ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55298

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.019, 0.037, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.019, 0.042, 0.064, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.022
C2 A 0, -0.002, 0.021, 0.044, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.021 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.006, 0.031, 0.057, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.031 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.019, 0.050, 0.082, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.050 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.040, 0.072, 0.103, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.072 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.041, 0.081, 0.122, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.081 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.043, 0.094, 0.145, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.094 std_dev=0.051
N2 A 0, 0.006, 0.059, 0.113, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.059 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.112, 0.224, 0.335, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.224 std_dev=0.112
C2' A 0, 0.078, 0.227, 0.376, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.227 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.056, 0.276, 0.496, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.276 std_dev=0.220
C4' A 0, 0.188, 0.422, 0.656, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.422 std_dev=0.234
C3' A 0, 0.203, 0.439, 0.675, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.439 std_dev=0.236
N1 B 0, 0.476, 0.834, 1.192, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.834 std_dev=0.358
O3' A 0, 0.306, 0.691, 1.077, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.691 std_dev=0.386
C1' B 0, 0.536, 0.954, 1.372, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.954 std_dev=0.418
C5' A 0, 0.244, 0.667, 1.090, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.667 std_dev=0.423
C6 B 0, 0.424, 0.867, 1.310, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.867 std_dev=0.443
C4 B 0, 0.633, 1.080, 1.528, 1.583 max_d=1.583 avg_d=1.080 std_dev=0.448
O4' B 0, 0.661, 1.137, 1.614, 1.681 max_d=1.681 avg_d=1.137 std_dev=0.477
C2 B 0, 0.443, 0.972, 1.501, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.972 std_dev=0.529
C5 B 0, 0.401, 0.933, 1.465, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.933 std_dev=0.532
N4 B 0, 0.828, 1.366, 1.903, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.366 std_dev=0.538
C4' B 0, 0.738, 1.319, 1.899, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.319 std_dev=0.580
N3 B 0, 0.509, 1.095, 1.681, 1.992 max_d=1.992 avg_d=1.095 std_dev=0.586
C2' B 0, 0.320, 1.029, 1.739, 2.373 max_d=2.373 avg_d=1.029 std_dev=0.710
C3' B 0, 0.519, 1.237, 1.955, 2.384 max_d=2.384 avg_d=1.237 std_dev=0.718
O2 B 0, 0.469, 1.188, 1.907, 2.060 max_d=2.060 avg_d=1.188 std_dev=0.719
O5' A 0, 0.282, 1.006, 1.730, 1.953 max_d=1.953 avg_d=1.006 std_dev=0.724
C5' B 0, 0.799, 1.656, 2.513, 2.894 max_d=2.894 avg_d=1.656 std_dev=0.857
O5' B 0, 0.750, 1.615, 2.481, 2.783 max_d=2.783 avg_d=1.615 std_dev=0.866
O2' B 0, 0.308, 1.217, 2.126, 2.982 max_d=2.982 avg_d=1.217 std_dev=0.909
O3' B 0, 0.532, 1.523, 2.514, 3.074 max_d=3.074 avg_d=1.523 std_dev=0.991
P A 0, 0.327, 1.399, 2.471, 3.354 max_d=3.354 avg_d=1.399 std_dev=1.072
OP2 A 0, 0.411, 1.562, 2.712, 3.183 max_d=3.183 avg_d=1.562 std_dev=1.151
P B 0, 0.889, 2.098, 3.308, 3.536 max_d=3.536 avg_d=2.098 std_dev=1.209
OP2 B 0, 0.879, 2.200, 3.522, 3.970 max_d=3.970 avg_d=2.200 std_dev=1.321
OP1 A 0, 0.168, 1.699, 3.230, 4.767 max_d=4.767 avg_d=1.699 std_dev=1.531
OP1 B 0, 0.919, 2.501, 4.082, 4.530 max_d=4.530 avg_d=2.501 std_dev=1.581

