ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55296

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 4, 0, 2, 0, 3, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.012, 0.030, 0.049, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.029 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.005, 0.037, 0.070, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.037 std_dev=0.032
C2 B 0, 0.328, 0.571, 0.813, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.571 std_dev=0.243
O4' A 0, 0.495, 0.752, 1.009, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.752 std_dev=0.257
C2' A 0, 0.474, 0.746, 1.019, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.746 std_dev=0.273
N1 B 0, 0.379, 0.694, 1.009, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.694 std_dev=0.315
O2' A 0, 0.521, 0.846, 1.171, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.846 std_dev=0.325
N3 B 0, 0.509, 0.849, 1.189, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.849 std_dev=0.340
O2 B 0, 0.498, 0.844, 1.190, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.844 std_dev=0.346
P A 0, 0.855, 1.225, 1.595, 1.703 max_d=1.703 avg_d=1.225 std_dev=0.370
C4' A 0, 0.722, 1.102, 1.482, 1.469 max_d=1.469 avg_d=1.102 std_dev=0.380
C1' B 0, 0.255, 0.645, 1.036, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.645 std_dev=0.391
C3' A 0, 0.767, 1.189, 1.610, 1.683 max_d=1.683 avg_d=1.189 std_dev=0.422
C4 B 0, 0.732, 1.204, 1.675, 1.792 max_d=1.792 avg_d=1.204 std_dev=0.472
O5' A 0, 1.111, 1.616, 2.120, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.616 std_dev=0.504
C2' B 0, 0.412, 0.943, 1.474, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.943 std_dev=0.531
OP1 A 0, 0.921, 1.484, 2.048, 2.637 max_d=2.637 avg_d=1.484 std_dev=0.564
O3' A 0, 1.101, 1.701, 2.302, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.701 std_dev=0.600
C6 B 0, 0.654, 1.263, 1.871, 2.011 max_d=2.011 avg_d=1.263 std_dev=0.609
O4' B 0, 0.320, 0.930, 1.541, 2.213 max_d=2.213 avg_d=0.930 std_dev=0.610
N4 B 0, 0.927, 1.538, 2.148, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.538 std_dev=0.611
C3' B 0, 0.574, 1.218, 1.861, 2.865 max_d=2.865 avg_d=1.218 std_dev=0.643
OP2 A 0, 1.488, 2.147, 2.806, 2.655 max_d=2.655 avg_d=2.147 std_dev=0.659
C5 B 0, 0.832, 1.495, 2.158, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.495 std_dev=0.663
C5' A 0, 1.256, 1.929, 2.602, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.929 std_dev=0.673
O2' B 0, 0.142, 0.825, 1.509, 3.085 max_d=3.085 avg_d=0.825 std_dev=0.683
C4' B 0, 0.493, 1.267, 2.041, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.267 std_dev=0.774
O3' B 0, 0.636, 1.520, 2.404, 3.626 max_d=3.626 avg_d=1.520 std_dev=0.884
O5' B 0, 0.646, 1.532, 2.418, 3.828 max_d=3.828 avg_d=1.532 std_dev=0.886
OP2 B 0, 0.659, 1.561, 2.463, 3.944 max_d=3.944 avg_d=1.561 std_dev=0.902
C5' B 0, 0.670, 1.737, 2.804, 4.512 max_d=4.512 avg_d=1.737 std_dev=1.067
P B 0, 0.664, 1.831, 2.997, 4.393 max_d=4.393 avg_d=1.831 std_dev=1.166
OP1 B 0, 0.486, 2.377, 4.267, 5.611 max_d=5.611 avg_d=2.377 std_dev=1.891

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.03 0.17 0.35 0.17
C2 0.03 0.00 0.13 0.19 0.02 0.09 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.22 0.04 0.23 0.01 0.33 0.35 0.23
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.10 0.16 0.13 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.18 0.06 0.21 0.21 0.11
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.12 0.01 0.12 0.03 0.15 0.13 0.17 0.22 0.17 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.27 0.15 0.32 0.17 0.19
