ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55289

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 2, 6, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, -0.002, 0.009, 0.021, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.009 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.021 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.020, 0.044, 0.067, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.044 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.035 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.014, 0.038, 0.062, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.038 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.004, 0.029, 0.054, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.029 std_dev=0.025
O3' A 0, 0.002, 0.169, 0.335, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.169 std_dev=0.166
N9 B 0, 0.130, 0.422, 0.715, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.422 std_dev=0.292
C4 B 0, 0.138, 0.437, 0.735, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.437 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.117, 0.419, 0.721, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.419 std_dev=0.302
C8 B 0, 0.163, 0.470, 0.777, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.470 std_dev=0.307
C5 B 0, 0.173, 0.480, 0.787, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.480 std_dev=0.307
N7 B 0, 0.191, 0.503, 0.815, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.503 std_dev=0.312
C1' B 0, 0.061, 0.377, 0.692, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.377 std_dev=0.316
C2 B 0, 0.129, 0.449, 0.768, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.449 std_dev=0.319
C6 B 0, 0.178, 0.499, 0.819, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.499 std_dev=0.321
N1 B 0, 0.157, 0.486, 0.814, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.486 std_dev=0.328
N6 B 0, 0.189, 0.531, 0.872, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.531 std_dev=0.342
C2' B 0, 0.002, 0.357, 0.712, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.357 std_dev=0.355
O2' B 0, -0.074, 0.299, 0.671, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.299 std_dev=0.373
C3' A 0, -0.165, 0.223, 0.611, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.223 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.057, 0.449, 0.842, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.449 std_dev=0.393
C2' A 0, -0.190, 0.226, 0.642, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.226 std_dev=0.416
O4' A 0, -0.172, 0.271, 0.714, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.271 std_dev=0.443
C3' B 0, 0.005, 0.456, 0.906, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.456 std_dev=0.450
C4' B 0, 0.008, 0.478, 0.948, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.478 std_dev=0.470
O3' B 0, -0.021, 0.499, 1.018, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.499 std_dev=0.520
C4' A 0, -0.220, 0.321, 0.862, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.321 std_dev=0.541
C5' B 0, 0.029, 0.593, 1.158, 2.367 max_d=2.367 avg_d=0.593 std_dev=0.565
O5' B 0, -0.004, 0.641, 1.287, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.641 std_dev=0.645
OP2 B 0, 0.133, 0.780, 1.426, 2.398 max_d=2.398 avg_d=0.780 std_dev=0.647
P B 0, 0.084, 0.740, 1.397, 2.586 max_d=2.586 avg_d=0.740 std_dev=0.657
OP1 B 0, 0.126, 0.811, 1.496, 2.702 max_d=2.702 avg_d=0.811 std_dev=0.685
O2' A 0, -0.310, 0.379, 1.069, 2.838 max_d=2.838 avg_d=0.379 std_dev=0.690
C5' A 0, -0.414, 0.585, 1.583, 4.145 max_d=4.145 avg_d=0.585 std_dev=0.998
O5' A 0, -0.611, 0.785, 2.181, 5.711 max_d=5.711 avg_d=0.785 std_dev=1.396
P A 0, -1.013, 0.864, 2.741, 7.607 max_d=7.607 avg_d=0.864 std_dev=1.877
