ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55290

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 2, 1, 0, 3, 0, 1, 1, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.012, 0.031, 0.049, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.033 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.026, 0.058, 0.090, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.058 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.029, 0.062, 0.095, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.062 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.029, 0.062, 0.096, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.062 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.050, 0.145, 0.239, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.145 std_dev=0.094
C2' A 0, 0.073, 0.189, 0.304, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.189 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.111, 0.251, 0.392, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.251 std_dev=0.141
O2' A 0, 0.154, 0.295, 0.436, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.295 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.068, 0.248, 0.427, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.248 std_dev=0.179
O3' A 0, 0.117, 0.376, 0.636, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.376 std_dev=0.260
C5' A 0, 0.175, 0.439, 0.704, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.439 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.529, 0.904, 1.279, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.904 std_dev=0.375
N3 B 0, 0.385, 0.785, 1.184, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.785 std_dev=0.399
OP1 A 0, 0.267, 0.682, 1.097, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.682 std_dev=0.415
C2 B 0, 0.352, 0.771, 1.190, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.771 std_dev=0.419
N1 B 0, 0.487, 0.938, 1.390, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.938 std_dev=0.451
O5' A 0, 0.290, 0.752, 1.215, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.752 std_dev=0.462
P A 0, 0.193, 0.657, 1.121, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.657 std_dev=0.464
C5 B 0, 0.668, 1.161, 1.654, 1.861 max_d=1.861 avg_d=1.161 std_dev=0.493
N9 B 0, 0.760, 1.253, 1.747, 1.961 max_d=1.961 avg_d=1.253 std_dev=0.494
C2' B 0, 0.735, 1.261, 1.787, 2.172 max_d=2.172 avg_d=1.261 std_dev=0.526
C6 B 0, 0.647, 1.177, 1.707, 1.989 max_d=1.989 avg_d=1.177 std_dev=0.530
OP2 A 0, 0.358, 0.916, 1.474, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.916 std_dev=0.558
C1' B 0, 0.905, 1.504, 2.103, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.504 std_dev=0.599
O3' B 0, 1.339, 2.012, 2.685, 2.640 max_d=2.640 avg_d=2.012 std_dev=0.673
C8 B 0, 0.889, 1.588, 2.286, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.588 std_dev=0.699
N7 B 0, 0.857, 1.600, 2.343, 2.622 max_d=2.622 avg_d=1.600 std_dev=0.743
O2' B 0, 1.130, 1.876, 2.622, 3.286 max_d=3.286 avg_d=1.876 std_dev=0.746
N6 B 0, 0.797, 1.645, 2.492, 2.986 max_d=2.986 avg_d=1.645 std_dev=0.848
C3' B 0, 0.851, 1.712, 2.573, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.712 std_dev=0.861
O4' B 0, 1.362, 2.278, 3.194, 3.438 max_d=3.438 avg_d=2.278 std_dev=0.916
C4' B 0, 1.267, 2.406, 3.544, 3.789 max_d=3.789 avg_d=2.406 std_dev=1.138
O5' B 0, 1.858, 3.232, 4.606, 4.555 max_d=4.555 avg_d=3.232 std_dev=1.374
C5' B 0, 2.105, 3.522, 4.938, 5.289 max_d=5.289 avg_d=3.522 std_dev=1.417
OP1 B 0, 1.626, 3.079, 4.531, 5.562 max_d=5.562 avg_d=3.079 std_dev=1.452
P B 0, 1.268, 3.013, 4.759, 4.871 max_d=4.871 avg_d=3.013 std_dev=1.745
OP2 B 0, 2.550, 4.836, 7.123, 6.907 max_d=6.907 avg_d=4.836 std_dev=2.286

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.14 0.28 0.10