C4 0.02 0.02 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.24 0.01 0.30 0.34 0.22
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.10 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.10 0.13 0.24 0.06
C5 0.02 0.02 0.05 0.12 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.03 0.30 0.01 0.36 0.35 0.26
C5' 0.02 0.13 0.02 0.03 0.11 0.01 0.14 0.00 0.16 0.13 0.15 0.14 0.11 0.16 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.18 0.19 0.24 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.15 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.17 0.04 0.32 0.00 0.40 0.36 0.28
C8 0.02 0.02 0.08 0.13 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.05 0.30 0.03 0.31 0.36 0.24
N1 0.03 0.01 0.10 0.17 0.02 0.09 0.02 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.20 0.03 0.28 0.01 0.38 0.35 0.26
N2 0.05 0.01 0.16 0.22 0.02 0.11 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.27 0.05 0.20 0.03 0.32 0.34 0.22
N3 0.03 0.01 0.13 0.17 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.19 0.03 0.20 0.01 0.29 0.34 0.20
N7 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.10 0.00 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.16 0.04 0.34 0.03 0.38 0.36 0.28
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.21 0.02 0.26 0.35 0.20
O2' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.10 0.16 0.11 0.06 0.02 0.00 0.06 0.04 0.08 0.08 0.16 0.23 0.07
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.04 0.17 0.15 0.20 0.27 0.19 0.16 0.07 0.06 0.00 0.02 0.28 0.18 0.48 0.28 0.30
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.12 0.05 0.18 0.42 0.23
O5' 0.11 0.23 0.18 0.27 0.24 0.03 0.30 0.01 0.32 0.30 0.28 0.20 0.20 0.34 0.21 0.08 0.28 0.12 0.00 0.35 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.15 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.18 0.05 0.35 0.00 0.44 0.38 0.31
OP1 0.17 0.33 0.21 0.32 0.30 0.13 0.36 0.19 0.40 0.31 0.38 0.32 0.29 0.38 0.26 0.16 0.48 0.18 0.02 0.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.35 0.21 0.17 0.34 0.24 0.35 0.24 0.36 0.36 0.35 0.34 0.34 0.36 0.35 0.23 0.28 0.42 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.23 0.11 0.19 0.22 0.06 0.26 0.01 0.28 0.24 0.26 0.22 0.20 0.28 0.20 0.07 0.30 0.23 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.49 0.17 0.64 0.51 0.25 0.75 0.43 0.74 0.51 0.38 0.17 0.22 0.22 0.69 0.43 0.64 0.64 0.80 0.54 0.59
C2 0.33 0.16 0.45 0.36 0.30 0.40 0.28 0.28 0.27 0.22 0.28 0.38 0.17 0.29 0.34 0.38 0.24 0.30 0.38 0.17
C2' 0.65 0.22 0.78 0.62 0.27 0.95 0.48 0.96 0.60 0.48 0.16 0.20 0.18 0.91 0.43 0.85 0.85 1.00 0.75 0.83
C3' 0.66 0.25 0.75 0.59 0.29 0.97 0.51 1.01 0.62 0.50 0.19 0.22 0.22 0.88 0.43 0.88 0.89 1.13 0.75 0.89
C4 0.42 0.15 0.56 0.45 0.23 0.57 0.31 0.48 0.37 0.29 0.21 0.27 0.21 0.48 0.41 0.50 0.40 0.34 0.43 0.29
C4' 0.53 0.17 0.64 0.52 0.28 0.86 0.50 0.93 0.59 0.42 0.14 0.24 0.16 0.73 0.45 0.76 0.82 1.18 0.63 0.83
C5 0.40 0.15 0.53 0.44 0.26 0.55 0.30 0.44 0.34 0.26 0.24 0.33 0.20 0.41 0.46 0.48 0.36 0.31 0.39 0.23
C5' 0.52 0.17 0.61 0.50 0.28 0.83 0.50 0.91 0.58 0.41 0.14 0.23 0.18 0.69 0.48 0.73 0.79 1.22 0.59 0.81
C6 0.35 0.16 0.47 0.41 0.33 0.46 0.32 0.34 0.30 0.22 0.30 0.44 0.18 0.31 0.44 0.41 0.27 0.30 0.36 0.18
C8 0.45 0.16 0.59 0.49 0.22 0.67 0.36 0.61 0.43 0.32 0.19 0.25 0.22 0.55 0.51 0.57 0.51 0.59 0.46 0.41
N1 0.32 0.17 0.43 0.37 0.36 0.39 0.32 0.26 0.27 0.20 0.32 0.47 0.17 0.26 0.38 0.36 0.22 0.37 0.35 0.18
