ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55293

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, -0.003, 0.008, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.005, 0.009, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.009 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.003, 0.012, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.003, 0.011, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.015
N9 A 0, -0.006, 0.011, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N2 A 0, -0.002, 0.019, 0.040, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.021
N7 A 0, -0.009, 0.020, 0.048, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.020 std_dev=0.029
C8 A 0, -0.013, 0.020, 0.053, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.020 std_dev=0.033
O2' A 0, 0.042, 0.134, 0.227, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.134 std_dev=0.092
O4' A 0, -0.036, 0.084, 0.203, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.084 std_dev=0.119
C2' A 0, -0.041, 0.092, 0.226, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.092 std_dev=0.134
C4' A 0, -0.010, 0.191, 0.391, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.191 std_dev=0.200
C3' A 0, -0.013, 0.197, 0.406, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.197 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.007, 0.274, 0.540, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.274 std_dev=0.267
O3' A 0, 0.003, 0.305, 0.608, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.305 std_dev=0.302
C5' A 0, 0.009, 0.321, 0.633, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.321 std_dev=0.312
O5' A 0, 0.030, 0.372, 0.714, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.372 std_dev=0.342
N1 B 0, -0.030, 0.362, 0.754, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.362 std_dev=0.392
C2 B 0, -0.056, 0.348, 0.752, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.348 std_dev=0.404
C4 B 0, 0.020, 0.444, 0.868, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.444 std_dev=0.424
C6 B 0, -0.008, 0.463, 0.933, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.463 std_dev=0.471
P A 0, 0.028, 0.546, 1.064, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.546 std_dev=0.518
OP2 A 0, 0.018, 0.598, 1.178, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.598 std_dev=0.580
OP1 A 0, 0.006, 0.618, 1.230, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.618 std_dev=0.612
C5 B 0, -0.019, 0.594, 1.207, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.594 std_dev=0.613
C1' B 0, -0.006, 0.642, 1.291, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.642 std_dev=0.649
N6 B 0, -0.063, 0.593, 1.248, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.593 std_dev=0.655
C2' B 0, -0.001, 0.666, 1.334, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.666 std_dev=0.668
O4' B 0, 0.011, 0.682, 1.353, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.682 std_dev=0.671
N9 B 0, -0.026, 0.662, 1.350, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.662 std_dev=0.688
O2' B 0, -0.025, 0.672, 1.369, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.672 std_dev=0.697
O5' B 0, 0.156, 0.868, 1.581, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.868 std_dev=0.713
C4' B 0, 0.020, 0.743, 1.465, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.743 std_dev=0.723
C5' B 0, 0.060, 0.837, 1.614, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.837 std_dev=0.777
OP2 B 0, 0.150, 1.037, 1.923, 2.637 max_d=2.637 avg_d=1.037 std_dev=0.887
N7 B 0, -0.102, 0.904, 1.910, 2.840 max_d=2.840 avg_d=0.904 std_dev=1.006
C8 B 0, -0.106, 0.934, 1.973, 2.939 max_d=2.939 avg_d=0.934 std_dev=1.040
C3' B 0, -0.161, 0.898, 1.956, 2.958 max_d=2.958 avg_d=0.898 std_dev=1.059
P B 0, -0.061, 1.136, 2.332, 3.429 max_d=3.429 avg_d=1.136 std_dev=1.197