OP2 A 0, -0.863, 1.054, 2.971, 7.900 max_d=7.900 avg_d=1.054 std_dev=1.917
OP1 A 0, -1.042, 0.886, 2.814, 7.808 max_d=7.808 avg_d=0.886 std_dev=1.928

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.28 0.04 0.54 0.16 0.27
C2 0.04 0.00 0.09 0.06 0.02 0.28 0.02 0.41 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.32 0.04 0.32 0.19 0.01 0.41 0.38 0.06
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.10 0.06 0.12 0.09 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.29 0.04 0.37 0.21 0.27
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.14 0.26 0.06
C4 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.13 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.02 0.17 0.29 0.02 0.64 0.20 0.27
C4' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.13 0.00 0.08 0.00 0.14 0.10 0.23 0.34 0.26 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.26 0.21 0.02
C5 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.08 0.40 0.02 0.84 0.14 0.42
C5' 0.03 0.41 0.03 0.01 0.20 0.00 0.14 0.00 0.22 0.18 0.34 0.50 0.36 0.12 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.19 0.25 0.19 0.02
C6 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.14 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.02 0.15 0.34 0.01 0.77 0.20 0.34
C8 0.01 0.02 0.10 0.04 0.00 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.08 0.14 0.63 0.03 1.06 0.20 0.68
N1 0.04 0.00 0.06 0.05 0.02 0.23 0.02 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.24 0.02 0.25 0.24 0.00 0.56 0.32 0.15
N2 0.04 0.00 0.12 0.06 0.02 0.34 0.02 0.50 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.07 0.38 0.24 0.01 0.28 0.48 0.16
N3 0.03 0.01 0.09 0.05 0.01 0.26 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.31 0.04 0.32 0.17 0.01 0.41 0.34 0.06
N7 0.01 0.02 0.07 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.06 0.07 0.59 0.03 1.09 0.17 0.66
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.40 0.03 0.74 0.13 0.40
O2' 0.02 0.32 0.00 0.01 0.15 0.01 0.06 0.03 0.12 0.21 0.24 0.41 0.31 0.13 0.03 0.00 0.05 0.02 0.27 0.08 0.31 0.23 0.27
O3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.08 0.02 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05 0.00 0.04 0.08 0.04 0.16 0.27 0.05
O4' 0.01 0.32 0.01 0.01 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.14 0.25 0.38 0.32 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.19 0.12 0.54 0.14 0.19
O5' 0.28 0.19 0.29 0.10 0.29 0.01 0.40 0.01 0.34 0.63 0.24 0.24 0.17 0.59 0.40 0.27 0.08 0.19 0.00 0.39 0.01 0.01 0.00
O6 0.04 0.01 0.04 0.06 0.02 0.12 0.02 0.19 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.08 0.04 0.12 0.39 0.00 0.87 0.18 0.41
OP1 0.54 0.41 0.37 0.14 0.64 0.26 0.84 0.25 0.77 1.06 0.56 0.28 0.41 1.09 0.74 0.31 0.16 0.54 0.01 0.87 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.38 0.21 0.26 0.20 0.21 0.14 0.19 0.20 0.20 0.32 0.48 0.34 0.17 0.13 0.23 0.27 0.14 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.06 0.27 0.06 0.27 0.02 0.42 0.02 0.34 0.68 0.15 0.16 0.06 0.66 0.40 0.27 0.05 0.19 0.00 0.41 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.13 0.06 0.17 0.05 0.10 0.07 0.07 0.05 0.08 0.07 0.16 0.11 0.15 0.14 0.17 0.11 0.16
C2 0.13 0.07 0.13 0.13 0.08 0.17 0.07 0.16 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.10 0.15 0.14 0.15 0.12 0.12 0.06 0.10
C2' 0.26 0.22 0.10 0.08 0.27 0.18 0.31 0.23 0.29 0.33 0.26 0.23 0.32 0.34 0.30 0.14 0.17 0.32 0.25 0.19 0.26 0.27
C3' 0.13 0.10 0.17 0.17 0.13 0.08 0.17 0.18 0.15 0.21 0.12 0.10 0.17 0.21 0.16 0.30 0.36 0.24 0.18 0.17 0.17 0.22
C4 0.10 0.08 0.08 0.09 0.05 0.15 0.05 0.17 0.05 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.10 0.09 0.14 0.12 0.15 0.08 0.12
C4' 0.19 0.29 0.43 0.39 0.24 0.12 0.22 0.09 0.25 0.17 0.27 0.28 0.23 0.18 0.20 0.51 0.54 0.06 0.09 0.18 0.13 0.10