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.03 0.02 0.04 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.25 0.03 0.21 0.57 0.23
C2 0.06 0.00 0.19 0.23 0.01 0.12 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.26 0.05 0.36 0.01 0.59 0.94 0.51
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.08 0.04 0.12 0.08 0.16 0.23 0.17 0.06 0.03 0.00 0.02 0.02 0.21 0.12 0.30 0.52 0.20
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.15 0.01 0.16 0.01 0.19 0.14 0.22 0.26 0.20 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.33 0.21 0.40 0.50 0.32
C4 0.03 0.01 0.10 0.15 0.00 0.10 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.10 0.16 0.03 0.36 0.01 0.45 0.83 0.42
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.15 0.13 0.14 0.10 0.16 0.10 0.07 0.02 0.00 0.02 0.16 0.15 0.44 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.16 0.00 0.14 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.18 0.03 0.43 0.01 0.54 0.89 0.50
C5' 0.10 0.28 0.04 0.01 0.29 0.01 0.37 0.00 0.39 0.37 0.34 0.27 0.24 0.41 0.27 0.07 0.10 0.04 0.02 0.43 0.32 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.19 0.01 0.14 0.01 0.39 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.23 0.04 0.45 0.01 0.65 0.97 0.58
C8 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.15 0.01 0.37 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.16 0.05 0.44 0.02 0.35 0.70 0.37
N1 0.04 0.01 0.16 0.22 0.01 0.13 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.16 0.26 0.04 0.42 0.01 0.67 0.99 0.57
N2 0.08 0.01 0.23 0.26 0.02 0.14 0.02 0.27 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.25 0.31 0.08 0.34 0.03 0.62 0.96 0.52
N3 0.06 0.01 0.17 0.20 0.00 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.22 0.05 0.32 0.01 0.48 0.85 0.43
N7 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.16 0.00 0.41 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.18 0.05 0.47 0.02 0.47 0.82 0.47
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.00 0.10 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.35 0.02 0.32 0.70 0.33
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.10 0.07 0.07 0.07 0.11 0.05 0.16 0.25 0.18 0.03 0.02 0.00 0.04 0.09 0.09 0.11 0.21 0.48 0.14
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.16 0.02 0.18 0.10 0.23 0.16 0.26 0.31 0.22 0.18 0.09 0.04 0.00 0.03 0.45 0.25 0.57 0.53 0.46
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05 0.05 0.02 0.09 0.03 0.00 0.35 0.05 0.37 0.57 0.37
O5' 0.25 0.36 0.21 0.33 0.36 0.02 0.43 0.02 0.45 0.44 0.42 0.34 0.32 0.47 0.35 0.09 0.45 0.35 0.00 0.47 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.12 0.21 0.01 0.16 0.01 0.43 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.11 0.25 0.05 0.47 0.00 0.71 0.99 0.62
OP1 0.21 0.59 0.30 0.40 0.45 0.15 0.54 0.32 0.65 0.35 0.67 0.62 0.48 0.47 0.32 0.21 0.57 0.37 0.03 0.71 0.00 0.01 0.01
OP2 0.57 0.94 0.52 0.50 0.83 0.44 0.89 0.40 0.97 0.70 0.99 0.96 0.85 0.82 0.70 0.48 0.53 0.57 0.02 0.99 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.51 0.20 0.32 0.42 0.07 0.50 0.02 0.58 0.37 0.57 0.52 0.43 0.47 0.33 0.14 0.46 0.37 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.28 0.78 1.03 0.29 0.92 0.33 0.96 0.42 0.30 0.37 0.35 0.43 0.85 1.28 0.63 0.94 1.09 0.97 0.95
C2 0.59 0.22 1.04 1.05 0.34 0.72 0.32 0.65 0.39 0.37 0.34 0.44 0.16 1.12 1.25 0.54 0.70 0.74 0.72 0.64
C2' 0.35 0.41 0.59 0.79 0.32 0.75 0.26 0.81 0.32 0.27 0.46 0.37 0.60 0.66 0.96 0.51 0.77 0.93 0.79 0.79
C3' 0.32 0.45 0.51 0.70 0.35 0.66 0.25 0.75 0.30 0.27 0.49 0.39 0.64 0.57 0.88 0.44 0.71 0.90 0.75 0.75
C4 0.59 0.25 0.99 1.09 0.33 0.85 0.34 0.81 0.43 0.37 0.37 0.42 0.27 1.12 1.34 0.63 0.83 0.91 0.83 0.79
C4' 0.38 0.28 0.63 0.91 0.23 0.86 0.29 0.95 0.38 0.25 0.34 0.27 0.47 0.62 1.13 0.58 0.92 1.13 0.99 0.97
C5 0.60 0.24 1.01 1.09 0.34 0.83 0.33 0.78 0.42 0.38 0.36 0.44 0.22 1.13 1.35 0.63 0.80 0.87 0.78 0.74