O3' B 0, -0.293, 0.995, 2.283, 3.530 max_d=3.530 avg_d=0.995 std_dev=1.288
OP1 B 0, -0.325, 1.366, 3.056, 4.686 max_d=4.686 avg_d=1.366 std_dev=1.690

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.03
C2 0.03 0.00 0.13 0.14 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.18 0.00 0.13 0.00 0.15 0.11 0.11
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.11 0.15 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.02 0.03
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.06 0.12 0.16 0.12 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.02 0.03
C4 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.08 0.09
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.12 0.00 0.12 0.10 0.11
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.09 0.09 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.13 0.00 0.14 0.12 0.13
C8 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.06 0.09
N1 0.03 0.00 0.11 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.16 0.00 0.14 0.00 0.15 0.12 0.13
N2 0.04 0.00 0.15 0.16 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.22 0.01 0.13 0.01 0.15 0.11 0.11
N3 0.03 0.01 0.12 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.15 0.01 0.11 0.00 0.13 0.09 0.09
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.05 0.07
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.10 0.15 0.11 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02
O3' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.10 0.07 0.16 0.22 0.15 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.09 0.06 0.03 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01
O5' 0.04 0.13 0.03 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.09 0.14 0.13 0.11 0.10 0.08 0.02 0.04 0.03 0.00 0.13 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.13 0.00 0.14 0.14 0.13
OP1 0.06 0.15 0.07 0.07 0.12 0.06 0.12 0.05 0.14 0.09 0.15 0.15 0.13 0.11 0.09 0.06 0.06 0.04 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.11 0.02 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.12 0.06 0.12 0.11 0.09 0.09 0.05 0.01 0.03 0.04 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.11 0.03 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.13 0.09 0.13 0.11 0.09 0.11 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.09 0.14 0.20 0.02 0.09 0.04 0.09 0.05 0.04 0.03 0.10 0.10 0.07 0.03 0.06 0.66 0.14 0.38 0.58 0.20 0.55
C2 0.18 0.23 0.35 0.27 0.23 0.22 0.30 0.10 0.34 0.25 0.32 0.19 0.38 0.29 0.21 0.04 0.10 0.13 0.26 0.82 0.25 0.58
C2' 0.09 0.11 0.27 0.09 0.09 0.04 0.16 0.05 0.12 0.21 0.02 0.07 0.17 0.23 0.13 0.25 0.61 0.05 0.28 0.40 0.10 0.40
C3' 0.16 0.11 0.28 0.16 0.15 0.06 0.25 0.11 0.19 0.35 0.03 0.06 0.26 0.36 0.23 0.33 0.75 0.06 0.20 0.16 0.10 0.24
C4 0.08 0.05 0.25 0.05 0.12 0.08 0.20 0.04 0.22 0.19 0.14 0.04 0.28 0.24 0.12 0.04 0.41 0.03 0.33 0.69 0.22 0.56
C4' 0.06 0.12 0.11 0.37 0.03 0.14 0.11 0.09 0.09 0.15 0.02 0.11 0.15 0.17 0.06 0.19 0.94 0.13 0.30 0.25 0.13 0.36
C5 0.11 0.04 0.26 0.05 0.16 0.09 0.26 0.04 0.27 0.26 0.16 0.03 0.36 0.32 0.17 0.04 0.44 0.04 0.31 0.66 0.21 0.54
C5' 0.07 0.10 0.10 0.45 0.06 0.18 0.16 0.11 0.14 0.21 0.03 0.10 0.22 0.24 0.10 0.18 1.05 0.14 0.29 0.15 0.15 0.31
C6 0.17 0.10 0.31 0.14 0.22 0.15 0.34 0.08 0.35 0.33 0.23 0.10 0.46 0.39 0.23 0.04 0.31 0.10 0.27 0.70 0.21 0.53
C8 0.03 0.10 0.17 0.18 0.05 0.06 0.16 0.06 0.16 0.17 0.05 0.08 0.24 0.22 0.08 0.06 0.68 0.09 0.36 0.55 0.18 0.52
N1 0.20 0.19 0.36 0.25 0.26 0.22 0.35 0.11 0.39 0.32 0.31 0.17 0.47 0.38 0.25 0.04 0.15 0.14 0.25 0.78 0.23 0.55
N2 0.21 0.35 0.39 0.39 0.27 0.29 0.30 0.13 0.36 0.23 0.42 0.27 0.38 0.27 0.23 0.05 0.11 0.18 0.24 0.91 0.28 0.60
N3 0.12 0.15 0.30 0.16 0.16 0.15 0.21 0.06 0.23 0.17 0.21 0.12 0.27 0.21 0.14 0.04 0.22 0.07 0.31 0.78 0.25 0.59