N2 0.27 0.19 0.38 0.32 0.35 0.31 0.30 0.20 0.24 0.19 0.34 0.43 0.15 0.26 0.32 0.30 0.20 0.45 0.37 0.20
N3 0.40 0.15 0.54 0.40 0.22 0.51 0.28 0.40 0.34 0.27 0.21 0.26 0.20 0.43 0.33 0.46 0.34 0.24 0.42 0.23
N7 0.42 0.15 0.55 0.47 0.24 0.61 0.33 0.52 0.38 0.29 0.22 0.30 0.21 0.47 0.51 0.52 0.43 0.43 0.41 0.31
N9 0.46 0.16 0.61 0.49 0.22 0.67 0.36 0.61 0.44 0.33 0.18 0.22 0.22 0.59 0.46 0.57 0.52 0.58 0.47 0.43
O2' 0.64 0.22 0.77 0.67 0.32 1.02 0.55 1.09 0.65 0.49 0.18 0.26 0.19 0.90 0.48 0.90 0.97 1.18 0.84 0.99
O3' 0.76 0.35 0.82 0.69 0.40 1.10 0.62 1.21 0.73 0.60 0.30 0.34 0.29 0.95 0.54 1.02 1.08 1.39 0.93 1.13
O4' 0.46 0.20 0.59 0.50 0.30 0.76 0.48 0.79 0.55 0.38 0.21 0.29 0.25 0.62 0.50 0.64 0.68 0.98 0.53 0.65
O5' 0.54 0.23 0.64 0.51 0.28 0.84 0.46 0.89 0.55 0.42 0.23 0.25 0.27 0.70 0.49 0.74 0.76 1.12 0.59 0.75
O6 0.33 0.17 0.45 0.41 0.38 0.44 0.34 0.31 0.29 0.21 0.33 0.51 0.18 0.28 0.46 0.39 0.25 0.36 0.34 0.19
OP1 0.55 0.22 0.65 0.53 0.26 0.88 0.48 0.98 0.58 0.43 0.19 0.21 0.26 0.73 0.50 0.77 0.86 1.33 0.65 0.89
OP2 0.63 0.34 0.70 0.61 0.32 0.91 0.47 0.93 0.58 0.49 0.31 0.29 0.37 0.73 0.64 0.81 0.80 1.07 0.67 0.76
P 0.56 0.24 0.64 0.52 0.26 0.86 0.46 0.91 0.56 0.43 0.21 0.22 0.27 0.69 0.53 0.75 0.78 1.17 0.60 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.24 0.00 0.13 0.38 0.16 0.17
C2 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.30 0.20 0.05 0.12 0.59 0.49 0.15
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.16 0.12 0.02 0.06 0.05 0.19 0.00 0.03 0.01 0.27 0.42 0.25 0.36
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.28 0.00 0.36 0.01 0.34 0.17 0.18 0.30 0.15 0.02 0.01 0.02 0.19 0.27 0.17 0.16
C4 0.02 0.01 0.04 0.28 0.00 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.29 0.12 0.03 0.17 0.71 0.80 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.12 0.05 0.06 0.11 0.06 0.24 0.02 0.00 0.01 0.13 0.18 0.02
C5 0.02 0.02 0.10 0.36 0.01 0.13 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.25 0.06 0.19 0.70 0.81 0.20
C5' 0.06 0.06 0.16 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.08 0.04 0.06 0.11 0.09 0.08 0.16 0.01 0.01 0.26 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.34 0.01 0.12 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.21 0.08 0.16 0.61 0.57 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.07 0.02 0.12 0.54 0.40 0.16
N3 0.02 0.00 0.06 0.18 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.33 0.11 0.04 0.13 0.67 0.66 0.16
N4 0.02 0.02 0.05 0.30 0.00 0.11 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.31 0.15 0.03 0.19 0.74 0.93 0.20
O2 0.04 0.01 0.19 0.15 0.03 0.06 0.02 0.09 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.39 0.41 0.09 0.13 0.54 0.38 0.16
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.29 0.24 0.23 0.08 0.17 0.16 0.33 0.31 0.39 0.00 0.04 0.17 0.22 0.37 0.25 0.33
O3' 0.24 0.20 0.03 0.01 0.12 0.02 0.25 0.16 0.21 0.07 0.11 0.15 0.41 0.04 0.00 0.17 0.27 0.58 0.18 0.28
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.04 0.03 0.09 0.17 0.17 0.00 0.08 0.24 0.10 0.09
O5' 0.13 0.12 0.27 0.19 0.17 0.01 0.19 0.01 0.16 0.12 0.13 0.19 0.13 0.22 0.27 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.38 0.59 0.42 0.27 0.71 0.13 0.70 0.26 0.61 0.54 0.67 0.74 0.54 0.37 0.58 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.49 0.25 0.17 0.80 0.18 0.81 0.31 0.57 0.40 0.66 0.93 0.38 0.25 0.18 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.15 0.36 0.16 0.18 0.02 0.20 0.02 0.17 0.16 0.16 0.20 0.16 0.33 0.28 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00