 0.07
OP1 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.02 0.03 0.07 0.04 0.06 0.09 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.08 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04
C2 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06
C2' 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04
C3' 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05
C4 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04
C4' 0.04 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05
C5 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05
C5' 0.04 0.09 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.08 0.07 0.06 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04
C6 0.07 0.09 0.05 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07
C8 0.05 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05
N1 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07
N2 0.06 0.09 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06
N3 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04
N7 0.06 0.09 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05
N9 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04
O2' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06
O3' 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10
O4' 0.04 0.09 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.08 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04
O5' 0.03 0.08 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.07 0.06 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04
O6 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08
OP1 0.04 0.09 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.05 0.09 0.08 0.08 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04
OP2 0.05 0.09 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.08 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04
P 0.04 0.09 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.09 0.08 0.07 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.04 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.07 0.04 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.06 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00