N7 0.07 0.06 0.21 0.10 0.11 0.04 0.23 0.04 0.23 0.25 0.10 0.04 0.33 0.30 0.14 0.06 0.60 0.04 0.33 0.58 0.18 0.51
N9 0.03 0.07 0.18 0.13 0.05 0.05 0.13 0.06 0.13 0.13 0.06 0.06 0.20 0.17 0.06 0.05 0.59 0.08 0.36 0.61 0.21 0.55
O2' 0.03 0.12 0.24 0.12 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.06 0.12 0.03 0.05 0.02 0.28 0.59 0.13 0.33 0.45 0.12 0.44
O3' 0.28 0.11 0.36 0.11 0.22 0.11 0.33 0.21 0.23 0.49 0.03 0.04 0.30 0.48 0.34 0.49 0.74 0.14 0.10 0.12 0.21 0.07
O4' 0.10 0.10 0.07 0.36 0.05 0.16 0.03 0.13 0.04 0.03 0.03 0.12 0.09 0.05 0.06 0.05 0.86 0.18 0.38 0.48 0.18 0.51
O5' 0.10 0.07 0.16 0.34 0.14 0.12 0.27 0.10 0.24 0.32 0.10 0.05 0.34 0.37 0.18 0.19 0.96 0.09 0.25 0.14 0.13 0.28
O6 0.18 0.09 0.32 0.15 0.25 0.16 0.38 0.10 0.39 0.38 0.25 0.10 0.51 0.45 0.26 0.05 0.32 0.12 0.25 0.68 0.20 0.51
OP1 0.16 0.05 0.17 0.38 0.20 0.10 0.35 0.15 0.31 0.44 0.14 0.02 0.43 0.49 0.27 0.27 1.03 0.09 0.14 0.17 0.24 0.11
OP2 0.15 0.07 0.18 0.30 0.21 0.08 0.37 0.12 0.34 0.45 0.15 0.04 0.48 0.51 0.26 0.17 0.94 0.08 0.20 0.10 0.13 0.24
P 0.11 0.07 0.14 0.39 0.15 0.14 0.30 0.12 0.28 0.36 0.12 0.05 0.39 0.41 0.20 0.17 1.02 0.09 0.24 0.09 0.16 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.00 0.40 0.49 0.31 0.53
C2 0.03 0.00 0.38 0.34 0.01 0.11 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.04 0.08 0.38 0.88 0.32 0.62
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.19 0.02 0.09 0.21 0.18 0.16 0.30 0.37 0.13 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.42 0.68 0.43 0.69
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.24 0.00 0.26 0.04 0.31 0.11 0.35 0.28 0.31 0.18 0.14 0.00 0.00 0.03 0.12 0.03 0.08 0.10
C4 0.01 0.01 0.19 0.24 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.05 0.50 0.92 0.48 0.73
C4' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.03 0.09 0.10 0.04 0.02 0.02 0.29 0.02 0.00 0.01 0.13 0.06 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.26 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.02 0.04 0.60 1.17 0.68 0.89
C5' 0.09 0.06 0.21 0.04 0.13 0.00 0.19 0.00 0.17 0.26 0.11 0.05 0.21 0.27 0.16 0.11 0.17 0.00 0.01 0.29 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.31 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.07 0.05 0.56 1.20 0.65 0.87
C8 0.01 0.01 0.16 0.11 0.00 0.03 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.08 0.04 0.73 1.13 0.82 0.98
N1 0.03 0.00 0.30 0.35 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.46 1.07 0.48 0.75
N3 0.03 0.01 0.37 0.28 0.00 0.10 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.08 0.37 0.77 0.29 0.58
N6 0.01 0.01 0.13 0.31 0.01 0.04 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.10 0.05 0.62 1.35 0.78 0.97
N7 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.02 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.01 0.02 0.72 1.31 0.88 1.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.12 0.01 0.55 0.84 0.53 0.75
O2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.29 0.18 0.11 0.13 0.29 0.02 0.12 0.18 0.29 0.15 0.00 0.03 0.15 0.20 0.52 0.14 0.50
O3' 0.28 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.17 0.07 0.08 0.08 0.04 0.10 0.01 0.12 0.03 0.00 0.21 0.42 0.33 0.61 0.35
O4' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.15 0.21 0.00 0.24 0.12 0.13 0.24
O5' 0.40 0.38 0.42 0.12 0.50 0.01 0.60 0.01 0.56 0.73 0.46 0.37 0.62 0.72 0.55 0.20 0.42 0.24 0.00 0.00 0.03 0.01
OP1 0.49 0.88 0.68 0.03 0.92 0.13 1.17 0.29 1.20 1.13 1.07 0.77 1.35 1.31 0.84 0.52 0.33 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.32 0.43 0.08 0.48 0.06 0.68 0.05 0.65 0.82 0.48 0.29 0.78 0.88 0.53 0.14 0.61 0.13 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.53 0.62 0.69 0.10 0.73 0.05 0.89 0.02 0.87 0.98 0.75 0.58 0.97 1.04 0.75 0.50 0.35 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00