C2 0.04 0.00 0.14 0.15 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.20 0.03 0.15 0.02 0.23 0.27 0.15
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.01 0.08 0.05 0.12 0.16 0.14 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.08 0.17 0.27 0.09
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.10 0.09 0.14 0.18 0.14 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.19 0.27 0.11
C4 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.02 0.15 0.01 0.21 0.28 0.14
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.06 0.10 0.20 0.06
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03 0.20 0.01 0.24 0.28 0.18
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.16 0.10 0.08 0.07 0.17 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.15 0.06 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.21 0.01 0.25 0.28 0.19
C8 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.05 0.21 0.02 0.21 0.28 0.17
N1 0.03 0.00 0.12 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.03 0.19 0.02 0.24 0.27 0.17
N2 0.04 0.01 0.16 0.18 0.01 0.09 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.24 0.03 0.15 0.03 0.24 0.27 0.14
N3 0.04 0.01 0.14 0.14 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.17 0.03 0.13 0.02 0.21 0.28 0.13
N7 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.05 0.24 0.02 0.25 0.29 0.20
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.13 0.01 0.18 0.28 0.13
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.03 0.12 0.17 0.13 0.03 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.08 0.17 0.26 0.09
O3' 0.03 0.20 0.03 0.01 0.11 0.03 0.10 0.03 0.14 0.10 0.18 0.24 0.17 0.10 0.05 0.06 0.00 0.03 0.14 0.14 0.24 0.27 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.11 0.04 0.13 0.28 0.13
O5' 0.05 0.15 0.09 0.13 0.15 0.02 0.20 0.01 0.21 0.21 0.19 0.15 0.13 0.24 0.13 0.04 0.14 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.10 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.14 0.04 0.24 0.00 0.27 0.29 0.22
OP1 0.14 0.23 0.17 0.19 0.21 0.10 0.24 0.06 0.25 0.21 0.24 0.24 0.21 0.25 0.18 0.17 0.24 0.13 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.27 0.27 0.27 0.28 0.20 0.28 0.09 0.28 0.28 0.27 0.27 0.28 0.29 0.28 0.26 0.27 0.28 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.15 0.09 0.11 0.14 0.06 0.18 0.01 0.19 0.17 0.17 0.14 0.13 0.20 0.13 0.09 0.14 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.25 0.23 0.29 0.12 0.26 0.15 0.29 0.25 0.10 0.30 0.16 0.29 0.11 0.13 0.62 0.42 0.26 0.32 1.10 0.28 0.43
C2 0.29 0.34 0.25 0.25 0.37 0.24 0.50 0.31 0.60 0.44 0.53 0.29 0.72 0.53 0.36 0.61 0.18 0.28 0.61 0.78 0.76 0.18
C2' 0.26 0.19 0.24 0.35 0.14 0.32 0.13 0.33 0.17 0.17 0.22 0.13 0.19 0.13 0.19 0.58 0.56 0.30 0.34 1.26 0.33 0.51
C3' 0.33 0.19 0.29 0.50 0.16 0.47 0.14 0.49 0.15 0.24 0.20 0.14 0.16 0.18 0.25 0.53 0.77 0.41 0.47 1.36 0.50 0.70
C4 0.20 0.27 0.21 0.16 0.20 0.15 0.31 0.19 0.42 0.23 0.42 0.16 0.52 0.31 0.18 0.64 0.21 0.18 0.40 0.92 0.47 0.20
C4' 0.36 0.20 0.32 0.57 0.17 0.51 0.15 0.56 0.17 0.24 0.22 0.15 0.19 0.17 0.25 0.49 0.82 0.43 0.53 1.28 0.55 0.73
C5 0.21 0.27 0.22 0.16 0.22 0.16 0.35 0.19 0.47 0.27 0.44 0.17 0.60 0.36 0.19 0.64 0.21 0.19 0.40 0.88 0.49 0.20
C5' 0.38 0.21 0.33 0.64 0.18 0.59 0.16 0.66 0.18 0.26 0.23 0.16 0.20 0.19 0.27 0.44 0.90 0.48 0.66 1.27 0.67 0.81
C6 0.23 0.30 0.23 0.16 0.30 0.16 0.46 0.21 0.57 0.38 0.50 0.22 0.73 0.49 0.28 0.64 0.17 0.21 0.50 0.80 0.65 0.14
C8 0.25 0.25 0.25 0.30 0.12 0.29 0.21 0.33 0.34 0.12 0.37 0.15 0.44 0.19 0.12 0.63 0.39 0.27 0.34 1.01 0.29 0.40
N1 0.27 0.33 0.24 0.22 0.36 0.22 0.52 0.28 0.62 0.45 0.53 0.27 0.79 0.55 0.35 0.62 0.17 0.26 0.60 0.75 0.77 0.18
N2 0.36 0.38 0.29 0.34 0.45 0.34 0.59 0.42 0.67 0.53 0.57 0.35 0.81 0.62 0.44 0.58 0.23 0.37 0.74 0.73 0.90 0.29