C5' 0.34 0.37 0.62 0.90 0.32 0.82 0.27 0.92 0.34 0.24 0.46 0.39 0.55 0.63 1.14 0.52 0.89 1.13 0.95 0.94
C6 0.61 0.24 1.04 1.07 0.34 0.76 0.32 0.69 0.39 0.38 0.34 0.47 0.20 1.15 1.32 0.59 0.72 0.77 0.71 0.65
C8 0.56 0.26 0.91 1.07 0.33 0.89 0.34 0.89 0.44 0.36 0.37 0.41 0.31 1.01 1.33 0.66 0.89 1.01 0.89 0.87
N1 0.60 0.23 1.04 1.05 0.34 0.70 0.31 0.62 0.38 0.38 0.33 0.47 0.20 1.13 1.28 0.54 0.67 0.70 0.68 0.60
N2 0.56 0.20 1.00 0.98 0.34 0.61 0.31 0.55 0.36 0.35 0.32 0.44 0.17 1.01 1.15 0.45 0.63 0.65 0.68 0.57
N3 0.59 0.24 1.03 1.09 0.33 0.81 0.34 0.76 0.42 0.37 0.36 0.41 0.26 1.14 1.30 0.60 0.80 0.86 0.80 0.75
N7 0.59 0.25 0.97 1.09 0.33 0.86 0.34 0.84 0.43 0.38 0.36 0.44 0.25 1.09 1.35 0.65 0.84 0.94 0.83 0.80
N9 0.55 0.27 0.91 1.07 0.32 0.90 0.34 0.89 0.44 0.35 0.38 0.40 0.34 1.02 1.33 0.65 0.89 1.01 0.90 0.87
O2' 0.35 0.30 0.47 0.80 0.20 0.87 0.28 0.97 0.36 0.24 0.32 0.21 0.52 0.42 0.95 0.63 0.92 1.10 0.97 0.98
O3' 0.31 0.52 0.33 0.50 0.37 0.52 0.26 0.68 0.28 0.31 0.53 0.39 0.73 0.39 0.65 0.37 0.64 0.92 0.72 0.74
O4' 0.43 0.26 0.71 1.00 0.29 0.91 0.35 0.99 0.43 0.29 0.35 0.34 0.41 0.73 1.25 0.61 0.96 1.16 1.03 1.00
O5' 0.28 0.28 0.61 0.83 0.21 0.68 0.20 0.74 0.29 0.17 0.35 0.29 0.45 0.64 1.08 0.42 0.73 0.89 0.78 0.74
O6 0.61 0.25 1.04 1.07 0.34 0.74 0.31 0.66 0.38 0.39 0.33 0.48 0.23 1.15 1.33 0.58 0.69 0.73 0.67 0.61
OP1 0.21 0.62 0.34 0.55 0.58 0.37 0.35 0.45 0.25 0.34 0.73 0.68 0.78 0.40 0.86 0.26 0.40 0.57 0.46 0.41
OP2 0.56 1.01 0.63 0.66 1.02 0.44 0.78 0.45 0.66 0.73 1.14 1.13 1.14 0.68 0.93 0.48 0.47 0.49 0.42 0.44
P 0.23 0.54 0.56 0.75 0.51 0.52 0.31 0.57 0.26 0.29 0.65 0.61 0.70 0.61 1.06 0.26 0.55 0.71 0.58 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.11 0.11 0.17 0.11
C2 0.02 0.00 0.15 0.18 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.19 0.08 0.23 0.27 0.42 0.27
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.04 0.01 0.16 0.02 0.19 0.02 0.11 0.05 0.30 0.01 0.03 0.01 0.10 0.17 0.16 0.12
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.10 0.01 0.14 0.02 0.17 0.07 0.17 0.11 0.28 0.02 0.01 0.01 0.15 0.22 0.19 0.15
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.32 0.42 0.59 0.43
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.04 0.05 0.07 0.07 0.06 0.03 0.00 0.02 0.08 0.08 0.02
C5 0.02 0.01 0.16 0.14 0.00 0.09 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.08 0.36 0.46 0.59 0.47
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.20 0.01 0.25 0.00 0.23 0.12 0.15 0.21 0.10 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.19 0.17 0.01 0.10 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.10 0.33 0.37 0.45 0.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.22 0.24 0.34 0.25
N3 0.02 0.01 0.11 0.17 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.18 0.06 0.28 0.35 0.52 0.35
N4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.13 0.03 0.34 0.47 0.65 0.47
O2 0.03 0.01 0.30 0.28 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.33 0.14 0.21 0.24 0.37 0.23
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.07 0.06 0.15 0.05 0.15 0.04 0.07 0.08 0.22 0.00 0.07 0.07 0.10 0.19 0.17 0.12
O3' 0.03 0.19 0.03 0.01 0.11 0.03 0.18 0.03 0.20 0.05 0.18 0.13 0.33 0.07 0.00 0.03 0.18 0.29 0.27 0.20
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.06 0.03 0.14 0.07 0.03 0.00 0.12 0.11 0.11 0.10
O5' 0.11 0.23 0.10 0.15 0.32 0.02 0.36 0.01 0.33 0.22 0.28 0.34 0.21 0.10 0.18 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.27 0.17 0.22 0.42 0.08 0.46 0.06 0.37 0.24 0.35 0.47 0.24 0.19 0.29 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.42 0.16 0.19 0.59 0.08 0.59 0.09 0.45 0.34 0.52 0.65 0.37 0.17 0.27 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.27 0.12 0.15 0.43 0.02 0.47 0.01 0.39 0.25 0.35 0.47 0.23 0.12 0.20 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00