C5 0.08 0.10 0.09 0.10 0.05 0.14 0.05 0.15 0.08 0.06 0.10 0.08 0.08 0.05 0.06 0.11 0.12 0.11 0.11 0.15 0.07 0.11
C5' 0.24 0.38 0.52 0.48 0.31 0.16 0.30 0.07 0.33 0.23 0.36 0.35 0.32 0.25 0.26 0.58 0.67 0.07 0.11 0.20 0.18 0.10
C6 0.08 0.11 0.11 0.12 0.06 0.15 0.06 0.15 0.09 0.06 0.11 0.07 0.10 0.05 0.06 0.14 0.15 0.11 0.10 0.14 0.06 0.09
C8 0.07 0.11 0.07 0.08 0.06 0.12 0.06 0.15 0.07 0.07 0.10 0.09 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.11 0.12 0.17 0.09 0.13
N1 0.11 0.08 0.13 0.14 0.06 0.16 0.06 0.15 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07 0.16 0.16 0.12 0.11 0.13 0.06 0.09
N2 0.16 0.12 0.16 0.16 0.13 0.18 0.11 0.17 0.09 0.12 0.10 0.15 0.09 0.11 0.13 0.17 0.15 0.17 0.13 0.11 0.07 0.10
N3 0.13 0.06 0.10 0.10 0.06 0.16 0.06 0.17 0.05 0.09 0.05 0.06 0.05 0.08 0.09 0.11 0.09 0.16 0.13 0.13 0.07 0.11
N7 0.07 0.12 0.08 0.09 0.06 0.13 0.06 0.15 0.08 0.06 0.11 0.09 0.08 0.06 0.06 0.09 0.11 0.11 0.11 0.17 0.08 0.12
N9 0.09 0.09 0.08 0.08 0.05 0.14 0.05 0.17 0.05 0.09 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.10 0.08 0.14 0.13 0.17 0.10 0.14
O2' 0.52 0.53 0.32 0.26 0.59 0.33 0.63 0.34 0.63 0.63 0.58 0.53 0.65 0.66 0.60 0.16 0.13 0.52 0.40 0.30 0.47 0.43
O3' 0.16 0.13 0.09 0.09 0.18 0.12 0.22 0.22 0.21 0.26 0.17 0.13 0.23 0.26 0.21 0.22 0.26 0.27 0.24 0.21 0.25 0.29
O4' 0.24 0.37 0.40 0.31 0.32 0.13 0.31 0.13 0.33 0.24 0.36 0.35 0.33 0.26 0.27 0.47 0.36 0.11 0.14 0.21 0.18 0.14
O5' 0.13 0.15 0.44 0.53 0.13 0.20 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.15 0.12 0.12 0.13 0.47 0.82 0.09 0.17 0.35 0.27 0.18
O6 0.08 0.12 0.12 0.13 0.07 0.14 0.07 0.14 0.11 0.05 0.13 0.08 0.12 0.06 0.06 0.14 0.17 0.09 0.09 0.14 0.06 0.08
OP1 0.19 0.26 0.32 0.47 0.20 0.23 0.18 0.25 0.19 0.17 0.23 0.25 0.18 0.16 0.18 0.30 0.74 0.19 0.27 0.54 0.42 0.34
OP2 0.28 0.31 0.55 0.58 0.29 0.31 0.28 0.29 0.28 0.29 0.29 0.30 0.28 0.29 0.29 0.61 0.83 0.27 0.30 0.38 0.33 0.30
P 0.09 0.08 0.42 0.53 0.09 0.19 0.09 0.16 0.09 0.12 0.08 0.09 0.08 0.11 0.10 0.42 0.83 0.10 0.19 0.41 0.31 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.13 0.03 0.08 0.11 0.16 0.11
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.08 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.09 0.12 0.15 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.12 0.17 0.21 0.16
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.03 0.10 0.11 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.12 0.17 0.22 0.17
C8 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.14 0.18 0.18 0.16
N1 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.10 0.14 0.19 0.14
N3 0.02 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.11 0.03 0.06 0.10 0.13 0.09
N6 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.03 0.14 0.21 0.26 0.20
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.16 0.21 0.24 0.20
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.12 0.12 0.10
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.09 0.09 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.12 0.08 0.05
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.08 0.11 0.11 0.07 0.07 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.14 0.10 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.07 0.04 0.04
O5' 0.05 0.08 0.02 0.04 0.09 0.01 0.12 0.01 0.12 0.14 0.10 0.06 0.14 0.16 0.08 0.02 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.11 0.11 0.12 0.12 0.09 0.17 0.07 0.17 0.18 0.14 0.10 0.21 0.21 0.12 0.12 0.14 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.16 0.08 0.08 0.15 0.04 0.21 0.02 0.22 0.18 0.19 0.13 0.26 0.24 0.12 0.08 0.10 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.05 0.05 0.11 0.02 0.16 0.02 0.17 0.16 0.14 0.09 0.20 0.20 0.10 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00