N3 0.24 0.29 0.23 0.20 0.28 0.19 0.38 0.24 0.47 0.32 0.45 0.23 0.56 0.39 0.27 0.61 0.17 0.22 0.50 0.88 0.60 0.14
N7 0.23 0.26 0.24 0.23 0.16 0.23 0.28 0.26 0.41 0.19 0.41 0.15 0.54 0.28 0.14 0.64 0.31 0.23 0.34 0.94 0.36 0.31
N9 0.22 0.26 0.22 0.23 0.12 0.22 0.21 0.25 0.33 0.12 0.36 0.14 0.41 0.19 0.11 0.63 0.33 0.23 0.33 1.01 0.32 0.34
O2' 0.28 0.17 0.25 0.34 0.19 0.32 0.18 0.33 0.16 0.24 0.17 0.15 0.16 0.21 0.24 0.53 0.54 0.31 0.33 1.32 0.37 0.53
O3' 0.41 0.16 0.39 0.62 0.24 0.59 0.23 0.62 0.16 0.37 0.15 0.15 0.16 0.31 0.35 0.55 0.93 0.50 0.61 1.54 0.73 0.87
O4' 0.31 0.27 0.28 0.43 0.18 0.38 0.18 0.42 0.25 0.17 0.30 0.21 0.29 0.15 0.20 0.55 0.57 0.35 0.39 1.11 0.32 0.56
O5' 0.32 0.25 0.26 0.50 0.14 0.47 0.14 0.54 0.23 0.17 0.30 0.16 0.28 0.12 0.19 0.45 0.71 0.39 0.51 1.16 0.55 0.67
O6 0.24 0.31 0.24 0.16 0.32 0.16 0.49 0.20 0.61 0.41 0.52 0.23 0.79 0.53 0.29 0.64 0.18 0.21 0.51 0.77 0.68 0.16
OP1 0.37 0.29 0.33 0.70 0.13 0.68 0.13 0.80 0.24 0.22 0.34 0.15 0.29 0.13 0.23 0.44 0.98 0.51 0.83 1.34 0.85 0.94
OP2 0.33 0.31 0.28 0.48 0.23 0.47 0.28 0.54 0.37 0.24 0.40 0.22 0.45 0.26 0.24 0.48 0.66 0.39 0.50 1.10 0.55 0.64
P 0.35 0.23 0.29 0.60 0.13 0.56 0.13 0.66 0.23 0.19 0.29 0.13 0.29 0.12 0.21 0.44 0.81 0.45 0.65 1.20 0.65 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.24 1.04 0.41 0.31
C2 0.05 0.00 0.15 0.24 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.43 0.26 0.04 0.47 1.10 0.53 0.27
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.08 0.09 0.08 0.12 0.15 0.09 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.21 0.86 0.36 0.27
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.22 0.00 0.30 0.04 0.31 0.31 0.28 0.20 0.34 0.34 0.20 0.02 0.01 0.02 0.24 0.55 0.39 0.13
C4 0.02 0.01 0.07 0.22 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.17 0.02 0.52 1.10 0.54 0.27
C4' 0.02 0.12 0.02 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.15 0.16 0.14 0.10 0.17 0.17 0.09 0.22 0.04 0.01 0.02 0.57 0.34 0.22
C5 0.02 0.01 0.07 0.30 0.00 0.14 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.24 0.03 0.66 1.09 0.65 0.29
C5' 0.03 0.19 0.08 0.04 0.18 0.00 0.26 0.00 0.27 0.27 0.23 0.15 0.31 0.31 0.16 0.14 0.09 0.01 0.01 0.32 0.33 0.03
C6 0.03 0.01 0.09 0.31 0.01 0.15 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.27 0.03 0.67 1.08 0.67 0.30
C8 0.02 0.01 0.08 0.31 0.01 0.16 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.23 0.04 0.69 1.08 0.62 0.30
N1 0.04 0.00 0.12 0.28 0.02 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.27 0.04 0.59 1.10 0.62 0.27
N3 0.04 0.00 0.15 0.20 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.23 0.04 0.41 1.09 0.49 0.27
N6 0.02 0.01 0.09 0.34 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.35 0.32 0.03 0.75 1.06 0.75 0.34
N7 0.02 0.01 0.08 0.34 0.01 0.17 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.29 0.04 0.75 1.05 0.71 0.32
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.11 0.01 0.50 1.10 0.50 0.28
O2' 0.02 0.43 0.01 0.02 0.31 0.22 0.30 0.14 0.36 0.13 0.41 0.40 0.35 0.21 0.15 0.00 0.05 0.17 0.23 0.68 0.38 0.17
O3' 0.15 0.26 0.03 0.01 0.17 0.04 0.24 0.09 0.27 0.23 0.27 0.23 0.32 0.29 0.11 0.05 0.00 0.09 0.18 0.45 0.39 0.15
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.17 0.09 0.00 0.17 0.94 0.42 0.32
O5' 0.24 0.47 0.21 0.24 0.52 0.02 0.66 0.01 0.67 0.69 0.59 0.41 0.75 0.75 0.50 0.23 0.18 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 1.04 1.10 0.86 0.55 1.10 0.57 1.09 0.32 1.08 1.08 1.10 1.09 1.06 1.05 1.10 0.68 0.45 0.94 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.53 0.36 0.39 0.54 0.34 0.65 0.33 0.67 0.62 0.62 0.49 0.75 0.71 0.50 0.38 0.39 0.42 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.27 0.27 0.13 0.27 0.22 0.29 0.03 0.30 0.30 0.27 0.27 0.34 0.32 0.28 0.17 0.15 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00